BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184J06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 15,794,143 - 15,960,530
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNek10
Upstream geneAtxn7, Psmd6, Olfr720, LOC667125, LOC100042543, Olfr31, Il3ra, LOC627139, Olfr721-ps1, LOC667152, LOC100042147, Slc4a7
Downstream geneLrrc3b, LOC667205, 1700062C10Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184J06.bB6Ng01-184J06.g
ACCGA009917GA009918
length997490
definitionB6Ng01-184J06.b B6Ng01-184J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,959,530 - 15,960,530)(15,794,143 - 15,794,638)
sequence
gaattccatcagaaaaccattgtttctcccaccattgtcagttttctgtg
gctgtaacaagcccctgagataaatagctcaaaggaatgaagtacatatt
tactctgtggttgcagacatttctgcccacggttcctcggatccagtgga
ccattgactctgcagtttctgagccatgatattgtgataatcaaacagag
agatgggaagtaactaggataccattttgcattccagcatcccagcctcc
cagggattgccttccatctctaggtctagggtctgctgtttacatgtgcc
ctcagtgggtgacccagcatccaccagtgagcctgtggggacatttaaaa
ctgtgatgctccccttgtttattaacttgctccatcatttttatcatcac
agacacaggtatacacctgtgtgtatatattttgtgtgctagtttccttt
tccttacgttgtctagcattggctgctgggagctttcacagagggcccca
gtcttctgctgctaagcagtggctgcatgttatctgacactgcagaacaa
gccaggctcaccttgtgtattttctcccccaattctctaagtcatttctt
cagattcccctgattctttgcaaatgaaactaggaactaggactatgaga
gttggttgatattgtggctttaggttctcagtaatgagagcaaaattatg
tgtgcttaaagttaacctgtgtacatatacctgcctataaacagttcata
tatgagcagctgaataccaagccaagcaggattcattgggatgactctca
actctaattccttaccacaccagtcatggcttcccccctgtttttttttt
tttttttgtaattttttttccattttttattaggtatttagctcatttac
atttccatgctataccaaagtcccccatacccaccacccacacttcccct
acccaccactcccccttttggccctggcgtaccctgtactggagcat

ttcttctgtattgcacagtaacttcagaagccctgagactatgaggatgg
tttctattcattactggtgtgtagcacaggcctccaaggaaacagtgtgt
gtgtatttgtgtttgtgtgtgtatgtctgtgtgtgggtgtgatgtttatg
tgaacattcccgaatgcttatttttttaagatttattttattcttatttt
ttaaatgggatattttatttacatttcaaatgttatcccctttcccagtt
ccccctgaaacaccctatgacatccccccccctgcttttatgagggtgtt
cccccaaccacccaccaactcctgcctccccaccctcacattcacctacc
ctaaggcatccagccttcacaggaccaagggcctctctgcccagggatga
ccaacaaagccatcctctgctatatttgctgctggatccatgggtccctc
catgtatactctttgattggtagtttattccctggaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_15959530_15960530
seq2: B6Ng01-184J06.b_41_1037 (reverse)

seq1  ATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGT  50
      |||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  ATGCTCCAGTACA-GGGTACGCCAGGGCC-AAAAGGGGGAGT-GGTGGGT  47

seq1  AGGGG-AGTGTGGGTGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGA  99
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  AGGGGAAGTGTGGGT-GGTGGGTATGGGGGAC-TTTGGTATAGCA-TGGA  94

seq1  AATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAATTAC-AAA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAAATGGAAAAAAAATTACAAAA  144

seq1  AAAAAAAAAAAAACAGGGGGGAAGCCATGACTGGTGTGGTAAGGAATTAG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAACAGGGGGGAAGCCATGACTGGTGTGGTAAGGAATTAG  194

seq1  AGTTGAGAGTCATCCCAATGAATCCTGCTTGGCTTGGTATTCAGCTGCTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGAGTCATCCCAATGAATCCTGCTTGGCTTGGTATTCAGCTGCTC  244

seq1  ATATATGAACTGTTTATAGGCAGGTATATGTACACAGGTTAACTTTAAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAACTGTTTATAGGCAGGTATATGTACACAGGTTAACTTTAAGC  294

seq1  ACACATAATTTTGCTCTCATTACTGAGAACCTAAAGCCACAATATCAACC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAATTTTGCTCTCATTACTGAGAACCTAAAGCCACAATATCAACC  344

seq1  AACTCTCATAGTCCTAGTTCCTAGTTTCATTTGCAAAGAATCAGGGGAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCATAGTCCTAGTTCCTAGTTTCATTTGCAAAGAATCAGGGGAAT  394

seq1  CTGAAGAAATGACTTAGAGAATTGGGGGAGAAAATACACAAGGTGAGCCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGAAATGACTTAGAGAATTGGGGGAGAAAATACACAAGGTGAGCCT  444

seq1  GGCTTGTTCTGCAGTGTCAGATAACATGCAGCCACTGCTTAGCAGCAGAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTTCTGCAGTGTCAGATAACATGCAGCCACTGCTTAGCAGCAGAA  494

seq1  GACTGGGGCCCTCTGTGAAAGCTCCCAGCAGCCAATGCTAGACAACGTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGGCCCTCTGTGAAAGCTCCCAGCAGCCAATGCTAGACAACGTAA  544

seq1  GGAAAAGGAAACTAGCACACAAAATATATACACACAGGTGTATACCTGTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGGAAACTAGCACACAAAATATATACACACAGGTGTATACCTGTG  594

seq1  TCTGTGATGATAAAAATGATGGAGCAAGTTAATAAACAAGGGGAGCATCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATGATAAAAATGATGGAGCAAGTTAATAAACAAGGGGAGCATCA  644

seq1  CAGTTTTAAATGTCCCCACAGGCTCACTGGTGGATGCTGGGTCACCCACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTAAATGTCCCCACAGGCTCACTGGTGGATGCTGGGTCACCCACT  694

seq1  GAGGGCACATGTAAACAGCAGACCCTAGACCTAGAGATGGAAGGCAATCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCACATGTAAACAGCAGACCCTAGACCTAGAGATGGAAGGCAATCC  744

seq1  CTGGGAGGCTGGGATGCTGGAATGCAAAATGGTATCCTAGTTACTTCCCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAGGCTGGGATGCTGGAATGCAAAATGGTATCCTAGTTACTTCCCA  794

seq1  TCTCTCTGTTTGATTATCACAATATCATGGCTCAGAAACTGCAGAGTCAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGTTTGATTATCACAATATCATGGCTCAGAAACTGCAGAGTCAA  844

seq1  TGGTCCACTGGATCCGAGGAACCGTGGGCAGAAATGTCTGCAACCACAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCACTGGATCCGAGGAACCGTGGGCAGAAATGTCTGCAACCACAGA  894

seq1  GTAAATATGTACTTCATTCCTTTGAGCTATTTATCTCAGGGGCTTGTTAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATATGTACTTCATTCCTTTGAGCTATTTATCTCAGGGGCTTGTTAC  944

seq1  AGCCACAGAAAACTGACAATGGTGGGAGAAACAATGGTTTTCTGATGGAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGAAAACTGACAATGGTGGGAGAAACAATGGTTTTCTGATGGAA  994

seq1  TTC  1001
      |||
seq2  TTC  997


seq1: chr14_15794143_15794638
seq2: B6Ng01-184J06.g_67_562

seq1  GAATTCTTCTTCTGTATTGCACAGTAACTTCAGAAGCCCTGAGACTATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTCTGTATTGCACAGTAACTTCAGAAGCCCTGAGACTATGA  50

seq1  GGATGGTTTCTATTCATTACTGGTGTGTAGCACAGGCCTCCAAGGAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGTTTCTATTCATTACTGGTGTGTAGCACAGGCCTCCAAGGAAACA  100

seq1  GTGTGTGTGTATTTGTGTTTGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGGGTGTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTATTTGTGTTTGTGTGTGTATGTCTGTGTGTGGGTGTGATG  150

seq1  TTTATGTGAACATTCCCGAATGCTTATTTTTTTAAGATTTATTTTATTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGAACATTCCCGAATGCTTATTTTTTTAAGATTTATTTTATTCT  200

seq1  TATTTTTTAAATGGGATATTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTTAAATGGGATATTTTATTTACATTTCAAATGTTATCCCCTTTC  250

seq1  CCAGTTCCCCCTGAAACACCCTATGACATCCCCCCCCCTGCTTTTATGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTCCCCCTGAAACACCCTATGACATCCCCCCCCCTGCTTTTATGAG  300

seq1  GGTGTTCCCCCAACCACCCACCAACTCCTGCCTCCCCACCCTCACATTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTCCCCCAACCACCCACCAACTCCTGCCTCCCCACCCTCACATTCA  350

seq1  CCTACCCTAAGGCATCCAGCCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCTGCCCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCCTAAGGCATCCAGCCTTCACAGGACCAAGGGCCTCTCTGCCCAG  400

seq1  GGATGACCAACAAAGCCATCCTCTGCTATATTTGCTGCTGGATCCATGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGACCAACAAAGCCATCCTCTGCTATATTTGCTGCTGGATCCATGGG  450

seq1  TCCCTCCATGTATACTCTTTGATTGGTAGTTTAGTCCCTGGAAGCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCCCTCCATGTATACTCTTTGATTGGTAGTTTATTCCCTGGAAGCT  496


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |