BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176F01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 28,598,219 - 28,769,636
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErc2
Upstream geneDnahc7c, Asb14, Appl1, Hesx1, Il17rd, LOC665333, Arhgef3, LOC100040147, Ccdc66, LOC665370
Downstream geneLOC100040206, Wnt5a, LOC100040218, Cacna2d3
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176F01.bB6Ng01-176F01.g
ACCGA003880GA003881
length1,018926
definitionB6Ng01-176F01.b B6Ng01-176F01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,768,624 - 28,769,636)(28,598,219 - 28,599,140)
sequence
gaattcctatcatatgtggtttataagccagccaattccttataaagact
gttttcttactcagatttttggctacttcttacactaaaattaaatggtt
ttaagtgactagtccaaagttcaaaatttaatgttcagttcagttccaga
aaatttctgaaaacacatgggaattgtaagtcatgtgttaatacttaaaa
ttctgttaataaaacttccaacactaacgttacctcattgaagttacctc
gctggttcttacactcaccataaaaccagagctgtcatagttttgaatta
ctacaaaaggaagtaagccattccaaaatcaatgttattttgcaacacga
tgatagttataaattcaaatacttaaagccaatttgcagaactatcaatc
ttagtatctcctgacatttcaaagcctatcttccaggcttttatccttac
taagaactaagtcaaagaaaatgtaggtatcattcattcatatccatttt
ccttcaaagaagcacattcaatttaaagacaaaattatttggccataagt
atttgaagtattggttctatttaggtatgccacaaaaattctgaactatt
agcatgctcaaaaccctggattcaatacacagcaccgaaaaaacttagaa
ctatgactgaagctctgagaatttaaatcactgattattcaatgctgaaa
ttaaatggtaattttgtgactcctcagatcagatttttttaataaatcca
aatgagtaccttccttatatatttgaagtgtttataaatggacaacaatt
cagacactgtccttgtttaagtcccataccttaagatttgtgtctatgaa
acaccccttggaaaatgggaaccctgtttaatttttcataagatttaaaa
caactttatttttaatgctgtggcatcatttctatgattatcacaacagt
taaaggaatctactttgcttccctgtaaaataatgctctctaaccaaaca
accacttaacaatgattc

gaattcccagcaggcatgcaaaagttgaggaaagactttggatgctgtgg
ctttgctgacatcctgcagccaaggtcctgaatatagaagaggaggtgat
tgggaagttctgcccaagggcacagagtatctctcatgattagtcacttg
taattattttcatgcaaactttaaaacttgtggccaccaagctttcagta
ggcatgatcatgctatgaccttccttttctcatgtgctagaatgtcatac
ttctcatttgtgtctctcgtctgagaaaacatttaattttgacggtagta
tctcttgagattatgtggggctttcacatgcagatgtcaatgcgatagat
tccctttgttctcagtaagtcccaccttctccaaacacttccttaagaat
gaatgccaaggaaatatctcagaaaaacactccctctacacccaataata
caacacacacacagggagaatttcatagctttcccctcctatttcagctg
atacagggaatgtgtatcaataattcatttgttttgggtcttttgccttg
tcttcagatcctaatatattttttaaacttggaatgctacacactaattt
gaaatggatcaggtcttacctcatattgattttaataagtgtaattggct
gctttttacagtatcagactcctggggccccaggagacctttagacataa
ggtaattccagctattgagaaaggaagtaagtgccagattgctgtagagt
aagaggccatgtgagagtcaagaatgttggcatgtttgtgctaggagggg
cttgcttgctgtccttatcacccaaggagcaatggtcctgttaaccgtat
cctttgggtagcagacattgttttaattccaatcgttatttaactaaata
cacatcccaaataccaactccagtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_28768624_28769636
seq2: B6Ng01-176F01.b_42_1059 (reverse)

seq1  GAATCATTG-TAAGTGGTTG-TTGGTTAGAGAGCATTA-TTTACA-GGAA  46
      ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GAATCATTGTTAAGTGGTTGTTTGGTTAGAGAGCATTATTTTACAGGGAA  50

seq1  GCAAAGTAGATTCCTTTAACTGTTGTGATAATCATAGAAATGATGCCACA  96
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTAGATTCCTTTAACTGTTGTGATAATCATAGAAATGATGCCACA  100

seq1  GCATAAAAAAT-AAGTTGTTTTAAAATCTTATGAAAAATTAAACAGGGTT  145
      |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAAAAATAAAGTTGTTTT-AAATCTTATGAAAAATTAAACAGGGTT  149

seq1  CCCATTTTCC-AGGGGTGTTTCATAGACACAAATCTTAAGGTATGGGACT  194
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTTCCAAGGGGTGTTTCATAGACACAAATCTTAAGGTATGGGACT  199

seq1  TAAACAAGGACAGTGTCTGAATTGTTGTCCATTTATAAACACTTCAAATA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAGGACAGTGTCTGAATTGTTGTCCATTTATAAACACTTCAAATA  249

seq1  TATAAGGAAGGTACTCATTTGGATTTATTAAAAAAATCTGATCTGAGGAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGAAGGTACTCATTTGGATTTATTAAAAAAATCTGATCTGAGGAG  299

seq1  TCACAAAATTACCATTTAATTTCAGCATTGAATAATCAGTGATTTAAATT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAATTACCATTTAATTTCAGCATTGAATAATCAGTGATTTAAATT  349

seq1  CTCAGAGCTTCAGTCATAGTTCTAAGTTTTTTCGGTGCTGTGTATTGAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGCTTCAGTCATAGTTCTAAGTTTTTTCGGTGCTGTGTATTGAAT  399

seq1  CCAGGGTTTTGAGCATGCTAATAGTTCAGAATTTTTGTGGCATACCTAAA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTTTTGAGCATGCTAATAGTTCAGAATTTTTGTGGCATACCTAAA  449

seq1  TAGAACCAATACTTCAAATACTTATGGCCAAATAATTTTGTCTTTAAATT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCAATACTTCAAATACTTATGGCCAAATAATTTTGTCTTTAAATT  499

seq1  GAATGTGCTTCTTTGAAGGAAAATGGATATGAATGAATGATACCTACATT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCTTCTTTGAAGGAAAATGGATATGAATGAATGATACCTACATT  549

seq1  TTCTTTGACTTAGTTCTTAGTAAGGATAAAAGCCTGGAAGATAGGCTTTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGACTTAGTTCTTAGTAAGGATAAAAGCCTGGAAGATAGGCTTTG  599

seq1  AAATGTCAGGAGATACTAAGATTGATAGTTCTGCAAATTGGCTTTAAGTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCAGGAGATACTAAGATTGATAGTTCTGCAAATTGGCTTTAAGTA  649

seq1  TTTGAATTTATAACTATCATCGTGTTGCAAAATAACATTGATTTTGGAAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATTTATAACTATCATCGTGTTGCAAAATAACATTGATTTTGGAAT  699

seq1  GGCTTACTTCCTTTTGTAGTAATTCAAAACTATGACAGCTCTGGTTTTAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTACTTCCTTTTGTAGTAATTCAAAACTATGACAGCTCTGGTTTTAT  749

seq1  GGTGAGTGTAAGAACCAGCGAGGTAACTTCAATGAGGTAACGTTAGTGTT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGTGTAAGAACCAGCGAGGTAACTTCAATGAGGTAACGTTAGTGTT  799

seq1  GGAAGTTTTATTAACAGAATTTTAAGTATTAACACATGACTTACAATTCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTTTATTAACAGAATTTTAAGTATTAACACATGACTTACAATTCC  849

seq1  CATGTGTTTTCAGAAATTTTCTGGAACTGAACTGAACATTAAATTTTGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTTTTCAGAAATTTTCTGGAACTGAACTGAACATTAAATTTTGAA  899

seq1  CTTTGGACTAGTCACTTAAAACCATTTAATTTTAGTGTAAGAAGTAGCCA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGACTAGTCACTTAAAACCATTTAATTTTAGTGTAAGAAGTAGCCA  949

seq1  AAAATCTGAGTAAGAAAACAGTCTTTATAAGGAATTGGCTGGCTTATAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTGAGTAAGAAAACAGTCTTTATAAGGAATTGGCTGGCTTATAAA  999

seq1  CCACATATGATAGGAATTC  1013
      |||||||||||||||||||
seq2  CCACATATGATAGGAATTC  1018


seq1: chr14_28598219_28599140
seq2: B6Ng01-176F01.g_67_992

seq1  GAATTCCCAGCAGGCATGCAAAAGTTGAGGAAAGACTTTGGATGCTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGCAGGCATGCAAAAGTTGAGGAAAGACTTTGGATGCTGTGG  50

seq1  CTTTGCTGACATCCTGCAGCCAAGGTCCTGAATATAGAAGAGGAGGTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTGACATCCTGCAGCCAAGGTCCTGAATATAGAAGAGGAGGTGAT  100

seq1  TGGGAAGTTCTGCCCAAGGGCACAGAGTATCTCTCATGATTAGTCACTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGTTCTGCCCAAGGGCACAGAGTATCTCTCATGATTAGTCACTTG  150

seq1  TAATTATTTTCATGCAAACTTTAAAACTTGTGGCCACCAAGCTTTCAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATTTTCATGCAAACTTTAAAACTTGTGGCCACCAAGCTTTCAGTA  200

seq1  GGCATGATCATGCTATGACCTTCCTTTTCTCATGTGCTAGAATGTCATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGATCATGCTATGACCTTCCTTTTCTCATGTGCTAGAATGTCATAC  250

seq1  TTCTCATTTGTGTCTCTCGTCTGAGAAAACATTTAATTTTGACGGTAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATTTGTGTCTCTCGTCTGAGAAAACATTTAATTTTGACGGTAGTA  300

seq1  TCTCTTGAGATTATGTGGGGCTTTCACATGCAGATGTCAATGCGATAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGAGATTATGTGGGGCTTTCACATGCAGATGTCAATGCGATAGAT  350

seq1  TCCCTTTGTTCTCAGTAAGTCCCACCTTCTCCAAACACTTCCTTAAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGTTCTCAGTAAGTCCCACCTTCTCCAAACACTTCCTTAAGAAT  400

seq1  GAATGCCAAGGAAATATCTCAGAAAAACACTCCCTCTACACCCAATAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCAAGGAAATATCTCAGAAAAACACTCCCTCTACACCCAATAATA  450

seq1  CAACACACACACAGGGAGAATTTCATAGCTTTCCCCTCCTATTTCAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACACACACAGGGAGAATTTCATAGCTTTCCCCTCCTATTTCAGCTG  500

seq1  ATACAGGGAATGTGTATCAATAATTCATTTGTTTTGGGTCTTTTGCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGGAATGTGTATCAATAATTCATTTGTTTTGGGTCTTTTGCCTTG  550

seq1  TCTTCAGATCCTAATATATTTTTTAAACTTGGAATGCTACACACTAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGATCCTAATATATTTTTTAAACTTGGAATGCTACACACTAATTT  600

seq1  GAAATGGATCAGGTCTTACCTCATATTGATTTTAATAAGTGTAATTGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGATCAGGTCTTACCTCATATTGATTTTAATAAGTGTAATTGGCT  650

seq1  GCTTTTTACAGTATCAGACTCCTGGGGCCCCAGGAGACCTTTAGACATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTACAGTATCAGACTCCTGGGGCCCCAGGAGACCTTTAGACATAA  700

seq1  GGTAATTCCAGCTATTGAGAAAGGAAGTAAGTGCCAGATTGCTGTAGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTCCAGCTATTGAGAAAGGAAGTAAGTGCCAGATTGCTGTAGAGT  750

seq1  AAGAGGCCATGTGAGAGTCAAGAATGTTGGCATG-TTGTGCTAGGAGGGG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGAGGCCATGTGAGAGTCAAGAATGTTGGCATGTTTGTGCTAGGAGGGG  800

seq1  C-TGCTTGCTGTCCTTATCACCCAAGGAGCAATGGTCCTGTTAACCGTAT  848
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGCTGTCCTTATCACCCAAGGAGCAATGGTCCTGTTAACCGTAT  850

seq1  CCTTT-GGTAGCAGACATTGTTTTAATTCCAATCGTTATTTACTAAAATA  897
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||
seq2  CCTTTGGGTAGCAGACATTGTTTTAATTCCAATCGTTATTTAACTAAATA  900

seq1  CACATCCCAAATACCAACT-CAGTCA  922
      ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACATCCCAAATACCAACTCCAGTCA  926


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |