BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-189I02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,588,234 - 23,742,362
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, LOC665068
Upstream geneSamd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392
Downstream geneKcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-189I02.bB6Ng01-189I02.g
ACCGA013511GA013512
length1,0721,162
definitionB6Ng01-189I02.b B6Ng01-189I02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,588,234 - 23,589,294)(23,741,209 - 23,742,362)
sequence
gaattcttgaactgatcctgtttaaatctttccccatcatttaagtgttc
caattctttatcacctctttcacgagaaacctcatttccaaaagaaaggc
tgggtggttaaagttctctcattgaggcctccatttccattattgctcta
ccaacaaggctgagagtagactgctacatgtcaagaatcagtcattagaa
agttcagttagttctgggctatatgattttccttaagtaccactgcctgc
tgggtagtaggccaccatgccttccaaactcaaactcaaggcatctagct
tcattgtcttggagacattcaagacttttctcctttccacctggggatcc
ccctcaggaagtattccttaatttctatctagactggaagctttgcatgt
ctaacaatcaggtgaaaggattgaagtagaactcactgtttatactgaag
agctctggcctcctaggctgagtctcaagagaacaaaacagatgtaactg
tggatgcaaggtggtacctttacttttccatgaatgctggcataacattc
ttattagttcatccataagtgagaaatgtcttagttcatctatgataacc
tgactcgctgactaaaaggctgatatagtttgttagattaagtggatggt
agtcatggaagtttcagactgtttacttctgatttagacaggtccttttt
ttaaaagtgccagctaataaatcatttgcacgattcccaaatgggaatag
ataacgacacagttgccaaggtcaaaagttagactgcttgagttttgagt
ctgaaattgaccctcaatcatgatgtgacatttgaccttgctcttgttgt
tgttgtgtgttgttgttgttgtttgagacagggttttctctgtgtaaccc
ttggttgttctggaactcacttctgtagaccaggcttggccttgaaactc
tagaaatctgcctgccttctgccttccaagtgctgggattaaaagcatgc
accaaccactgcccacttgaactttgcttccttgaggcctccaattgaac
ttagactctagaaaaatgaagc
gaattctgtaatcatagttcaatgctaggtcttcaggtcttcccctcacg
atggctaaggttcctgaagctcactgtttatctgacttggtgagaaaatg
tcagtgtcaccacgtctgtatctgataggcaaatgtgaccttgataccac
agtgtgatagagaagagaggcctcacagaacccatctcaccaagtatcga
ggagctgactagacgctggatcctgtcttcctctgcacaaagccagactg
tataggatttgcaactggaatgagtattcctcaaggagctgccacaggga
acaagcaacagagtcagccttcatgaagcctgtgtcagcgcatctcctgc
acactgggacatgtggtatgctgtgctgtgctgtgctgtgcaataaagga
taggcaggctgacaaagtatgggaaccatatggcaggggtggggtccaaa
gctacgtcaggaatgcacacacatatggtaaaaatgatgtgcatgggata
gtacccttaatttttctcagtaaggtttatacatgcatgcatatcccaac
caaagattagaggaagttaatatggaaatcacctagtcaaatgtccactc
ccattttatggaaggaataggagcttgacaaatatacggcaaaacatatt
ctaggcatacaaatacagcaatgaagtagaattcaagacttttttatttc
taacccttagttgtatttttcaatatggcaacacctgggtttaatcccat
ctctgcaagtagattcaaagtttttctagacaggagactcctatggcaag
ctgtgaactacaggtaaaaaggtttcagactctgggccgctttcatgtcc
actttcagacctcagactcaaattgagacttgggacaattctgcaaaggg
gcagatatcagttactcttgggaaaacacaaaaggccccagaccaagttc
ttgaaaacatcagcaaattgatccttcagtcagaggccagggttacttac
aaaggtcaaggacacatggagatcatttgttgctttctctacaggctccc
caaggaaggaaatggaattgggcagagaagactggtggattgcacatggc
ttgcaagaatccttccgaacctctgccaagaatgagacttgacagagtcc
ttagaatccatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23588234_23589294
seq2: B6Ng01-189I02.b_43_1114

seq1  GAATTCTTGAACTGATCCTGTTTAAATCTTTCCCCATCATTTAAGTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAACTGATCCTGTTTAAATCTTTCCCCATCATTTAAGTGTTC  50

seq1  CAATTCTTTATCACCTCTTTCACGAGAAACCTCATTTCCAAAAGAAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCTTTATCACCTCTTTCACGAGAAACCTCATTTCCAAAAGAAAGGC  100

seq1  TGGGTGGTTAAAGTTCTCTCATTGAGGCCTCCATTTCCATTATTGCTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGTTAAAGTTCTCTCATTGAGGCCTCCATTTCCATTATTGCTCTA  150

seq1  CCAACAAGGCTGAGAGTAGACTGCTACATGTCAAGAATCAGTCATTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAGGCTGAGAGTAGACTGCTACATGTCAAGAATCAGTCATTAGAA  200

