BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173K13
Chromosome14 (Build37)
Map Location 123,543,198 - 123,652,895
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTm9sf2, Clybl, 1700108J01Rik, EG328479, EG432907, Zic5, Zic2, ENSMUSG00000075465, LOC668847, Pcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneVgcnl1, Itgbl1, LOC668700, Fgf14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173K13.bB6Ng01-173K13.g
ACCGA001947GA001948
length1,1491,127
definitionB6Ng01-173K13.b B6Ng01-173K13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,651,751 - 123,652,895)(123,543,198 - 123,544,340)
sequence
gaattcagccacaacatagctcctcacagctgctaagagatggaaacatt
cccactcatatcctgtttcatctgaacttttagttggtctttttgcaatt
catgtcctggtcctgctcaaaggtaccagttacctgaggtcactgaagag
tcacttagatggaagagctgcagcccacctgttttcattatgtgtcaccg
agttgaattaagtaaagctaaattttcatgatcacacaaggattttcttg
atccttctcagtgacaattgccatacccatataccaccttcctgtcctga
gacagattgcttaaaaacagcaagtatttctcattttaaattcagtgtaa
gccttcacaggcacttaaatatatagaagcagtagagcttaatataatat
tttcccatgcattttcatttattatccataatgaaaagcagtaatttatc
tgttgtttcattctctgctttgacccactagtctgtaactagttttaaga
tgctcacaagacaaactgctggtcacactgtgttgagcaaatgaaatgtg
tggccacagttttacataatatccatatgcaaaagatgagtgcattgccc
ataaatttataatttaatagactgctttaacaatatactgattaatttat
atgcattacccaatagcaattccaaaatgaataataaatgggaagtggat
acacactcttgaactaacaatcaaagtagaatttaaaatttctagtctag
ttttacacaaaacaagaaaatgtttcattctgtacagtagggtagaatga
atactacactggggtttgcctgaagcatgagaagaagtgttaatcatagg
ttcatataagggatatcacagaagcaatggaacattctacagtggattaa
taaaaggtacatagctatgtataccacctcatgtcatgatccataaggat
gctgaatagtatgagtcaaaaagtcatgttagttttcaaagggaggcacc
tgtttcctcttctcagttacccaggaatagagtttgtaaagaatattaat
atcttgtcccaaggcagcttctagaaatagtcaaccacctaaacattaac
tttgttgagttaatttttcaatgctggctttgatgtgataaaggttccc
gaattcatttccccccagtagataagaagtaggtgtctggcataatttat
gaaagtacatggatgtttacatggaggaaatgaatcttttatcttttcag
agttttcctttcatgtgtacttgcagcacactgggagactgttccatgat
agatctggagttagatactctacagctggatttgtccttctcctggcatt
taccgacctattctattcagaagcaggtctttgtaaatgttaagccagtg
ctgctcaaatttttctgtgatttgctttggttgtttattaaaatgtacag
tgcttgttcattattgctggagagtctaagttagtggtttggtgtgggac
ttaagaaatctgaattttatttctaaaaatgtttatctatttatttagtt
gaggctgtgtatgttgcatgtatatgaatgttcaggtgtgtgagcctaaa
atgtatatgtagaggctagaacaagacattgggtgacttgggtgacttct
attgctctctgctgcatttcattgggacaaggactcttcactgaattgga
agttcatcttttggctagtccagctgttcaataagctctcagcatttacc
tgtctctgctcctcacctttgaaaagcatagccccatctggctttccatg
tgggtgctagggaataaggacatcttcccatcccaggaatctgagttttc
taggaggttctcatgcagatagtcactgggtgactgctcttagaagaatt
tctgccttggttggaaagctcaccctgaagaggtggtcttcactgtaggt
ttgctagtatataatcttaacactgtgacttgcaagcttaaacaaagtgt
gtttgtttgggatttctacagtgagtatatatactatactgggatagtat
atgttgcaagagctttccatgaggacttgccttcttctgcttttggtctg
agaagtttggcttccacagcatggtgtagattccttccttccctggttta
cttgactcacgtagtcagatgtttaaaaaaaaaaaaaaagaaagagagaa
aacaattttctttaaatatgacagtgatgttagcttgggaatcttatcat
gtggcaatggctattgacttgggcttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_123651751_123652895
seq2: B6Ng01-173K13.b_43_1191 (reverse)

seq1  GGGAAC--TTATCACAATCAAAGCAAACAATGAAAAATTAAACTCAACAA  48
      ||||||  ||||||| |||||||| | || ||||||||| ||||||||||
seq2  GGGAACCTTTATCAC-ATCAAAGCCAGCATTGAAAAATT-AACTCAACAA  48

seq1  AGCTAATG-TTAGGTGGTTGACTATTTCTAGAAGCTGCCTTGGAAC-AGA  96
      || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
seq2  AGTTAATGTTTAGGTGGTTGACTATTTCTAGAAGCTGCCTTGGGACAAGA  98

seq1  TATTAATATTCTTTACAAACTCTATTCCTGTGTAACTGAGAAGAGGAAAC  146
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATTAATATTCTTTACAAACTCTATTCCTGGGTAACTGAGAAGAGGAAAC  148

seq1  A-GTGCCTCCTTTTGAAAACTAACATGACTTTTTGACTCATACTATTCAG  195
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCTCCCTTTGAAAACTAACATGACTTTTTGACTCATACTATTCAG  198

seq1  CATCCTTAT-GATCATGACATGAGGTGGTATACATAGCTATGTACCTTTT  244
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTATGGATCATGACATGAGGTGGTATACATAGCTATGTACCTTTT  248

seq1  ATTAATCAACTGTAGAATGTTCCATTGCCTTCTGTGATATCCCTTATATG  294
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCCACTGTAGAATGTTCCATTG-CTTCTGTGATATCCCTTATATG  297

seq1  AACCTATGATTAACACTTCTTCTCATGCTTCAGGCAAA-CCCAGTGTAGT  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACCTATGATTAACACTTCTTCTCATGCTTCAGGCAAACCCCAGTGTAGT  347

seq1  ATTCATTCTACCCTACTGTACAGAATGAAACATTTTCTTGTTTTGTGTAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTCTACCCTACTGTACAGAATGAAACATTTTCTTGTTTTGTGTAA  397

seq1  AACTAGACTAGAAATTTTAAATTCTACTTTGATTGTTAGTTCAAGAGTGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGACTAGAAATTTTAAATTCTACTTTGATTGTTAGTTCAAGAGTGT  447

seq1  GTATCCACTTCCCATTTATTATTCATTTTGGAATTGCTATTGGGTAATGC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCACTTCCCATTTATTATTCATTTTGGAATTGCTATTGGGTAATGC  497

seq1  ATATAAATTAATCAGTATATTGTTAAAGCAGTCTATTAAATTATAAATTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATTAATCAGTATATTGTTAAAGCAGTCTATTAAATTATAAATTT  547

seq1  ATGGGCAATGCACTCATCTTTTGCATATGGATATTATGTAAAACTGTGGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAATGCACTCATCTTTTGCATATGGATATTATGTAAAACTGTGGC  597

seq1  CACACATTTCATTTGCTCAACACAGTGTGACCAGCAGTTTGTCTTGTGAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATTTCATTTGCTCAACACAGTGTGACCAGCAGTTTGTCTTGTGAG  647

seq1  CATCTTAAAACTAGTTACAGACTAGTGGGTCAAAGCAGAGAATGAAACAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAAAACTAGTTACAGACTAGTGGGTCAAAGCAGAGAATGAAACAA  697

seq1  CAGATAAATTACTGCTTTTCATTATGGATAATAAATGAAAATGCATGGGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAATTACTGCTTTTCATTATGGATAATAAATGAAAATGCATGGGA  747

seq1  AAATATTATATTAAGCTCTACTGCTTCTATATATTTAAGTGCCTGTGAAG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTATATTAAGCTCTACTGCTTCTATATATTTAAGTGCCTGTGAAG  797

seq1  GCTTACACTGAATTTAAAATGAGAAATACTTGCTGTTTTTAAGCAATCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACACTGAATTTAAAATGAGAAATACTTGCTGTTTTTAAGCAATCTG  847

seq1  TCTCAGGACAGGAAGGTGGTATATGGGTATGGCAATTGTCACTGAGAAGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGACAGGAAGGTGGTATATGGGTATGGCAATTGTCACTGAGAAGG  897

seq1  ATCAAGAAAATCCTTGTGTGATCATGAAAATTTAGCTTTACTTAATTCAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAAATCCTTGTGTGATCATGAAAATTTAGCTTTACTTAATTCAA  947

seq1  CTCGGTGACACATAATGAAAACAGGTGGGCTGCAGCTCTTCCATCTAAGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGTGACACATAATGAAAACAGGTGGGCTGCAGCTCTTCCATCTAAGT  997

seq1  GACTCTTCAGTGACCTCAGGTAACTGGTACCTTTGAGCAGGACCAGGACA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTTCAGTGACCTCAGGTAACTGGTACCTTTGAGCAGGACCAGGACA  1047

seq1  TGAATTGCAAAAAGACCAACTAAAAGTTCAGATGAAACAGGATATGAGTG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGCAAAAAGACCAACTAAAAGTTCAGATGAAACAGGATATGAGTG  1097

seq1  GGAATGTTTCCATCTCTTAGCAGCTGTGAGGAGCTATGTTGTGGCTGAAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTTTCCATCTCTTAGCAGCTGTGAGGAGCTATGTTGTGGCTGAAT  1147

seq1  TC  1145
      ||
seq2  TC  1149

seq1: chr14_123543198_123544340
seq2: B6Ng01-173K13.g_68_1194

seq1  GAATTCATTTCCCCCCAGTAGATAAGAAGTAGGTGTCTGGCATAATTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTCCCCCCAGTAGATAAGAAGTAGGTGTCTGGCATAATTTAT  50

seq1  GAAAGTACATGGATGTTTACATGGAGGAAATGAATCTTTTATCTTTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTACATGGATGTTTACATGGAGGAAATGAATCTTTTATCTTTTCAG  100

seq1  AGTTTTCCTTTCATGTGTACTTGCAGCACACTGGGAGACTGTTCCATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTCCTTTCATGTGTACTTGCAGCACACTGGGAGACTGTTCCATGAT  150

seq1  AGATCTGGAGTTAGATACTCTACAGCTGGATTTGTCCTTCTCCTGGCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGGAGTTAGATACTCTACAGCTGGATTTGTCCTTCTCCTGGCATT  200

seq1  TACCGACCTATTCTATTCAGAAGCAGGTCTTTGTAAATGTTAAGCCAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCGACCTATTCTATTCAGAAGCAGGTCTTTGTAAATGTTAAGCCAGTG  250

seq1  CTGCTCAAATTTTTCTGTGATTTGCTTTGGTTGTTTATTAAAATGTACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCAAATTTTTCTGTGATTTGCTTTGGTTGTTTATTAAAATGTACAG  300

seq1  TGCTTGTTCATTATTGCTGGAGAGTCTAAGTTAGTGGTTTGGTGTGGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTTCATTATTGCTGGAGAGTCTAAGTTAGTGGTTTGGTGTGGGAC  350

seq1  TTAAGAAATCTGAATTTTATTTCTAAAAATGTTTATCTATTTATTTAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAAATCTGAATTTTATTTCTAAAAATGTTTATCTATTTATTTAGTT  400

seq1  GAGGCTGTGTATGTTGCATGTATATGAATGTTCAGGTGTGTGAGCCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTGTATGTTGCATGTATATGAATGTTCAGGTGTGTGAGCCTAAA  450

seq1  ATGTATATGTAGAGGCTAGAACAAGACATTGGGTGACTTGGGTGACTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATGTAGAGGCTAGAACAAGACATTGGGTGACTTGGGTGACTTCT  500

seq1  ATTGCTCTCTGCTGCATTTCATTGGGACAAGGACTCTTCACTGAATTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTCTCTGCTGCATTTCATTGGGACAAGGACTCTTCACTGAATTGGA  550

seq1  AGTTCATCTTTTGGCTAGTCCAGCTGTTCAATAAGCTCTCAGCATTTACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATCTTTTGGCTAGTCCAGCTGTTCAATAAGCTCTCAGCATTTACC  600

seq1  TGTCTCTGCTCCTCACCTTTGAAAAGCATAGCCCCATCTGGCTTTCCATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGCTCCTCACCTTTGAAAAGCATAGCCCCATCTGGCTTTCCATG  650

seq1  TGGGTGCTAGGGAATAAGGACATCTTCCCATCCCAGGAATCTGAGTTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGCTAGGGAATAAGGACATCTTCCCATCCCAGGAATCTGAGTTTTC  700

seq1  TAGGAGGTTCTCATGCAGATAGTCACTGGGTGACTGCTCTTAGAAGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTTCTCATGCAGATAGTCACTGGGTGACTGCTCTTAGAAGAATT  750

seq1  TCTGCCTTGGTTGG-AAGCTCACCCTGAAGAGGTGGTCTTCACTGTAGGT  799
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTGGTTGGAAAGCTCACCCTGAAGAGGTGGTCTTCACTGTAGGT  800

seq1  TTGCTAGTATATAATCTTAACACTGTGACTTGCAAGCTTAAACAAAGTGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGTATATAATCTTAACACTGTGACTTGCAAGCTTAAACAAAGTGT  850

seq1  GTTTGTTTGGGATTTCTACAGTGAGTATATATACTATACTGGGATAGTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTGGGATTTCTACAGTGAGTATATATACTATACTGGGATAGTAT  900

seq1  ATGTTTGCAAGAGCTTTCCATGAGGACTTGCCTTC-TCTGCTTTTTGTTC  948
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||
seq2  ATG-TTGCAAGAGCTTTCCATGAGGACTTGCCTTCTTCTGC-TTTTGGTC  948

seq1  TGAGAAGTTTTGGCTTCCAACAGCATGTTGTAAGATT-CTTTCTTCCCTG  997
      ||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||||| ||| ||||||||
seq2  TGAGAAG-TTTGGCTTCC-ACAGCATGGTGT-AGATTCCTTCCTTCCCTG  995

seq1  GTTTTACTTGACTCACCGTAGTTCAGATGTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAG  1047
      | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| | 
seq2  G-TTTACTTGACTCA-CGTAG-TCAGATGTTTAAAAAAAAAAAAAAAGA-  1041

seq1  AAAAGAAGAAGAAAAACAATTTTCTTTAAAATAATGACAAGTGATGTTAG  1097
           ||||   ||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||
seq2  -----AAGAGAGAAAACAATTTTCTTTAAA--TATGAC-AGTGATGTTAG  1083

seq1  CTTGTGAAAATCTAATCATGTTGCATGGCCTATTGACTTGGGCTTT  1143
      |||| |  ||||| ||||||| |||  | |||||||||||||||||
seq2  CTTGGG--AATCTTATCATGTGGCAATGGCTATTGACTTGGGCTTT  1127