BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184A16
Chromosome14 (Build37)
Map Location 123,970,490 - 124,110,317
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVgcnl1, Itgbl1, LOC668700
Upstream genePcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneFgf14, GA_x5J8B7W4W3R-189177-188236
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184A16.bB6Ng01-184A16.g
ACCGA009517GA009518
length1,1371,170
definitionB6Ng01-184A16.b B6Ng01-184A16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,970,490 - 123,971,636)(124,109,126 - 124,110,317)
sequence
gaattctcaaagcccaaaatacttgtgtagaacctaatattgctttaata
attaaatatgtgtagctaggatggagttataacaaacagagtaatgttag
gtaaaccatggcatatttcaacacttaacagagaaaacaaagagaaatat
atacattagcatcttatgtacatggattaacatttcccatctatgggtta
cacagacagggcatatccataagtatttaattagctattttgctgttcca
gttaattttcagctctctgttgttgcaaatatgtaatgctgcacatttga
gacttaccttagctacttgttagctacaagtataagaaagtcaaatctta
tttgtcatagaattagcaactctgactcctaatcaacaagaaaatacttt
aaatgctacaaacaaaaataatagcctaaaatgagagaccattaactcta
tatagatatatgattgacacagagcacagagtctgtatatcatagcttgt
agggtaatatatatatatatatatgtatatatatgcatataatttaattt
ttcatttatggtttttatactactagtattcataaaatgaaatattagtt
acacacttatatttttcatttaataaacattataaacagaaactgaaaat
atatattaccagtaagacagacctatctcattaaagccactgtagcccag
ctcttgcctgctaagtcccaggtcttccaggtccatgcatttaaatcctg
gcgggcattgatagccttcttctagctctggggagcagtgcgtatctgga
atagctaagctattccaggttacatttctgtggacagacagtacataaaa
gtatcagaaaatttgagagtcgtaagcatcaataaaaataagttattaag
aaatcattgccaagaactgctgtatatggatacaaattgagattggtaat
ttgtgagtggcactacaaggattataaattgttaaattatagttgattta
ttcccatagagcaccttaaataatactatcatattattctgggttttggt
ggattttttaactgaatttctgtactagcacattttactaccatctcctt
cagtcaacatagtgatggaagaatattttccaatata

gaattcacatcctcaatattgcaaaatcctctacctattgcacaatctcc
ccatcctagaaacataaaagtttaccgttaagaaatggcatcccacttta
tttattgtcaagagaaagttggaagagtaatgaagttagatacattgcct
gtgactccagagggtcgtaaagttgaagtaatattctaagcttgatgcca
tttgtcctggaagggtttaagacatttcaaccagatattcacgatgatgc
tgatatttctgttatatgctcttcacaaagaaattagcctatttatccaa
aaagtttccattattatttgatcagggggaaaaaagctgtttgaagacta
taaaatggtatttcctgctaaggtgcctctaaggttagtcgtgattgtca
acttggcagatctgagaagtcacatagaagacaaacctctaaggatattt
gtgaagttatatagaagaagttaaagttacatcttaagtgagatgtaaag
acccactttagatatggatatggataccattccatggtctggatttccag
agtgaattaaaaaagagaaaataaactgagcaccaacatccacttcttga
ctatagacacaatgtgaacagcctcatactactgttgtaatgccatctat
tcctgatgaattaattgtagcctcaaaccaaattaaaaaaaaaaacattc
attctttacattacttttctttggtactttggtcacagaaatggaaaaaa
aaaactagtacaatttcgctgtatacctatgcatagttacatataaatta
gtatgagagaatgtaattgagcagttattaatcaacctactgttgtataa
gagatgtattctttacaggtggataaataaattcaagtttattcctactt
ctggaaaattcagaggtttaatgaatgattgttaacttggatgaatttga
aagaatcgttatcttcacagtattttgtagcagttcgttaatattcaaaa
agacgccgagttccttagaagaaagattcgcctcaaatatagatagagca
tattagctccttgaccaagagcacatgacattttaacatagtgtacctta
tgcatcctatacgaaattttattccaacctgtcagcagatatcctcatta
atctcatggtttaagaaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_123970490_123971636
seq2: B6Ng01-184A16.b_43_1179

seq1  GAATTCTCAAAGCCCAAAATACTTGTGTAGAACCTAATATTGCTTTAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAAGCCCAAAATACTTGTGTAGAACCTAATATTGCTTTAATA  50

seq1  ATTAAATATGTGTAGCTAGGATGGAGTTATAACAAACAGAGTAATGTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATATGTGTAGCTAGGATGGAGTTATAACAAACAGAGTAATGTTAG  100

seq1  GTAAACCATGGCATATTTCAACACTTAACAGAGAAAACAAAGAGAAATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCATGGCATATTTCAACACTTAACAGAGAAAACAAAGAGAAATAT  150

seq1  ATACATTAGCATCTTATGTACATGGATTAACATTTCCCATCTATGGGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTAGCATCTTATGTACATGGATTAACATTTCCCATCTATGGGTTA  200

seq1  CACAGACAGGGCATATCCATAAGTATTTAATTAGCTATTTTGCTGTTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACAGGGCATATCCATAAGTATTTAATTAGCTATTTTGCTGTTCCA  250

seq1  GTTAATTTTCAGCTCTCTGTTGTTGCAAATATGTAATGCTGCACATTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTTCAGCTCTCTGTTGTTGCAAATATGTAATGCTGCACATTTGA  300

seq1  GACTTACCTTAGCTACTTGTTAGCTACAAGTATAAGAAAGTCAAATCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTACCTTAGCTACTTGTTAGCTACAAGTATAAGAAAGTCAAATCTTA  350

seq1  TTTGTCATAGAATTAGCAACTCTGACTCCTAATCAACAAGAAAATACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATAGAATTAGCAACTCTGACTCCTAATCAACAAGAAAATACTTT  400

seq1  AAATGCTACAAACAAAAATAATAGCCTAAAATGAGAGACCATTAACTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTACAAACAAAAATAATAGCCTAAAATGAGAGACCATTAACTCTA  450

seq1  TATAGATATATGATTGACACAGAGCACAGAGTCTGTATATCATAGCTTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATATATGATTGACACAGAGCACAGAGTCTGTATATCATAGCTTGT  500

seq1  AGGGTAATATATATATATATATATGTATATATATGCATATAATTTAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAATATATATATATATATATGTATATATATGCATATAATTTAATTT  550

seq1  TTCATTTATGGTTTTTATACTACTAGTATTCATAAAATGAAATATTAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTATGGTTTTTATACTACTAGTATTCATAAAATGAAATATTAGTT  600

seq1  ACACACTTATATTTTTCATTTAATAAACATTATAAACAGAAACTGAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTTATATTTTTCATTTAATAAACATTATAAACAGAAACTGAAAAT  650

seq1  ATATATTACCAGTAAGACAGACCTATCTCATTAAAGCCACTGTAGCCCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTACCAGTAAGACAGACCTATCTCATTAAAGCCACTGTAGCCCAG  700

seq1  CTCTTGCCTGCTAAGTCCCAGGTCTTCCAGGTCCATGCATTTAAATCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCCTGCTAAGTCCCAGGTCTTCCAGGTCCATGCATTTAAATCCTG  750

seq1  GCGGGCATTGATAGCCTTCTTCTAGCTCTGGGGAGCAGTGCGTATCTGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGCATTGATAGCCTTCTTCTAGCTCTGGGGAGCAGTGCGTATCTGGA  800

seq1  ATAGCTAAGCTATTCCAGGTTACATTTCTGTGGACAGACAGTACATAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTAAGCTATTCCAGGTTACATTTCTGTGGACAGACAGTACATAAAA  850

seq1  GTATCAGAAAATTTGAGAGTCGTAAGCATCAATAAAAATAAGTTATTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAGAAAATTTGAGAGTCGTAAGCATCAATAAAAATAAGTTATTAAG  900

seq1  AAATCATTGCCAAGAACTGCTGTATATGGATACAAATTGAGATTGGTAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCATTGCCAAGAACTGCTGTATATGGATACAAATTGAGATTGGTAAT  950

seq1  TTGTGAGTGGCACTACAAGGATTATAAATTGTTAAATTATAGTTGATTTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGTGGCACTACAAGGATTATAAATTGTTAAATTATAGTTGATTTA  1000

seq1  TTCCCATAGAGCACCTTAAAATAATACTATCATATTATTTCTGGGTTTTG  1050
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTCCCATAGAGCACCTT-AAATAATACTATCATATTA-TTCTGGGTTTTG  1048

seq1  GTGGGATTTTTTTAACTGAAATTTTCTGTACTAGGCACATTTTACTACCC  1100
      ||||   |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GTGG--ATTTTTTAACTGAA--TTTCTGTACTA-GCACATTTTACTA-CC  1092

seq1  ATCTCCTTTCAGTCAACATTAAGTGATGAAAGAAATATTTTC--ATATA  1147
      |||||| ||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||  |||||
seq2  ATCTCC-TTCAGTCAACAT--AGTGATGGAAG-AATATTTTCCAATATA  1137


seq1: chr14_124109126_124110317
seq2: B6Ng01-184A16.g_61_1230 (reverse)

seq1  CCTTTCTTATAACACTGAGATTAATGTAGGATAAATCCTGCTGAACAGTG  50
      ||||||||| |||  ||||||||||| ||||||    |||||| |||| |
seq2  CCTTTCTTA-AACCATGAGATTAATG-AGGATA---TCTGCTG-ACAG-G  43

seq1  TTGGAAATAAAATTTTCCTTTATAGGGATGCAATTAAAGTACAACTATGT  100
      |||| ||||||||||     |||| |||||||  ||| |||| |||||||
seq2  TTGG-AATAAAATTT---CGTATA-GGATGCA--TAAGGTAC-ACTATGT  85

seq1  TAAAAATGTCATGTTGCTCTTTGTCAGGGAAGCTTATTATGCTCTATCCT  150
      | ||||||||||| ||||||| |||| || ||| || |||||||||||  
seq2  T-AAAATGTCATG-TGCTCTTGGTCAAGG-AGC-TAATATGCTCTATC--  129

seq1  TATATTTGA-GCGAATCTTTTCTTCTAAGGAACTCGGCGTTCTTTTTGAA  199
      ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TATATTTGAGGCGAATC-TTTCTTCTAAGGAACTCGGCG-TCTTTTTGAA  177

seq1  TATTAAACGACTGCTACAAAATACTTGTG-AGATAACGATTCTTTCAAAT  248
      ||||||   ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TATTAACGAACTGCTACAAAATAC-TGTGAAGATAACGATTCTTTCAAA-  225

seq1  TTCATCCAAGTTAACAATCATTCATTAAACCTCTGAATTTTCCAGAAGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCCAAGTTAACAATCATTCATTAAACCTCTGAATTTTCCAGAAGTA  275

seq1  GGAAT-AACTTGAATTTATTTATCCACCTGTAAAGAATACATCTCTTATA  347
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAACTTGAATTTATTTATCCACCTGTAAAGAATACATCTCTTATA  325

seq1  CAACAGTAGGTTGATTAATAACTGCTCAATTACATTCTCTCATACTAATT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGTAGGTTGATTAATAACTGCTCAATTACATTCTCTCATACTAATT  375

seq1  TATATGTAACTATGCATAGGTATACAGCGAAATTGTACTAGTTTTTTTTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTAACTATGCATAGGTATACAGCGAAATTGTACTAGTTTTTTTTT  425

seq1  TCCATTTCTGTGACCAAAGTACCAAAGAAAAGTAATGTAAAGAATGAATG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCTGTGACCAAAGTACCAAAGAAAAGTAATGTAAAGAATGAATG  475

seq1  TTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGAGGCTACAATTAATTCATCAGGAATAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTAATTTGGTTTGAGGCTACAATTAATTCATCAGGAATAGA  525

seq1  TGGCATTACAACAGTAGTATGAGGCTGTTCACATTGTGTCTATAGTCAAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTACAACAGTAGTATGAGGCTGTTCACATTGTGTCTATAGTCAAG  575

seq1  AAGTGGATGTTGGTGCTCAGTTTATTTTCTCTTTTTTAATTCACTCTGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGATGTTGGTGCTCAGTTTATTTTCTCTTTTTTAATTCACTCTGGA  625

seq1  AATCCAGACCATGGAATGGTATCCATATCCATATCTAAAGTGGGTCTTTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGACCATGGAATGGTATCCATATCCATATCTAAAGTGGGTCTTTA  675

seq1  CATCTCACTTAAGATGTAACTTTAACTTCTTCTATATAACTTCACAAATA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCACTTAAGATGTAACTTTAACTTCTTCTATATAACTTCACAAATA  725

seq1  TCCTTAGAGGTTTGTCTTCTATGTGACTTCTCAGATCTGCCAAGTTGACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGAGGTTTGTCTTCTATGTGACTTCTCAGATCTGCCAAGTTGACA  775

seq1  ATCACGACTAACCTTAGAGGCACCTTAGCAGGAAATACCATTTTATAGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACGACTAACCTTAGAGGCACCTTAGCAGGAAATACCATTTTATAGTC  825

seq1  TTCAAACAGCTTTTTTCCCCCTGATCAAATAATAATGGAAACTTTTTGGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACAGCTTTTTTCCCCCTGATCAAATAATAATGGAAACTTTTTGGA  875

seq1  TAAATAGGCTAATTTCTTTGTGAAGAGCATATAACAGAAATATCAGCATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGGCTAATTTCTTTGTGAAGAGCATATAACAGAAATATCAGCATC  925

seq1  ATCGTGAATATCTGGTTGAAATGTCTTAAACCCTTCCAGGACAAATGGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGTGAATATCTGGTTGAAATGTCTTAAACCCTTCCAGGACAAATGGCA  975

seq1  TCAAGCTTAGAATATTACTTCAACTTTACGACCCTCTGGAGTCACAGGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCTTAGAATATTACTTCAACTTTACGACCCTCTGGAGTCACAGGCA  1025

seq1  ATGTATCTAACTTCATTACTCTTCCAACTTTCTCTTGACAATAAATAAAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTAACTTCATTACTCTTCCAACTTTCTCTTGACAATAAATAAAG  1075

seq1  TGGGATGCCATTTCTTAACGGTAAACTTTTATGTTTCTAGGATGGGGAGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGCCATTTCTTAACGGTAAACTTTTATGTTTCTAGGATGGGGAGA  1125

seq1  TTGTGCAATAGGTAGAGGATTTTGCAATATTGAGGATGTGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAATAGGTAGAGGATTTTGCAATATTGAGGATGTGAATTC  1170


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |