BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163K01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 13,562,654 - 13,696,294
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCadps
Upstream genePtprg, LOC100042441, 3830406C13Rik, EG667072, Fezf2
Downstream geneEG432822, LOC100042022, LOC100042026, EG328354, Synpr, A430083B19Rik, EG382844, LOC100042045, Gm281
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163K01.bB6Ng01-163K01.g
ACCDH956166DH956167
length1,1661,127
definitionDH956166|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K01, 5' end.DH956167|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163K01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,562,654 - 13,563,824)(13,695,149 - 13,696,294)
sequence
gaattcactggttcttaacaatgctaaagagcttgcctttctgaggtccc
tttttactccttgcttctgttacaagctcacatctaacttctcacttagt
gtaccaggaagaggtaaatcttgtctaagatattcattggaggaaccaaa
gtgcacaaggacttcctgggttggatctataaaccatgataacattcctt
ttgatggaaggatatgtagagtttgctaagcagaaggccaaaccctgggc
tccaggcacagtggcctgagagactgcctttgctctctaagccctagaac
tagaattctgagtataatctaggtcagcagttcttaacctgaaggtctaa
cagccctctcacaggggtcaaatatatattctgcatatgagatatttaca
ttatgattcatagcagtagcaaaattaaagttatgaagtagcagtgaaat
aattttatggttgggggtcacctcaacacaaggaactatattaaagagtt
acagcatcaggaaggttaagtaccactggcctagccactaacagcatctt
ctatttcttctcaatagtcctgtctttccagaacgaaagtgacctagata
aacagtctgagacatgagggacactcagcagcctgtgttctgaccagtac
tagtttccaactttctggaaagtgagccctaatgtctccacccttttctt
tccccttgcaggtccaagttgactttttcagtaaaattctatttatggag
tggtggtcagtgaagagtaacccttattttatcaactacacactaagcag
accttgatctgagctacagatcagcacagcttcaacagtcaataacagaa
ctccaggccagtgctttagaagagacaatgggcaaatgcgaacctgcact
ccagggctaaacaatgtgttaccttgatcccagctcagcatgtgacccta
gagaatttactaagccatcattcacattcacaatttgagggagcaaagtt
cagattacaggcagcttcctgctgaagttgtgagagtagcatgtgtttac
tgctgaagaaaagcttaaataagcatgtgctgccacacattggagtccta
taagtctttagagaagtgcagaaatcctgtagtgccaacatggaagtgac
ctatggagatatctgt
gaattcttccaaaatcatgctgtgaattgctagatgttaagtgcatcaca
tccatagaaatagctggaaacccagagagaaaccattatgaaatagactg
cctgtggctcagtgcaatgagattcatattgtcctttgttacaggtggca
gagaaacaacagctgtattttgtgaagactggcctcggaatgctatctca
ggagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagaagagagagatcctgcttggaccactggtggagttttatgtgga
tcttttgcacagtatatttagaaagtgacttcaaatttgttgcagcattt
tagtgtctggtttcagaaggctccacaatgtttatgtcttccaattaaac
tttattattgggttagcattgagtataccatcgtatatcatctggagcca
aaagcatgaacctggaatcaaagccaggcctgcaactgtcaccagaaaga
acagtgatagggtaaagaggatggacacctgtgagccacaatggagagag
ggggcttcacatccccactgagctcacgcagccacttgtcacctgcggaa
tgtgtgagtataaaaaaatcatatacatgtggctttattttaagattatg
caaataaaatgtgacaaggtattccgagcagcacttgggatataatcttg
ccacagaaatatcagctatgataattattatgctgagggtaaacctgaag
aaagaattcttagtgtcaatagccacattctagtggagcatagtcactcg
gaaatggtagtagcccagataaggcaatttgagggtttgtctataggaca
taggtaatcaaatacctcccaagtagaggtttttggtcaaataacacatc
tgatcctaaccatctgtcttagtaggtgcccactgctgtgacaaacacta
tgactgaaatatttgagaaattgatatttggaactctcggtcacagtcta
tcacagtccatcgtttatttattgatgatgcatccataaagaaatatgtg
atgactttcccaataggtcatctgttagccatttttcagttgaaggcttc
tcttctgaaaaaaaaaactttgttgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_13562654_13563824
seq2: B6Ng01-163K01.b_41_1206

seq1  GAATTCACTGGTTCTTAACAATGCTAAAGAGCTTGCCTTTCTGAGGTCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGTTCTTAACAATGCTAAAGAGCTTGCCTTTCTGAGGTCCC  50

seq1  TTTTTACTCCTTGCTTCTGTTACAAGCTCACATCTAACTTCTCACTTAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTACTCCTTGCTTCTGTTACAAGCTCACATCTAACTTCTCACTTAGT  100

seq1  GTACCAGGAAGAGGTAAATCTTGTCTAAGATATTCATTGGAGGAACCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGGAAGAGGTAAATCTTGTCTAAGATATTCATTGGAGGAACCAAA  150

seq1  GTGCACAAGGACTTCCTGGGTTGGATCTATAAACCATGATAACATTCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACAAGGACTTCCTGGGTTGGATCTATAAACCATGATAACATTCCTT  200

seq1  TTGATGGAAGGATATGTAGAGTTTGCTAAGCAGAAGGCCAAACCCTGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGAAGGATATGTAGAGTTTGCTAAGCAGAAGGCCAAACCCTGGGC  250

seq1  TCCAGGCACAGTGGCCTGAGAGACTGCCTTTGCTCTCTAAGCCCTAGAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCACAGTGGCCTGAGAGACTGCCTTTGCTCTCTAAGCCCTAGAAC  300

seq1  TAGAATTCTGAGTATAATCTAGGTCAGCAGTTCTTAACCTGAAGGTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCTGAGTATAATCTAGGTCAGCAGTTCTTAACCTGAAGGTCTAA  350

seq1  CAGCCCTCTCACAGGGGTCAAATATATATTCTGCATATGAGATATTTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTCTCACAGGGGTCAAATATATATTCTGCATATGAGATATTTACA  400

seq1  TTATGATTCATAGCAGTAGCAAAATTAAAGTTATGAAGTAGCAGTGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTCATAGCAGTAGCAAAATTAAAGTTATGAAGTAGCAGTGAAAT  450

seq1  AATTTTATGGTTGGGGGTCACCTCAACACAAGGAACTATATTAAAGAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATGGTTGGGGGTCACCTCAACACAAGGAACTATATTAAAGAGTT  500

seq1  ACAGCATCAGGAAGGTTAAGTACCACTGGCCTAGCCACTAACAGCATCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATCAGGAAGGTTAAGTACCACTGGCCTAGCCACTAACAGCATCTT  550

seq1  CTATTTCTTCTCAATAGTCCTGTCTTTCCAGAACGAAAGTGACCTAGATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTTCTCAATAGTCCTGTCTTTCCAGAACGAAAGTGACCTAGATA  600

seq1  AACAGTCTGAGACATGAGGGACACTCAGCAGCCTGTGTTCTGACCAGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCTGAGACATGAGGGACACTCAGCAGCCTGTGTTCTGACCAGTAC  650

seq1  TAGTTTCCAACTTTCTGGAAAGTGAGCCCTAATGTCTCCACCCTTTTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCCAACTTTCTGGAAAGTGAGCCCTAATGTCTCCACCCTTTTCTT  700

seq1  TCCCCTTGCAGGTCCAAGTTGACTTTTTCAGTAAAATTCTATTTATGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTTGCAGGTCCAAGTTGACTTTTTCAGTAAAATTCTATTTATGGAG  750

seq1  TGGTGGTCAGTGAAGAGTAACCCTTATTTTATCAACTACACACTAAGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTCAGTGAAGAGTAACCCTTATTTTATCAACTACACACTAAGCAG  800

seq1  ACCTTGATCTGAGCTACAGATCAGCACAGCTTCAACAGTCAATAACAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGATCTGAGCTACAGATCAGCACAGCTTCAACAGTCAATAACAGAA  850

seq1  CTCCAGGCCAGTGCTTTAGAAGAGACAATGGGCAAATGCGAACCTGCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGCCAGTGCTTTAGAAGAGACAATGGGCAAATGCGAACCTGCACT  900

seq1  CCAGGGCTAAACAATGTGTTACCTTGATCCCAGCTCAGCATGTGACCCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTAAACAATGTGTTACCTTGATCCCAGCTCAGCATGTGACCCTA  950

seq1  GAGAATTTACTAAGCCATCATTCACATTCACAATTTGAGGGAGCAAAGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTACTAAGCCATCATTCACATTCACAATTTGAGGGAGCAAAGTT  1000

seq1  CAGAATACAGGGAAGGCTTCCTGCTGAAG-TGTGAGAGTAGCAGGTGTTT  1049
      |||| |||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CAGATTACAGGCA--GCTTCCTGCTGAAGTTGTGAGAGTAGCATGTGTTT  1048

seq1  ACTGCTGAAG-AAAGCTTAGATAAAGCATGGTGCTGCCACACAATGGAGT  1098
      |||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  ACTGCTGAAGAAAAGCTTAAAT-AAGCAT-GTGCTGCCACACATTGGAGT  1096

seq1  CCTATAAAGTCATATAGAGAAGTGCAGAATAGCTGTAAGTGCAAACATGG  1148
      ||||| ||||| | |||||||||||||||   |||| ||||| |||||||
seq2  CCTAT-AAGTC-TTTAGAGAAGTGCAGAAATCCTGT-AGTGCCAACATGG  1143

seq1  GAGTGACCTATGGAAGATA-CTGT  1171
       |||||||||||| ||||| ||||
seq2  AAGTGACCTATGG-AGATATCTGT  1166

seq1: chr14_13695149_13696294
seq2: B6Ng01-163K01.g_70_1196 (reverse)

seq1  AACAACAAAGTTTTTTTTTTTTTTTCAGAAGAGGAAGCC-TCAACTGAGA  49
      ||||||||||     ||||||||||||||||| |||||| |||||||| |
seq2  AACAACAAAG-----TTTTTTTTTTCAGAAGA-GAAGCCTTCAACTGAAA  44

seq1  AAATGTGCCTACCAGATTGACCTA-TGGGAAAGTCTATCACATATTTTCT  98
      ||   || ||| |||| ||||||| |||||||||| |||||||| |||||
seq2  AA---TGGCTAACAGA-TGACCTATTGGGAAAGTC-ATCACATA-TTTCT  88

seq1  CTATTGATGCAATCATCAATAAATAAACGATGGACTGTGATAGACTGTGA  148
       ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGATGC-ATCATCAATAAATAAACGATGGACTGTGATAGACTGTGA  137

seq1  CCCGAGAGTTCCAAATAATCAATTTTCTCAAATTATTTTCAGTCATAGTG  198
       ||||||||||||||| ||||| ||||||||||   ||||||||||||||
seq2  -CCGAGAGTTCCAAAT-ATCAA-TTTCTCAAAT--ATTTCAGTCATAGTG  182

seq1  TTTTGTCACAGCAGTGGGCACCCTACCTAAGACAGATGGTTAGGATCAGA  248
       ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTGTCACAGCAGTGGGCA-CCTA-CTAAGACAGATGGTTAGGATCAGA  229

seq1  TGTGTTATTTGACCAAAAACCTCTACTTGGGAGGTATTTGATTACCTATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATTTGACCAAAAACCTCTACTTGGGAGGTATTTGATTACCTATG  279

seq1  TCCTATAGACAAACCCTCAGATTGCCTTATCTGGGCTACTACCATTTCCG  348
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAGACAAACCCTCAAATTGCCTTATCTGGGCTACTACCATTTCCG  329

seq1  AGTGACTATGCTCCACTAGAATGTGGCTATTGACACTAAGAATTCTTTCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTATGCTCCACTAGAATGTGGCTATTGACACTAAGAATTCTTTCT  379

seq1  TCAGGTTTACCCTCAGCATAATAATTATCATAGCTGATATTTCTGTGGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTTACCCTCAGCATAATAATTATCATAGCTGATATTTCTGTGGCA  429

seq1  AGATTATATCCCAAGTGCTGCTCGGAATACCTTGTCACATTTTATTTGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATATCCCAAGTGCTGCTCGGAATACCTTGTCACATTTTATTTGCA  479

seq1  TAATCTTAAAATAAAGCCACATGTATATGATTTTTTTATACTCACACATT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTAAAATAAAGCCACATGTATATGATTTTTTTATACTCACACATT  529

seq1  CCGCAGGTGACAAGTGGCTGCGTGAGCTCAGTGGGGATGTGAAGCCCCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAGGTGACAAGTGGCTGCGTGAGCTCAGTGGGGATGTGAAGCCCCCT  579

seq1  CTCTCCATTGTGGCTCACAGGTGTCCATCCTCTTTACCCTATCACTGTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCATTGTGGCTCACAGGTGTCCATCCTCTTTACCCTATCACTGTTC  629

seq1  TTTCTGGTGACAGTTGCAGGCCTGGCTTTGATTCCAGGTTCATGCTTTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGTGACAGTTGCAGGCCTGGCTTTGATTCCAGGTTCATGCTTTTG  679

seq1  GCTCCAGATGATATACGATGGTATACTCAATGCTAACCCAATAATAAAGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGATGATATACGATGGTATACTCAATGCTAACCCAATAATAAAGT  729

seq1  TTAATTGGAAGACATAAACATTGTGGAGCCTTCTGAAACCAGACACTAAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGGAAGACATAAACATTGTGGAGCCTTCTGAAACCAGACACTAAA  779

seq1  ATGCTGCAACAAATTTGAAGTCACTTTCTAAATATACTGTGCAAAAGATC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGCAACAAATTTGAAGTCACTTTCTAAATATACTGTGCAAAAGATC  829

seq1  CACATAAAACTCCACCAGTGGTCCAAGCAGGATCTCTCTCTTCTCTCTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAAACTCCACCAGTGGTCCAAGCAGGATCTCTCTCTTCTCTCTCT  879

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTG  929

seq1  AGATAGCATTCCGAGGCCAGTCTTCACAAAATACAGCTGTTGTTTCTCTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCATTCCGAGGCCAGTCTTCACAAAATACAGCTGTTGTTTCTCTG  979

seq1  CCACCTGTAACAAAGGACAATATGAATCTCATTGCACTGAGCCACAGGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGTAACAAAGGACAATATGAATCTCATTGCACTGAGCCACAGGCA  1029

seq1  GTCTATTTCATAATGGTTTCTCTCTGGGTTTCCAGCTATTTCTATGGATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATTTCATAATGGTTTCTCTCTGGGTTTCCAGCTATTTCTATGGATG  1079

seq1  TGATGCACTTAACATCTAGCAATTCACAGCATGATTTTGGAAGAATTC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCACTTAACATCTAGCAATTCACAGCATGATTTTGGAAGAATTC  1127