BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166C12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 87,972,709 - 88,107,618
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDiap3, EG665324, Tdrd3
Downstream geneLOC100043317, LOC100043780, LOC668624, LOC668625, Pcdh20
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166C12.bB6Ng01-166C12.g
ACCDH958011DH958012
length1,2201,143
definitionDH958011|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166C12, 5' end.DH958012|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166C12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,972,709 - 87,974,102)(88,106,468 - 88,107,618)
sequence
gaattctgctaaagctttgattttcctccttcctgatgctggtgaccctt
gaatacagttcctctgttgtggtaacttccctgcttctagcaaccataaa
attatgtcattgttatttcacaactgttatgaattgtaatgttaatatct
gatatgtaaaatgccacccccatagcttgagaactgcctgctagaggatt
tggggcactcgaagattcttgagcttctctgatacacctggcgctatagt
gttcctcttcttcttgcttagaatgtgatatctggtgatacagcagccat
attgaacacgtatggaataatgagtcaaagcagtcaacaagtaatgagta
agattaggaagggcattcttgctatttgtatgttggtgtcggtgaggttt
taagaatctgacaattaaaatgatttctaattaatactcagagagatatt
ttatactaaaatgaatctggagtagactttaaggaaggaaataaatataa
atgtgcaccacctaggtgactggtggatattgtgttatatggacaaacat
tcattccaggtcgcctgggagtcagagcaactgcacctatttcttacatg
atgcagtctgaccagtgcttgtttgtgtgtttgtttgatttggttatttt
tctgagcctagaatcttctttcaacttccttccttgagagcagtggttct
cagcttgtgggttgtgacccctttgagagtcgaatgaccctgtcacagtg
gtcacctaagaccacaggaaaacacagagatttacattaaaattcatagc
atcagcaaaattacagttatgaagtagcaacaaaaataattttagggttg
ggggtcacctcaacatgaactgtactaaagaatcataacattaggaagat
tgagacgcactgctttagagaaagaatatttatcattttcattattattt
atacaatgattacagcctgatttaatttgattctgctatctcaaatgtac
tgattatcttgtgtgcggtcatttcatctctactgccggcatcacctagc
cactgtacgttcttcattcagttaatgtatgcaaaaggcactgtagctgc
tggcatctgtttcctgcacattttattctgcctttttggaaactcccccc
tcaattcctactaggttccacctatacgaattaaggtgaatgattattat
aaatagtgtatataatagta
gaattccaggtttgagccattttgaggacagaagtgctttgaaggtgaaa
cggctttgtgattgctaggcacacacagtaccaactgagctacaccctgg
ctcttgattatatttcttaatattttattggggactttgttcttgggatg
gaaaatataaaactgaaagacattttcttcaacaagttaattgtattcct
ttgagatagatgaaagtttagttaggtccattttgggtcaaaatacacca
tgaatcaaaaaaaaatgttttttacatgtaaggccaccccagccagatat
gggcccaaatgtattaaggttacttctctgcatgagatgaaattgttaag
tcagaagtatacatccttcttctgccaccatagatttaggactgaatagg
ctccctgaagtctgatagaacagccttgtggaagacaagttgaagaagct
gatttagagtgatgaagagaagtaggaagatgtttatacactgtgtatgt
gttatatacatatacaagatatagatatatagatataaatataaaaagat
atgagagtctagtcaagcccatcagtatcaaataagttagtcaagctgtg
ctttagtaggcttagttagaatcacatgtcttatactattgcatattcat
cgctgtggccataattctggctataaataaattctggtgagaaattattt
atttttcttactgtttctgaggtttcagcccatggcttataagccttgaa
cagaatagcctgtccattagagaatgaagaagaagttcttcccccttccc
ctccctgcagtcaggaagctgagagcttgacagaaaggcaacagagacaa
tactgcaccaaagccctattaacttagctagatctcatcttcaaactttc
cagaacctcccaaataacaacacctggacctggatggcttattggagaga
gtgaaaacatagcaatttccatatgtctcatctgtcaaaggaacaaattg
cctatgttcatgagattatccccaacttgtagcagattgaagctgacagc
ataagtagactgtacatttttcctcttaatacatgcaccatacaaggtgt
aatttttgcttgatttaacctaagcaatgtaagtcaagcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_87972709_87974102
seq2: B6Ng01-166C12.b_44_1263

seq1  GAATTCTGCTAAAGCTTTGATTTTCCTCCTTCCTGATGCTGGTGACCCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTAAAGCTTTGATTTTCCTCCTTCCTGATGCTGGTGACCCTT  50

seq1  GAATACAGTTCCTCTGTTGTGGTAACTTCCCTGCTTCTAGCAACCATAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAGTTCCTCTGTTGTGGTAACTTCCCTGCTTCTAGCAACCATAAA  100

seq1  ATTATGTCATTGTTATTTCACAACTGTTATGAATTGTAATGTTAATATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTCATTGTTATTTCACAACTGTTATGAATTGTAATGTTAATATCT  150

seq1  GATATGTAAAATGCCACCCCCATAGCTTGAGAACTGCCTGCTAGAGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTAAAATGCCACCCCCATAGCTTGAGAACTGCCTGCTAGAGGATT  200

seq1  TGGGGCACTCGAAGATTCTTGAGCTTCTCTGATACACCTGGCGCTATAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCACTCGAAGATTCTTGAGCTTCTCTGATACACCTGGCGCTATAGT  250

seq1  GTTCCTCTTCTTCTTGCTTAGAATGTGATATCTGGTGATACAGCAGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCTTCTTCTTGCTTAGAATGTGATATCTGGTGATACAGCAGCCAT  300

seq1  ATTGAACACGTATGGAATAATGAGTCAAAGCAGTCAACAAGTAATGAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACACGTATGGAATAATGAGTCAAAGCAGTCAACAAGTAATGAGTA  350

seq1  AGATTAGGAAGGGCATTCTTGCTATTTGTATGTTGGTGTCGGTGAGGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGGAAGGGCATTCTTGCTATTTGTATGTTGGTGTCGGTGAGGTTT  400

seq1  TAAGAATCTGACAATTAAAATGATTTCTAATTAATACTCAGAGAGATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATCTGACAATTAAAATGATTTCTAATTAATACTCAGAGAGATATT  450

seq1  TTATACTAAAATGAATCTGGAGTAGACTTTAAGGAAGGAAATAAATATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTAAAATGAATCTGGAGTAGACTTTAAGGAAGGAAATAAATATAA  500

seq1  ATGTGCACCACCTAGGTGACTGGTGGATATTGTGTTATATGGACAAACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCACCACCTAGGTGACTGGTGGATATTGTGTTATATGGACAAACAT  550

seq1  TCATTCCAGGTCGCCTGGGAGTCAGAGCAACTGCACCTATTTCTTACATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCAGGTCGCCTGGGAGTCAGAGCAACTGCACCTATTTCTTACATG  600

seq1  ATGCAGTCTGACCAGTGCTTGTTTGTGTGTTTGTTTGATTTGGTTATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTCTGACCAGTGCTTGTTTGTGTGTTTGTTTGATTTGGTTATTTT  650

seq1  TCTGAGCCTAGAATCTTCTTTCAACTTCCTTCCTTGAGAGCAGTGGTTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCCTAGAATCTTCTTTCAACTTCCTTCCTTGAGAGCAGTGGTTCT  700

seq1  CAGCTTGTGGGTTGTGACCCCTTTGAGAGTCGAATGACCCTGTCACAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGTGGGTTGTGACCCCTTTGAGAGTCGAATGACCCTGTCACAGTG  750

seq1  GTCACCTAAGACCACAGGAAAACACAGAGATTTACATTAAAATTCATAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCTAAGACCACAGGAAAACACAGAGATTTACATTAAAATTCATAGC  800

seq1  ATCAGCAAAATTACAGTTATGAAGTAGCAACAAAAATAATTTTAGGGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCAAAATTACAGTTATGAAGTAGCAACAAAAATAATTTTAGGGTTG  850

seq1  GGGGTCACCTCAACATGAACTGTACTAAAGAATCATAACATTAGGAAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCACCTCAACATGAACTGTACTAAAGAATCATAACATTAGGAAGAT  900

seq1  TGAGACGCACTGCTTTAGAGAAAGAATATTTATCATTTTCATTATTATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACGCACTGCTTTAGAGAAAGAATATTTATCATTTTCATTATTATTT  950

seq1  ATACAATGATTACAGCCTGATTTAATTTGATTCTGCTATCTCAAATGTAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATGATTACAGCCTGATTTAATTTGATTCTGCTATCTCAAATGTAC  1000

seq1  TGATTATCTTGTTGTGCGGTCATTTCATCTCTACTGCCGCCATCACCTAG  1050
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGATTATCTTG-TGTGCGGTCATTTCATCTCTACTGCCGGCATCACCTAG  1049

seq1  CCACTGTACGTTCTTCATTCAGTTAATGTATGCAAAA-GCACTGTAGCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCACTGTACGTTCTTCATTCAGTTAATGTATGCAAAAGGCACTGTAGCTG  1099

seq1  CT-GCATCTGTTTTCCCTGCACATTTTATTCTGC--TTTTTGAAACT--C  1144
      || ||||||||||  |||||||||||||||||||  |||| ||||||  |
seq2  CTGGCATCTGTTT--CCTGCACATTTTATTCTGCCTTTTTGGAAACTCCC  1147

seq1  CCCTCATATCCTACTAAGTCCACCCTATACAAATATATATATATTTATAT  1194
      ||||||  |||||||| || |  ||||||| |||  |  |  ||   |||
seq2  CCCTCAATTCCTACTAGGTTCCACCTATACGAATTAAGGTGAATGATTAT  1197

seq1  ATATATATATAATATATGTATATATTAGTACAAGTATAGTATAGTATATT  1244
         |||| |||     |||||||| |||||                    
seq2  ---TATAAATA----GTGTATATAATAGTA--------------------  1220

seq1  TGTATACTATATATTATATATATATGTACACTATATATTGTATAGTATAT  1294
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1220

seq1  ATATTGTATATATTTGTATAGTGTATATAGATTATATATTTGTATAGTGT  1344
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1220

seq1  ATATATATTATATATTTGTATAGTGTATATATATTATATATATAATAGTA  1394
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  1220

seq1: chr14_88106468_88107618
seq2: B6Ng01-166C12.g_66_1208 (reverse)

seq1  CACTGCTTTGAC-TACATTGCTTAGTTTAAATCAAGCCAAAAAATTACA-  48
      |||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||||| 
seq2  CACTGC-TTGACTTACATTGCTTAGGTTAAATCAAGC--AAAAATTACAC  47

seq1  CTTGTATGGTGCATGTATTAAAGAGGAAAAATGTAACAGTCTACTTATGC  98
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTGTATGGTGCATGTATT-AAGAGGAAAAATGT-ACAGTCTACTTATGC  95

seq1  TGTCAGCTTCAATTCTGCTACAAGTTGGGGAATAATCTCATGAACATAGG  148
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGCTTCAA-TCTGCTACAAGTTGGGG-ATAATCTCATGAACATAGG  143

seq1  CAATTTTGTTCCTTTGACAGATGAGACATATGGAAATTGCTATGTTTTCA  198
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAA-TTTGTTCCTTTGACAGATGAGACATATGGAAATTGCTATGTTTTCA  192

seq1  CTCTCTCCAATAAGCCATCCAGGTCCAGGTGTTGTTATTTTGGGAGGTTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTCTCTCCAATAAGCCATCCAGGTCCAGGTGTTGTTA-TTTGGGAGGTTC  241

seq1  TGGAAAGTTTTGAAGATGAGATCTAGCTAAGTTAATAGGGCTTTGGTGCA  298
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAG-TTTGAAGATGAGATCTAGCTAAGTTAATAGGGCTTTGGTGCA  290

seq1  GTATTGTCTCTGTTGCCTTTCTGTCAAGCTCTCAGCTTCCTGACTGCAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTCTCTGTTGCCTTTCTGTCAAGCTCTCAGCTTCCTGACTGCAGG  340

seq1  GAGGGGAAGGGGGAAGAACTTCTTCTTCATTCTCTAATGGACAGGCTATT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGAAGGGGGAAGAACTTCTTCTTCATTCTCTAATGGACAGGCTATT  390

seq1  CTGTTCAAGGCTTATAAGCCATGGGCTGAAACCTCAGAAACAGTAAGAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAAGGCTTATAAGCCATGGGCTGAAACCTCAGAAACAGTAAGAAA  440

seq1  AATAAATAATTTCTCACCAGAATTTATTTATAGCCAGAATTATGGCCACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAATTTCTCACCAGAATTTATTTATAGCCAGAATTATGGCCACA  490

seq1  GCGATGAATATGCAATAGTATAAGACATGTGATTCTAACTAAGCCTACTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATGAATATGCAATAGTATAAGACATGTGATTCTAACTAAGCCTACTA  540

seq1  AAGCACAGCTTGACTAACTTATTTGATACTGATGGGCTTGACTAGACTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGCTTGACTAACTTATTTGATACTGATGGGCTTGACTAGACTCT  590

seq1  CATATCTTTTTATATTTATATCTATATATCTATATCTTGTATATGTATAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTTTTTATATTTATATCTATATATCTATATCTTGTATATGTATAT  640

seq1  AACACATACACAGTGTATAAACATCTTCCTACTTCTCTTCATCACTCTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATACACAGTGTATAAACATCTTCCTACTTCTCTTCATCACTCTAA  690

seq1  ATCAGCTTCTTCAACTTGTCTTCCACAAGGCTGTTCTATCAGACTTCAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCTTCTTCAACTTGTCTTCCACAAGGCTGTTCTATCAGACTTCAGG  740

seq1  GAGCCTATTCAGTCCTAAATCTATGGTGGCAGAAGAAGGATGTATACTTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTATTCAGTCCTAAATCTATGGTGGCAGAAGAAGGATGTATACTTC  790

seq1  TGACTTAACAATTTCATCTCATGCAGAGAAGTAACCTTAATACATTTGGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAACAATTTCATCTCATGCAGAGAAGTAACCTTAATACATTTGGG  840

seq1  CCCATATCTGGCTGGGGTGGCCTTACATGTAAAAAACATTTTTTTTTGAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATCTGGCTGGGGTGGCCTTACATGTAAAAAACATTTTTTTTTGAT  890

seq1  TCATGGTGTATTTTGACCCAAAATGGACCTAACTAAACTTTCATCTATCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGTGTATTTTGACCCAAAATGGACCTAACTAAACTTTCATCTATCT  940

seq1  CAAAGGAATACAATTAACTTGTTGAAGAAAATGTCTTTCAGTTTTATATT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAATACAATTAACTTGTTGAAGAAAATGTCTTTCAGTTTTATATT  990

seq1  TTCCATCCCAAGAACAAAGTCCCCAATAAAATATTAAGAAATATAATCAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCCCAAGAACAAAGTCCCCAATAAAATATTAAGAAATATAATCAA  1040

seq1  GAGCCAGGGTGTAGCTCAGTTGGTACTGTGTGTGCCTAGCAATCACAAAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGGGTGTAGCTCAGTTGGTACTGTGTGTGCCTAGCAATCACAAAG  1090

seq1  CCGTTTCACCTTCAAAGCACTTCTGTCCTCAAAATGGCTCAAACCTGGAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTTCACCTTCAAAGCACTTCTGTCCTCAAAATGGCTCAAACCTGGAA  1140

seq1  TTC  1151
      |||
seq2  TTC  1143