BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197A06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 111,714,717 - 111,854,035
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlitrk6, EG668772, EG622052, LOC100043491, LOC100043494
Downstream geneSlitrk5, LOC100043501
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197A06.bB6Ng01-197A06.g
ACCGA019001GA019002
length1,1031,145
definitionB6Ng01-197A06.b B6Ng01-197A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,852,920 - 111,854,035)(111,714,717 - 111,715,876)
sequence
gaattcaactgagctgaactgtactcaactgaactgcaaggaactgaagt
gaactctcccttcgctgctcttaggtaccctctcattcctgactaacggt
catattttatttctgacacatactgtcacatctctttcttattcatcact
tcttcttccccttctacaagctaaacttaccttcattgcttaggatccta
agcaatgtgtcctaaggctatgtctgtagtctactaactaaatttaccta
cattgctttgtgtcctaatacagacatctgcattccatccagaatggtta
aaggtgtattctaagggcatatcttaattccagccagaaggattaaaggt
cggtcatccagcctgatcccacagacccagaaggcttttgtgtgtgatcc
cttgccagagcaaccatgttgctggattaacattcctccacctgattcat
caaggtttttttttttttttttttttgtattttcatttctttttgcactg
aaaatactgccaagtctatgctgaaaccttggcatcttcagaggtagttt
tgtgcatgtatgtacagttttgtacatattggtttctaaactcttcaata
tttaacatcacatttttgctttaattatagaaaatagtctcattttttgc
ccttaacacaacccactttgtatcacaaacagaataacttttctaaataa
cataagttttttagtcacctcaaaatgactttgataaacacccactattt
ttcaaccatcactaatttcaaaaattgatatagatttgttcagaaaggct
ttatacatgttaaaacaagaaagcatgatcttgtgtgaaggtaatttcgt
tactttagataaaccactgagttcccaatagtcacatgggattatcttct
tcaagagtgcttccaaattgggaaggaaatgagtctttgatgagagatgt
ggggtgatggaccgtgggagagcctgggagttgtactgggtttgaccctc
agtacctgaaagaacagtaggagcttccgctactcctgctccagaccctg
tcatgtagccacattctcccatagaaggatgtgcccatagtccatacgga
gtt

gaattctaagtgctgtttaattactaaagaccattgagttgatttagaaa
tgcacatattacttatccttttgcacaacaatacaggtaggataagactg
gaaactttattgccagtgtcccactgactataagaatttgcaccccaagc
atactcttgaacttcatctgttaataagtatgtgtgtgttgctatggcaa
cctggaaagaaaacaaaattaaaacaacaaaaacaaaaaaccaaaacaac
aacaataaaaaaacctccccaaaacccaattcttctcaggtctgcagatt
aaggaaatgcttcatcactgttacaaagtaggtaagaaataagatgtaaa
acaagagaaggcagtctgctcatgacaacaaacagaaaattaagcaatac
ccttcctgtaccagtacagccccagttgagaggccaatgctacagatacc
agacccctaatcctcaactgtcttatctcctgaactcagctttccagctg
cactcaatattctcatggaaaccaggggctatgagcccagtgtgagacag
gccttttaattattctggccattgaaggtaaacatgtttgatatggaaaa
tggagaaaaggatgaacatggaaatctctcaagatcagggtttgaggctt
ttttcctacttacgaagatatagaagcatgtacctatacatcttttttaa
agtggtagcatacataggtagctaccttgtatcttttttacctaacattg
tttttaaattgcttctttcccttttattaaaactccttcataagctggat
ctgatggcacagactgtaaactctgcatttagaaaggctctggcaagtgt
atgccaagtatatgcatagcctaagctatcatgagactctgtcataagga
cagcatcaccggtttcaccttgacgggcatcatctagctaactgctcatt
accagtagattggtgttattttctcccatcatatgcattaataatacata
ctataatggatttatgtgacttagctaattttatcaggacttctctttat
tccttaggacactctttattagtacattgggaggtcaaggaatgagactt
ttaaaacagggtgcatattatggttatcaagattcttctgaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_111852920_111854035
seq2: B6Ng01-197A06.b_46_1148 (reverse)

seq1  AACTCCCCCTATGTGACTAATGGGCACAATTCTTTCTATGGGAGAATGTG  50
      ||||  || |||| |||| |||||||||  || |||||||||||||||||
seq2  AACT--CCGTATG-GACT-ATGGGCACA--TCCTTCTATGGGAGAATGTG  44

seq1  GCTACATGACAGGGGTCTGGAGCAGGGAGTAGC-GAAGCTCCTACTGTCT  99
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
seq2  GCTACATGACA-GGGTCTGGAGCA-GGAGTAGCGGAAGCTCCTACTGT-T  91

seq1  TTTCCGGGTACTGAGGGTTCAAACCCAGTACAACCTTCCCAGGCTTCTTC  149
       || | ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||   ||
seq2  CTTTCAGGTACTGAGGG-TCAAACCCAGTACAAC--TCCCAGGCT--CTC  136

seq1  CCACCGTCCATCACCCCACATTCTCTCATCAAAGACTCATTTCCTTCCCA  199
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGTCCATCACCCCACA-TCTCTCATCAAAGACTCATTTCCTTCCCA  185

seq1  ATTTGGAAGCACTCTTGAAGAAGATAAT-CCATGTGACTATTGGGAACTC  248
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAAGCACTCTTGAAGAAGATAATCCCATGTGACTATTGGGAACTC  235

seq1  AGTGGTTTATCTAAAGTAACGAAATTACCTTCACACAAGATCATGCTTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTATCTAAAGTAACGAAATTACCTTCACACAAGATCATGCTTTC  285

seq1  TTGTTTTAACATGTATAAAGCCTTTCTGAACAAATCTATATCAATTTTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAACATGTATAAAGCCTTTCTGAACAAATCTATATCAATTTTTG  335

seq1  AAATTAGTGATGGTTGAAAAATAGTGGGTGTTTATCAAAGTCATTTTGAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAGTGATGGTTGAAAAATAGTGGGTGTTTATCAAAGTCATTTTGAG  385

seq1  GTGACTAAAAAACTTATGTTATTTAGAAAAGTTATTCTGTTTGTGATACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACTAAAAAACTTATGTTATTTAGAAAAGTTATTCTGTTTGTGATACA  435

seq1  AAGTGGGTTGTGTTAAGGGCAAAAAATGAGACTATTTTCTATAATTAAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGGTTGTGTTAAGGGCAAAAAATGAGACTATTTTCTATAATTAAAG  485

seq1  CAAAAATGTGATGTTAAATATTGAAGAGTTTAGAAACCAATATGTACAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAATGTGATGTTAAATATTGAAGAGTTTAGAAACCAATATGTACAAA  535

seq1  ACTGTACATACATGCACAAAACTACCTCTGAAGATGCCAAGGTTTCAGCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTACATACATGCACAAAACTACCTCTGAAGATGCCAAGGTTTCAGCA  585

seq1  TAGACTTGGCAGTATTTTCAGTGCAAAAAGAAATGAAAATACAAAAAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTGGCAGTATTTTCAGTGCAAAAAGAAATGAAAATACAAAAAAAA  635

seq1  AAAAAAAAAAAAACCTTGATGAATCAGGTGGAGGAATGTTAATCCAGCAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAAAACCTTGATGAATCAGGTGGAGGAATGTTAATCCAGCAA  685

seq1  CATGGTTGCTCTGGCAAGGGATCACACACAAAAGCCTTCTGGGTCTGTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTGCTCTGGCAAGGGATCACACACAAAAGCCTTCTGGGTCTGTGG  735

seq1  GATCAGGCTGGATGACCGACCTTTAATCCTTCTGGCTGGAATTAAGATAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGGCTGGATGACCGACCTTTAATCCTTCTGGCTGGAATTAAGATAT  785

seq1  GCCCTTAGAATACACCTTTAACCATTCTGGATGGAATGCAGATGTCTGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTAGAATACACCTTTAACCATTCTGGATGGAATGCAGATGTCTGTA  835

seq1  TTAGGACACAAAGCAATGTAGGTAAATTTAGTTAGTAGACTACAGACATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACACAAAGCAATGTAGGTAAATTTAGTTAGTAGACTACAGACATA  885

seq1  GCCTTAGGACACATTGCTTAGGATCCTAAGCAATGAAGGTAAGTTTAGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGGACACATTGCTTAGGATCCTAAGCAATGAAGGTAAGTTTAGCT  935

seq1  TGTAGAAGGGGAAGAAGAAGTGATGAATAAGAAAGAGATGTGACAGTATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGAAGGGGAAGAAGAAGTGATGAATAAGAAAGAGATGTGACAGTATG  985

seq1  TGTCAGAAATAAAATATGACCGTTAGTCAGGAATGAGAGGGTACCTAAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGAAATAAAATATGACCGTTAGTCAGGAATGAGAGGGTACCTAAGA  1035

seq1  GCAGCGAAGGGAGAGTTCACTTCAGTTCCTTGCAGTTCAGTTGAGTACAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCGAAGGGAGAGTTCACTTCAGTTCCTTGCAGTTCAGTTGAGTACAG  1085

seq1  TTCAGCTCAGTTGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTCAGTTGAATTC  1103


seq1: chr14_111714717_111715876
seq2: B6Ng01-197A06.g_68_1212

seq1  GAATTCTAAGTGCTGTTTAATTACTAAAGACCATTGAGTTGATTTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAGTGCTGTTTAATTACTAAAGACCATTGAGTTGATTTAGAAA  50

seq1  TGCACATATTACTTATCCTTTTGCACAACAATACAGGTAGGATAAGACTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATATTACTTATCCTTTTGCACAACAATACAGGTAGGATAAGACTG  100

seq1  GAAACTTTATTGCCAGTGTCCCACTGACTATAAGAATTTGCACCCCAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTTATTGCCAGTGTCCCACTGACTATAAGAATTTGCACCCCAAGC  150

seq1  ATACTCTTGAACTTCATCTGTTAATAAGTATGTGTGTGTTGCTATGGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTTGAACTTCATCTGTTAATAAGTATGTGTGTGTTGCTATGGCAA  200

seq1  CCTGGAAAGAAAACAAAATTAAAACAACAAAAACAAAAAACCAAAACAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAAAGAAAACAAAATTAAAACAACAAAAACAAAAAACCAAAACAAC  250

seq1  AACAATAAAAAAACCTCCCCAAAACCCAATTCTTCTCAGGTCTGCAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAAAAAACCTCCCCAAAACCCAATTCTTCTCAGGTCTGCAGATT  300

seq1  AAGGAAATGCTTCATCACTGTTACAAAGTAGGTAAGAAATAAGATGTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAATGCTTCATCACTGTTACAAAGTAGGTAAGAAATAAGATGTAAA  350

seq1  ACAAGAGAAGGCAGTCTGCTCATGACAACAAACAGAAAATTAAGCAATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAAGGCAGTCTGCTCATGACAACAAACAGAAAATTAAGCAATAC  400

seq1  CCTTCCTGTACCAGTACAGCCCCAGTTGAGAGGCCAATGCTACAGATACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTGTACCAGTACAGCCCCAGTTGAGAGGCCAATGCTACAGATACC  450

seq1  AGACCCCTAATCCTCAACTGTCTTATCTCCTGAACTCAGCTTTCCAGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCCTAATCCTCAACTGTCTTATCTCCTGAACTCAGCTTTCCAGCTG  500

seq1  CACTCAATATTCTCATGGAAACCAGGGGCTATGAGCCCAGTGTGAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAATATTCTCATGGAAACCAGGGGCTATGAGCCCAGTGTGAGACAG  550

seq1  GCCTTTTAATTATTCTGGCCATTGAAGGTAAACATGTTTGATATGGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTAATTATTCTGGCCATTGAAGGTAAACATGTTTGATATGGAAAA  600

seq1  TGGAGAAAAGGATGAACATGGAAATCTCTCAAGATCAGGGTTTGAGGCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAAAGGATGAACATGGAAATCTCTCAAGATCAGGGTTTGAGGCTT  650

seq1  TTTTCCTACTTACGAAGATATAGAAGCATGTACCTATACATCTTTTTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTACTTACGAAGATATAGAAGCATGTACCTATACATCTTTTTTAA  700

seq1  AGTGGTAGCATACATAGGTAGCTACCTTGTATCTTTTTTACCTAACATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAGCATACATAGGTAGCTACCTTGTATCTTTTTTACCTAACATTG  750

seq1  TTTTTAAATTGCTTCTTTCCCTTTTATTAAAACTCCTTCATAAGCTGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATTGCTTCTTTCCCTTTTATTAAAACTCCTTCATAAGCTGGAT  800

seq1  CTGATGGCACAGACTGTAAACTCTGCATTTAG-AAGGCTCTGGCAAGTGT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGATGGCACAGACTGTAAACTCTGCATTTAGAAAGGCTCTGGCAAGTGT  850

seq1  ATGCCAAGTATATGCATAGCCTAAGCTATCATGAGACTCTGTCATAAGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAGTATATGCATAGCCTAAGCTATCATGAGACTCTGTCATAAGGA  900

seq1  CAGCATCACCGGTTTCACCTTGACGGGCATCATCTAGCTAACTGCTCATT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CAGCATCACCGGTTTCACCTTGACGGGCATCATCTAGCTAACTGCTCA-T  949

seq1  TACCAGTAGATTGGTGTTATTTTCTCCCATCATATGCATTAATAATACAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGTAGATTGGTGTTATTTTCTCCCATCATATGCATTAATAATACAT  999

seq1  ACTAATTAATGGATTTTATTGTGACTTAGCTAATTTTATCAGGGACTTTC  1049
      ||||  ||||||||||   |||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  ACTA--TAATGGATTT--ATGTGACTTAGCTAATTTTATCA-GGAC-TTC  1043

seq1  TCTTTATTTCCTTAGGACAACTCTTTATTAGTACAATTGGAGGTCAAAGG  1099
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||
seq2  TCTTTA-TTCCTTAGGAC-ACTCTTTATTAGTACATTGGGAGGTC-AAGG  1090

seq1  AATGAAGAATTTTTAAAAACAGGTGGTATATATAT-GTTATCAAAGATTC  1148
      |||| ||| ||||  ||||||||  | |||| ||| |||||| |||||||
seq2  AATG-AGACTTTT--AAAACAGGGTGCATAT-TATGGTTATC-AAGATTC  1135

seq1  TTCTGGAAAGGA  1160
      |||||  |||||
seq2  TTCTG--AAGGA  1145


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |