BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-151G09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 89,359,023 - 89,500,578
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043317, LOC100043780, LOC668624, LOC668625, Pcdh20
Downstream geneEG328451
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-151G09.bB6Ng01-151G09.g
ACCDH947225DH947226
length9791,135
definitionDH947225|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151G09, 5' end.DH947226|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151G09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,499,597 - 89,500,578)(89,359,023 - 89,360,162)
sequence
gaattctggagtgtattcttagtgtgataatggcagaaatagcatgactt
tgtactatccactccaggaaaattgctacctactttatgtagctttcaga
attaatcaaggaaaggaagtaacagaagttatttcattacaccagagtaa
caaagagacaagtctgcaggttctaaagatgcattcaggttgaagagttc
tataacctctgtaggtcataggcagccaggaaaccacggtgtcctcatag
agatgtcaaaaccgagattggaacaaggatggaatgtgaacaatgttatc
ttcacaactaaatctctgattttaacatatattatttttacaaaggaata
ataataataatactaaacattaatgttaaacattaccatgttgaatcatt
gttaaaatacccgtaacttttaacccaactaaataagaatacttaaagcc
atccaaaataaatataaaccctcccgtacttgtttgctcttccttacatc
tttgttagctaaaacattaatgtttgcaatttcaaggaaccagaagatgc
tgttataaaagtctgttcttgatgtagtgttaccatgatgtgcactaagg
cttggagattatgattatatgagttctattcagaatttgatatagagcat
tgtatggcatatcttagaattcatgattgaaaataagatcagtaaaatga
atatattttgtggaatcaaatagaaatattaagaatctatatgctatgtg
gatagacagcaatatgctagaacagttttaacggttacatttgttttcag
ctcgacaatcatccaatacatgctggctgatagaattcaccttattaccc
aaatccccaattttatcttttaattctagtagcaagatgttgttttaaat
acagtatttaatttattttaagtagaaccactgcctcagagaagagaagc
tacagggtgagtggggtgtggttgggtgg
gaattcactgagctgaaaagggcatttggaaacatcgtgttcttttacca
gaaccacagataggaaacagcaatccagtaaaatcaatggtatcctgttc
caaagtaaaagtcgtgaaagaacagtgttggtgaaaaattctctgaacct
tcaggttggttatattttactttactgtgacactgtcattacctgaccat
aaaggcttccatcctttgtccagatcatatttatagattccaatataatt
ttaagaggtcttatccagtggagcatgtagcatgatttacccatggccat
gacagagcaattctcccataatcgcttatattcaatggccctggaaatta
acagagtcaatattattcacagacaatctagtgtacaaaaccttgtgaat
tatattaatagctttattatgatcataacattttttatgtcccatgataa
ttaacatcaggggaaccaaacatttctcaacctaaaacaaaaagtcaaca
tcagtttaaagatgtttactatgcgtataaatgaggttatgaacgagaga
gcatcagcatatcaatcaagagaatcagtgttttgtttaatactctaaaa
tctggctggagccaccaatatatgttgaattttcatatatttagcaaaat
ttttaatattaataattttgtaaaattaagaattacaaaattttatacta
ttaagatctcctatatattatttagaatcatttatttaatgtatttatta
ctgcatacttgatatatgcaaacatgcacaggttgatgcgagaggacaaa
tctatgcagtaaattatcttcattcacctttatacatggtccagggatca
gaatcagatattcatgctttcagggccaatgcttttaccagttgagtctt
ttcatcacccccaaatcaattaactctatatattatgctgactataacat
gagttcatactaggcatgatatttacaacatttatttatacttattttgc
tttggttggttggtgggtatttatcacattattaagtgcttttttggtga
tgaaacaagaggaaacagaaatcttcagtaaggtctaataattattcatt
tggagtactggcaagtaagaaccatgtgaaaaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_89499597_89500578
seq2: B6Ng01-151G09.b_50_1028 (reverse)

seq1  CCACCCAACCACACCCACCTCACCCCTGTAGCTTCTCCTTCTCTGAGGCA  50
      ||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCACCCAACCACACCCCACTCA-CCCTGTAGCTTCT-CTTCTCTGAGGCA  48

seq1  GTGGTTCTACTTAAAATAAATTAAATACTGTATTTAAAACAACATCTTTG  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTGGTTCTACTTAAAATAAATTAAATACTGTATTTAAAACAACATC-TTG  97

seq1  CTACTAGAATTAAAAGATAAAATTGGGGATTTGGGTAATAAGGTGAATTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGAATTAAAAGATAAAATTGGGGATTTGGGTAATAAGGTGAATTC  147

seq1  TATCAGCCAGCATGTATTGGATGATTGTCGAGCTGAAAACAAATGTAACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGCCAGCATGTATTGGATGATTGTCGAGCTGAAAACAAATGTAACC  197

seq1  GTTAAAACTGTTCTAGCATATTGCTGTCTATCCACATAGCATATAGATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAACTGTTCTAGCATATTGCTGTCTATCCACATAGCATATAGATTC  247

seq1  TTAATATTTCTATTTGATTCCACAAAATATATTCATTTTACTGATCTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATTTCTATTTGATTCCACAAAATATATTCATTTTACTGATCTTAT  297

seq1  TTTCAATCATGAATTCTAAGATATGCCATACAATGCTCTATATCAAATTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATCATGAATTCTAAGATATGCCATACAATGCTCTATATCAAATTC  347

seq1  TGAATAGAACTCATATAATCATAATCTCCAAGCCTTAGTGCACATCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGAACTCATATAATCATAATCTCCAAGCCTTAGTGCACATCATGG  397

seq1  TAACACTACATCAAGAACAGACTTTTATAACAGCATCTTCTGGTTCCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTACATCAAGAACAGACTTTTATAACAGCATCTTCTGGTTCCTTG  447

seq1  AAATTGCAAACATTAATGTTTTAGCTAACAAAGATGTAAGGAAGAGCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGCAAACATTAATGTTTTAGCTAACAAAGATGTAAGGAAGAGCAAA  497

seq1  CAAGTACGGGAGGGTTTATATTTATTTTGGATGGCTTTAAGTATTCTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTACGGGAGGGTTTATATTTATTTTGGATGGCTTTAAGTATTCTTAT  547

seq1  TTAGTTGGGTTAAAAGTTACGGGTATTTTAACAATGATTCAACATGGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGGGTTAAAAGTTACGGGTATTTTAACAATGATTCAACATGGTAA  597

seq1  TGTTTAACATTAATGTTTAGTATTATTATTATTATTCCTTTGTAAAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAACATTAATGTTTAGTATTATTATTATTATTCCTTTGTAAAAATA  647

seq1  ATATATGTTAAAATCAGAGATTTAGTTGTGAAGATAACATTGTTCACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGTTAAAATCAGAGATTTAGTTGTGAAGATAACATTGTTCACATT  697

seq1  CCATCCTTGTTCCAATCTCGGTTTTGACATCTCTATGAGGACACCGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTTGTTCCAATCTCGGTTTTGACATCTCTATGAGGACACCGTGGT  747

seq1  TTCCTGGCTGCCTATGACCTACAGAGGTTATAGAACTCTTCAACCTGAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGCTGCCTATGACCTACAGAGGTTATAGAACTCTTCAACCTGAAT  797

seq1  GCATCTTTAGAACCTGCAGACTTGTCTCTTTGTTACTCTGGTGTAATGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTTAGAACCTGCAGACTTGTCTCTTTGTTACTCTGGTGTAATGAA  847

seq1  ATAACTTCTGTTACTTCCTTTCCTTGATTAATTCTGAAAGCTACATAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTCTGTTACTTCCTTTCCTTGATTAATTCTGAAAGCTACATAAAG  897

seq1  TAGGTAGCAATTTTCCTGGAGTGGATAGTACAAAGTCATGCTATTTCTGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGCAATTTTCCTGGAGTGGATAGTACAAAGTCATGCTATTTCTGC  947

seq1  CATTATCACACTAAGAATACACTCCAGAATTC  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCACACTAAGAATACACTCCAGAATTC  979

seq1: chr14_89359023_89360162
seq2: B6Ng01-151G09.g_68_1202

seq1  GAATTCACTGAGCTGAAAAGGGCATTTGGAAACATCGTGTTCTTTTACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGCTGAAAAGGGCATTTGGAAACATCGTGTTCTTTTACCA  50

seq1  GAACCACAGATAGGAAACAGCAATCCAGTAAAATCAATGGTATCCTGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACAGATAGGAAACAGCAATCCAGTAAAATCAATGGTATCCTGTTC  100

seq1  CAAAGTAAAAGTCGTGAAAGAACAGTGTTGGTGAAAAATTCTCTGAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAAAAGTCGTGAAAGAACAGTGTTGGTGAAAAATTCTCTGAACCT  150

seq1  TCAGGTTGGTTATATTTTACTTTACTGTGACACTGTCATTACCTGACCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGGTTATATTTTACTTTACTGTGACACTGTCATTACCTGACCAT  200

seq1  AAAGGCTTCCATCCTTTGTCCAGATCATATTTATAGATTCCAATATAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCTTCCATCCTTTGTCCAGATCATATTTATAGATTCCAATATAATT  250

seq1  TTAAGAGGTCTTATCCAGTGGAGCATGTAGCATGATTTACCCATGGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGGTCTTATCCAGTGGAGCATGTAGCATGATTTACCCATGGCCAT  300

seq1  GACAGAGCAATTCTCCCATAATCGCTTATATTCAATGGCCCTGGAAATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGCAATTCTCCCATAATCGCTTATATTCAATGGCCCTGGAAATTA  350

seq1  ACAGAGTCAATATTATTCACAGACAATCTAGTGTACAAAACCTTGTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTCAATATTATTCACAGACAATCTAGTGTACAAAACCTTGTGAAT  400

seq1  TATATTAATAGCTTTATTATGATCATAACATTTTTTATGTCCCATGATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAATAGCTTTATTATGATCATAACATTTTTTATGTCCCATGATAA  450

seq1  TTAACATCAGGGGAACCAAACATTTCTCAACCTAAAACAAAAAGTCAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATCAGGGGAACCAAACATTTCTCAACCTAAAACAAAAAGTCAACA  500

seq1  TCAGTTTAAAGATGTTTACTATGCGTATAAATGAGGTTATGAACGAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTAAAGATGTTTACTATGCGTATAAATGAGGTTATGAACGAGAGA  550

seq1  GCATCAGCATATCAATCAAGAGAATCAGTGTTTTGTTTAATACTCTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCAGCATATCAATCAAGAGAATCAGTGTTTTGTTTAATACTCTAAAA  600

seq1  TCTGGCTGGAGCCACCAATATATGTTGAATTTTCATATATTTAGCAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCTGGAGCCACCAATATATGTTGAATTTTCATATATTTAGCAAAAT  650

seq1  TTTTAATATTAATAATTTTGTAAAATTAAGAATTACAAAATTTTATACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATATTAATAATTTTGTAAAATTAAGAATTACAAAATTTTATACTA  700

seq1  TTAAGATCTCCTATATATTATTTAGAATCATTTATTTAATGTATTTATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATCTCCTATATATTATTTAGAATCATTTATTTAATGTATTTATTA  750

seq1  CTGCATACTTGATATATGCAAACATGCACAGGTTGATGCGAGAGGACAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATACTTGATATATGCAAACATGCACAGGTTGATGCGAGAGGACAAA  800

seq1  TCTATGCAGTAAATTATCTTCATTCACCTTTATACATGGTCCAGGGATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCAGTAAATTATCTTCATTCACCTTTATACATGGTCCAGGGATCA  850

seq1  GAATCAGATATTCATGCTTTCAGGGCCAATGCTTTTACCAGTTGAGTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGATATTCATGCTTTCAGGGCCAATGCTTTTACCAGTTGAGTCTT  900

seq1  TTCATCACCCCCAAATCAATTAACTCTAATATATTATGCTGACTATAACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCACCCCCAAATCAATTAACTCT-ATATATTATGCTGACTATAACA  949

seq1  TGAGTTCATACTAGGCATGATAATTTACAAACATTTATTTTATACTTATT  1000
      ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |
seq2  TGAGTTCATACTAGGCATGAT-ATTTAC-AACATTTA-TTTATACTTA-T  995

seq1  TTTGCTTTGTTTGTTTTGTTGGGTATTTATCACATTATTTAAGTGCTTTT  1050
      ||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTGCTTTGGTTG-GTTGGTGGGTATTTATCACATTA-TTAAGTGCTTTT  1043

seq1  T--GTGATGATACAAGAAGGAAACAGAAATCTTCAGTAAGTTCATATTTA  1098
      |  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || | |
seq2  TTGGTGATGAAACAAG-AGGAAACAGAAATCTTCAGTAAGGTC-TAATAA  1091

seq1  TTTATTTTCATTCTGAGTACT-GCAAGTAAG-ACCATG---AAAATG  1140
      |   | ||||||  ||||||| ||||||||| ||||||   ||||||
seq2  T---TATTCATTTGGAGTACTGGCAAGTAAGAACCATGTGAAAAATG  1135