BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158F20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 29,170,564 - 29,298,580
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErc2, LOC100040206
Upstream geneArhgef3, Ccdc66, LOC665370
Downstream geneWnt5a, LOC100040218, Cacna2d3, Lrtm1, Ppia-ps15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158F20.bB6Ng01-158F20.g
ACCDH952331DH952332
length1,1121,191
definitionDH952331|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158F20, 5' end.DH952332|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158F20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,170,564 - 29,171,677)(29,297,353 - 29,298,580)
sequence
gaattccaaatagcttgtcaagattacatctcatatgtgaagctccatca
ggatcaggctacatccgggatcaagagggtttagtaggtagaattcagac
aagatcatggaagtagagccagctgggcccagtgaataatagcataaaca
attacacactactcaggtcgtttcaaggttgtctatggcttgaaattttc
aggggaatgaaaggatagagaagatgctaatacatagaggaatactaatg
agtaataataatagcaatttgttatcagtgagtaataggaatgacaattt
gttatttcagcttctgtctgttatagtatgggtaaatcggtataaactgg
ctttgtgtctgcatagtttactatctgaattcctaaccaaaccttcagat
ctacttcaaagccatgtacttagaaacaggtgggaaggtttatgctaagc
tgtgcaatgcagaggtttcagctaacatgcccacctctgaagtgctccat
gattgagtccccaactgcaatggtacctctagaaggccgtgcaggaagtg
agcagaacacatggcccttctcacccattacctctaacttccaagcaagg
tttgtatcctgatgagaagaaaaccatgcaggaggataaagcattgatgt
catatttatatgtttaaaggaaactcaagggcaatgtccatagttgtgcc
tgtgaatgaagtgtgagagaagagatgtgttaatctggtctagatcagta
gatgtaagctctgtaagcacaggatgtctgcctgttttcaccacttctgt
agcatcagggactagaccagtgcctggcatatggtagacatcaattaata
cttgatgactgtatggcaaagtccttatacacttgtgccatcagtacaca
ttatattaaatacctgttctttgccagatactctatagaataggagctga
tctagactcccaacagcaaagggatttgttagccagtggttttgtcccta
tgagcaagtacgtgagttagtttatgaagtctccaaatggtgcctgtcta
ccaactgggcttctagtaatacagagagcagttgccccactttttcaaca
tgtatatttggt
gaattccagtctctgaaaatcctcagcagacttttggagaaattctcttc
tgccttccacaacttcttaacgtgcctaagttctccaacttgtcacccaa
agaaattctacttttgtccttatcaatttcttacccctccttagttctct
ctctctctctctctctcacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacgaagcatgagcctgcatgggaatgctaggaagaaatcaa
ctttctaacttatgcagcttagccattgtcttctgtcccggaaatgaaac
tcggaggaagtcctgaggaagaggattccaccctgtggcatgcctcgaac
ttcttttcttctgaactaacaatgaagtggtcagaagtcagatcatcagc
agacagggtttggggctccagtgcagaaccttacctgggatgcccgtgag
tgtttccacgtggacctggggtgtcaaagagtcttaaccactcttttggg
ctatttcatggaatacttgaaagtggcttgtgtaaagggtgtctcacagt
atggtaccatgtgcaagcagctatgattggaacttctccagctcctaggc
tcactgtactataaaatcaacgaatcacattgaagactatggctgcaggt
actggttgccaagcaacccagagctaatcttacagatgtgtaaacatctg
ttctagagaaaggaagtatgctgcacccaacaatgcatgtgtagcacccc
actgtcaagcctactaccatttttttccccaagcaagctcacatttctta
tcacgcaagtcgagcagattttccccctacttgtttcaacctcagtgttt
attgtcccaaatccttgctcttgacttgagttcatgtgctccgtggtagt
acagtggtaattacacaagtctttctttccctgtcattggcaacagtcac
cagggaaatttacagccccaatattcagatctgaaactgggtattagcat
ggttgagaaaccctgacgtgcaatggcatgtgacaggacactcagcagct
cttgggagagaacgctgggagtgagcagtgaccgcacgcaatcactggca
tgctattattatggatctatactgctatatgcattattccatctgggtct
ggaactgactgacggattggaactgttcattgggcttttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_29170564_29171677
seq2: B6Ng01-158F20.b_47_1158

seq1  GAATTCCAAATAGCTTGTCAAGATTACATCTCATATGTGAAGCTCCATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATAGCTTGTCAAGATTACATCTCATATGTGAAGCTCCATCA  50

seq1  GGATCAGGCTACATCCGGGATCAAGAGGGTTTAGTAGGTAGAATTCAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGGCTACATCCGGGATCAAGAGGGTTTAGTAGGTAGAATTCAGAC  100

seq1  AAGATCATGGAAGTAGAGCCAGCTGGGCCCAGTGAATAATAGCATAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCATGGAAGTAGAGCCAGCTGGGCCCAGTGAATAATAGCATAAACA  150

seq1  ATTACACACTACTCAGGTCGTTTCAAGGTTGTCTATGGCTTGAAATTTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACACTACTCAGGTCGTTTCAAGGTTGTCTATGGCTTGAAATTTTC  200

seq1  AGGGGAATGAAAGGATAGAGAAGATGCTAATACATAGAGGAATACTAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATGAAAGGATAGAGAAGATGCTAATACATAGAGGAATACTAATG  250

seq1  AGTAATAATAATAGCAATTTGTTATCAGTGAGTAATAGGAATGACAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATAATAATAGCAATTTGTTATCAGTGAGTAATAGGAATGACAATTT  300

seq1  GTTATTTCAGCTTCTGTCTGTTATAGTATGGGTAAATCGGTATAAACTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTCAGCTTCTGTCTGTTATAGTATGGGTAAATCGGTATAAACTGG  350

seq1  CTTTGTGTCTGCATAGTTTACTATCTGAATTCCTAACCAAACCTTCAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGTCTGCATAGTTTACTATCTGAATTCCTAACCAAACCTTCAGAT  400

seq1  CTACTTCAAAGCCATGTACTTAGAAACAGGTGGGAAGGTTTATGCTAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCAAAGCCATGTACTTAGAAACAGGTGGGAAGGTTTATGCTAAGC  450

seq1  TGTGCAATGCAGAGGTTTCAGCTAACATGCCCACCTCTGAAGTGCTCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATGCAGAGGTTTCAGCTAACATGCCCACCTCTGAAGTGCTCCAT  500

seq1  GATTGAGTCCCCAACTGCAATGGTACCTCTAGAAGGCCGTGCAGGAAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAGTCCCCAACTGCAATGGTACCTCTAGAAGGCCGTGCAGGAAGTG  550

seq1  AGCAGAACACATGGCCCTTCTCACCCATTACCTCTAACTTCCAAGCAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAACACATGGCCCTTCTCACCCATTACCTCTAACTTCCAAGCAAGG  600

seq1  TTTGTATCCTGATGAGAAGAAAACCATGCAGGAGGATAAAGCATTGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATCCTGATGAGAAGAAAACCATGCAGGAGGATAAAGCATTGATGT  650

seq1  CATATTTATATGTTTAAAGGAAACTCAAGGGCAATGTCCATAGTTGTGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTATATGTTTAAAGGAAACTCAAGGGCAATGTCCATAGTTGTGCC  700

seq1  TGTGAATGAAGTGTGAGAGAAGAGATGTGTTAATCTGGTCTAGATCAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGAAGTGTGAGAGAAGAGATGTGTTAATCTGGTCTAGATCAGTA  750

seq1  GATGTAAGCTCTGTAAGCACAGGATGTCTGCCTGTTTTCACCACTTCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAAGCTCTGTAAGCACAGGATGTCTGCCTGTTTTCACCACTTCTGT  800

seq1  AGCATCAGGGACTAGACCAGTGCCTGGCATATGGTAGACATCAATTAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCAGGGACTAGACCAGTGCCTGGCATATGGTAGACATCAATTAATA  850

seq1  CTTGATGACTGTATGGCAAAGTCCTTATACACTTGTGCCATCAGTACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATGACTGTATGGCAAAGTCCTTATACACTTGTGCCATCAGTACACA  900

seq1  TTATATTAAATACCTGTTCTTTGCCAGATACTCTATAGAATAGGAGCTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTAAATACCTGTTCTTTGCCAGATACTCTATAGAATAGGAGCTGA  950

seq1  TCTAAGACTCCCAACAGCAAAGGAATTTGTTAGCCAGTGGTTTTGTCCCT  1000
      ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCT-AGACTCCCAACAGCAAAGGGATTTGTTAGCCAGTGGTTTTGTCCCT  999

seq1  ATGAGCAAGGTACGTGGAGTTAGTTTATGAAGTCTCCAAAT-GTGCCTGT  1049
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATGAGCAA-GTACGT-GAGTTAGTTTATGAAGTCTCCAAATGGTGCCTGT  1047

seq1  CTACACACTGGGCTTCTAAGTAATACAGAGAGCAGTTG-CTCACTTTTCA  1098
      ||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||  
seq2  CTACCAACTGGGCTTCT-AGTAATACAGAGAGCAGTTGCCCCACTTTTTC  1096

seq1  AACATGTATATTTGGT  1114
      ||||||||||||||||
seq2  AACATGTATATTTGGT  1112

seq1: chr14_29297353_29298580
seq2: B6Ng01-158F20.g_67_1257 (reverse)

seq1  TAAAAGAGCCAAATGAACAGTTCACACAATGCCGGTTACAATGCTAGGTC  50
      ||||| |||| ||||||||||||   ||||  | || |    |  || ||
seq2  TAAAA-AGCCCAATGAACAGTTC---CAAT--CCGTCA----GTCAGTTC  40

seq1  ATGAACAAAGATGGAGATAATAGCTATTATTAGCAGTAATAGATCATAAA  100
        | ||  ||||||| |||||   ||    ||||||| |||||||   ||
seq2  CAG-ACCCAGATGGA-ATAATGCATA----TAGCAGT-ATAGATCCATAA  83

seq1  TAATAAGCATG-CAGTGAAATTGCGTTGCTGGTCACTGGCTCACTCCCAG  149
      |||| |||||| |||||  |||||| ||| ||||||| ||||||||||| 
seq2  TAAT-AGCATGCCAGTG--ATTGCG-TGC-GGTCACT-GCTCACTCCCA-  126

seq1  GCGTTCTCTCCCAAGAGCTGCTGGAGCTGGTCCTTGTTCACATGCCATTT  199
      |||||||||||||||||||||| |||   |||||   |||||||||||| 
seq2  GCGTTCTCTCCCAAGAGCTGCT-GAG--TGTCCT--GTCACATGCCATT-  170

seq1  GCCACGTCAGGGTTTTCCTCAACCATGCTTAATAACCAGTTTCCAGATCT  249
        |||||||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||| |||||||
seq2  -GCACGTCAGGGTTT--CTCAACCATGC-TAATACCCAGTTT-CAGATCT  215

seq1  GGATATTGGGGGCTGTAAATTTCCCTGGTGACTGTTGCCAATGACAGGGA  299
      | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATT-GGGGCTGTAAATTTCCCTGGTGACTGTTGCCAATGACAGGGA  264

seq1  AGGAAAGACTTGTGTAATTACCACTTGTACTACCACGGAGCACATGAACT  349
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGACTTGTGTAATTACCAC-TGTACTACCACGGAGCACATGAACT  313

seq1  CAAGTCAAGAGCAAGGATTTGGGACAATAAAACACTGAGGTTGAAACAAG  399
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAAGAGCAAGGATTTGGGACAAT-AAACACTGAGGTTGAAACAAG  362

seq1  TAGGGGGAAAATCTGCTCGACTTGCGTGATAAGAAATGTGAGCTTGCTTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGAAAATCTGCTCGACTTGCGTGATAAGAAATGTGAGCTTGCTTG  412

seq1  GGGAAAAAAATGGTAGTAGGCTTGACAGTGGGGTGCTACACATGCATTGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAAATGGTAGTAGGCTTGACAGTGGGGTGCTACACATGCATTGT  462

seq1  TGGGTGCAGCATACTTCCTTTCTCTAGAACAGATGTTTACACATCTGTAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCAGCATACTTCCTTTCTCTAGAACAGATGTTTACACATCTGTAA  512

seq1  GATTAGCTCTGGGTTGCTTGGCAACCAGTACCTGCAGCCATAGTCTTCAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGCTCTGGGTTGCTTGGCAACCAGTACCTGCAGCCATAGTCTTCAA  562

seq1  TGTGATTCGTTGATTTTATAGTACAGTGAGCCTAGGAGCTGGAGAAGTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTCGTTGATTTTATAGTACAGTGAGCCTAGGAGCTGGAGAAGTTC  612

seq1  CAATCATAGCTGCTTGCACATGGTACCATACTGTGAGACACCCTTTACAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATAGCTGCTTGCACATGGTACCATACTGTGAGACACCCTTTACAC  662

seq1  AAGCCACTTTCAAGTATTCCATGAAATAGCCCAAAAGAGTGGTTAAGACT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTTTCAAGTATTCCATGAAATAGCCCAAAAGAGTGGTTAAGACT  712

seq1  CTTTGACACCCCAGGTCCACGTGGAAACACTCACGGGCATCCCAGGTAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACACCCCAGGTCCACGTGGAAACACTCACGGGCATCCCAGGTAAG  762

seq1  GTTCTGCACTGGAGCCCCAAACCCTGTCTGCTGATGATCTGACTTCTGAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCACTGGAGCCCCAAACCCTGTCTGCTGATGATCTGACTTCTGAC  812

seq1  CACTTCATTGTTAGTTCAGAAGAAAAGAAGTTCGAGGCATGCCACAGGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCATTGTTAGTTCAGAAGAAAAGAAGTTCGAGGCATGCCACAGGGT  862

seq1  GGAATCCTCTTCCTCAGGACTTCCTCCGAGTTTCATTTCCGGGACAGAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCCTCTTCCTCAGGACTTCCTCCGAGTTTCATTTCCGGGACAGAAG  912

seq1  ACAATGGCTAAGCTGCATAAGTTAGAAAGTTGATTTCTTCCTAGCATTCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCTAAGCTGCATAAGTTAGAAAGTTGATTTCTTCCTAGCATTCC  962

seq1  CATGCAGGCTCATGCTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAGGCTCATGCTTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  1012

seq1  GTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACTAAGGAGGGGTAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAACTAAGGAGGGGTAAG  1062

seq1  AAATTGATAAGGACAAAAGTAGAATTTCTTTGGGTGACAAGTTGGAGAAC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGATAAGGACAAAAGTAGAATTTCTTTGGGTGACAAGTTGGAGAAC  1112

seq1  TTAGGCACGTTAAGAAGTTGTGGAAGGCAGAAGAGAATTTCTCCAAAAGT  1199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCACGTTAAGAAGTTGTGGAAGGCAGAAGAGAATTTCTCCAAAAGT  1162

seq1  CTGCTGAGGATTTTCAGAGACTGGAATTC  1228
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGAGGATTTTCAGAGACTGGAATTC  1191