BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-200E09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 71,996,686 - 72,138,809
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRai16, Epb4.9, Fgf17, Npm2, Xpo7, LOC668443, Dok2, Gfra2, LOC100043132, LOC100043136
Downstream geneLOC668477, LOC668482, LOC675957, Fndc3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-200E09.bB6Ng01-200E09.g
ACCGA021384GA021385
length1,0771,084
definitionB6Ng01-200E09.b B6Ng01-200E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(72,137,745 - 72,138,809)(71,996,686 - 71,997,774)
sequence
gaattcccaacatagtcctataaatgttttcaataagcaaactcccaaat
ttcatgcatgaataagacacgggtttatttctctcacacataccaaatcc
aattagtagtaagattctgcattcttccacacatggctctgaggcactac
tgggtatcacattgaatcacaaagagaggatgaaacctggttagttacac
atagaagtctatatagaagtctatatagtcatatagaagccaggtctata
gccacatatccactcaagcctatggctagatgactagaccttggcttcca
tcacatagccacacacacccaactacaagagtcactggaaaatgtagtcc
tgctattttccagagagaagaggatgcattctgtgagaagccagccatgc
tttgcacaaaagggcagagcatttgaagccagagcatataatagaaaggg
agatgcagagtggggtggagatgcagacatcaggaaaggtaagaatagac
aggagggctatgggtgtggcttcctttgtggtgaatgatggggggttgca
acccttattaggaaccagagacctggcgaagctgctgagacagagtgttc
ctggaaaatttgtaaaaagcaatataccaggatatggagaagagaaaggt
ggcaagtttctgatgtggcagtactctctcctagattcaatcttggctgg
accagtcctgtctggttgtggtggcaatagccaataggccatagacagca
atcttccccagtctactctcaatttgctatcccttataaacaactgcttc
tacctagaagaaagcaaccttgtgcctgatgtaactgatgaaagcaattc
caagagtgtttgtttgatagtgttatgtgcactgagctttgctgcaagcc
acacccacttttctctgtcaccgaaagctccactgattttctcctggtaa
tttaccaggatggagtcttactaatacagatgagggtaaagtgaagctgg
gggaggtttaactaccctttcagctcatctggctgcttagcaggtaagtt
cccaacgagtccatctaatctccaagt

gaattctatattaaatttgagggcatgagatggagaacgaatctagaaaa
gtctggtactgatactgtgctggaattgctatatttatttcaaattatct
ccatagcacgattgtcttcatgacagctgtgttattggtgttgtgagttc
ttcatgtacagaagtctttgttaatggtaggcttggcattcgtgtatttt
ccttcagaaagataacatgtccttgctacatccctgagatagcgtctttc
ataaaaagccccaataatatcagaaaccagtttggctggtgaacagtgag
tgagtggagataatgatagatgataaagtctgggagttaccaaaagccag
atcatagagaacactggattgaactgtaagtaggagaaacctctgaaaga
ttttgaacacaggagtcctatgaacagctttggattgtgggaatggtcat
gcctttccccttgttcttcctcaggcccgtggctctcattgccttatgag
gagggttgctctcatttttctctcaacatggtagcagtcacagtgacaaa
gaccagtgagcaagactagtcctaccaaaccgtgacgttaatgcagtgta
tttgctgcctcatctttggattctatgcagtagtttgccattagcattca
cctacccaacattcacatatgcagagttcttggctggttttggaaatttc
ctgtagaatggaagcttttggtagatccatctgcgctgagttactagaat
taaatatacaatcagctaggtaagtagaggctaaaaccaggtatttggat
ttagcagaggagtacaccccctttcaaagaaaggtatgtgagggaaagaa
atgccaaaccccagtgaggcatcatagtcacacttgatccatttgcctga
ggagagggtacatgacctctgcagaggagccaactcagctccaagaagat
gatttgtagacagacccatccatcaggccatcagagtacttttgccctcc
tcctcctcatcacctcggtagccaggtggccttgcatctctcccctgcag
tactgcaggacaactcttagagtgaagtacagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_72137745_72138809
seq2: B6Ng01-200E09.b_46_1122 (reverse)

seq1  ACTTGGAGA-TAGATGGACTCTGTGGGA--CTACCTGCT-AGCAGCCAGA  46
      ||||||||| |||||||||||  |||||   |||||||| ||||||||||
seq2  ACTTGGAGATTAGATGGACTCGTTGGGAACTTACCTGCTAAGCAGCCAGA  50

seq1  TGAGCTTGAAGTGGTTAGTAAACCT-CCCCAGCTTC-CTTTA-CCTCATC  93
      ||||| ||||  |||   ||||||| |||||||||| ||||| |||||||
seq2  TGAGC-TGAAAGGGTAGTTAAACCTCCCCCAGCTTCACTTTACCCTCATC  99

seq1  TGTA-TAGTAAGACTCCATCCTGGT-AATTACCAGGAGAAAATCAGTGGA  141
      |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTAGTAAGACTCCATCCTGGTAAATTACCAGGAGAAAATCAGTGGA  149

seq1  GCTTTCGGTGACAGAGAAAAGTGGGTGT-GCCTGCAGC-AAGCTCAGTGC  189
      |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||
seq2  GCTTTCGGTGACAGAGAAAAGTGGGTGTGGCTTGCAGCAAAGCTCAGTGC  199

seq1  ACATAACACTATC-AACAAACACTCTTGGAATTGC-TTCATCAGTTACAT  237
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACATAACACTATCAAACAAACACTCTTGGAATTGCTTTCATCAGTTACAT  249

seq1  CAGGCACAAGGTTGCTTTCTTCTAGGTAGAAGCAGTTGTTTATAAGGGAT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACAAGGTTGCTTTCTTCTAGGTAGAAGCAGTTGTTTATAAGGGAT  299

seq1  AGCAAATTGAGAGTAGACTGGGGAAGATTGCTGTCTATGGCCTATTGGCT  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATTGAGAGTAGACTGGGGAAGATTGCTGTCTATGGCCTATTGGCT  349

seq1  ATTGCCACCACAACCAGACAGGACTGGTCCAGCCAAGATTGAATCTAGGA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCACCACAACCAGACAGGACTGGTCCAGCCAAGATTGAATCTAGGA  399

seq1  GAGAGTACTGCCACATCAGAAACTTGCCACCTTTCTCTTCTCCATATCCT  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTACTGCCACATCAGAAACTTGCCACCTTTCTCTTCTCCATATCCT  449

seq1  GGTATATTGCTTTTTACAAATTTTCCAGGAACACTCTGTCTCAGCAGCTT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATTGCTTTTTACAAATTTTCCAGGAACACTCTGTCTCAGCAGCTT  499

seq1  CGCCAGGTCTCTGGTTCCTAATAAGGGTTGCAACCCCCCATCATTCACCA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCAGGTCTCTGGTTCCTAATAAGGGTTGCAACCCCCCATCATTCACCA  549

seq1  CAAAGGAAGCCACACCCATAGCCCTCCTGTCTATTCTTACCTTTCCTGAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGAAGCCACACCCATAGCCCTCCTGTCTATTCTTACCTTTCCTGAT  599

seq1  GTCTGCATCTCCACCCCACTCTGCATCTCCCTTTCTATTATATGCTCTGG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCATCTCCACCCCACTCTGCATCTCCCTTTCTATTATATGCTCTGG  649

seq1  CTTCAAATGCTCTGCCCTTTTGTGCAAAGCATGGCTGGCTTCTCACAGAA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATGCTCTGCCCTTTTGTGCAAAGCATGGCTGGCTTCTCACAGAA  699

seq1  TGCATCCTCTTCTCTCTGGAAAATAGCAGGACTACATTTTCCAGTGACTC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCCTCTTCTCTCTGGAAAATAGCAGGACTACATTTTCCAGTGACTC  749

seq1  TTGTAGTTGGGTGTGTGTGGCTATGTGATGGAAGCCAAGGTCTAGTCATC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTTGGGTGTGTGTGGCTATGTGATGGAAGCCAAGGTCTAGTCATC  799

seq1  TAGCCATAGGCTTGAGTGGATATGTGGCTATAGACCTGGCTTCTATATGA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCATAGGCTTGAGTGGATATGTGGCTATAGACCTGGCTTCTATATGA  849

seq1  CTATATAGACTTCTATATAGACTTCTATGTGTAACTAACCAGGTTTCATC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATAGACTTCTATATAGACTTCTATGTGTAACTAACCAGGTTTCATC  899

seq1  CTCTCTTTGTGATTCAATGTGATACCCAGTAGTGCCTCAGAGCCATGTGT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTTGTGATTCAATGTGATACCCAGTAGTGCCTCAGAGCCATGTGT  949

seq1  GGAAGAATGCAGAATCTTACTACTAATTGGATTTGGTATGTGTGAGAGAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATGCAGAATCTTACTACTAATTGGATTTGGTATGTGTGAGAGAA  999

seq1  ATAAACCCGTGTCTTATTCATGCATGAAATTTGGGAGTTTGCTTATTGAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACCCGTGTCTTATTCATGCATGAAATTTGGGAGTTTGCTTATTGAA  1049

seq1  AACATTTATAGGACTATGTTGGGAATTC  1065
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTATAGGACTATGTTGGGAATTC  1077


seq1: chr14_71996686_71997774
seq2: B6Ng01-200E09.g_67_1150

seq1  GAATTCTATATTAAA-TGGAGGGCATGAGATGGAGAACGAATCTAGAAAA  49
      ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATTAAATTTGAGGGCATGAGATGGAGAACGAATCTAGAAAA  50

seq1  GTCTGGTACTGATACTGTGCTGGAATTGCTATATTTATTTCAAATTATCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTACTGATACTGTGCTGGAATTGCTATATTTATTTCAAATTATCT  100

seq1  CCATAGCACGATTGTCTTCATGACAGCTGTGTTATTGGTGTTGTGAGTTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGCACGATTGTCTTCATGACAGCTGTGTTATTGGTGTTGTGAGTTC  150

seq1  TTCATGTACAGAAGTCTTTGTTAATGGTAGGCTTGGCATTCGTGTATTTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTACAGAAGTCTTTGTTAATGGTAGGCTTGGCATTCGTGTATTTT  200

seq1  CCTTCAGAAAGATAACATGTCCTTGCTACATCCCTGAGATAGCGTCTTTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAGAAAGATAACATGTCCTTGCTACATCCCTGAGATAGCGTCTTTC  250

seq1  ATAAAAAGCCCCAATAATATCAGAAACCAGTTTGGCTGGTGAACAGTGAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGCCCCAATAATATCAGAAACCAGTTTGGCTGGTGAACAGTGAG  300

seq1  TGAGTGGAGATAATGATAGATGATAAAGTCTGGGAGTTACCAAAAGCCAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGGAGATAATGATAGATGATAAAGTCTGGGAGTTACCAAAAGCCAG  350

seq1  ATCATAGAGAACACTGGATTGAACTGTAAGTAGGAGAAACCTCTGAAAGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGAGAACACTGGATTGAACTGTAAGTAGGAGAAACCTCTGAAAGA  400

seq1  TTTTGAACACAGGAGTCCTATGAACAGCTTTGGATTGTGGGAATGGTCAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAACACAGGAGTCCTATGAACAGCTTTGGATTGTGGGAATGGTCAT  450

seq1  GCCTTTCCCCTTGTTCTTCCTCAGGCCCGTGGCTCTCATTGCCTTATGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCCCCTTGTTCTTCCTCAGGCCCGTGGCTCTCATTGCCTTATGAG  500

seq1  GAGGGTTGCTCTCATTTTTCTCTCAACATGGTAGCAGTCACAGTGACAAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTGCTCTCATTTTTCTCTCAACATGGTAGCAGTCACAGTGACAAA  550

seq1  GACCAGTGAGCAAGACTAGTCCTACCAAACCGTGACGTTAATGCAGTGTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGTGAGCAAGACTAGTCCTACCAAACCGTGACGTTAATGCAGTGTA  600

seq1  TTTGCTGCCTCATCTTTGGATTCTATGCAGTAGTTTGCCATTAGCATTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGCCTCATCTTTGGATTCTATGCAGTAGTTTGCCATTAGCATTCA  650

seq1  CCTACCCAACATTCACATATGCAGAGTTCTTGGCTGGTTTTGGAAATTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCCAACATTCACATATGCAGAGTTCTTGGCTGGTTTTGGAAATTTC  700

seq1  CTGTAGAATGGAAGCTTTTGGTAGATCCATCTGCGCTGAGTTACTAGAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAATGGAAGCTTTTGGTAGATCCATCTGCGCTGAGTTACTAGAAT  750

seq1  TAAATATACAATCAGCTAGGTAAGTAGAGGCTAAAACCAGGTATTTGGAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATACAATCAGCTAGGTAAGTAGAGGCTAAAACCAGGTATTTGGAT  800

seq1  TTAGCAGAGGAGTACACCCCCTTTCAAAGAAAGGTATGTGAGGGAAAGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAGAGGAGTACACCCCCTTTCAAAGAAAGGTATGTGAGGGAAAGAA  850

seq1  ATGCCAAACCCCAGTGAGGCATCATAGTCACACTTGATCCATTTGCCTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAACCCCAGTGAGGCATCATAGTCACACTTGATCCATTTGCCTGA  900

seq1  GGAGAGGGTACATGACCTCTGCAGAGGAGCCAACTCAGCTCCAAGAAGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGGTACATGACCTCTGCAGAGGAGCCAACTCAGCTCCAAGAAGAT  950

seq1  GATTTGTAGACAGACCCATCCATCAAGGCCATCAGAGTACTTTTGCCCTC  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTAGACAGACCCATCCATC-AGGCCATCAGAGTACTTTTGCCCTC  999

seq1  CTC--TCTCATCA-CTCGGTAGCCCAGTGGCCTGGCAATCTCTCCCCTGC  1046
      |||   ||||||| ||||||||||  ||||||| || |||||||||||||
seq2  CTCCTCCTCATCACCTCGGTAGCCAGGTGGCCTTGC-ATCTCTCCCCTGC  1048

seq1  AGTACTTGCAGGGACAACATTCTTTAGAGGTGAAAGTACAGTT  1089
      ||||| |||| |||||||  || ||||| ||| ||||||||||
seq2  AGTAC-TGCA-GGACAAC--TC-TTAGA-GTG-AAGTACAGTT  1084


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |