BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201B19
Chromosome14 (Build37)
Map Location 10,634,022 - 10,773,088
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFhit, LOC100042415
Upstream geneLOC100041948
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201B19.bB6Ng01-201B19.g
ACCGA021978GA021979
length1,1351,124
definitionB6Ng01-201B19.b B6Ng01-201B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,634,022 - 10,635,150)(10,771,959 - 10,773,088)
sequence
gaattcaagaagaaggggatgcaggaagagtcaagtttacctctagattc
tgatttgaactattcagtactgacaggaaacctaagcaggtgggtgtttt
catggttaggagatatatggcattctgattgagtgtccctagaaagtact
taaagtccacaatttaggaggtaacacaagagttctaggattaggtctag
gacttcagaatcagtcatatatgtagtaatacttgttaagactttggagc
ccagaaagagaggagtgctattggaaacagcactcagaacaaaatagatg
ggacacaattatcaatgtccactgagtaatactgtctacatagcatagca
tagatgttaccattaatttgagccactgtaatcccctatgcaagaccctt
gaagggacaggcctgttgttgatccctcatgaaaggcctgagatgagcat
taacctgtcagctgataccccagccactccctccatcctcatcccttctc
ccagccatatgtcattttatctcagctgttcatggtctcacggggttcca
gaggactcaaggagtggaagattgagagtaggtaagcccacctctactgc
ttttgagagattttcactgaggctggggtgaaatcttttttgaaattgtt
tggtgattcacccaggtttctgtaggcccaatgaaccaaactggagttgg
ctggaagcaactgttgatttgtcactcatgaacgcatccgttggtctatc
attggtactctatctgaggtgcatagacatttattcacatctccccaggc
aaagttcacatgagaattactgttttctaccagtttatgtctttcttttg
gtatgaatatctctgcctttctttctctctccttccaatatagcatccca
cttgccctgatccaattttaagaggtactttgtctatctattttgtacca
tatatcccttccctatagccactcatgcttttatggcatgagaggagagc
tggatcaagataagctttcttcagaccaggatggggagttctaaaatttc
agattattcccgacagctcataacaatacagcagcatggatgaaatttca
ctcccaacaatagtatgttgcagagactgttcact

gaattcaacataaatagaggataatatttacatactggaaggggaaaata
tcagggcaataagtaccagagaaaaaacgtcagtgggtttgccaacaagt
catagcaagttcttataggacattccatccccactccccacccctgctac
ataattccaggacaatcataagcagtgacattgtccaaaatctaaccttg
aagtgggccaggtgtgatatgcaaccccttagagttgaaggttaatttcc
aaagtcccatcatttttgaaccaattgttaatgactaaatcttaatttgg
tcccatccaggggtaagatctgatgatatatatccccaaaggtaaggagc
cacagtttctatcaaaggattataggatattattacatcgttaagaagac
taaatataggcataggaagtgtaacactggaaatttagaaaaaaataaaa
atcaaatcatttattctgattattagtctgtgagatagctcaggttggct
tatctccggatgtgggttgggtttatggctttcattctaaaaaataaaaa
taaaataaaaaataaacctgcaggagctttgatgtcagcttattgtatga
atcaaatattaagcttctagtacatcatatctcttaatacagtattgtcc
aagtcaagaaaatggtcagaaacataaataaacgtatccctctaggggac
tagcagaagaaagaacctgaacaaatacattttcatggaaaatgccagcc
tgtctatccaaggagcatgttgacaaatagcaggatttagatccttaaag
aaccttcagtcacacgagacaggcttcaattacatctgcaaataaaggaa
tgaattttccctggaaataggagccagtgaaagttcctgcccaaaacttt
gagcaggatgatttgagtatcttttgaaaccaccaggtgtagatgaagaa
taaagggcagcagacagctagtcaagggctgagaagacactgcagagtgc
acagagaaaatcccccatccacggtagatggagctggggcttcgatctga
agagagaaaggtggagagaatcattccacatatgtgctgtgtcagcaaag
ggagatctggagcgtctggacact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_10634022_10635150
seq2: B6Ng01-201B19.b_43_1177

seq1  GAATTCAAGAAGAAGGGGATGCAGGAAGAGTCAAGTTTACCTCTAGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAAGAAGGGGATGCAGGAAGAGTCAAGTTTACCTCTAGATTC  50

seq1  TGATTTGAACTATTCAGTACTGACAGGAAACCTAAGCAGGTGGGTGTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGAACTATTCAGTACTGACAGGAAACCTAAGCAGGTGGGTGTTTT  100

seq1  CATGGTTAGGAGATATATGGCATTCTGATTGAGTGTCCCTAGAAAGTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTAGGAGATATATGGCATTCTGATTGAGTGTCCCTAGAAAGTACT  150

seq1  TAAAGTCCACAATTTAGGAGGTAACACAAGAGTTCTAGGATTAGGTCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCCACAATTTAGGAGGTAACACAAGAGTTCTAGGATTAGGTCTAG  200

seq1  GACTTCAGAATCAGTCATATATGTAGTAATACTTGTTAAGACTTTGGAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAGAATCAGTCATATATGTAGTAATACTTGTTAAGACTTTGGAGC  250

seq1  CCAGAAAGAGAGGAGTGCTATTGGAAACAGCACTCAGAACAAAATAGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAGAGAGGAGTGCTATTGGAAACAGCACTCAGAACAAAATAGATG  300

seq1  GGACACAATTATCAATGTCCACTGAGTAATACTGTCTACATAGCATAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACAATTATCAATGTCCACTGAGTAATACTGTCTACATAGCATAGCA  350

seq1  TAGATGTTACCATTAATTTGAGCCACTGTAATCCCCTATGCAAGACCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGTTACCATTAATTTGAGCCACTGTAATCCCCTATGCAAGACCCTT  400

seq1  GAAGGGACAGGCCTGTTGTTGATCCCTCATGAAAGGCCTGAGATGAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGACAGGCCTGTTGTTGATCCCTCATGAAAGGCCTGAGATGAGCAT  450

seq1  TAACCTGTCAGCTGATACCCCAGCCACTCCCTCCATCCTCATCCCTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGTCAGCTGATACCCCAGCCACTCCCTCCATCCTCATCCCTTCTC  500

seq1  CCAGCCATATGTCATTTTATCTCAGCTGTTCATGGTCTCACGGGGTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCATATGTCATTTTATCTCAGCTGTTCATGGTCTCACGGGGTTCCA  550

seq1  GAGGACTCAAGGAGTGGAAGATTGAGAGTAGGTAAGCCCACCTCTACTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTCAAGGAGTGGAAGATTGAGAGTAGGTAAGCCCACCTCTACTGC  600

seq1  TTTTGAGAGATTTTCACTGAGGCTGGGGTGAAATCTTTTTTGAAATTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGAGATTTTCACTGAGGCTGGGGTGAAATCTTTTTTGAAATTGTT  650

seq1  TGGTGATTCACCCAGGTTTCTGTAGGCCCAATGAACCAAACTGGAGTTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATTCACCCAGGTTTCTGTAGGCCCAATGAACCAAACTGGAGTTGG  700

seq1  CTGGAAGCAACTGTTGATTTGTCACTCATGAACGCATCCGTTGGTCTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGCAACTGTTGATTTGTCACTCATGAACGCATCCGTTGGTCTATC  750

seq1  ATTGGTACTCTATCTGAGGTGCATAGACATTTATTCACATCTCCCCAGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTACTCTATCTGAGGTGCATAGACATTTATTCACATCTCCCCAGGC  800

seq1  AAAGTTCACATGAGAATTACTGTTTTCTACCAGTTTATGTCTTTCTTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCACATGAGAATTACTGTTTTCTACCAGTTTATGTCTTTCTTTTG  850

seq1  GTATGAATATCTCTGCCTTTCTTTCTCTCTCCTTCCAATATAGCATCCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTATGAATATCTCTGCCTTTCTTTCTCTCTCCTTCCAATATAGCATCCCA  900

seq1  CTTGCCCTGATCCAATTTTAAGAGGTACTTTGTCTATCTATTTTGTACCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCTGATCCAATTTTAAGAGGTACTTTGTCTATCTATTTTGTACCA  950

seq1  TATATCCC-TCCCTATAGCCACTCATGCTTTTATGGCATGAGAGGAGAGC  999
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCCTTCCCTATAGCCACTCATGCTTTTATGGCATGAGAGGAGAGC  1000

seq1  TGGATCAAAGATAAGCTTTCTTCAGAACCAGAT-GGGAG-TCTAAAAATT  1047
      |||||| ||||||||||||||||||| |  ||| ||||| ||||||| ||
seq2  TGGATC-AAGATAAGCTTTCTTCAGACCAGGATGGGGAGTTCTAAAATTT  1049

seq1  CAGATTA-TCCCGACAGCTCATA--CATACAGCAAGCAATGGATGAAA-T  1093
      ||||||| |||||||||||||||   ||||||| ||| |||||||||| |
seq2  CAGATTATTCCCGACAGCTCATAACAATACAGC-AGC-ATGGATGAAATT  1097

seq1  TCACTCC--ACAATAGTATG-TGCAAGGAGACTG-TCACT  1129
      |||||||  ||||||||||| ||||  ||||||| |||||
seq2  TCACTCCCAACAATAGTATGTTGCA--GAGACTGTTCACT  1135


seq1: chr14_10771959_10773088
seq2: B6Ng01-201B19.g_64_1187 (reverse)

seq1  AGTGTCAAGACGCTTCCAGATCTCCCTTTGCTGACCACAGCACATATGTG  50
      |||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGTGTCCAGACGC-TCCAGATCTCCCTTTGCTGA-CACAGCACATATGTG  48

seq1  GATTGATTTCTCT-CACTTTTCCTCTCTTTCAGATCGGAAGCCCCAGCTC  99
      || ||| |||||| ||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||| 
seq2  GAATGA-TTCTCTCCACCTTT-CTCTC-TTCAGATC-GAAGCCCCAGCT-  93

seq1  CCTTCTACCGTGGATGGGGGATTTTCTCTGTTGCACTCTGCAGTGTCTTC  149
      || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCATCTACCGTGGATGGGGGATTTTCTCTG-TGCACTCTGCAGTGTCTTC  142

seq1  TTCAGCCCTTGACTAGCTGTCTGCTG-CCTTTATTCTTCATCTACACCTG  198
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  -TCAGCCCTTGACTAGCTGTCTGCTGCCCTTTATTCTTCATCTACACCTG  191

seq1  GT-GTTTCAAAAGATACTCAAATCATCCTGCTCAAAGTTTTGGGCAGGAA  247
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTCAAAAGATACTCAAATCATCCTGCTCAAAGTTTTGGGCAGGAA  241

seq1  CTTTCACTGGCTCCTATTTCCAGGGAAAATTCATTCCTTTATTTGCAGAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACTGGCTCCTATTTCCAGGGAAAATTCATTCCTTTATTTGCAGAT  291

seq1  GTAATTGAAGCCTGTCTCGTGTGACTGAAGGTTCTTTAAGGATCTAAATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTGAAGCCTGTCTCGTGTGACTGAAGGTTCTTTAAGGATCTAAATC  341

seq1  CTGCTATTTGTCAACATGCTCCTTGGATAGACAGGCTGGCATTTTCCATG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATTTGTCAACATGCTCCTTGGATAGACAGGCTGGCATTTTCCATG  391

seq1  AAAATGTATTTGTTCAGGTTCTTTCTTCTGCTAGTCCCCTAGAGGGATAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATTTGTTCAGGTTCTTTCTTCTGCTAGTCCCCTAGAGGGATAC  441

seq1  GTTTATTTATGTTTCTGACCATTTTCTTGACTTGGACAATACTGTATTAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTTATGTTTCTGACCATTTTCTTGACTTGGACAATACTGTATTAA  491

seq1  GAGATATGATGTACTAGAAGCTTAATATTTGATTCATACAATAAGCTGAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATGATGTACTAGAAGCTTAATATTTGATTCATACAATAAGCTGAC  541

seq1  ATCAAAGCTCCTGCAGGTTTATTTTTTATTTTATTTTTATTTTTTAGAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAGCTCCTGCAGGTTTATTTTTTATTTTATTTTTATTTTTTAGAAT  591

seq1  GAAAGCCATAAACCCAACCCACATCCGGAGATAAGCCAACCTGAGCTATC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCATAAACCCAACCCACATCCGGAGATAAGCCAACCTGAGCTATC  641

seq1  TCACAGACTAATAATCAGAATAAATGATTTGATTTTTATTTTTTTCTAAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGACTAATAATCAGAATAAATGATTTGATTTTTATTTTTTTCTAAA  691

seq1  TTTCCAGTGTTACACTTCCTATGCCTATATTTAGTCTTCTTAACGATGTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTGTTACACTTCCTATGCCTATATTTAGTCTTCTTAACGATGTA  741

seq1  ATAATATCCTATAATCCTTTGATAGAAACTGTGGCTCCTTACCTTTGGGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATCCTATAATCCTTTGATAGAAACTGTGGCTCCTTACCTTTGGGG  791

seq1  ATATATATCATCAGATCTTACCCCTGGATGGGACCAAATTAAGATTTAGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATCATCAGATCTTACCCCTGGATGGGACCAAATTAAGATTTAGT  841

seq1  CATTAACAATTGGTTCAAAAATGATGGGACTTTGGAAATTAACCTTCAAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAACAATTGGTTCAAAAATGATGGGACTTTGGAAATTAACCTTCAAC  891

seq1  TCTAAGGGGTTGCATATCACACCTGGCCCACTTCAAGGTTAGATTTTGGA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGGGTTGCATATCACACCTGGCCCACTTCAAGGTTAGATTTTGGA  941

seq1  CAATGTCACTGCTTATGATTGTCCTGGAATTATGTAGCAGGGGTGGGGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTCACTGCTTATGATTGTCCTGGAATTATGTAGCAGGGGTGGGGAG  991

seq1  TGGGGATGGAATGTCCTATAAGAACTTGCTATGACTTGTTGGCAAACCCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGGAATGTCCTATAAGAACTTGCTATGACTTGTTGGCAAACCCA  1041

seq1  CTGACGTTTTTTCTCTGGTACTTATTGCCCTGATATTTTCCCCTTCCAGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACGTTTTTTCTCTGGTACTTATTGCCCTGATATTTTCCCCTTCCAGT  1091

seq1  ATGTAAATATTATCCTCTATTTATGTTGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAATATTATCCTCTATTTATGTTGAATTC  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |