BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175A09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 85,793,534 - 85,914,527
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668603
Upstream genePcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
Downstream geneLOC100043301, EG629815, LOC100043306, LOC100043778, LOC100043310, LOC100043311
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175A09.bB6Ng01-175A09.g
ACCGA002939GA002940
length1,1291,145
definitionB6Ng01-175A09.b B6Ng01-175A09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,913,394 - 85,914,527)(85,793,534 - 85,794,682)
sequence
gaattctctatcatacaaattaagaacacatttctttctaaaactaaagt
aaaaccttccacaatcagctctctgaatttaaaatatgatcaaaggaaaa
tgatcattcccataccatgtactccaatcaagggacttgtcgtagcacag
tcacaaaactgattgtattcaaagggatcaacagataaagcatttgaccc
acatgcatgatgatcacagatgggatcagcaaaacccattcaaatctgga
tggacatggtggcctacctacaatcctagtgttcaaaaaagagatatgga
atccctaggacaagctacctacctagatagacaattagctagagttgtca
agctctacattaatagattctacaaaagagaaggccctgcacttcacatg
ggcagcatagttagtgtgccagtccaagagatgatcacgccctgctcctt
gccaattaggagaggcaggagtgctggcctcatggttttcagagcagtag
agctagtcctgtctcttagcacttggaagagcagactctgtatctcacct
ggacagcactgcagaacactgggatttgttagggagcggggaatggggac
agacctgtaggagagctggttcagcttcttatctattggactgtggtact
gacaagagaaagataccctcctctcctccccccacactttgccatctatg
gaagtcacgagagctggccttgagaccatgggagaagaagaacttgttag
gccctgattctttgggaaacccaggtgagctcaagaactgcaaagtccaa
tgcaattgtgcataagagtctctttattgttttcgagtcagacttggatt
gcaaaccttcccacagagcaagacaggagtacgagcacgagcttggaagg
cttggcacttatatacagcataattagagattctttgaatgcttaggctg
atgggaggaggcagatgaggtaagtcataattcaaacaccaaaccatttg
atagggtggattgtgtgactgagaggggatttcttctgacctaaggatta
ccttatggggctaacaggaactatttaatacagacataactgttcttgtg
acccacctcactttcatgatcaacatggg

gaattcagtctttctttctgaatggcaacagccatgaaaaaaataaaagt
cttcctttctgtgaaacttttcccccatgcaactttgtttgcataagcat
tatttctgaaaataacagcagacaaaaacaactgaagcagcaaaggaccc
agaaaagatccatttcttttgaaaagaactgcatggcaaatactgataaa
ggaatatctgaatggagacaagcagggaaacagagacatgcacctcaatt
atacaatatgttcaccttacaaaaagaacagaaaaataataaatgatgtg
gttagtgtagcggtcatggctacctaaagcctgaaaaagataagggagat
aatgatttccacaggacaccattgcgtattaactcatcaaaagtcccacg
atgtcttggtcagagcaggaaactgaggtgcatgttggtttgcaccttca
tatacattaaaattatatttctagtagaaagggaaattaatgattaatgc
catctgttgtattgggtaagaaattgtcaactagaaacactttcattaga
tcacgtcaggaaataaaaaattcccacaaaatgagaaagtttataaaaat
tcttcaacgttagattatacacccaatgccataccattcctccacccttc
aaactaaaagagatggctgctgctcaagaggtcctgagttcaattctgag
caaccacatggaggcttacaaccaccactaatgggacctgatgccctctt
ttggtgtctctgaacagtgacagtgtactcacatacattatttagataaa
taaataaatccataaaatcaaataacaaaaacctgaaggaagcatgaatt
aacttctgaatttaaaataaataaatagataaataaaataggctgttttt
aaaataacacatttattttatttgtttgtttgtttgttgtttgttttgct
ccagattttattccctaccccgggtccaccctccgactgttccacatccc
atacctgctccctgtccccgtgtctccacgtagaattatgatgtcctgcc
cgccccaacccccaccccacagactctaactcccaaggacctcagtctct
tggggattcgtgcaatttatctgacctaagccagatccagcattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_85913394_85914527
seq2: B6Ng01-175A09.b_37_1165 (reverse)

seq1  CCCATGTTTGAATCATGAAAGTGAGGTGGGTCACA--GACAGTTATGTCT  48
      ||||||||   ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CCCATGTT--GATCATGAAAGTGAGGTGGGTCACAAGAACAGTTATGTCT  48

seq1  GGTTATAAAATTAGTTCCTGTTAGCCCCATAAAGGTAATCCTTAGGTCAG  98
      |  ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  G--TATTAAA-TAGTTCCTGTTAGCCCCAT-AAGGTAATCCTTAGGTCAG  94

seq1  AAGAAATCCCCTCTCAGTCACACAATTCCACCCTATCAAATGGTTTGGTG  148
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATCCCCTCTCAGTCACACAA-TCCACCCTATCAAATGGTTTGGTG  143

seq1  TTTGAATTATGACTTACCTCATCTGCCTCCTCCCATCAGCCTAAGCATTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATTATGACTTACCTCATCTGCCTCCTCCCATCAGCCTAAGCATTC  193

seq1  AAAGAATCTCTAATTATGCTGTATATAAGTGCCAAGCCTTCCAAGCTCGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATCTCTAATTATGCTGTATATAAGTGCCAAGCCTTCCAAGCTCGT  243

seq1  GCTCGTACTCCTGTCTTGCTCTGTGGGAAGGTTTGCAATCCAAGTCTGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGTACTCCTGTCTTGCTCTGTGGGAAGGTTTGCAATCCAAGTCTGAC  293

seq1  TCGAAAACAATAAAGAGACTCTTATGCACAATTGCATTGGACTTTGCAGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAAACAATAAAGAGACTCTTATGCACAATTGCATTGGACTTTGCAGT  343

seq1  TCTTGAGCTCACCTGGGTTTCCCAAAGAATCAGGGCCTAACAAGTTCTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGCTCACCTGGGTTTCCCAAAGAATCAGGGCCTAACAAGTTCTTC  393

seq1  TTCTCCCATGGTCTCAAGGCCAGCTCTCGTGACTTCCATAGATGGCAAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCATGGTCTCAAGGCCAGCTCTCGTGACTTCCATAGATGGCAAAG  443

seq1  TGTGGGGGGAGGAGAGGAGGGTATCTTTCTCTTGTCAGTACCACAGTCCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGGGAGGAGAGGAGGGTATCTTTCTCTTGTCAGTACCACAGTCCA  493

seq1  ATAGATAAGAAGCTGAACCAGCTCTCCTACAGGTCTGTCCCCATTCCCCG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAAGAAGCTGAACCAGCTCTCCTACAGGTCTGTCCCCATTCCCCG  543

seq1  CTCCCTAACAAATCCCAGTGTTCTGCAGTGCTGTCCAGGTGAGATACAGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTAACAAATCCCAGTGTTCTGCAGTGCTGTCCAGGTGAGATACAGA  593

seq1  GTCTGCTCTTCCAAGTGCTAAGAGACAGGACTAGCTCTACTGCTCTGAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTCTTCCAAGTGCTAAGAGACAGGACTAGCTCTACTGCTCTGAAA  643

seq1  ACCATGAGGCCAGCACTCCTGCCTCTCCTAATTGGCAAGGAGCAGGGCGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAGGCCAGCACTCCTGCCTCTCCTAATTGGCAAGGAGCAGGGCGT  693

seq1  GATCATCTCTTGGACTGGCACACTAACTATGCTGCCCATGTGAAGTGCAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATCTCTTGGACTGGCACACTAACTATGCTGCCCATGTGAAGTGCAG  743

seq1  GGCCTTCTCTTTTGTAGAATCTATTAATGTAGAGCTTGACAACTCTAGCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCTCTTTTGTAGAATCTATTAATGTAGAGCTTGACAACTCTAGCT  793

seq1  AATTGTCTATCTAGGTAGGTAGCTTGTCCTAGGGATTCCATATCTCTTTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCTATCTAGGTAGGTAGCTTGTCCTAGGGATTCCATATCTCTTTT  843

seq1  TTGAACACTAGGATTGTAGGTAGGCCACCATGTCCATCCAGATTTGAATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACACTAGGATTGTAGGTAGGCCACCATGTCCATCCAGATTTGAATG  893

seq1  GGTTTTGCTGATCCCATCTGTGATCATCATGCATGTGGGTCAAATGCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGCTGATCCCATCTGTGATCATCATGCATGTGGGTCAAATGCTTT  943

seq1  ATCTGTTGATCCCTTTGAATACAATCAGTTTTGTGACTGTGCTACGACAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTGATCCCTTTGAATACAATCAGTTTTGTGACTGTGCTACGACAA  993

seq1  GTCCCTTGATTGGAGTACATGGTATGGGAATGATCATTTTCCTTTGATCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTTGATTGGAGTACATGGTATGGGAATGATCATTTTCCTTTGATCA  1043

seq1  TATTTTAAATTCAGAGAGCTGATTGTGGAAGGTTTTACTTTAGTTTTAGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAAATTCAGAGAGCTGATTGTGGAAGGTTTTACTTTAGTTTTAGA  1093

seq1  AAGAAATGTGTTCTTAATTTGTATGATAGAGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGTGTTCTTAATTTGTATGATAGAGAATTC  1129


seq1: chr14_85793534_85794682
seq2: B6Ng01-175A09.g_63_1207

seq1  GAATTCAGTCTTTCTTTCTGAATGGCAACAGCCATGAAAAAAATAAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTTTCTTTCTGAATGGCAACAGCCATGAAAAAAATAAAAGT  50

seq1  CTTCCTTTCTGTGAAACTTTTCCCCCATGCAACTTTGTTTGCATAAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTCTGTGAAACTTTTCCCCCATGCAACTTTGTTTGCATAAGCAT  100

seq1  TATTTCTGAAAATAACAGCAGACAAAAACAACTGAAGCAGCAAAGGACCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGAAAATAACAGCAGACAAAAACAACTGAAGCAGCAAAGGACCC  150

seq1  AGAAAAGATCCATTTCTTTTGAAAAGAACTGCATGGCAAATACTGATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGATCCATTTCTTTTGAAAAGAACTGCATGGCAAATACTGATAAA  200

seq1  GGAATATCTGAATGGAGACAAGCAGGGAAACAGAGACATGCACCTCAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATCTGAATGGAGACAAGCAGGGAAACAGAGACATGCACCTCAATT  250

seq1  ATACAATATGTTCACCTTACAAAAAGAACAGAAAAATAATAAATGATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATATGTTCACCTTACAAAAAGAACAGAAAAATAATAAATGATGTG  300

seq1  GTTAGTGTAGCGGTCATGGCTACCTAAAGCCTGAAAAAGATAAGGGAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTGTAGCGGTCATGGCTACCTAAAGCCTGAAAAAGATAAGGGAGAT  350

seq1  AATGATTTCCACAGGACACCATTGCGTATTAACTCATCAAAAGTCCCACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTTCCACAGGACACCATTGCGTATTAACTCATCAAAAGTCCCACG  400

seq1  ATGTCTTGGTCAGAGCAGGAAACTGAGGTGCATGTTGGTTTGCACCTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTGGTCAGAGCAGGAAACTGAGGTGCATGTTGGTTTGCACCTTCA  450

seq1  TATACATTAAAATTATATTTCTAGTAGAAAGGGAAATTAATGATTAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATTAAAATTATATTTCTAGTAGAAAGGGAAATTAATGATTAATGC  500

seq1  CATCTGTTGTATTGGGTAAGAAATTGTCAACTAGAAACACTTTCATTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTGTATTGGGTAAGAAATTGTCAACTAGAAACACTTTCATTAGA  550

seq1  TCACGTCAGGAAATAAAAAATTCCCACAAAATGAGAAAGTTTATAAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTCAGGAAATAAAAAATTCCCACAAAATGAGAAAGTTTATAAAAAT  600

seq1  TCTTCAACGTTAGATTATACACCCAATGCCATACCATTCCTCCACCCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAACGTTAGATTATACACCCAATGCCATACCATTCCTCCACCCTTC  650

seq1  AAACTAAAAGAGATGGCTGCTGCTCAAGAGGTCCTGAGTTCAATTCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAAAGAGATGGCTGCTGCTCAAGAGGTCCTGAGTTCAATTCTGAG  700

seq1  CAACCACATGGAGGCTTACAACCACCACTAATGGGACCTGATGCCCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACATGGAGGCTTACAACCACCACTAATGGGACCTGATGCCCTCTT  750

seq1  TTGGTGTCTCTGAACAGTGACAGTGTACTCACATACATTATTTAGATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGTCTCTGAACAGTGACAGTGTACTCACATACATTATTTAGATAAA  800

seq1  TAAATAAATCCATAAAATCAAATAACAAAAACCTGAAGGAAGCATGAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAATCCATAAAATCAAATAACAAAAACCTGAAGGAAGCATGAATT  850

seq1  AACTTCTGAATTTAAAATAAATAAATAGATAAATAAAATAGGCTGTTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTGAATTTAAAATAAATAAATAGATAAATAAAATAGGCTGTTTTT  900

seq1  AAAATAACACATTTATTTTATTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAATAACACATTTATTTTATTTGTTTGTTTGTTTG-TTGTTTGTTTTGC  949

seq1  TCCAGATTTTATTCCCTACCCC-GGTCCACCCTCCGACTGTTCCACATCC  999
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATTTTATTCCCTACCCCGGGTCCACCCTCCGACTGTTCCACATCC  999

seq1  CATACCTGCTCCCTGTCCCCGTGTCTCCACGTAG-ATTATGATGTCCCTG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  CATACCTGCTCCCTGTCCCCGTGTCTCCACGTAGAATTATGATGT-CCTG  1048

seq1  CCCGCCCC-ACCCCCACCCCACCAGACCTCTAAACTCCCAGGGCCCTCAA  1097
      |||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||| || |||| |
seq2  CCCGCCCCAACCCCCACCCCA-CAGA-CTCT-AACTCCCAAGGACCTC-A  1094

seq1  GTCTCTTGGGGGTTCGGTGCATTTTATCTGACTAAACCCAGACCCAGCAT  1147
      ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  || ||||| |||||||
seq2  GTCTCTTGGGGATTC-GTGCAATTTATCTGACCTAAGCCAGATCCAGCAT  1143

seq1  TC  1149
      ||
seq2  TC  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |