BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156C04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 33,009,337 - 33,155,036
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTimm23, Parg, LOC665601, Ogdhl
Upstream geneNisch, Tnnc1, Sema3g, Phf7, Bap1, Dnahc1, Capn7, Sh3bp5, Mettl6, Eaf1, Colq, Hacl1, Btd, Ankrd28, Galntl2, Dph3, Oxnad1, Msmb, Ncoa4
Downstream gene1700024G13Rik, Chat, Slc18a3, LOC100040834, EG665618, Ercc6, 9430077A04Rik, Prrxl1, 3425401B19Rik, 1810011H11Rik, 4922501K12Rik, E130203B14Rik, EG665658, Lrrc18, EG622657, Arhgap22
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156C04.bB6Ng01-156C04.g
ACCDH950721DH950722
length1,0301,149
definitionDH950721|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156C04, 5' end.DH950722|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156C04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,009,337 - 33,010,369)(33,153,875 - 33,155,036)
sequence
gaattccaagcccatggtctgctcaaggactttctaggactgttggaaca
ctggtgaaggcttagctatgtcagaattcaatcttaaaaggcacttataa
taggataatactaaaagagagcacgtggatccatacaccagactaacacg
ggaatggaatattaatgtatgggttagagaggacaccagactccaggagg
tgagtttccgtgaaattctttgcctcgtgagtagcttccaagcctctcgg
cctgtcaagctgactcgaccagagtgtgtggcattcagccactcatatac
aatcaaagtgacaaatatgccaagacactgcatacaggggtaatatctga
gatgctcttacgtgtgtattgctgacactctaggacacaatggtactaaa
acaccagtaagcactagtgttacaactatgtagaagagaaaggaaacggg
gccgaggtatcattggacctgagatagttaccaggctatgattgattatg
tgaaatctttataatttcaagctgacaacaaaatgtatgttgaaaacaat
gaaattttgtttttacatcagttattcctgaggtttgtaacagaaagact
tgcaacttaagttaatttaacaagtcatctcaaggtgaatttaagagtga
ctagtaagtcactagttacaacaaaaagtaactagtaagagaaactacaa
ataatgcctcatatgaagatgagtactattttaggtgtctgtaatctcca
ggttggatttgtatctaagagtagaagtgccaggtcataactgtttctca
tactgttagacaacaccaagcctttccatagcagtcctagcttttttctt
tctgagagagggcaactctcaagaatataacgctcacgcaaagtagtggc
acacaccttgaattgcagcatttgggaagcagaagcagaggatctctctg
acctcaaggtcagcttgatctacagtgagtgagaaaggcagccagagcta
cacagcagacccatctggggggggtgggga
gaattctctatgacacttccatagaggactgtccctgtactctagaagag
gagactgagctaataaactccatacacccagcaagacccttgcaatgtgt
acagaatacagctctaatcttgggtgccatcagtgggtacctcatgcata
cttttgagagttgcagtcccaaaagctatctagaagagacacagacatct
tagaacaagcttctctgttctcctaaatgacccggggctaccctagaggc
tgtcttttcaatgttccaatctaagagctcaccctggcacccagctggaa
tgtgatatccacaaatgcctaactccccatacccactgggagtggagtta
ggaacatgggaacgggcccatatgaggctctgagccaaaccaggagacca
agaggctaagcagggccatgccacaatctctgttctcccttggtatccca
acaactctctctgagggctacagtgtcagctctgagggtaaccatgctgg
ggcttacacagcagccttacctgtgtggatcttaaagtcctccaggggca
cagagctggccacactgccaatgtgggtcagcatctcctcagggatgcct
gtcgtagggcatgtcatgctcttgggctccccatccacattgaagaagcc
tgaggggacagactccattcatactccggtgatgaggtgaggggactttg
acacccctggttagttttctgtcctaggataggaaggctacaattccttc
cctcccgagacatcagtatacacccttggatctgccacagatgaaaaggt
tcggccatagcacctacacctgccctaataatcccctgaggtcacagctg
gcctatcttggccccaccagagggaccctcttagtagacgcctccagtac
cacccacccccatccctggcgaggtacagattgccactcttgctctaagg
ccaccttggctgcttcactgcaggacagctcacactgcacgccaggcaca
agcctcacttctagctcgcagtggctgctcttcagagtcactgcatgctt
aaaggagctcaaaggctcactgctgggtgttccttacctaccagggcaag
gggagttcagcagggctttatatgcaggaatctctcttatctggacctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_33009337_33010369
seq2: B6Ng01-156C04.b_47_1076

seq1  GAATTCCAAGCCCATGGTCTGCTCAAGGACTTTCTAGGACTGTTGGAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGCCCATGGTCTGCTCAAGGACTTTCTAGGACTGTTGGAACA  50

seq1  CTGGTGAAGGCTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAAGGCTTAGCTATGTCAGAATTCAATCTTAAAAGGCACTTATAA  100

seq1  TAGGATAATACTAAAAGAGAGCACGTGGATCCATACACCAGACTAACACG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATAATACTAAAAGAGAGCACGTGGATCCATACACCAGACTAACACG  150

seq1  GGAATGGAATATTAATGTATGGGTTAGAGAGGACACCAGACTCCAGGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGAATATTAATGTATGGGTTAGAGAGGACACCAGACTCCAGGAGG  200

seq1  TGAGTTTCCGTGAAATTCTTTGCCTCGTGAGTAGCTTCCAAGCCTCTCGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTCCGTGAAATTCTTTGCCTCGTGAGTAGCTTCCAAGCCTCTCGG  250

seq1  CCTGTCAAGCTGACTCGACCAGAGTGTGTGGCATTCAGCCACTCATATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAAGCTGACTCGACCAGAGTGTGTGGCATTCAGCCACTCATATAC  300

seq1  AATCAAAGTGACAAATATGCCAAGACACTGCATACAGGGGTAATATCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAGTGACAAATATGCCAAGACACTGCATACAGGGGTAATATCTGA  350

seq1  GATGCTCTTACGTGTGTATTGCTGACACTCTAGGACACAATGGTACTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCTTACGTGTGTATTGCTGACACTCTAGGACACAATGGTACTAAA  400

seq1  ACACCAGTAAGCACTAGTGTTACAACTATGTAGAAGAGAAAGGAAACGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAGTAAGCACTAGTGTTACAACTATGTAGAAGAGAAAGGAAACGGG  450

seq1  GCCGAGGTATCATTGGACCTGAGATAGTTACCAGGCTATGATTGATTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGAGGTATCATTGGACCTGAGATAGTTACCAGGCTATGATTGATTATG  500

seq1  TGAAATCTTTATAATTTCAAGCTGACAACAAAATGTATGTTGAAAACAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTTTATAATTTCAAGCTGACAACAAAATGTATGTTGAAAACAAT  550

seq1  GAAATTTTGTTTTTACATCAGTTATTCCTGAGGTTTGTAACAGAAAGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTTGTTTTTACATCAGTTATTCCTGAGGTTTGTAACAGAAAGACT  600

seq1  TGCAACTTAAGTTAATTTAACAAGTCATCTCAAGGTGAATTTAAGAGTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTTAAGTTAATTTAACAAGTCATCTCAAGGTGAATTTAAGAGTGA  650

seq1  CTAGTAAGTCACTAGTTACAACAAAAAGTAACTAGTAAGAGAAACTACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAAGTCACTAGTTACAACAAAAAGTAACTAGTAAGAGAAACTACAA  700

seq1  ATAATGCCTCATATGAAGATGAGTACTATTTTAGGTGTCTGTAATCTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCCTCATATGAAGATGAGTACTATTTTAGGTGTCTGTAATCTCCA  750

seq1  GGTTGGATTTGTATCTAAGAGTAGAAGTGCCAGGTCATAACTGTTTCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGATTTGTATCTAAGAGTAGAAGTGCCAGGTCATAACTGTTTCTCA  800

seq1  TACTGTTAGACAACACCAAGCCTTTCCATAGCAGTCCTAGCTTTTTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTAGACAACACCAAGCCTTTCCATAGCAGTCCTAGCTTTTTTCTT  850

seq1  TCTGAGAGAGGGCAACTCTCAAGAATATAAGGCTCAGGCAAAAGTAGTGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||
seq2  TCTGAGAGAGGGCAACTCTCAAGAATATAACGCTCACGC-AAAGTAGTGG  899

seq1  CACACACCTTGAATTGCAGCATTTGGAAGGCAGAAGCAGGAGGATCTCTC  950
      |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||
seq2  CACACACCTTGAATTGCAGCATTTGGGAAGCAGAAGCA-GAGGATCTCTC  948

seq1  TGACCTCAAGGTCAGCTTGATCTACAGTGAGTGAGAAAGGGCAGCCAGAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGACCTCAAGGTCAGCTTGATCTACAGTGAGTGAGAAA-GGCAGCCAGAG  997

seq1  CTACACAGCAAGACCCATCT-GGGGGGGTGGGGA  1033
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  CTACACAGC-AGACCCATCTGGGGGGGGTGGGGA  1030

seq1: chr14_33153875_33155036
seq2: B6Ng01-156C04.g_67_1215 (reverse)

seq1  CAGGTCCAAGGATAAGA-AGA-TCCTGCATATAAAGCACTGGCTGGACTC  48
      ||||||||  ||||||| ||| ||||||||||||||| || |||| ||||
seq2  CAGGTCCA--GATAAGAGAGATTCCTGCATATAAAGCCCT-GCTGAACTC  47

seq1  CCCCTGGCCTGGTGAGTGAGGAACACGCAGCCAAGTGAGCCCTTTGAGCC  98
      ||| || ||||||  || |||||||| ||||  |||||| |||||||| |
seq2  CCCTTGCCCTGGTAGGTAAGGAACACCCAGC--AGTGAG-CCTTTGAG-C  93

seq1  TCCTTTAAGCATTGCAGTGACTCTGGAGAGCAGCCACTGCGGAGCTAGAA  148
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTTTAAGCA-TGCAGTGACTCTGAAGAGCAGCCACTGC-GAGCTAGAA  141

seq1  GGTGAGGCTTGTGCCTGGCGTGCAGGTGTGAGCTGTTCCTGCAGGTGGAG  198
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||   || 
seq2  -GTGAGGCTTGTGCCTGGCGTGCA-GTGTGAGCTG-TCCTGCAG--TGAA  186

seq1  GCAGGCCAAGGTGGCCTTAGAGCAAGAGTGGCAATCTGTACCTCGCCAGG  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCA-GCCAAGGTGGCCTTAGAGCAAGAGTGGCAATCTGTACCTCGCCAGG  235

seq1  GATGGGGGTGGGTGGTACTGGAGGCGTCTACTAAGAGGGTCCCTCTGGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGGTGGGTGGTACTGGAGGCGTCTACTAAGAGGGTCCCTCTGGTG  285

seq1  GGGCCAAGATAGGCCAGCTGTGACCTCAGGGGATTATTAGGGCAGGTGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAAGATAGGCCAGCTGTGACCTCAGGGGATTATTAGGGCAGGTGTA  335

seq1  GGTGCTATGGCCGAACCTTTTCATCTGTGGCAGATCCAAGGGTGTATACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTATGGCCGAACCTTTTCATCTGTGGCAGATCCAAGGGTGTATACT  385

seq1  GATGTCTCGGGAGGGAAGGAATTGTAGCCTTCCTATCCTAGGACAGAAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCTCGGGAGGGAAGGAATTGTAGCCTTCCTATCCTAGGACAGAAAA  435

seq1  CTAACCAGGGGTGTCAAAGTCCCCTCACCTCATCACCGGAGTATGAATGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCAGGGGTGTCAAAGTCCCCTCACCTCATCACCGGAGTATGAATGG  485

seq1  AGTCTGTCCCCTCAGGCTTCTTCAATGTGGATGGGGAGCCCAAGAGCATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTCCCCTCAGGCTTCTTCAATGTGGATGGGGAGCCCAAGAGCATG  535

seq1  ACATGCCCTACGACAGGCATCCCTGAGGAGATGCTGACCCACATTGGCAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCCTACGACAGGCATCCCTGAGGAGATGCTGACCCACATTGGCAG  585

seq1  TGTGGCCAGCTCTGTGCCCCTGGAGGACTTTAAGATCCACACAGGTAAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCCAGCTCTGTGCCCCTGGAGGACTTTAAGATCCACACAGGTAAGG  635

seq1  CTGCTGTGTAAGCCCCAGCATGGTTACCCTCAGAGCTGACACTGTAGCCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTGTAAGCCCCAGCATGGTTACCCTCAGAGCTGACACTGTAGCCC  685

seq1  TCAGAGAGAGTTGTTGGGATACCAAGGGAGAACAGAGATTGTGGCATGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGAGTTGTTGGGATACCAAGGGAGAACAGAGATTGTGGCATGGC  735

seq1  CCTGCTTAGCCTCTTGGTCTCCTGGTTTGGCTCAGAGCCTCATATGGGCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTAGCCTCTTGGTCTCCTGGTTTGGCTCAGAGCCTCATATGGGCC  785

seq1  CGTTCCCATGTTCCTAACTCCACTCCCAGTGGGTATGGGGAGTTAGGCAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCCCATGTTCCTAACTCCACTCCCAGTGGGTATGGGGAGTTAGGCAT  835

seq1  TTGTGGATATCACATTCCAGCTGGGTGCCAGGGTGAGCTCTTAGATTGGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGATATCACATTCCAGCTGGGTGCCAGGGTGAGCTCTTAGATTGGA  885

seq1  ACATTGAAAAGACAGCCTCTAGGGTAGCCCCGGGTCATTTAGGAGAACAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAAAAGACAGCCTCTAGGGTAGCCCCGGGTCATTTAGGAGAACAG  935

seq1  AGAAGCTTGTTCTAAGATGTCTGTGTCTCTTCTAGATAGCTTTTGGGACT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTTGTTCTAAGATGTCTGTGTCTCTTCTAGATAGCTTTTGGGACT  985

seq1  GCAACTCTCAAAAGTATGCATGAGGTACCCACTGATGGCACCCAAGATTA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTCTCAAAAGTATGCATGAGGTACCCACTGATGGCACCCAAGATTA  1035

seq1  GAGCTGTATTCTGTACACATTGCAAGGGTCTTGCTGGGTGTATGGAGTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGTATTCTGTACACATTGCAAGGGTCTTGCTGGGTGTATGGAGTTT  1085

seq1  ATTAGCTCAGTCTCCTCTTCTAGAGTACAGGGACAGTCCTCTATGGAAGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGCTCAGTCTCCTCTTCTAGAGTACAGGGACAGTCCTCTATGGAAGT  1135

seq1  GTCATAGAGAATTC  1162
      ||||||||||||||
seq2  GTCATAGAGAATTC  1149