seq1  AGTTCAGTTAGTTCTGGGCTATATGATTTTCCTTAAGTACCACTGCCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGTTAGTTCTGGGCTATATGATTTTCCTTAAGTACCACTGCCTGC  250

seq1  TGGGTAGTAGGCCACCATGCCTTCCAAACTCAAACTCAAGGCATCTAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGTAGGCCACCATGCCTTCCAAACTCAAACTCAAGGCATCTAGCT  300

seq1  TCATTGTCTTGGAGACATTCAAGACTTTTCTCCTTTCCACCTGGGGATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTCTTGGAGACATTCAAGACTTTTCTCCTTTCCACCTGGGGATCC  350

seq1  CCCTCAGGAAGTATTCCTTAATTTCTATCTAGACTGGAAGCTTTGCATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGGAAGTATTCCTTAATTTCTATCTAGACTGGAAGCTTTGCATGT  400

seq1  CTAACAATCAGGTGAAAGGATTGAAGTAGAACTCACTGTTTATACTGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAATCAGGTGAAAGGATTGAAGTAGAACTCACTGTTTATACTGAAG  450

seq1  AGCTCTGGCCTCCTAGGCTGAGTCTCAAGAGAACAAAACAGATGTAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTGGCCTCCTAGGCTGAGTCTCAAGAGAACAAAACAGATGTAACTG  500

seq1  TGGATGCAAGGTGGTACCTTTACTTTTCCATGAATGCTGGCATAACATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCAAGGTGGTACCTTTACTTTTCCATGAATGCTGGCATAACATTC  550

seq1  TTATTAGTTCATCCATAAGTGAGAAATGTCTTAGTTCATCTATGATAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGTTCATCCATAAGTGAGAAATGTCTTAGTTCATCTATGATAACC  600

seq1  TGACTCGCTGACTAAAAGGCTGATATAGTTTGTTAGATTAAGTGGATGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCGCTGACTAAAAGGCTGATATAGTTTGTTAGATTAAGTGGATGGT  650

seq1  AGTCATGGAAGTTTCAGACTGTTTACTTCTGATTTAGACAGGTCCTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGGAAGTTTCAGACTGTTTACTTCTGATTTAGACAGGTCCTTTTT  700

seq1  TTAAAAGTGCCAGCTAATAAATCATTTGCACGATTCCCAAATGGGAATAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTGCCAGCTAATAAATCATTTGCACGATTCCCAAATGGGAATAG  750

seq1  ATAACGACACAGTTGCCAAGGTCAAAAGTTAGACTGCTTGAGTTTTGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATAACGACACAGTTGCCAAGGTCAAAAGTTAGACTGCTTGAGTTTTGAG-  799

seq1  TCTGAAATTGACCCTCAATCATGATGTGACATTTGACCTTGCTCTTGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATTGACCCTCAATCATGATGTGACATTTGACCTTGCTCTTGTTG  849

seq1  TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGAGACAGGG-TTTCTCTGTGTA  899
      |||||||   |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTTGT--GTGTTGTTGTTGTTG-TTTGAGACAGGGTTTTCTCTGTGTA  896

seq1  ACCC-TGGTTGTTCTGGAACTCAC-TCTGTAGACCAGGC-TGGCCTTG-A  945
      |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
seq2  ACCCTTGGTTGTTCTGGAACTCACTTCTGTAGACCAGGCTTGGCCTTGAA  946

seq1  ACTC-AGAAATCTGCCTGCC-TCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAAGC  993
      |||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGAAATCTGCCTGCCTTCTGCCTTCCAAGTGCTGGGATTAAAAGC  996

seq1  ATGCACC-ACCACTGCCCCACTTG-ACCTTGCTT-CTTGAGGCCTC--AA  1038
      ||||||| ||||||| |||||||| || |||||| |||||||||||  | 
seq2  ATGCACCAACCACTG-CCCACTTGAACTTTGCTTCCTTGAGGCCTCCAAT  1045

seq1  TGAACT---AGTCTAG-AAAATGAAGC  1061
      ||||||   | ||||| ||||||||||
seq2  TGAACTTAGACTCTAGAAAAATGAAGC  1072

seq1: chr14_23741209_23742362
seq2: B6Ng01-189I02.g_66_1227 (reverse)

seq1  CATGGATTCTA--GGCTCTGT-AAGTCTTCATTTCTTTGGCAGAGTGTCT  47
      |||||||||||  | |||||| ||||| |||||   |||||||||  || 
seq2  CATGGATTCTAAGGACTCTGTCAAGTC-TCATT--CTTGGCAGAGGTTCG  47

seq1  GAAGGATTCCTTCAAGCCATGTGCAATCCACCAGCTCTCTCTGCCCAAAT  97
      ||||||||| | ||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |
seq2  GAAGGATTCTTGCAAGCCATGTGCAATCCACCAGTCTTCTCTGCCCAATT  97

seq1  CCA-TTCCTTTCCTGGGGAGCCTGTTAGAAGGAAAGC-ACAAATG-TCTC  144
      ||| |||||| | ||||||||||| ||||  |||||| ||||||| ||||
seq2  CCATTTCCTTCCTTGGGGAGCCTG-TAGA--GAAAGCAACAAATGATCTC  144

seq1  CATGTGT-CTTGGCCTTTGT-AGTAA-CCTGGCCTCTGCTGGAGGGATCA  191
      ||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||||||   || ||||||
seq2  CATGTGTCCTTGACCTTTGTAAGTAACCCTGGCCTCTGACTGAAGGATCA  194

seq1  A-TTGCTGATGTTTTCAAGAACTTGGTCTGGGGCC-TTTGTGTTTTCCC-  238
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| 
seq2  ATTTGCTGATGTTTTCAAGAACTTGGTCTGGGGCCTTTTGTGTTTTCCCA  244

seq1  AGGGTAACTGATATCTGCCCCTTTGCAGAATTGT-CCAAGTCTCAATTTG  287
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGAGTAACTGATATCTGCCCCTTTGCAGAATTGTCCCAAGTCTCAATTTG  294

seq1  AGTCTGAGGTCTG-AAGTGGACATGAAAGCGGCCCAGAGTCTGAAACCTT  336
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGAGGTCTGAAAGTGGACATGAAAGCGGCCCAGAGTCTGAAACCTT  344

seq1  TTTACCTGTAGTTCACAGCTTGCCATAGGAGTCTCCTGTCTAGAAAAACT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTGTAGTTCACAGCTTGCCATAGGAGTCTCCTGTCTAGAAAAACT  394

seq1  TTGAATCTACTTGCAGAGATGGGATTAAACCCAGGTGTTGCCATATTGAA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCTACTTGCAGAGATGGGATTAAACCCAGGTGTTGCCATATTGAA  444

seq1  AAATACAACTAAGGGTTAGAAATAAAAAAGTCTTGAATTCTACTTCATTG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAACTAAGGGTTAGAAATAAAAAAGTCTTGAATTCTACTTCATTG  494

seq1  CTGTATTTGTATGCCTAGAATATGTTTTGCCGTATATTTGTCAAGCTCCT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATTTGTATGCCTAGAATATGTTTTGCCGTATATTTGTCAAGCTCCT  544

seq1  ATTCCTTCCATAAAATGGGAGTGGACATTTGACTAGGTGATTTCCATATT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTCCATAAAATGGGAGTGGACATTTGACTAGGTGATTTCCATATT  594

seq1  AACTTCCTCTAATCTTTGGTTGGGATATGCATGCATGTATAAACCTTACT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCTCTAATCTTTGGTTGGGATATGCATGCATGTATAAACCTTACT  644

seq1  GAGAAAAATTAAGGGTACTATCCCATGCACATCATTTTTACCATATGTGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAATTAAGGGTACTATCCCATGCACATCATTTTTACCATATGTGT  694

seq1  GTGCATTCCTGACGTAGCTTTGGACCCCACCCCTGCCATATGGTTCCCAT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATTCCTGACGTAGCTTTGGACCCCACCCCTGCCATATGGTTCCCAT  744

seq1  ACTTTGTCAGCCTGCCTATCCTTTATTGCACAGCACAGCACAGCACAGCA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGTCAGCCTGCCTATCCTTTATTGCACAGCACAGCACAGCACAGCA  794

seq1  TACCACATGTCCCAGTGTGCAGGAGATGCGCTGACACAGGCTTCATGAAG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACATGTCCCAGTGTGCAGGAGATGCGCTGACACAGGCTTCATGAAG  844

seq1  GCTGACTCTGTTGCTTGTTCCCTGTGGCAGCTCCTTGAGGAATACTCATT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTCTGTTGCTTGTTCCCTGTGGCAGCTCCTTGAGGAATACTCATT  894

seq1  CCAGTTGCAAATCCTATACAGTCTGGCTTTGTGCAGAGGAAGACAGGATC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGCAAATCCTATACAGTCTGGCTTTGTGCAGAGGAAGACAGGATC  944

seq1  CAGCGTCTAGTCAGCTCCTCGATACTTGGTGAGATGGGTTCTGTGAGGCC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTCTAGTCAGCTCCTCGATACTTGGTGAGATGGGTTCTGTGAGGCC  994

seq1  TCTCTTCTCTATCACACTGTGGTATCAAGGTCACATTTGCCTATCAGATA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTCTATCACACTGTGGTATCAAGGTCACATTTGCCTATCAGATA  1044

seq1  CAGACGTGGTGACACTGACATTTTCTCACCAAGTCAGATAAACAGTGAGC  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACGTGGTGACACTGACATTTTCTCACCAAGTCAGATAAACAGTGAGC  1094

seq1  TTCAGGAACCTTAGCCATCGTGAGGGGAAGACCTGAAGACCTAGCATTGA  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGAACCTTAGCCATCGTGAGGGGAAGACCTGAAGACCTAGCATTGA  1144

seq1  ACTATGATTACAGAATTC  1154
      ||||||||||||||||||
seq2  ACTATGATTACAGAATTC  1162