BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185B02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 41,951,490 - 42,099,416
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040498, LOC666079, Mbl1, Sftpd, LOC666093, EG666099, LOC100040545
Upstream geneLOC218945, LOC100040470, LOC382876, Sh2d4b, Tspan14, 5730469M10Rik, Dydc2, EG622782, Dydc1, Mat1a, Sftpa1
Downstream geneLOC676294, LOC545034, LOC100040587, EG666138, EG624191, EG666149, LOC666155, EG666156, LOC100040642, LOC100041729, LOC624277, LOC100041810, EG666186, LOC100041722, LOC100041841, EG666207, LOC666214, LOC632737, EG623168, LOC100041849, 1700016D02Rik, LOC100040726, LOC666228, LOC666233, LOC100041930, EG666152, EG385234, LOC100041950, LOC100041910, LOC674032, EG666239, LOC100040759, LOC100040771, EG666253, EG666264, LOC100040787, EG666280, EG666285
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185B02.bB6Ng01-185B02.g
ACCGA010279GA010280
length1,1931,188
definitionB6Ng01-185B02.b B6Ng01-185B02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,951,490 - 41,952,696)(42,098,220 - 42,099,416)
sequence
gaattctctgtaagaacagacatgtctcacctttggaccaatactctctt
catctttcatgtaaactaaagtaacacccatgtctgtctacaactttaaa
ccagcaccatgaagcctaggagtgaggagatcctagacagactcttgtgt
taccctcttggctatcaatgaaacaaagtatcccaggggattagaatttc
ctccaggaagctcatgctgggagaaggaaatggatgaagcctgatggcag
ccagagaaaagatttttgcttctccaagaggaatttcacaaaattctgac
aagtctttacatgaccttacagaagagactagagtcaagatgattttgga
ttaaagatgagtgggaccatacctccactaggaatgcttggctattgtaa
ttctggttgtcttaaactttaatcccatgcctggatgcagaaaatagact
tcgggatcactgggtctctttgtccctattcgtagtatgactacattgaa
taaatcccccctttctggttttaactattaatttggctctgttacttggc
ttattgagtatggtaactgaacctaacttcttagggctgtcagggacatc
atctccaaactgatattaatgccaataacagtcacgcaagcaagcagtag
gccacaacttaccctttactttaagaagcatccgcttcaaattctcacca
ctttttggtcgcagtgatgaattaaacataaaataacaaatcttgattac
aaagctagggacacactcatctggggtacgttttaaaccaaacccagcaa
tctggactacatgaggtctttgatgagagtatgcatagagtttgaaacca
tgtactattattaagaacagagcaagcttcaagtgttaagcatgtacaca
ttggaactgagatttttagcaaaattttatgtgtattaactaaatgtatt
atattggtttattactattttttttttagagctgagccatctttgaattt
ctatattatatcatacatgccctgtgtagctgaccctgctcaaactccct
tgccctcttggagaaactcaggctacatgtcatctctcttgtctccattt
cctcacccaccaagatgtccactcggggctcattttgacatggtgtgaac
aatccagttccgaatgtgtgacttcacatgtaaccctccacct
gaattctgctggatgcaggtacagctacaagcaacacaatctctcaatga
ttagaatccaaaccaaattataaggcaaagttttactgagtagaggaagc
tggaaaggcaatggtagcaagcaatgagaaaaaaatctggaatgctgaaa
agacacagtgagccacctgacattacagtgggccttcataattcttccag
agcagaaaagggacataacatggattttatatactaacctcctcctcaac
tctatgtactatattccaatgattttctccaaagatttcaatgtggttta
ataatatggcccctagccggtggaaagtgtgactttacatgagcttttgt
gtccttttttttttcctcccttgggagctaggtagagttgcatactaaat
ggactgctgtatttgattttttcatgggtgcaatctgaaatctcaggggc
tttactaatcatgcttggtcggtagagacggacacagttgcatctacaca
aagagacacacaaacacatatacacacacaaacacagttgtatattcaag
catctataccacaaacacttacaagggcattttgcattacacaaacacac
aacttagaataaacacaccgagtcacagctggtacacacacacacacaca
cacacacacaccacataccacacaaagactgacacaaaaacacatacatc
aatgaaattcttgctcttatctagcatatttttgttgtatgagcatgtag
taggacctatgatgtgtacaaggctcttagactcaagggggctttgcagc
cctgacctgtacttatctcctcttcaggaacttttttctatgcagatact
tgctggtcctataaggacattacaatttctacacagatacccttgacaac
agagcactaaattgccagaaagagatttctacctatagcctccagtaagc
cacatttgactcatcacaatcccctcactaacctacactgagtccttttt
agcatccgacgaagactgtgacttttgatcattactcaaggacttttcaa
cacattacatattatgtgatatttaaatcatcttcatatcagtacgggaa
atctaggttaaatgaactgctgtgacttctggaatgcagcacttgcaact
ctgatgagaatctatctgaaacaaaccttgttccaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_41951490_41952696
seq2: B6Ng01-185B02.b_41_1233

seq1  GAATTCTCTGTAAGAACAGACATGTCTCACCTTTGGACCAATACTCTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGTAAGAACAGACATGTCTCACCTTTGGACCAATACTCTCTT  50

seq1  CATCTTTCATGTAAACTAAAGTAACACCCATGTCTGTCTACAACTTTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCATGTAAACTAAAGTAACACCCATGTCTGTCTACAACTTTAAA  100

seq1  CCAGCACCATGAAGCCTAGGAGTGAGGAGATCCTAGACAGACTCTTGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACCATGAAGCCTAGGAGTGAGGAGATCCTAGACAGACTCTTGTGT  150

seq1  TACCCTCTTGGCTATCAATGAAACAAAGTATCCCAGGGGATTAGAATTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCTTGGCTATCAATGAAACAAAGTATCCCAGGGGATTAGAATTTC  200

seq1  CTCCAGGAAGCTCATGCTGGGAGAAGGAAATGGATGAAGCCTGATGGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGAAGCTCATGCTGGGAGAAGGAAATGGATGAAGCCTGATGGCAG  250

seq1  CCAGAGAAAAGATTTTTGCTTCTCCAAGAGGAATTTCACAAAATTCTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGAAAAGATTTTTGCTTCTCCAAGAGGAATTTCACAAAATTCTGAC  300

seq1  AAGTCTTTACATGACCTTACAGAAGAGACTAGAGTCAAGATGATTTTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTTACATGACCTTACAGAAGAGACTAGAGTCAAGATGATTTTGGA  350

seq1  TTAAAGATGAGTGGGACCATACCTCCACTAGGAATGCTTGGCTATTGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGATGAGTGGGACCATACCTCCACTAGGAATGCTTGGCTATTGTAA  400

seq1  TTCTGGTTGTCTTAAACTTTAATCCCATGCCTGGATGCAGAAAATAGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTTGTCTTAAACTTTAATCCCATGCCTGGATGCAGAAAATAGACT  450

seq1  TCGGGATCACTGGGTCTCTTTGTCCCTATTCGTAGTATGACTACATTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGATCACTGGGTCTCTTTGTCCCTATTCGTAGTATGACTACATTGAA  500

seq1  TAAATCCCCCCTTTCTGGTTTTAACTATTAATTTGGCTCTGTTACTTGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCCCCCTTTCTGGTTTTAACTATTAATTTGGCTCTGTTACTTGGC  550

seq1  TTATTGAGTATGGTAACTGAACCTAACTTCTTAGGGCTGTCAGGGACATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAGTATGGTAACTGAACCTAACTTCTTAGGGCTGTCAGGGACATC  600

seq1  ATCTCCAAACTGATATTAATGCCAATAACAGTCACGCAAGCAAGCAGTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCAAACTGATATTAATGCCAATAACAGTCACGCAAGCAAGCAGTAG  650

seq1  GCCACAACTTACCCTTTACTTTAAGAAGCATCCGCTTCAAATTCTCACCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAACTTACCCTTTACTTTAAGAAGCATCCGCTTCAAATTCTCACCA  700

seq1  CTTTTTGGTCGCAGTGATGAATTAAACATAAAATAACAAATCTTGATTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGGTCGCAGTGATGAATTAAACATAAAATAACAAATCTTGATTAC  750

seq1  AAAGCTAGGGACACACTCATCTGGGGTACGTTTTAAACCAAACCCAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAGGGACACACTCATCTGGGGTACGTTTTAAACCAAACCCAGCAA  800

seq1  TCTGGACTACATGAGGTCTTTGATGAGAGTATGCATAGAGTTTGAAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGACTACATGAGGTCTTTGATGAGAGTATGCATAGAGTTTGAAACCA  850

seq1  TGTACTATTATTAAGAACAGAGCAAGCTTCAAGTGTTAAGCATGTACACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTATTATTAAGAACAGAGCAAGCTTCAAGTGTTAAGCATGTACACA  900

seq1  TTGGAACTGAGATTTTTAGCAAAATTTTATGTGTATTAACTAAATGTATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAACTGAGATTTTTAGCAAAATTTTATGTGTATTAACTAAATGTATT  950

seq1  ATATTGGTTTATTACTA-TTTTTTTTTAGAGCTGAGCCATCTTTGAATTT  999
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGTTTATTACTATTTTTTTTTTAGAGCTGAGCCATCTTTGAATTT  1000

seq1  CTATATTATATCATACATGCCCTGTGTTAGGCTGGAACCCCTGCTCAAAC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||   ||||    ||||||||||||
seq2  CTATATTATATCATACATGCCCTGTGT--AGCTG---ACCCTGCTCAAAC  1045

seq1  TCCCTTGCCCTCTTGGAGAAAACTCCAGGCTAACATGTCATCTCTCCTTG  1099
      |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||
seq2  TCCCTTGCCCTCTTGGAG-AAACT-CAGGCT-ACATGTCATCTCT-CTTG  1091

seq1  TCTCCCCATTTCTTCCAACCCACCCAAGAGTGTCCACTCGGGGCTCAATT  1149
      |||  ||||||| ||  ||||| |||||| |||||||||||||||||  |
seq2  TCT--CCATTTCCTC--ACCCA-CCAAGA-TGTCCACTCGGGGCTCA--T  1133

seq1  TTTGACCATGTGTGGACACAATCCCAGTCCAGATGTGTGACTTCAC-TG-  1197
      ||||||   |||||   |||||||   |||  |||||||||||||| || 
seq2  TTTGACATGGTGTG--AACAATCCAGTTCCGAATGTGTGACTTCACATGT  1181

seq1  --ACCTCCACCT  1207
         |||||||||
seq2  AACCCTCCACCT  1193

seq1: chr14_42098220_42099416
seq2: B6Ng01-185B02.g_67_1254 (reverse)

seq1  TTTTGG-ACAAGTGTTTGTTTCAGGATAGATTCTCACTCAGAGTTGTGCA  49
      |||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||
seq2  TTTTGGAACAAG-GTTTGTTTCA-GATAGATTCTCA-TCAGAGT--TGCA  45

seq1  GAGTGCTGCATTTCAGAAATGTCACAGCAGGTCATTTAA-CTAGATTTTC  98
       ||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||| ||||| ||||
seq2  -AGTGCTGCATTCCAGAA--GTCACAGCAGTTCATTTAACCTAGA-TTTC  91

seq1  CCTTACTGATATTGAGGATGATTT-AATATCACATAATATGTAATGTGTT  147
      || |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTACTGATA-TGAAGATGATTTAAATATCACATAATATGTAATGTGTT  140

seq1  GAAAAGTTCCTGAGTAATGATCAAAAGTCACAGTCTTCGTCGGATGCTAA  197
      ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCCTTGAGTAATGATCAAAAGTCACAGTCTTCGTCGGATGCTAA  190

seq1  AAAGGACTCAGTGTAGGTTTAGTGAGGGGATTGTGATGAGTCAAAATGTG  247
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAGGACTCAGTGTAGG-TTAGTGAGGGGATTGTGATGAGTC-AAATGTG  238

seq1  GCTTACTGGAGGCTATAGGTAGAAATCTCTTTCTTGGCAATTTAGTGCTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTTACTGGAGGCTATAGGTAGAAATCTCTTTC-TGGCAATTTAGTGCTC  287

seq1  TGTTGTCAAGGGTATCTGTGTAGAAATTGTAATGTCCTTATAGGACCAGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTCAAGGGTATCTGTGTAGAAATTGTAATGTCCTTATAGGACCAGC  337

seq1  AAGTATCTGCATAG-AAAAAGTTCCTGAAGAGGAGATAAGTACAGGTCAG  396
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCTGCATAGAAAAAAGTTCCTGAAGAGGAGATAAGTACAGGTCAG  387

seq1  GGCTGCAAAGCCCCCTTGAGTCTAAGAGCCTTGTACACATCATAGGTCCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCAAAGCCCCCTTGAGTCTAAGAGCCTTGTACACATCATAGGTCCT  437

seq1  ACTACATGCTCATACAACAAAAATATGCTAGATAAGAGCAAGAATTTCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACATGCTCATACAACAAAAATATGCTAGATAAGAGCAAGAATTTCAT  487

seq1  TGATGTATGTGTTTTTGTGTCAGTCTTTGTGTGGTATGTGGTGTGTGTGT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTATGTGTTTTTGTGTCAGTCTTTGTGTGGTATGTGGTGTGTGTGT  537

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTACCAGCTGTGACTCGGTGTGTTTATTCTAAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTACCAGCTGTGACTCGGTGTGTTTATTCTAAGT  587

seq1  TGTGTGTTTGTGTAATGCAAAATGCCCTTGTAAGTGTTTGTGGTATAGAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTTGTGTAATGCAAAATGCCCTTGTAAGTGTTTGTGGTATAGAT  637

seq1  GCTTGAATATACAACTGTGTTTGTGTGTGTATATGTGTTTGTGTGTCTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGAATATACAACTGTGTTTGTGTGTGTATATGTGTTTGTGTGTCTCT  687

seq1  TTGTGTAGATGCAACTGTGTCCGTCTCTACCGACCAAGCATGATTAGTAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTAGATGCAACTGTGTCCGTCTCTACCGACCAAGCATGATTAGTAA  737

seq1  AGCCCCTGAGATTTCAGATTGCACCCATGAAAAAATCAAATACAGCAGTC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCTGAGATTTCAGATTGCACCCATGAAAAAATCAAATACAGCAGTC  787

seq1  CATTTAGTATGCAACTCTACCTAGCTCCCAAGGGAGGAAAAAAAAAAGGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGTATGCAACTCTACCTAGCTCCCAAGGGAGGAAAAAAAAAAGGA  837

seq1  CACAAAAGCTCATGTAAAGTCACACTTTCCACCGGCTAGGGGCCATATTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAGCTCATGTAAAGTCACACTTTCCACCGGCTAGGGGCCATATTA  887

seq1  TTAAACCACATTGAAATCTTTGGAGAAAATCATTGGAATATAGTACATAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACCACATTGAAATCTTTGGAGAAAATCATTGGAATATAGTACATAG  937

seq1  AGTTGAGGAGGAGGTTAGTATATAAAATCCATGTTATGTCCCTTTTCTGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGAGGAGGAGGTTAGTATATAAAATCCATGTTATGTCCCTTTTCTGC  987

seq1  TCTGGAAGAATTATGAAGGCCCACTGTAATGTCAGGTGGCTCACTGTGTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAGAATTATGAAGGCCCACTGTAATGTCAGGTGGCTCACTGTGTC  1037

seq1  TTTTCAGCATTCCAGATTTTTTTCTCATTGCTTGCTACCATTGCCTTTCC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGCATTCCAGATTTTTTTCTCATTGCTTGCTACCATTGCCTTTCC  1087

seq1  AGCTTCCTCTACTCAGTAAAACTTTGCCTTATAATTTGGTTTGGATTCTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCTCTACTCAGTAAAACTTTGCCTTATAATTTGGTTTGGATTCTA  1137

seq1  ATCATTGAGAGATTGTGTTGCTTGTAGCTGTACCTGCATCCAGCAGAATT  1196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTGAGAGATTGTGTTGCTTGTAGCTGTACCTGCATCCAGCAGAATT  1187

seq1  C  1197
      |
seq2  C  1188