BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183K11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 29,151,785 - 29,280,240
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErc2, LOC100040206
Upstream geneArhgef3, Ccdc66, LOC665370
Downstream geneWnt5a, LOC100040218, Cacna2d3, Lrtm1, Ppia-ps15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183K11.bB6Ng01-183K11.g
ACCGA009224GA009225
length1,2111,166
definitionB6Ng01-183K11.b B6Ng01-183K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,151,785 - 29,152,998)(29,279,064 - 29,280,240)
sequence
gaattctttcagagcccaattcaacctacttctcaatgatttgcccactg
aggccaattaggcaccatttaccagagcccagtgtagatctggaagtggg
tctggaagaatagaaactgcatccataattaagtcctagttcaagtccgt
ttgtttgctggcatgcatggggaaagttacacctcagaactatagaggaa
aaatgtagcatggtatagccatactgataatgatgataaatatgattcca
ttggaggggtgtttcccctacatcgatgtttcctagcactttacatagca
tgcaccttaccatgattgcatggcatttcccaacaaccaaaccgtcccga
caggtgaagaatggaggacagggccacagaatgcagtagttacctcccat
gaaagctgtcattccaccatgaattagctcaatgaatcccttagtctgat
gccctctcgagtgagttatttgtccagcactccagacttttggaccacgc
cacactccttttcattaccgtctgtcccacttgtactcataagccatttt
taagctgtagctcatatatctaagccagtgcttctgcagggagagggctg
tgcttgccatgtacactcattccagcttctgcatggccccaagccattgt
aaatgaaactagcttccacagtctaaccaagttccctgcagattcccaaa
aggagaggctgggttggcttgaagctggcaaggacttgggcccatatatc
tgttgcagtaaaacaatctcaggggtccctggtttgcagtgttgactaga
tgaatctaaccacgtcgaaggctgcttctttggagatggacttccccttt
gctttgaccagtctagctgtagaacctctcagactcagggttagcgtgga
tgatgatgtcttggtttctgttgacatccttgtctctcctgaactctcag
gtgccactttacatacagaaagaacagcctgtacagtggagtataagagc
ttgaaatagagttccagattcatcttacgtgtgctttgaacatgtttcag
aaggttggtttttttaatttgtattttgtttgtaaaacataagcataaac
agcaagctccctgttcttgcctagccacaacccaagggaagagcttggta
atcatcgtaacgagaacccactgccactagagagtcagtttttcccgtgt
aggtttcccat
gaattctgtgagtggcctggattagtctgttttcccatttacggaccaag
caatgagactgagcagagggtacgtatctccaaaagaggcaaggacatga
aattcaaaatggaccaaacgaaatacaagaatactacaaagcccactttc
attttgtatgtttcaaagttcatgccacttgggaagtcccttttaatgaa
cacacacacataccccccccccccacacacacaaatagtaggcttcaaac
ttgacaaaaatatacagccatacagagacgacattcgggcccctcttaga
gtctctgaaaggtctgtatacttagcaggctctgaaatggaagacttgct
ataaattctccatagaatccatgatccatccccaccctctccaggacagt
cttgttcttgagatagagtttttcaaagtcagatgagaataaagaaagac
gtgttttaacccccttacaaggattccatgttaggatgagcttgtcatgg
atacatagggagatctttccctaaactagacagaaagatggttgtagtgt
tcagcaaagaagtgggagtcctggataagcattttggagaatttaaaata
tgaaagaacagtttgataacttaggttcaccgaccagaagtggttcaaat
gacaagtgtttccagcaggatcctcacggagccactcagggcaattagtt
tctgggatttgaaagcacccttcccaccttgccatttactcttgggctag
tgactaattaggggtctcgtttgaagatcaaggttttgctgtccctgctt
cttaataacatgggtttgcctgtcggccacctgggtccaggcaagacctc
cttattcccctccccaaaataccaagcactgccttaggccagaacaagtg
tgggcaggaaaccacagatccagccttttgagtaatttaacctcttcatc
gccatatcctgccatcctgtacttacttgattgagcttgtcttgagatga
ggagtctgagcttgcttcttagacagaatgaaaggctttgccttcaattg
caaaggaaccttgaagtgcaaacctgtgtagcatgcttcttgctagagca
agagtagggggagaactcccttcgaatggatcagaatcagagctctttgc
ctttgcttggaattgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_29151785_29152998
seq2: B6Ng01-183K11.b_46_1256

seq1  GAATTCTTTCAGAGCCCAATTCAACCTACTTCTCAATGATTTGCCCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAGAGCCCAATTCAACCTACTTCTCAATGATTTGCCCACTG  50

seq1  AGGCCAATTAGGCACCATTTACCAGAGCCCAGTGTAGATCTGGAAGTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAATTAGGCACCATTTACCAGAGCCCAGTGTAGATCTGGAAGTGGG  100

seq1  TCTGGAAGAATAGAAACTGCATCCATAATTAAGTCCTAGTTCAAGTCCGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGAATAGAAACTGCATCCATAATTAAGTCCTAGTTCAAGTCCGT  150

seq1  TTGTTTGCTGGCATGCATGGGGAAAGTTACACCTCAGAACTATAGAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGCTGGCATGCATGGGGAAAGTTACACCTCAGAACTATAGAGGAA  200

seq1  AAATGTAGCATGGTATAGCCATACTGATAATGATGATAAATATGATTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTAGCATGGTATAGCCATACTGATAATGATGATAAATATGATTCCA  250

seq1  TTGGAGGGGTGTTTCCCCTACATCGATGTTTCCTAGCACTTTACATAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGGGTGTTTCCCCTACATCGATGTTTCCTAGCACTTTACATAGCA  300

seq1  TGCACCTTACCATGATTGCATGGCATTTCCCAACAACCAAACCGTCCCGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTTACCATGATTGCATGGCATTTCCCAACAACCAAACCGTCCCGA  350

seq1  CAGGTGAAGAATGGAGGACAGGGCCACAGAATGCAGTAGTTACCTCCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGAAGAATGGAGGACAGGGCCACAGAATGCAGTAGTTACCTCCCAT  400

seq1  GAAAGCTGTCATTCCACCATGAATTAGCTCAATGAATCCCTTAGTCTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTGTCATTCCACCATGAATTAGCTCAATGAATCCCTTAGTCTGAT  450

seq1  GCCCTCTCGAGTGAGTTATTTGTCCAGCACTCCAGACTTTTGGACCACGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTCGAGTGAGTTATTTGTCCAGCACTCCAGACTTTTGGACCACGC  500

seq1  CACACTCCTTTTCATTACCGTCTGTCCCACTTGTACTCATAAGCCATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCCTTTTCATTACCGTCTGTCCCACTTGTACTCATAAGCCATTTT  550

seq1  TAAGCTGTAGCTCATATATCTAAGCCAGTGCTTCTGCAGGGAGAGGGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTGTAGCTCATATATCTAAGCCAGTGCTTCTGCAGGGAGAGGGCTG  600

seq1  TGCTTGCCATGTACACTCATTCCAGCTTCTGCATGGCCCCAAGCCATTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGCCATGTACACTCATTCCAGCTTCTGCATGGCCCCAAGCCATTGT  650

seq1  AAATGAAACTAGCTTCCACAGTCTAACCAAGTTCCCTGCAGATTCCCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAACTAGCTTCCACAGTCTAACCAAGTTCCCTGCAGATTCCCAAA  700

seq1  AGGAGAGGCTGGGTTGGCTTGAAGCTGGCAAGGACTTGGGCCCATATATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGGCTGGGTTGGCTTGAAGCTGGCAAGGACTTGGGCCCATATATC  750

seq1  TGTTGCAGTAAAACAATCTCAGGGGTCCCTGGTTTGCAGTGTTGACTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCAGTAAAACAATCTCAGGGGTCCCTGGTTTGCAGTGTTGACTAGA  800

seq1  TGAATCTAACCACGTCGAAGGCTGCTTCTTTGGAGATGGACTTCCCCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCTAACCACGTCGAAGGCTGCTTCTTTGGAGATGGACTTCCCCTTT  850

seq1  GCTTTGACCAGTCTAGCTGTAGAACCTCTCAGACTCAGGGTTAGCGTGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGACCAGTCTAGCTGTAGAACCTCTCAGACTCAGGGTTAGCGTGGA  900

seq1  TGATGATGTCTTGGTTTCTGTTGACATCCTTGTCTCTCCTGAACTCTCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGTCTTGGTTTCTGTTGACATCCTTGTCTCTCCTGAACTCTCAG  950

seq1  GTGCCACTTTACATACAGAAAGAACAGCCTGTACAGTGGAGTTATAAGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GTGCCACTTTACATACAGAAAGAACAGCCTGTACAGTGGAG-TATAA-GA  998

seq1  GCTTGAAATAGAGTTCCAGATTCATCTTTACGTGTGCTTTGAACATGTTT  1050
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAAATAGAGTTCCAGATTCATC-TTACGTGTGCTTTGAACATGTTT  1047

seq1  TCCAG-AGGTTGGTTTTTTTAATTTGTA-TTTGTTTGTAAAACATAAGCA  1098
        ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  --CAGAAGGTTGGTTTTTTTAATTTGTATTTTGTTTGTAAAACATAAGCA  1095

seq1  T-AACAGCAAAAGCCCCCTTGTCT--GCTAGCACCAAACCCCAAAGGGAA  1145
      | ||||||  |||| ||||  |||   |||||  |||   || |||||||
seq2  TAAACAGC--AAGCTCCCTGTTCTTGCCTAGCCACAA---CCCAAGGGAA  1140

seq1  GAGCTTGGCCAATCATCTGACAGAG-ACACACTTGCCAGCAGAGAG-CAG  1193
      ||||||||  |||||||  |  ||| || ||| |||||  |||||| |||
seq2  GAGCTTGG-TAATCATCGTAACGAGAACCCAC-TGCCACTAGAGAGTCAG  1188

seq1  GTTTTCC--TGTAGGTTTCCCAT  1214
       ||||||  ||||||||||||||
seq2  TTTTTCCCGTGTAGGTTTCCCAT  1211

seq1: chr14_29279064_29280240
seq2: B6Ng01-183K11.g_64_1229 (reverse)

seq1  CCAACTCCAAGCAAAGGCAAAGAGCCTCTTGATTCCCTGCTCATCTGGAA  50
      |||| ||||||||||||||||||| ||| |||||  ||| ||   | |||
seq2  CCAATTCCAAGCAAAGGCAAAGAG-CTC-TGATT--CTGATCCATTCGAA  46

seq1  AAGTGGAGTTCTCCCCCTACTCTTTCCTCTAGCAAGGAAGCATGCTACAC  100
          |||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||
seq2  ---GGGAGTTCTCCCCCTACTC-TTGCTCTAGCAA-GAAGCATGCTACAC  91

seq1  AGGGTTTGCACCTTCAAGGGTTTCCTTTGC-ATTGAA-GCAAAGCCTTTC  148
      | |||||||| ||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  A-GGTTTGCA-CTTCAAGG--TTCCTTTGCAATTGAAGGCAAAGCCTTTC  137

seq1  ATTCTGTCTTAGAAGCAAGCTCAGACTTCTTCATCTCAAGAC-AGCTCAA  197
      ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||
seq2  ATTCTGTCTAAGAAGCAAGCTCAGAC-TCCTCATCTCAAGACAAGCTCAA  186

seq1  TCAAGTAAGTACAGGATGGCAGGATATTGGCGATGAAGAGGTTAAATTAC  247
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAAGTACAGGATGGCAGGATA-TGGCGATGAAGAGGTTAAATTAC  235

seq1  TCAAAAGGCTGGATCTGTGGTTTCCTGCCCACACTTGTTCTGGCCTAAGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGGCTGGATCTGTGGTTTCCTGCCCACACTTGTTCTGGCCTAAGG  285

seq1  CAGTGCTTGGTATTTTGGGGAGGGGAATAAGGAGGTCTTGCCTGGACCCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCTTGGTATTTTGGGGAGGGGAATAAGGAGGTCTTGCCTGGACCCA  335

seq1  GGTGGCCGACAGGCAAA-CCATGTTATTAAGAAGCAGGGACAGCAAAACC  396
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCCGACAGGCAAACCCATGTTATTAAGAAGCAGGGACAGCAAAACC  385

seq1  TTGATCTTCAAACGAGACCCCTAATTAGTCACTAGCCCAAGAGTAAATGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTCAAACGAGACCCCTAATTAGTCACTAGCCCAAGAGTAAATGG  435

seq1  CAAGGTGGGAAGGGTGCTTTCAAATCCCAGAAACTAATTGCCCTGAGTGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGGGAAGGGTGCTTTCAAATCCCAGAAACTAATTGCCCTGAGTGG  485

seq1  CTCCGTGAGGATCCTGCTGGAAACACTTGTCATTTGAACCACTTCTGGTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGTGAGGATCCTGCTGGAAACACTTGTCATTTGAACCACTTCTGGTC  535

seq1  GGTGAACCTAAGTTATCAAACTGTTCTTTCATATTTTAAATTCTCCAAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACCTAAGTTATCAAACTGTTCTTTCATATTTTAAATTCTCCAAAA  585

seq1  TGCTTATCCAGGACTCCCACTTCTTTGCTGAACACTACAACCATCTTTCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATCCAGGACTCCCACTTCTTTGCTGAACACTACAACCATCTTTCT  635

seq1  GTCTAGTTTAGGGAAAGATCTCCCTATGTATCCATGACAAGCTCATCCTA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGTTTAGGGAAAGATCTCCCTATGTATCCATGACAAGCTCATCCTA  685

seq1  ACATGGAATCCTTGTAAGGGGGTTAAAACACGTCTTTCTTTATTCTCATC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAATCCTTGTAAGGGGGTTAAAACACGTCTTTCTTTATTCTCATC  735

seq1  TGACTTTGAAAAACTCTATCTCAAGAACAAGACTGTCCTGGAGAGGGTGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTGAAAAACTCTATCTCAAGAACAAGACTGTCCTGGAGAGGGTGG  785

seq1  GGATGGATCATGGATTCTATGGAGAATTTATAGCAAGTCTTCCATTTCAG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGATCATGGATTCTATGGAGAATTTATAGCAAGTCTTCCATTTCAG  835

seq1  AGCCTGCTAAGTATACAGACCTTTCAGAGACTCTAAGAGGGGCCCGAATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTAAGTATACAGACCTTTCAGAGACTCTAAGAGGGGCCCGAATG  885

seq1  TCGTCTCTGTATGGCTGTATATTTTTGTCAAGTTTGAAGCCTACTATTTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTCTGTATGGCTGTATATTTTTGTCAAGTTTGAAGCCTACTATTTG  935

seq1  TGTGTGTGGGGGGGGGGGGTATGTGTGTGTGTTCATTAAAAGGGACTTCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGGGGGGGGGGGTATGTGTGTGTGTTCATTAAAAGGGACTTCC  985

seq1  CAAGTGGCATGAACTTTGAAACATACAAAATGAAAGTGGGCTTTGTAGTA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGGCATGAACTTTGAAACATACAAAATGAAAGTGGGCTTTGTAGTA  1035

seq1  TTCTTGTATTTCGTTTGGTCCATTTTGAATTTCATGTCCTTGCCTCTTTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTATTTCGTTTGGTCCATTTTGAATTTCATGTCCTTGCCTCTTTT  1085

seq1  GGAGATACGTACCCTCTGCTCAGTCTCATTGCTTGGTCCGTAAATGGGAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATACGTACCCTCTGCTCAGTCTCATTGCTTGGTCCGTAAATGGGAA  1135

seq1  AACAGACTAATCCAGGCCACTCACAGAATTC  1177
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACTAATCCAGGCCACTCACAGAATTC  1166