BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165N04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 12,749,922 - 12,860,187
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtprg, LOC100042441
Upstream geneFhit, LOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059, LOC100041996
Downstream gene3830406C13Rik, EG667072, Fezf2, Cadps, EG432822, LOC100042022, LOC100042026
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165N04.bB6Ng01-165N04.g
ACCDH957776DH957777
length8781,133
definitionDH957776|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165N04, 5' end.DH957777|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165N04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,749,922 - 12,750,797)(12,859,038 - 12,860,187)
sequence
gaattcatcccacatagttctggagtgactggtctagaattggatcttgg
aagctgcaggcacttttagcttatttctttcacatctgaaatgggcatgc
agagagctcctccttctcttccttgcccctcttttctctcaaaggcttgg
tcatttgcacacatggtgcccagtgggtggtactctttggagaagtggta
gggtagtgcagctttgctggaggaagtacagcactgggagcagacttgga
gacttgaaaacttcacggccacttaattttgtacttgtcatggcactgat
tatttacatagaaagtgtcagcttagatgcagctcatacacacatgctca
tagatccacactcccttgccacacacacgtttattatatggaatctcatg
gagccaaagctagccaggaacttactatgtagccaaagacaattttgaac
ttgtgattttccaacctcctgagtgctagcagtggggtagtttgagcaag
cctttcctaacctgagagcagcagtctatagccagtgaagagtccttttt
tttgtcacttgttgtgggggaagaggtgtagtgaatttggtgtagtctgc
tgtttggtttgacacatttccatctcctaacaatcggctgttgttgactc
taggatcattttaatttctgcctgaatttgagctggttgcaaatattcag
gaaagttttctagatagtaataatagtaaaaaaaatattatttaagtgat
ttttcccctttgtttaagaatggagtgggtcaacctttgccttttccaaa
aaaagaattaattctcttagtgtacactaaccacatagggtttggtgtgc
tttcacagctatgggtgtgctcatgtgc
gaattcactctgtaggttttatgaagttttgacttggagttaaacaaaag
tgtggaaaggtgtgaggtagattctgcactgcacattcggaactgtatca
tgctctaaccccttatcacccccttaggggagctggccataagctgcagc
cctccacttaaccctgtgtgacacaggaagtatgtacccaagggtacgct
atggaaggagcccagcgccactccacagggaatcagggaatagcagataa
ggtcagcggagtgaggcgcctgctcacgagtcttacacactggaagccac
agctgtccacagctttaactgtagttaaagggaaggaggagagaaaatgc
aaagaactctgtgatccaacatccaaggacgtaacagatagatacacgag
acaggttcactgcagccacagtcaagaagagccacacacaccctgtccat
agaaagagggcgcagagggaagaaaaccccactctgcagcttacaggcag
cacagtggctccccctagggcagagcctccaagaggcccatgggaagttg
aattctctctctggcctgagcagcagtcatcagaggacctcagctgcatg
tgaatttgtggatttggtatggactttcctccttgtatacgaggctcagt
ggtgactagaaaaacatttcctgaatagttgtgtggctggacctgggatg
gacacaatctgactccacagagtctatgatgcccgcgcctataatcccag
caccagggagacccaggcaagaggactgtcccaccacttaaaggccagaa
atcatgctgcagagctgacagaatgtgtggtagggatcagctaatacaca
atgcagttcagtacatgtgaccagaaagggctcacatctgtccctgctcc
ctactgagtaaataatttaaaaggataactacattaacaaataaaaggca
gatggcacacacctgaattctagcactcggtgtgctgaagcaggaggatt
actcaattcaattttagaccttctcagaaaagcaaactaaaacaaacagg
cagtgcacggcgcgcgtggtgggtgtgtacgtacacagtttagctctgga
actctacttgctggccgaaggacagggaagtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_12749922_12750797
seq2: B6Ng01-165N04.b_47_924

seq1  GAATTCATCCCACATAGTTCTGGAGTGACTGGTCTAGAATTGGATCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCCCACATAGTTCTGGAGTGACTGGTCTAGAATTGGATCTTGG  50

seq1  AAGCTGCAGGCACTTTTAGCTTATTTCTTTCACATCTGAAATGGGCATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGCAGGCACTTTTAGCTTATTTCTTTCACATCTGAAATGGGCATGC  100

seq1  AGAGAGCTCCTCCTTCTCTTCCTTGCCCCTCTTTTCTCTCAAAGGCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCTCCTCCTTCTCTTCCTTGCCCCTCTTTTCTCTCAAAGGCTTGG  150

seq1  TCATTTGCACACATGGTGCCCAGTGGGTGGTACTCTTTGGAGAAGTGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGCACACATGGTGCCCAGTGGGTGGTACTCTTTGGAGAAGTGGTA  200

seq1  GGGTAGTGCAGCTTTGCTGGAGGAAGTACAGCACTGGGAGCAGACTTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGTGCAGCTTTGCTGGAGGAAGTACAGCACTGGGAGCAGACTTGGA  250

seq1  GACTTGAAAACTTCACGGCCACTTAATTTTGTACTTGTCATGGCACTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAAAACTTCACGGCCACTTAATTTTGTACTTGTCATGGCACTGAT  300

seq1  TATTTACATAGAAAGTGTCAGCTTAGATGCAGCTCATACACACATGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACATAGAAAGTGTCAGCTTAGATGCAGCTCATACACACATGCTCA  350

seq1  TAGATCCACACTCCCTTGCCACACACACGTTTATTATATGGAATCTCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCCACACTCCCTTGCCACACACACGTTTATTATATGGAATCTCATG  400

seq1  GAGCCAAAGCTAGCCAGGAACTTACTATGTAGCCAAAGACAATTTTGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAGCTAGCCAGGAACTTACTATGTAGCCAAAGACAATTTTGAAC  450

seq1  TTGTGATTTTCCAACCTCCTGAGTGCTAGCAGTGGGGTAGTTTGAGCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATTTTCCAACCTCCTGAGTGCTAGCAGTGGGGTAGTTTGAGCAAG  500

seq1  CCTTTCCTAACCTGAGAGCAGCAGTCTATAGCCAGTGAAGAGTCCTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTAACCTGAGAGCAGCAGTCTATAGCCAGTGAAGAGTCCTTTTT  550

seq1  TTTGTCACTTGTTGTGGGGGAAGAGGTGTAGTGAATTTGGTGTAGTCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACTTGTTGTGGGGGAAGAGGTGTAGTGAATTTGGTGTAGTCTGC  600

seq1  TGTTTGGTTTGACACATTTCCATCTCCTAACAATCGGCTGTTGTTGACTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTTTGACACATTTCCATCTCCTAACAATCGGCTGTTGTTGACTC  650

seq1  TAGGATCATTTTAATTTCTGCCTGAATTTGAGCTGGTTGCAAATATTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATCATTTTAATTTCTGCCTGAATTTGAGCTGGTTGCAAATATTCAG  700

seq1  GAAAGTTTTCTAGATAGTAATAATAGTAAAAAAAATATTATTAAAGTGAT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAAGTTTTCTAGATAGTAATAATAGTAAAAAAAATATTATTTAAGTGAT  750

seq1  TTTTCCCCTTTGTTTAAGAATGGAGTGGGTCAACCTTTGCCTTTTCCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCTTTGTTTAAGAATGGAGTGGGTCAACCTTTGCCTTTTCCAAA  800

seq1  AAAAGAATTAATTCTCTTAGTGTACACTAACCACATAGG--TTTGTGTGC  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||
seq2  AAAAGAATTAATTCTCTTAGTGTACACTAACCACATAGGGTTTGGTGTGC  850

seq1  TTTCACAGCTATGGGTGTGCTCATGTGC  876
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACAGCTATGGGTGTGCTCATGTGC  878

seq1: chr14_12859038_12860187
seq2: B6Ng01-165N04.g_67_1199 (reverse)

seq1  GGACTCTCCCTGTCCTCTGTGCCCAAAGC-AGT-GAGTTCCAGAGCTAAC  48
      ||||| |||||||||| |  |||   ||| ||| ||||||||||||||| 
seq2  GGACT-TCCCTGTCCT-TCGGCC---AGCAAGTAGAGTTCCAGAGCTAAA  45

seq1  CTTGTGTACGTACACACACA-CACGCGCG-CGTGCACTGCCTTGTTTTTG  96
      | ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||   | ||||
seq2  C-TGTGTACGTACACACCCACCACGCGCGCCGTGCACTGCC---TGTTTG  91

seq1  TTTTAGTTTGCTTTTCTGAGAAGGGTCTAAAAATTGAATTTGAGGTAATC  146
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||
seq2  TTTTAGTTTGCTTTTCTGAGAA-GGTCT-AAAATTGAA-TTGA-GTAATC  137

seq1  CTCCTGCCTCAGCACACGAAGTGCTAGGAATTCAGGTGTGTGCCATCTTG  196
      ||||||| |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCCTGCTTCAGCACACCGAGTGCTA-GAATTCAGGTGTGTGCCATC-TG  185

seq1  CCTTTTTATTTTGTTAATTGTAGTTATCCTTTTTAAAATTATTTACTCAG  246
      ||||||   |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  CCTTTT--ATTTGTTAA-TGTAGTTATCCTTTT--AAATTATTTACTCAG  230

seq1  TAGGGAGCAGGGACAGATGTGAGCCCCTTCTGGTCACATGTACTGAACTG  296
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAGCAGGGACAGATGTGAGCCCTTTCTGGTCACATGTACTGAACTG  280

seq1  CATTGTGTATTAGCTGATCCCTTACCACACATTCTGTCAGCTCTGCAGCA  346
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTGTATTAGCTGATCCC-TACCACACATTCTGTCAGCTCTGCAGCA  329

seq1  TGATTTCTGGCCTTTAAGTGGTGGGACAGTCCTCTTGCCTGGGTCTCCCT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTGGCCTTTAAGTGGTGGGACAGTCCTCTTGCCTGGGTCTCCCT  379

seq1  GGTGCTGGGATTATAGGCGCGGGCATCATAGACTCTGTGGAGTCAGATTG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGGGATTATAGGCGCGGGCATCATAGACTCTGTGGAGTCAGATTG  429

seq1  TGTCCATCCCAGGTCCAGCCACACAACTATTCAGGAAATGTTTTTCTAGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATCCCAGGTCCAGCCACACAACTATTCAGGAAATGTTTTTCTAGT  479

seq1  CACCACTGAGCCTCGTATACAAGGAGGAAAGTCCATACCAAATCCACAAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTGAGCCTCGTATACAAGGAGGAAAGTCCATACCAAATCCACAAA  529

seq1  TTCACATGCAGCTGAGGTCCTCTGATGACTGCTGCTCAGGCCAGAGAGAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATGCAGCTGAGGTCCTCTGATGACTGCTGCTCAGGCCAGAGAGAG  579

seq1  AATTCAACTTCCCATGGGCCTCTTGGAGGCTCTGCCCTAGGGGGAGCCAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAACTTCCCATGGGCCTCTTGGAGGCTCTGCCCTAGGGGGAGCCAC  629

seq1  TGTGCTGCCTGTAAGCTGCAGAGTGGGGTTTTCTTCCCTCTGCGCCCTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTGCCTGTAAGCTGCAGAGTGGGGTTTTCTTCCCTCTGCGCCCTCT  679

seq1  TTCTATGGACAGGGTGTGTGTGGCTCTTCTTGACTGTGGCTGCAGTGAAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGGACAGGGTGTGTGTGGCTCTTCTTGACTGTGGCTGCAGTGAAC  729

seq1  CTGTCTCGTGTATCTATCTGTTACGTCCTTGGATGTTGGATCACAGAGTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCGTGTATCTATCTGTTACGTCCTTGGATGTTGGATCACAGAGTT  779

seq1  CTTTGCATTTTCTCTCCTCCTTCCCTTTAACTACAGTTAAAGCTGTGGAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCATTTTCTCTCCTCCTTCCCTTTAACTACAGTTAAAGCTGTGGAC  829

seq1  AGCTGTGGCTTCCAGTGTGTAAGACTCGTGAGCAGGCGCCTCACTCCGCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTGGCTTCCAGTGTGTAAGACTCGTGAGCAGGCGCCTCACTCCGCT  879

seq1  GACCTTATCTGCTATTCCCTGATTCCCTGTGGAGTGGCGCTGGGCTCCTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTATCTGCTATTCCCTGATTCCCTGTGGAGTGGCGCTGGGCTCCTT  929

seq1  CCATAGCGTACCCTTGGGTACATACTTCCTGTGTCACACAGGGTTAAGTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGCGTACCCTTGGGTACATACTTCCTGTGTCACACAGGGTTAAGTG  979

seq1  GAGGGCTGCAGCTTATGGCCAGCTCCCCTAAGGGGGTGATAAGGGGTTAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCTGCAGCTTATGGCCAGCTCCCCTAAGGGGGTGATAAGGGGTTAG  1029

seq1  AGCATGATACAGTTCCGAATGTGCAGTGCAGAATCTACCTCACACCTTTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATACAGTTCCGAATGTGCAGTGCAGAATCTACCTCACACCTTTC  1079

seq1  CACACTTTTGTTTAACTCCAAGTCAAAACTTCATAAAACCTACAGAGTGA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTTGTTTAACTCCAAGTCAAAACTTCATAAAACCTACAGAGTGA  1129

seq1  ATTC  1150
      ||||
seq2  ATTC  1133