BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202O23
Chromosome14 (Build37)
Map Location 118,414,371 - 118,556,522
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDct, Tgds, Gpr180
Upstream geneGpc6, 5730405N03Rik, LOC100043822
Downstream geneLOC100043824, LOC100043539, Sox21, LOC100043825, EG668814, LOC435422, Abcc4, Cldn10, Dzip1, Dnajc3a, LOC100043828, Ugcgl2, Hs6st3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202O23.bB6Ng01-202O23.g
ACCGA023293GA023294
length1,0631,080
definitionB6Ng01-202O23.b B6Ng01-202O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,555,471 - 118,556,522)(118,414,371 - 118,415,222)
sequence
gaattcccaattcacctgccgtagaagcacaccgcacagaaacaaacaca
tttaccttgaatgtaagttgcttgcttacaatacaaggtattctttttct
attatagtgtattttaaaatcacagtttaataaactgccacccatacagt
ttatacttttactgcgtcgaagtaagagagattccttgtacaaagaaaaa
ctgctggggtgtaatgtttgtttttgagctgcacatcaaaaatctgcaca
tgtcacgtggacggacgtcctcctgctctgtcatctacatgaacaggcta
ccgcacatgcacactgtgacacactctcttcggggcacggcacaggcctt
gcgctgcctccctgaactctcagcagctctggttacaggagaactgcaca
agactaagccccctaacttccctccatggtgggtgaggaggggctcacac
tgcccactctgtcctgagagtgtacagttacggctgctgggagtgggggc
attttcctcagtggcatagctgcttgtaggctgctcatgttagcccaggt
tatcctaactagactcactgctcaccaacccagacttgtaggctgctcat
gttagcccaggttatcctaactagactcactgctcaccaacccagacttg
ggtggaactgctttcctgtgttgcttgtgtctgtctgtcgggggtgaaca
gatgtctgcagtctccacagggaaagtttacgaatgtatgcttatgtatg
tacggcggcagatgcacataatgagttgttactacacttgagtgacatag
actgtcagatcaagcacatttttctttcaccacaaaccgtctaagagctg
atgttaattaattgtcatttaaacatatcacagatacagtcagctaacat
ggtgaagacaccggctgaaggaatccctctgtgagctttagaagcgaaca
caaacgcctgggggaccctcatgctccagctcccttccccttcaccccag
gttggttcagtgatggagtgctgtacccccgtgctctaacctgtggcaga
gttgatggagtgc
gaattcatttgcaatgttaagaaaaagaaaagagaatgtacttgctatcg
ttttctaagaatcatggggctggggtcatggaatgctgattcacaggata
atcaaaggagaactggagtaaatgattagattgatatgcaaatagaagac
tgggctttggtctgcaagagctgagctgtctggagatctccagagaaagt
tatctcaagcagaacacagggggtcagcttgtacccacaatttgactttg
agtctttcttctcaccactcctaaacacccctgcctcaggaccatcaacc
aagccaaggctaatccttggcaatacgaaatttaattttatatgaaatat
aatatttgattaattctttgataatttcatgcattgtgttttggtattta
ccttccaccctttctcttaactccttccagactcaccttacctatctacc
cacccctaacttcatctccttttaaaaaaaaaaaaagtatcccactgagt
ccagtttgtggtgttcatactcatggaccatccactagagcatggtagaa
ctatcaaggttcacacgcttaagaaaaatgactctctctctctcttccac
cagaatccattgactgtcaacagtgtctcagttttgggtgggaacttaaa
tgaggctactccactcagtgctaaacttaaattatagacagtcaacagct
tgatcttgtgaagtttttatatgatcttgaacaagtcttgtgtgaccttg
tggaggccttgtgtaattttgtactggtcttctgtgatcatgtgctgttc
ttgtatgatcctctgcaggtcttgtatgatcttgtgaaggccttgtgtga
gctggttatagcttctttaaagcatgaagtattaacaggcatattggcac
acactttttcatctcagaacttgggtgacagagaaagggagatctctgtg
aatttgaaggcaggcctgatctacaaagacatagcagtttgaaggccacg
agatcacatgggtagatcatgttctcaaaaaaacaaaccaacaaatgaac
agaattttttctttcttgcgtttcctttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_118555471_118556522
seq2: B6Ng01-202O23.b_49_1111 (reverse)

seq1  GCACTCCATC-ACTCTG-CACAG---TGAGCAC-GGGGTACAGCACTCCA  44
      |||||||||| |||||| |||||    |||||| ||||||||||||||||
seq2  GCACTCCATCAACTCTGCCACAGGTTAGAGCACGGGGGTACAGCACTCCA  50

seq1  TCACTGAA-CAACCTGGGGTGGAAGGGAA-GGAGCTGGAGCATGAGGGTC  92
      |||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAACCAACCTGGGGTGAAGGGGAAGGGAGCTGGAGCATGAGGGTC  100

seq1  CCCCAGGCGTTTGTGTTCGCTTCTTAAAGCTCACAGAGGGATTCCTTCAG  142
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGCGTTTGTGTTCGCTTC-TAAAGCTCACAGAGGGATTCCTTCAG  149

seq1  CCGGTGTCTTCACCATGTTAGCTGACTGTATCTGTGATATGTTT-AATGA  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCGGTGTCTTCACCATGTTAGCTGACTGTATCTGTGATATGTTTAAATGA  199

seq1  C-ATTAATTTACATCA-CACTTAAAC-ATTTGTGGTGAAAGAAAAATGTG  238
      | ||||||| |||||| | |||| ||  ||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAATTAACATCAGCTCTTAGACGGTTTGTGGTGAAAGAAAAATGTG  249

seq1  CTTGATCTGACAGTCTATGTCACTCAAGTGTAGTAACAACTCATTATGTG  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTGACAGTCTATGTCACTCAAGTGTAGTAACAACTCATTATGTG  299

seq1  CATCTGCCGCCGTACATACATAAGCATACATTCGTAAACTTTCCCTGTGG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGCCGCCGTACATACATAAGCATACATTCGTAAACTTTCCCTGTGG  349

seq1  AGACTGCAGACATCTGTTCACCCCCGACAGACAGACACAAGCAACACAGG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCAGACATCTGTTCACCCCCGACAGACAGACACAAGCAACACAGG  399

seq1  AAAGCAGTTCCACCCAAGTCTGGGTTGGTGAGCAGTGAGTCTAGTTAGGA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGTTCCACCCAAGTCTGGGTTGGTGAGCAGTGAGTCTAGTTAGGA  449

seq1  TAACCTGGGCTAACATGAGCAGCCTACAAGTCTGGGTTGGTGAGCAGTGA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGGGCTAACATGAGCAGCCTACAAGTCTGGGTTGGTGAGCAGTGA  499

seq1  GTCTAGTTAGGATAACCTGGGCTAACATGAGCAGCCTACAAGCAGCTATG  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGTTAGGATAACCTGGGCTAACATGAGCAGCCTACAAGCAGCTATG  549

seq1  CCACTGAGGAAAATGCCCCCACTCCCAGCAGCCGTAACTGTACACTCTCA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGAGGAAAATGCCCCCACTCCCAGCAGCCGTAACTGTACACTCTCA  599

seq1  GGACAGAGTGGGCAGTGTGAGCCCCTCCTCACCCACCATGGAGGGAAGTT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAGTGGGCAGTGTGAGCCCCTCCTCACCCACCATGGAGGGAAGTT  649

seq1  AGGGGGCTTAGTCTTGTGCAGTTCTCCTGTAACCAGAGCTGCTGAGAGTT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCTTAGTCTTGTGCAGTTCTCCTGTAACCAGAGCTGCTGAGAGTT  699

seq1  CAGGGAGGCAGCGCAAGGCCTGTGCCGTGCCCCGAAGAGAGTGTGTCACA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGGCAGCGCAAGGCCTGTGCCGTGCCCCGAAGAGAGTGTGTCACA  749

seq1  GTGTGCATGTGCGGTAGCCTGTTCATGTAGATGACAGAGCAGGAGGACGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATGTGCGGTAGCCTGTTCATGTAGATGACAGAGCAGGAGGACGT  799

seq1  CCGTCCACGTGACATGTGCAGATTTTTGATGTGCAGCTCAAAAACAAACA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCCACGTGACATGTGCAGATTTTTGATGTGCAGCTCAAAAACAAACA  849

seq1  TTACACCCCAGCAGTTTTTCTTTGTACAAGGAATCTCTCTTACTTCGACG  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACCCCAGCAGTTTTTCTTTGTACAAGGAATCTCTCTTACTTCGACG  899

seq1  CAGTAAAAGTATAAACTGTATGGGTGGCAGTTTATTAAACTGTGATTTTA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAAGTATAAACTGTATGGGTGGCAGTTTATTAAACTGTGATTTTA  949

seq1  AAATACACTATAATAGAAAAAGAATACCTTGTATTGTAAGCAAGCAACTT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACACTATAATAGAAAAAGAATACCTTGTATTGTAAGCAAGCAACTT  999

seq1  ACATTCAAGGTAAATGTGTTTGTTTCTGTGCGGTGTGCTTCTACGGCAGG  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAAGGTAAATGTGTTTGTTTCTGTGCGGTGTGCTTCTACGGCAGG  1049

seq1  TGAATTGGGAATTC  1052
      ||||||||||||||
seq2  TGAATTGGGAATTC  1063

seq1: chr14_118414371_118415222
seq2: B6Ng01-202O23.g_286_1145

seq1  GGGTCAGCTTGTACCCACAATTTGACTTTGAGTCTTTCTTCTCACCACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAGCTTGTACCCACAATTTGACTTTGAGTCTTTCTTCTCACCACTC  50

seq1  CTAAACACCCCTGCCTCAGGACCATCAACCAAGCCAAGGCTAATCCTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACACCCCTGCCTCAGGACCATCAACCAAGCCAAGGCTAATCCTTGG  100

seq1  CAATACGAAATTTAATTTTATATGAAATATAATATTTGATTAATTCTTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACGAAATTTAATTTTATATGAAATATAATATTTGATTAATTCTTTG  150

seq1  ATAATTTCATGCATTGTGTTTTGGTATTTACCTTCCACCCTTTCTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTCATGCATTGTGTTTTGGTATTTACCTTCCACCCTTTCTCTTAA  200

seq1  CTCCTTCCAGACTCACCTTACCTATCTACCCACCCCTAACTTCATCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCAGACTCACCTTACCTATCTACCCACCCCTAACTTCATCTCCT  250

seq1  TTTAAAAAAAAAAAAAGTATCCCACTGAGTCCAGTTTGTGGTGTTCATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAAAAAAAGTATCCCACTGAGTCCAGTTTGTGGTGTTCATAC  300

seq1  TCATGGACCATCCACTAGAGCATGGTAGAACTATCAAGGTTCACACGCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGACCATCCACTAGAGCATGGTAGAACTATCAAGGTTCACACGCTT  350

seq1  AAGAAAAATGACTCTCTCTCTCTCTTCCACCAGAATCCATTGACTGTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATGACTCTCTCTCTCTCTTCCACCAGAATCCATTGACTGTCAA  400

seq1  CAGTGTCTCAGTTTTGGGTGGGAACTTAAATGAGGCTACTCCACTCAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCTCAGTTTTGGGTGGGAACTTAAATGAGGCTACTCCACTCAGTG  450

seq1  CTAAACTTAAATTATAGACAGTCAACAGCTTGATCTTGTGAAGTTTTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTTAAATTATAGACAGTCAACAGCTTGATCTTGTGAAGTTTTTAT  500

seq1  ATGATCTTGAACAAGTCTTGTGTGACCTTGTGGAGGCCTTGTGTAATTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTTGAACAAGTCTTGTGTGACCTTGTGGAGGCCTTGTGTAATTTT  550

seq1  GTACTGGTCTTCTGTGATCATGTGCTGTTCTTGTATGATCCTCTGCAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGGTCTTCTGTGATCATGTGCTGTTCTTGTATGATCCTCTGCAGGT  600

seq1  CTTGTATGATCTTGTGAAGGCCTTGTGTGAGCTGGTTATAGCTTC-TTAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTGTATGATCTTGTGAAGGCCTTGTGTGAGCTGGTTATAGCTTCTTTAA  650

seq1  AGCATGAAGTATTAACAGGCATATTGGCACACAC-TTTTCATCTCAGAAC  698
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCATGAAGTATTAACAGGCATATTGGCACACACTTTTTCATCTCAGAAC  700

seq1  TTGGGTGACAGAGAAAGGGAGATCTCTGTGAATTTGAAGGCA-GCCTGAT  747
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTGGGTGACAGAGAAAGGGAGATCTCTGTGAATTTGAAGGCAGGCCTGAT  750

seq1  CTACAAAGAACATAGCAAGTTGAAGGCCACGAGATCAACATGGTAAGATC  797
      |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| ||||||  |||||
seq2  CTACAAAG-ACATAGCAGTTTGAAGGCCACGAGATC-ACATGGGTAGATC  798

seq1  ATG-TCTC-AAAAAACAAACCAACAAATG-ACAGA--TTTTTC-TTCTGG  841
      ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||  |||||| |||| |
seq2  ATGTTCTCAAAAAAACAAACCAACAAATGAACAGAATTTTTTCTTTCTTG  848

seq1  CGTTT-CTTTAA  852
      ||||| ||||||
seq2  CGTTTCCTTTAA  860