BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176K11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 123,667,897 - 123,789,581
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVgcnl1
Upstream geneClybl, EG328479, EG432907, Zic5, Zic2, ENSMUSG00000075465, LOC668847, Pcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneItgbl1, LOC668700, Fgf14
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176K11.bB6Ng01-176K11.g
ACCGA004137GA004138
length1,1111,199
definitionB6Ng01-176K11.b B6Ng01-176K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,788,466 - 123,789,581)(123,667,897 - 123,669,098)
sequence
gaattcttcaatctgtgaacaacagagatatacacatctacatacttgtg
taaggtcccaggaagccgtcccttcttttaaaaagcctgtgagatggtga
ggaagttgacaagtaaacaaactggaggcagtaatgataatgaatatggt
aggcaactgaccagagacatgaccagtgaaatcagggaatggggtatgcc
aggaactgaaggcagaacaagtaacaaaaggttggaggaagaagacatga
aggagagcatccataaagagcagagattcaaccacatattctgatgtgat
aacaatacataaagcatcctgttataaaaggtcacatactgtaccatcct
atttacatgggttaaatgagtatctatgtagtcaagtccacactagaaag
ttgcttgccagaaattagagatgtataaaaggactattgtttaatgtgaa
tagagctacaactttgtaaaactggaaagttctagaagtctgtggcacaa
cagtgtgaataaaccaacactactgaatataggcttaaaaggggtgagat
aaaagtttttttatgcatgtttatcacaattcatgtttttatttaaaatg
agtaaccatcatagcaataaagagacagtgatagaagtaagggcaggtgc
aggactttgatggtatagctggattatagaaaaggtgtgaatggcagata
aggaagtaactatgacttcccaactcccacctctcctccttgcacactct
acttttccaagaagatcacctatttgttggcaggttctcaattatatgaa
ctgtatcaacagtgtttaactacaatgcacccaaccttttctcactggaa
tatgcattgataatggtatttgtacaacacactaggaacacacacagctg
taggaaggatcggtaaataagatttctgatgctctcaaagcactcagctg
cccaggagataggggatcaatactataaagacctagaaatcactagtatc
tgagagtgagaggcaccatattttactccaaagctattattgccaccaaa
ctcacctttaggctactcttcagtttttgttgagagactttttttttgtc
agtttattatc

gaattccagggatactatccatttttactcaagaatgagttaaaaaacat
ttccactgaaacatttctgctctttggtttgaagatcagctctgagagcc
acacatgtaagaatgttgttagagggtccagatacacactatagggcaga
taacgcaagtctcagtaccacctgtaagctgcaaattcagctccttatga
cttgcacataggttacagaacccacacagcttgctgtcccaccctataca
catgtccttagttcattgctgactacagtggatggattttggtagaaatt
tcaaattttgttttcacttttgtttgtttgtgttatgttcatggcagtac
atgaactttgcagccaatgtatctgcagactgttgatttgtgtgtgtgga
tcacaggtcagtctctattatgcattcacaagttttctgtggagaaacct
tctctaaggaccacttacaacatcatctgtttttgtaactggttccctta
aaatccaatatattctgaaggatatgatcaataagcagatggcttatgcc
catgcacatgccaagaaatgaggagtctaattaacagttagaaaagggtg
tgaggtgatcgcagaagtgaaatagagaccctgcctggactgggaaaccc
ctggatatggaatcagggctgttggtgtgacatgttgttgagtggtagct
attggaagacagctaagtccttcaggtacactcattaggactttgctaat
tatcgtttggcctggtcagcagcaggcatctttacattgccttgagaaaa
aaaatcaataggaaacaaagaatacaaaagtatttgtcattaagaggaat
cagaagtgagtcattcttcttatcggcaaggtatagttacagaaaggatg
agtgtctactatcgtggaggcaaaggaagccttctccaatgtgtaatgtg
gtgctcttaaacaaaggtcaggaagagaaagcttgtgagagaagccaatg
cattttcacacgatccctaggatcttcagttatcttgcaaattccacaga
tgctattcatggatcaggtaccagactccttctgcatattatattctctg
tccaagttggtactgaaatggttctttctctcctggcagcctaggccaag
ctgcagatcattcattgcatcgagaaaagaaccttgaatcctccatgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_123788466_123789581
seq2: B6Ng01-176K11.b_38_1148 (reverse)

seq1  GATATATAAATTGACAAAAAAAAAGTCTCTTCAACCAAAAAACTG-AGAG  49
      |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||  |||||||| ||||
seq2  GATA-ATAAACTGACAAAAAAAAAGTCTC-TCAAC--AAAAACTGAAGAG  46

seq1  TAGCCTAAAGTGGAGTTTGGTGGCATTAATAGCTTT-GAGTAAAATATGG  98
      ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  TAGCCTAAAGGTGAGTTTGGTGGCAATAATAGCTTTGGAGTAAAATATGG  96

seq1  TGCCTCTCACCTCTCAGATACTAGTGATTTCTAGGTTCTTTATAGTATTG  148
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCA-CTCTCAGATACTAGTGATTTCTAGG-TCTTTATAGTATTG  144

seq1  ATCCCCTATCTCCTGGGCAGCTGAGTGCTTTTGAGAGCATCAGAAATCTT  198
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCTATCTCCTGGGCAGCTGAGTGC-TTTGAGAGCATCAGAAATCTT  193

seq1  ATTTACCGATCCTTCCTACAGCTGTGTGTGTTCCTAGTGTGTTGTACAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACCGATCCTTCCTACAGCTGTGTGTGTTCCTAGTGTGTTGTACAAA  243

seq1  TACCATTATCAATGCATATTCCAGTGAGAAAAGGTTGGGTGCATTGTAGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATTATCAATGCATATTCCAGTGAGAAAAGGTTGGGTGCATTGTAGT  293

seq1  TAAACACTGTTGATACAGTTCATATAATTGAGAACCTGCCAACAAATAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACTGTTGATACAGTTCATATAATTGAGAACCTGCCAACAAATAGG  343

seq1  TGATCTTCTTGGAAAAGTAGAGTGTGCAAGGAGGAGAGGTGGGAGTTGGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTCTTGGAAAAGTAGAGTGTGCAAGGAGGAGAGGTGGGAGTTGGG  393

seq1  AAGTCATAGTTACTTCCTTATCTGCCATTCACACCTTTTCTATAATCCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATAGTTACTTCCTTATCTGCCATTCACACCTTTTCTATAATCCAG  443

seq1  CTATACCATCAAAGTCCTGCACCTGCCCTTACTTCTATCACTGTCTCTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACCATCAAAGTCCTGCACCTGCCCTTACTTCTATCACTGTCTCTTT  493

seq1  ATTGCTATGATGGTTACTCATTTTAAATAAAAACATGAATTGTGATAAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTATGATGGTTACTCATTTTAAATAAAAACATGAATTGTGATAAAC  543

seq1  ATGCATAAAAAAACTTTTATCTCACCCCTTTTAAGCCTATATTCAGTAGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAAAAAAACTTTTATCTCACCCCTTTTAAGCCTATATTCAGTAGT  593

seq1  GTTGGTTTATTCACACTGTTGTGCCACAGACTTCTAGAACTTTCCAGTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTTTATTCACACTGTTGTGCCACAGACTTCTAGAACTTTCCAGTTT  643

seq1  TACAAAGTTGTAGCTCTATTCACATTAAACAATAGTCCTTTTATACATCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGTTGTAGCTCTATTCACATTAAACAATAGTCCTTTTATACATCT  693

seq1  CTAATTTCTGGCAAGCAACTTTCTAGTGTGGACTTGACTACATAGATACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTTCTGGCAAGCAACTTTCTAGTGTGGACTTGACTACATAGATACT  743

seq1  CATTTAACCCATGTAAATAGGATGGTACAGTATGTGACCTTTTATAACAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAACCCATGTAAATAGGATGGTACAGTATGTGACCTTTTATAACAG  793

seq1  GATGCTTTATGTATTGTTATCACATCAGAATATGTGGTTGAATCTCTGCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTTATGTATTGTTATCACATCAGAATATGTGGTTGAATCTCTGCT  843

seq1  CTTTATGGATGCTCTCCTTCATGTCTTCTTCCTCCAACCTTTTGTTACTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGATGCTCTCCTTCATGTCTTCTTCCTCCAACCTTTTGTTACTT  893

seq1  GTTCTGCCTTCAGTTCCTGGCATACCCCATTCCCTGATTTCACTGGTCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCCTTCAGTTCCTGGCATACCCCATTCCCTGATTTCACTGGTCAT  943

seq1  GTCTCTGGTCAGTTGCCTACCATATTCATTATCATTACTGCCTCCAGTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGGTCAGTTGCCTACCATATTCATTATCATTACTGCCTCCAGTTT  993

seq1  GTTTACTTGTCAACTTCCTCACCATCTCACAGGCTTTTTAAAAGAAGGGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACTTGTCAACTTCCTCACCATCTCACAGGCTTTTTAAAAGAAGGGA  1043

seq1  CGGCTTCCTGGGACCTTACACAAGTATGTAGATGTGTATATCTCTGTTGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTCCTGGGACCTTACACAAGTATGTAGATGTGTATATCTCTGTTGT  1093

seq1  TCACAGATTGAAGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATTGAAGAATTC  1111


seq1: chr14_123667897_123669098
seq2: B6Ng01-176K11.g_63_1261

seq1  GAATTCCAGGGATACTATCCATTTTTACTCAAGAATGAGTTAAAAAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGGATACTATCCATTTTTACTCAAGAATGAGTTAAAAAACAT  50

seq1  TTCCACTGAAACATTTCTGCTCTTTGGTTTGAAGATCAGCTCTGAGAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGAAACATTTCTGCTCTTTGGTTTGAAGATCAGCTCTGAGAGCC  100

seq1  ACACATGTAAGAATGTTGTTAGAGGGTCCAGATACACACTATAGGGCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTAAGAATGTTGTTAGAGGGTCCAGATACACACTATAGGGCAGA  150

seq1  TAACGCAAGTCTCAGTACCACCTGTAAGCTGCAAATTCAGCTCCTTATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGCAAGTCTCAGTACCACCTGTAAGCTGCAAATTCAGCTCCTTATGA  200

seq1  CTTGCACATAGGTTACAGAACCCACACAGCTTGCTGTCCCACCCTATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCACATAGGTTACAGAACCCACACAGCTTGCTGTCCCACCCTATACA  250

seq1  CATGTCCTTAGTTCATTGCTGACTACAGTGGATGGATTTTGGTAGAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCCTTAGTTCATTGCTGACTACAGTGGATGGATTTTGGTAGAAATT  300

seq1  TCAAATTTTGTTTTCACTTTTGTTTGTTTGTGTTATGTTCATGGCAGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTTGTTTTCACTTTTGTTTGTTTGTGTTATGTTCATGGCAGTAC  350

seq1  ATGAACTTTGCAGCCAATGTATCTGCAGACTGTTGATTTGTGTGTGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTTTGCAGCCAATGTATCTGCAGACTGTTGATTTGTGTGTGTGGA  400

seq1  TCACAGGTCAGTCTCTATTATGCATTCACAAGTTTTCTGTGGAGAAACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTCAGTCTCTATTATGCATTCACAAGTTTTCTGTGGAGAAACCT  450

seq1  TCTCTAAGGACCACTTACAACATCATCTGTTTTTGTAACTGGTTCCCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGGACCACTTACAACATCATCTGTTTTTGTAACTGGTTCCCTTA  500

seq1  AAATCCAATATATTCTGAAGGATATGATCAATAAGCAGATGGCTTATGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAATATATTCTGAAGGATATGATCAATAAGCAGATGGCTTATGCC  550

seq1  CATGCACATGCCAAGAAATGAGGAGTCTAATTAACAGTTAGAAAAGGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACATGCCAAGAAATGAGGAGTCTAATTAACAGTTAGAAAAGGGTG  600

seq1  TGAGGTGATCGCAGAAGTGAAATAGAGACCCTGCCTGGACTGGGAAACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGATCGCAGAAGTGAAATAGAGACCCTGCCTGGACTGGGAAACCC  650

seq1  CTGGATATGGAATCAGGGCTGTTGGTGTGACATGTTGTTGAGTGGTAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATATGGAATCAGGGCTGTTGGTGTGACATGTTGTTGAGTGGTAGCT  700

seq1  ATTGGAAGACAGCTAAGTCCTTCAGGTACACTCATTAGGACTTTGCTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAAGACAGCTAAGTCCTTCAGGTACACTCATTAGGACTTTGCTAAT  750

seq1  TATCGTTTGGCCTGGTCAGCAGCAGGCATCTTTACATTGCCTTGAGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTTTGGCCTGGTCAGCAGCAGGCATCTTTACATTGCCTTGAGAAAA  800

seq1  AAAATCAATAGGAAACAAAGAATACAAAAGTATTTGTCATTAAGAGGAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCAATAGGAAACAAAGAATACAAAAGTATTTGTCATTAAGAGGAAT  850

seq1  CAGAAGTGAGTCATTCTTCTTATCGGCAAGGTATAGTTACAG-AAGGATG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGAAGTGAGTCATTCTTCTTATCGGCAAGGTATAGTTACAGAAAGGATG  900

seq1  AGTGTCTACTATCGTGGAGGCAAAGGAAGCCTTCTCCAATGTGTAATGTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTACTATCGTGGAGGCAAAGGAAGCCTTCTCCAATGTGTAATGTG  950

seq1  GTGCTCTTAAACAAAGGTCAGGAAGAGAAAGCTTGTGAGAAGAAGCCAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGCTCTTAAACAAAGGTCAGGAAGAGAAAGCTTGTGAG-AGAAGCCAAT  999

seq1  GCATTTTCACAACGAATCCCTAAGGATCTTCAGTTAATCTGCAAATTCCA  1049
      |||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||   |||||||||||
seq2  GCATTTTCAC-ACG-ATCCCT-AGGATCTTCAGTTATCTTGCAAATTCCA  1046

seq1  CAGATGCTATCAATGGATTCAAGTACCAAGACTCCTTCCTGCATA-TATA  1098
      ||||||||||  ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||
seq2  CAGATGCTATTCATGGA-TCAGGTACC-AGACTCCTT-CTGCATATTATA  1093

seq1  TCTCT-TGTCCCAGGTAGGTACTGAGATGGGTTCTTTCCTCTGCAGCTAG  1147
      | ||| ||| ||| || |||||||| || |||||||| |||| | |  ||
seq2  T-TCTCTGT-CCAAGTTGGTACTGAAAT-GGTTCTTT-CTCTCCTGGCAG  1139

seq1  CAAAGGCTGCCAAG-----GATCATTCATTGCATCAGAGAAAAGAAC--T  1190
      |  ||   ||||||     |||||||||||||||| |||||||||||  |
seq2  CCTAG---GCCAAGCTGCAGATCATTCATTGCATC-GAGAAAAGAACCTT  1185

seq1  GA--TCTCCATGTG  1202
      ||   |||||||||
seq2  GAATCCTCCATGTG  1199


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |