BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157A05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 50,093,810 - 50,219,593
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc35f4
Upstream gene6720456H20Rik, 4930572G02Rik, Otx2, LOC100041864, LOC666972, Exoc5, 4932432K03Rik, LOC218997, Nat12, 1700011H14Rik
Downstream gene3632451O06Rik, LOC667006, Olfr722, Olfr723, Olfr724, LOC100041975, Olfr725, LOC100042882, Olfr726, Olfr727, Olfr728, Olfr729, Olfr730, Olfr731, Olfr732, Olfr733, Olfr734, Olfr735, Tlr11, Olfr736, Olfr737-ps1, Olfr738, Olfr739, Olfr740, Olfr741, GA_x5J8B7U07Q4-325-757, GA_x5J8B7TYL6J-3-280, Olfr742, Olfr743-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157A05.bB6Ng01-157A05.g
ACCDH951360DH951361
length4991,133
definitionDH951360|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157A05, 5' end.DH951361|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157A05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,219,089 - 50,219,593)(50,093,810 - 50,094,953)
sequence
aatgtaaagtttagcacaggaaaaaacaccacttcaaaggtcagcttctt
ccatggcctcactataagagtgcttacaaaacaacacacatgctattaaa
aatattgagaaaatagacattataaagacaaggggctggagagatggttc
agctgttttgagcacttgatatacttccagaggacccaaatttgcttcct
ggtatccacatcaaacagctcatttccacgtttttggtgtatctatccta
atgggtatgagtgaagaactatcaaattgtggattgattgtatttctcta
atgactaataatgttcatattatttgaacatggtatttaatgcacatata
cactgataatggtgtcaggccatctgaaaggcattactgcctttgttttt
ggaagccctgggacatgagatcatgggacataagacttgtgaattgtaat
agcaggactgtgaggagaaagaagaaagaggaggaagggggtggaggga
gaattcttcatacttgctgaacatcatctgggcaatgatattgtctcagc
tggagaccctgacaaaacttcacttaaggcaagtacttcatgtgatgaag
tttgtccatttcaatagagactcctttgcctcttattccatccataacag
ggtgaactatatagcctgtaaaagggaataagtccatgttctgggaggaa
tgaggagtaaagctcaaataacttcagaatctggtgaagtctgctgataa
gaatccagacattggggaataccgatcagaatggatctctggggatttga
ttcacttagtgaatgtagaatgtgtgcctcttctctctagaacattccca
tgtttgtgatcttggtttctaaagatttgtttgtttgctaccactggata
cagtcacagccctttgatgtggaagctatgataactttatgagctgtagt
catatgggtccctcaagcactccagagagcctccaggcaaagaaaaagtc
ctggtcagggtcaacattattcaccttgatcactctagagaccaaggatt
gatgctatgcagtctgagaagaactgaggatgtttggataccaggaaatt
ccttacaggagagggttgtcattatgcttctatgcctggtagtaatgttc
aatgggatatttctgcaaccctggtccagcaggtgctaaaaataaaagta
aacaaaagtttagacttcccagggatgctgatgtgggttattgaccaaat
gagcaaacgagtgagcagcttagatctgcttagccactgtgtctgagtga
atggactctagaatcggttacacaagagagagatgatgagtatcaattgc
agtctcgggaccaattgcatgtgaagactgtggcctgttccaataaccca
gctgctttacacttgtcagaggatgcagcaattctgctgatagcctgaga
aaaaggcttttacgaaaagcccatagcaagtttcacacttaatgataaac
cttaaatgctgcttaggtgtagtgcgaattcctactactaagatagctaa
tattaccctacagacatcccagcatatgcaaatcatggaaaatgagaaga
agtgagaatgggaaggaagagaataaaacaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_50219089_50219593
seq2: B6Ng01-157A05.b_45_549 (reverse)

seq1  TCCCTCCACCCCCTTCCTCCTCTTTCTTCTTTCTCCTCACAGTCCTGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCACCCCCTTCCTCCTCTTTCTTCTTTCTCCTCACAGTCCTGCTA  50

seq1  TTACAATTCACAAGTCTTATGTCCCATGATCTCATGTCCCAGGGCTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATTCACAAGTCTTATGTCCCATGATCTCATGTCCCAGGGCTTCCA  100

seq1  AAAACAAAGGCAGTAATGCCTTTCAGATGGCCTGACACCATTATCAGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAGGCAGTAATGCCTTTCAGATGGCCTGACACCATTATCAGTGT  150

seq1  ATATGTGCATTAAATACCATGTTCAAATAATATGAACATTATTAGTCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCATTAAATACCATGTTCAAATAATATGAACATTATTAGTCATT  200

seq1  AGAGAAATACAATCAATCCACAATTTGATAGTTCTTCACTCATACCCATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAATACAATCAATCCACAATTTGATAGTTCTTCACTCATACCCATT  250

seq1  AGGATAGATACACCAAAAACGTGGAAATGAGCTGTTTGATGTGGATACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGATACACCAAAAACGTGGAAATGAGCTGTTTGATGTGGATACCA  300

seq1  GGAAGCAAATTTGGGTCCTCTGGAAGTATATCAAGTGCTCAAAACAGCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCAAATTTGGGTCCTCTGGAAGTATATCAAGTGCTCAAAACAGCTG  350

seq1  AACCATCTCTCCAGCCCCTTGTCTTTATAATGTCTATTTTCTCAATATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTCTCCAGCCCCTTGTCTTTATAATGTCTATTTTCTCAATATTT  400

seq1  TTAATAGCATGTGTGTTGTTTTGTAAGCACTCTTATAGTGAGGCCATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGCATGTGTGTTGTTTTGTAAGCACTCTTATAGTGAGGCCATGGA  450

seq1  AGAAGCTGACCTTTGAAGTGGTGTTTTTTCCTGTGCTAAACTTTACATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTGACCTTTGAAGTGGTGTTTTTTCCTGTGCTAAACTTTACATTG  500

seq1  AATTC  505
      |||||
seq2  AATTC  505

seq1: chr14_50093810_50094953
seq2: B6Ng01-157A05.g_66_1198

seq1  GAATTCTTCATACTTGCTGAACATCATCTGGGCAATGATATTGTCTCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATACTTGCTGAACATCATCTGGGCAATGATATTGTCTCAGC  50

seq1  TGGAGACCCTGACAAAACTTCACTTAAGGCAAGTACTTCATGTGATGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGACCCTGACAAAACTTCACTTAAGGCAAGTACTTCATGTGATGAAG  100

seq1  TTTGTCCATTTCAATAGAGACTCCTTTGCCTCTTATTCCATCCATAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCATTTCAATAGAGACTCCTTTGCCTCTTATTCCATCCATAACAG  150

seq1  GGTGAACTATATAGCCTGTAAAAGGGAATAAGTCCATGTTCTGGGAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACTATATAGCCTGTAAAAGGGAATAAGTCCATGTTCTGGGAGGAA  200

seq1  TGAGGAGTAAAGCTCAAATAACTTCAGAATCTGGTGAAGTCTGCTGATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGTAAAGCTCAAATAACTTCAGAATCTGGTGAAGTCTGCTGATAA  250

seq1  GAATCCAGACATTGGGGAATACCGATCAGAATGGATCTCTGGGGATTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCAGACATTGGGGAATACCGATCAGAATGGATCTCTGGGGATTTGA  300

seq1  TTCACTTAGTGAATGTAGAATGTGTGCCTCTTCTCTCTAGAACATTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTAGTGAATGTAGAATGTGTGCCTCTTCTCTCTAGAACATTCCCA  350

seq1  TGTTTGTGATCTTGGTTTCTAAAGATTTGTTTGTTTGCTACCACTGGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTGATCTTGGTTTCTAAAGATTTGTTTGTTTGCTACCACTGGATA  400

seq1  CAGTCACAGCCCTTTGATGTGGAAGCTATGATAACTTTATGAGCTGTAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACAGCCCTTTGATGTGGAAGCTATGATAACTTTATGAGCTGTAGT  450

seq1  CATATGGGTCCCTCAAGCACTCCAGAGAGCCTCCAGGCAAAGAAAAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGGGTCCCTCAAGCACTCCAGAGAGCCTCCAGGCAAAGAAAAAGTC  500

seq1  CTGGTCAGGGTCAACATTATTCACCTTGATCACTCTAGAGACCAAGGATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCAGGGTCAACATTATTCACCTTGATCACTCTAGAGACCAAGGATT  550

seq1  GATGCTATGCAGTCTGAGAAGAACTGAGGATGTTTGGATACCAGGAAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTATGCAGTCTGAGAAGAACTGAGGATGTTTGGATACCAGGAAATT  600

seq1  CCTTACAGGAGAGGGTTGTCATTATGCTTCTATGCCTGGTAGTAATGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACAGGAGAGGGTTGTCATTATGCTTCTATGCCTGGTAGTAATGTTC  650

seq1  AATGGGATATTTCTGCAACCCTGGTCCAGCAGGTGCTAAAAATAAAAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGATATTTCTGCAACCCTGGTCCAGCAGGTGCTAAAAATAAAAGTA  700

seq1  AACAAAAGTTTAGACTTCCCAGGGATGCTGATGTGGGTTATTGACCAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGTTTAGACTTCCCAGGGATGCTGATGTGGGTTATTGACCAAAT  750

seq1  GAGCAAACGAGTGAGCAGCTTAGATCTGCTTAGCCACTGTGTCTGAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAACGAGTGAGCAGCTTAGATCTGCTTAGCCACTGTGTCTGAGTGA  800

seq1  ATGGACTCTAGAATCGGTTACACAAGAGAGAGATGATGAGTATCAATTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTCTAGAATCGGTTACACAAGAGAGAGATGATGAGTATCAATTGC  850

seq1  AGTCTCGGGACCAATTGCATGTGAAGACTGTGGCCTGTTCCAATAACCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCGGGACCAATTGCATGTGAAGACTGTGGCCTGTTCCAATAACCCA  900

seq1  GCTGCTTTACACTTGTCAGAGGATTGCAGCAATTCTGCTGATAGCCTGAG  950
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTACACTTGTCAGAGGA-TGCAGCAATTCTGCTGATAGCCTGAG  949

seq1  AAAAAAGGCTTTTACGAAAAGCCCATAGCAAGTCTCACACTTAATGATAA  1000
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  -AAAAAGGCTTTTACGAAAAGCCCATAGCAAGTTTCACACTTAATGAT-A  997

seq1  AACCTTAAAATGCTGCTTAAGTGTAGTTGCGAATTCCTACTACTAAGATA  1050
      |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTT-AAATGCTGCTTAGGTGTAG-TGCGAATTCCTACTACTAAGATA  1045

seq1  GCTAATTAATACCCTACAGACATCCCAAGCAATAATGCAAAATCATGGAA  1100
      ||||| || ||||||||||||||||| ||||   |||| |||||||||||
seq2  GCTAA-TATTACCCTACAGACATCCC-AGCA--TATGC-AAATCATGGAA  1090

seq1  AAATTGAGAAG-AGTGAGAATTGGAAAAGAAGAG-ATAAAACAAAC  1144
      ||  ||||||| |||||||| ||| || |||||| |||||||||||
seq2  AA--TGAGAAGAAGTGAGAA-TGGGAAGGAAGAGAATAAAACAAAC  1133