BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189E17
Chromosome14 (Build37)
Map Location 121,773,605 - 121,954,044
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk24, Slc15a1, LOC100043577, Dock9
Upstream geneMbnl2, Rap2a, LOC668835, LOC668837, Ranbp5, Farp1, LOC100043837
Downstream geneLOC668843, Phgdhl1, Gpr18, Ebi2, Timm8a2, Tm9sf2, LOC621710, Clybl, 1700108J01Rik, EG328479, EG432907, Zic5, Zic2, ENSMUSG00000075465, LOC668847, Pcca
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189E17.bB6Ng01-189E17.g
ACCGA013356GA013357
length1,1381,112
definitionB6Ng01-189E17.b B6Ng01-189E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,773,605 - 121,774,717)(121,952,938 - 121,954,044)
sequence
gaattcaagccactgagctctgtaaaaattctacagggctctcttagcta
tccaggaacatttgagcccccagtattccctaccccggcatcttctgctc
aaatactctgataacttctagtggacacccagaacccacttcccagatca
cctatgtctgagaacacagacacctcaaagaacaaaatacccaacccagt
ctccaggcctcagccccacccagcaggcccgtagacaccccacctctcca
tcctacagaaacttggtgctttccaaacatgcacctggtctcctgggccc
cagttaccagaaccttctcagggcctgccctgcaagggctcctgaccact
tgaggccagggacctatatcttgatatcatcctctgaagactctgtctac
atcaggaccagaagatgctaaacctccatccgcgttcagcctcacctgag
atggtcttgaaacctagacctcacaactttgctgaaaggccactcagaca
ccaaaccaccccccagggtacagttccaaacagggcaacaagagcaggta
tgtcccaacgaagcagggaagagggcgactagactgtacacaacggccta
tgggcattgagtctcacagaggggtgggcagctagaaatgtgctagtgag
catctttcctggctaccctgcacacaagccccctcacagctagggcttgc
agcctaggagctgaacaaagggaatgaaaccaggatataaaaacatcagc
aagcaaaatctaagtttttcttcgttacacctttaaatcatctatacttt
gcaaacacgagggtcttcttaaattcaaagcctcgagacatgctgaatta
actccagcctccttacatatgtgacttatctaactttcgtgtattttaaa
cttggagccatgaacttggagccacatgaaccagtgggctgtggaatcaa
tttcaatgttacaatcagcttcttccccccccaccccccaaccccccact
actgcagttagttgacttacaaggaagcaagaaaacagttgctacaactc
tgaagcttttatttctaggtcctggattgccaagtctctgtcttaacaaa
ggggttcaacagcccaagaaaagcttttaaaaacggct
gaattcaagtaagcaaacccaggatatgagcagagaaatggcccagcagt
taagcgtgcctggccttgtcagatacagatgtgctcatagacacactcac
tcatagacacacacatgcatacaaatacacacatgtgcatgtacacttac
acgtggtcaaggtaaaaacaaagttaaaaataagctcaagacatcaccat
acagcatatatatatgtattttttttttacagtttatgtgagagaaatga
gatgaaggttttaaaacacacagaaacttagatttgtaaagtttccccct
ttaagaaggtgtgtaatgcattagccacattgccatcacagggatgcccc
tcttttagcacacgtttggcttccctaatgtgcacctgagtggcagatcc
tcaccagctaagaaaattatttccagatgatacattcttgtgattatcag
ttttggtgctatctgtacagcgataacctcacttttggtttcttaaatca
gcatttctcagagtgttccggagccaccaaggtcagccactcctgggaag
ctgaactgaagactcccaggctctacccaccccaccccctaaatctgctg
aatcagaaactagggatgatacccaggctcctgtgcctgcaagcactcct
gggtgtctgggtgcatgcttagagctgggaactctgggtatttgctttta
tcatgaatcttgattcataacagggtgttttccctgggcacatactcttc
cctgggcacatacccagttggttactcttatggtttcacatttgatacag
aaccatttttagattagattaagaaatgtgagcagagctctatcaccaca
acagaggacaaagagtaactggcttcaaaaagaggcacagcagccacagc
cacatttgattctgagaacagctagtcagttaccacacccttatgggcta
aggatgttaagtgcctggcatgggggctcctacagacctgggtcactgtc
tcactgttgaagaattggagagatttccaagcatccctgtgccttcatct
catgtgttaataatcctgtcaagtaacagattgagggagagagtgtagcc
ttggggtgcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_121773605_121774717
seq2: B6Ng01-189E17.b_42_1179

seq1  GAATTCAAGCCACTGAGCTCTGTAAAAATTCTACAGGGCTCTCTTAGCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGCCACTGAGCTCTGTAAAAATTCTACAGGGCTCTCTTAGCTA  50

seq1  TCCAGGAACATTTGAGCCCCCAGTATTCCCTACCCCGGCATCTTCTGCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGAACATTTGAGCCCCCAGTATTCCCTACCCCGGCATCTTCTGCTC  100

seq1  AAATACTCTGATAACTTCTAGTGGACACCCAGAACCCACTTCCCAGATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTCTGATAACTTCTAGTGGACACCCAGAACCCACTTCCCAGATCA  150

seq1  CCTATGTCTGAGAACACAGACACCTCAAAGAACAAAATACCCAACCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTCTGAGAACACAGACACCTCAAAGAACAAAATACCCAACCCAGT  200

seq1  CTCCAGGCCTCAGCCCCACCCAGCAGGCCCGTAGACACCCCACCTCTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGGCCTCAGCCCCACCCAGCAGGCCCGTAGACACCCCACCTCTCCA  250

seq1  TCCTACAGAAACTTGGTGCTTTCCAAACATGCACCTGGTCTCCTGGGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACAGAAACTTGGTGCTTTCCAAACATGCACCTGGTCTCCTGGGCCC  300

seq1  CAGTTACCAGAACCTTCTCAGGGCCTGCCCTGCAAGGGCTCCTGACCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTACCAGAACCTTCTCAGGGCCTGCCCTGCAAGGGCTCCTGACCACT  350

seq1  TGAGGCCAGGGACCTATATCTTGATATCATCCTCTGAAGACTCTGTCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCAGGGACCTATATCTTGATATCATCCTCTGAAGACTCTGTCTAC  400

seq1  ATCAGGACCAGAAGATGCTAAACCTCCATCCGCGTTCAGCCTCACCTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGACCAGAAGATGCTAAACCTCCATCCGCGTTCAGCCTCACCTGAG  450

seq1  ATGGTCTTGAAACCTAGACCTCACAACTTTGCTGAAAGGCCACTCAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTTGAAACCTAGACCTCACAACTTTGCTGAAAGGCCACTCAGACA  500

seq1  CCAAACCACCCCCCAGGGTACAGTTCCAAACAGGGCAACAAGAGCAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCACCCCCCAGGGTACAGTTCCAAACAGGGCAACAAGAGCAGGTA  550

seq1  TGTCCCAACGAAGCAGGGAAGAGGGCGACTAGACTGTACACAACGGCCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCAACGAAGCAGGGAAGAGGGCGACTAGACTGTACACAACGGCCTA  600

seq1  TGGGCATTGAGTCTCACAGAGGGGTGGGCAGCTAGAAATGTGCTAGTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATTGAGTCTCACAGAGGGGTGGGCAGCTAGAAATGTGCTAGTGAG  650

seq1  CATC-TTCCTGGCTACCCTGCACACAAGCCCCCTCACAGCTAGGGCTTGC  699
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCCTGGCTACCCTGCACACAAGCCCCCTCACAGCTAGGGCTTGC  700

seq1  AGCCTAGGAGCTGAACAAAGGGAATGAAACCAGGATATAAAAACATCAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTAGGAGCTGAACAAAGGGAATGAAACCAGGATATAAAAACATCAGC  750

seq1  AAGCAAAATCTAAG-TTTTCTTCGTTACACCTTTAAATCATCTATAC-TT  797
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AAGCAAAATCTAAGTTTTTCTTCGTTACACCTTTAAATCATCTATACTTT  800

seq1  GCAAACACGAGGGTC-TCTTAAATTCAAAGCCTCGAGACATGCTGAATTA  846
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACACGAGGGTCTTCTTAAATTCAAAGCCTCGAGACATGCTGAATTA  850

seq1  ACTCCAGCCTTCTTACATATGTGACTTATCTAAC-TTCGTGTATTTTAAA  895
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTCCAGCCTCCTTACATATGTGACTTATCTAACTTTCGTGTATTTTAAA  900

seq1  CTTGGAGCCATGAACTTGGAGCCACATGAACCAGTGGGCTGTGGAATCAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGCCATGAACTTGGAGCCACATGAACCAGTGGGCTGTGGAATCAA  950

seq1  -TTCAATGTTACAATCAGCTTC-TCCCCCCCCACCCCC--AACCCCCACT  991
       ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | ||||||||
seq2  TTTCAATGTTACAATCAGCTTCTTCCCCCCCCACCCCCCAACCCCCCACT  1000

seq1  ACTGCAG-TAG-TGACTTACAAGG-AGCAAG-AAACAG-TGCTAC-ACTC  1035
      ||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||| ||||
seq2  ACTGCAGTTAGTTGACTTACAAGGAAGCAAGAAAACAGTTGCTACAACTC  1050

seq1  TGAAGCTTTAATTTCT-GGTCCTG--ATGCCAAGTCTCTGTCTT-ACAA-  1080
      ||||||||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||| |||| 
seq2  TGAAGCTTTTATTTCTAGGTCCTGGATTGCCAAGTCTCTGTCTTAACAAA  1100

seq1  -GGGT--CACAGCCC-AGAAAGGC-TTTAAAAACGGCT  1113
       ||||   ||||||| ||||| || |||||||||||||
seq2  GGGGTTCAACAGCCCAAGAAAAGCTTTTAAAAACGGCT  1138

seq1: chr14_121952938_121954044
seq2: B6Ng01-189E17.g_66_1177 (reverse)

seq1  TCTGCCACCCCAA-GCT-CACTCTCTCCCCTCATATCTG-TACTTTACAG  47
      |||| |||||||| ||| |||||||| |||||| ||||| ||||| ||||
seq2  TCTG-CACCCCAAGGCTACACTCTCT-CCCTCA-ATCTGTTACTTGACAG  47

seq1  GATTATTTAACACAATGAGATGAAGGCACAGGGATGCTTGGAAATCTCTC  97
      ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTA-TTAACAC-ATGAGATGAAGGCACAGGGATGCTTGGAAATCTCTC  95

seq1  CAAATTCTC-ACAGTGAGACAGTGACCCAGGTCTGTAGGAG-CCCCATGC  145
      ||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAATTCTTCAACAGTGAGACAGTGACCCAGGTCTGTAGGAGCCCCCATGC  145

seq1  CAGGCACTTAACTTCCTTAGCCCATAA-GGTGTGGTAACTGACTAGCTGT  194
      |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACTTAACATCCTTAGCCCATAAGGGTGTGGTAACTGACTAGCTGT  195

seq1  TCTCAGAATC-AATGTGGCTGTGGCTGCTGTGCCTCTTTTTGAAGCCAGT  243
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGAATCAAATGTGGCTGTGGCTGCTGTGCCTCTTTTTGAAGCCAGT  245

seq1  TACTCTTTGTCCTCTGTTGTGGTGATAGAGCTCTGCTCACA-TTCTTTAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  TACTCTTTGTCCTCTGTTGTGGTGATAGAGCTCTGCTCACATTTCTTAAT  295

seq1  CTAATCT-AAAATGGTTCTGTATCAAATGTG-AACCATAAGAGTAACCAA  340
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CTAATCTAAAAATGGTTCTGTATCAAATGTGAAACCATAAGAGTAACCAA  345

seq1  CTGGGTATGTGCCCAGGGAAGAGTATGTGCCCAGGGAAAACACCCTGTTA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTATGTGCCCAGGGAAGAGTATGTGCCCAGGGAAAACACCCTGTTA  395

seq1  TGAATCAAGATTCATGATAAAAGCAAATACCCAGAGTTCCCAGCTCTAAG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCAAGATTCATGATAAAAGCAAATACCCAGAGTTCCCAGCTCTAAG  445

seq1  CATGCACCCAGACACCCAGGAGTGCTTGCAGGCACAGGAGCCTGGGTATC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACCCAGACACCCAGGAGTGCTTGCAGGCACAGGAGCCTGGGTATC  495

seq1  ATCCCTAGTTTCTGATTCAGCAGATTTAGGGGGTGGGGTGGGTAGAGCCT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTAGTTTCTGATTCAGCAGATTTAGGGGGTGGGGTGGGTAGAGCCT  545

seq1  GGGAGTCTTCAGTTCAGCTTCCCAGGAGTGGCTGACCTTGGTGGCTCCGG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCTTCAGTTCAGCTTCCCAGGAGTGGCTGACCTTGGTGGCTCCGG  595

seq1  AACACTCTGAGAAATGCTGATTTAAGAAACCAAAAGTGAGGTTATCGCTG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTGAGAAATGCTGATTTAAGAAACCAAAAGTGAGGTTATCGCTG  645

seq1  TACAGATAGCACCAAAACTGATAATCACAAGAATGTATCATCTGGAAATA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATAGCACCAAAACTGATAATCACAAGAATGTATCATCTGGAAATA  695

seq1  ATTTTCTTAGCTGGTGAGGATCTGCCACTCAGGTGCACATTAGGGAAGCC  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTAGCTGGTGAGGATCTGCCACTCAGGTGCACATTAGGGAAGCC  745

seq1  AAACGTGTGCTAAAAGAGGGGCATCCCTGTGATGGCAATGTGGCTAATGC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTGTGCTAAAAGAGGGGCATCCCTGTGATGGCAATGTGGCTAATGC  795

seq1  ATTACACACCTTCTTAAAGGGGGAAACTTTACAAATCTAAGTTTCTGTGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACACCTTCTTAAAGGGGGAAACTTTACAAATCTAAGTTTCTGTGT  845

seq1  GTTTTAAAACCTTCATCTCATTTCTCTCACATAAACTGTAAAAAAAAAAT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAAACCTTCATCTCATTTCTCTCACATAAACTGTAAAAAAAAAAT  895

seq1  ACATATATATATGCTGTATGGTGATGTCTTGAGCTTATTTTTAACTTTGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATATATGCTGTATGGTGATGTCTTGAGCTTATTTTTAACTTTGT  945

seq1  TTTTACCTTGACCACGTGTAAGTGTACATGCACATGTGTGTATTTGTATG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTTGACCACGTGTAAGTGTACATGCACATGTGTGTATTTGTATG  995

seq1  CATGTGTGTGTCTATGAGTGAGTGTGTCTATGAGCACATCTGTATCTGAC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTGTCTATGAGTGAGTGTGTCTATGAGCACATCTGTATCTGAC  1045

seq1  AAGGCCAGGCACGCTTAACTGCTGGGCCATTTCTCTGCTCATATCCTGGG  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCAGGCACGCTTAACTGCTGGGCCATTTCTCTGCTCATATCCTGGG  1095

seq1  TTTGCTTACTTGAATTC  1107
      |||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTACTTGAATTC  1112