BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-206L04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 39,044,803 - 39,186,804
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrg3
Upstream geneLOC382871, LOC382872
Downstream geneLOC100041521
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-206L04.bB6Ng01-206L04.g
ACCGA026049GA026050
length1,2101,140
definitionB6Ng01-206L04.b B6Ng01-206L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,185,598 - 39,186,804)(39,044,803 - 39,045,946)
sequence
gaattccagggaagcagaatgctgtctggatagcttctttgttataattc
catctagaaattgagattctatttaagcatctactgaaatatcatagctg
agacccctcaggacaaccccaggaaggaactgagggtcatcttgtgccgc
tggtataagaatatagcacaaaaacatggcacaagttaaaccctacacca
ctaccacccccacatacccaagtagtatgagagattatatttttgttttg
ttgtggttttgaatgcagtactgtatctcacaaagattgaacttccactg
atttctatcaccagtcccctatatgttttaagcatttggataattcaaac
aagactaccattatctaagaatccaaatcatataatgacattggtgattg
caaccatgctgtattcagaattaaatcaaccttggaaaactgtcattctt
taaaacccaccttcatgctatagcaagagtttagctttcccttactgcca
tgtatgtgtccagtagctggttctgaaaatgacacagagtagttaacttc
aatccctcattcccatctaagtccttaattcagaataaggttgaataggt
ggatatttgaagtttggcactaattgcctttgttgactgatcatgtcaca
ttggtgagtcactgtggcagttagttgcaaacattgtctaaggtatttaa
cattttacagatagaatttacacttctgtaagactctgctggtatcatca
tcacattacttattagattctacctatagatctaccctgatgacattgat
gcagatataatattattccagccagacttcttagctctcttttatatgta
aatatatgaaaggcatattttatgtacatttatatattttggaagtatgg
taccaatgactaaacaaatgggccagaggcttgctcctttcttttattga
gattgtctcatggattagacctttagaatctgattttctttcatacaggg
cacaggataagatccaccaaggagttttcttattgcattgttcttatata
aaattagcaccccaaaggacattatagtccagttaccttaggaatatccc
ttccatagctgtttctgatttttatggtgacaatttcataagagaacatg
agaacaatttacgatttcttctgtacctcatctaaaggtgcagcttgggc
acaggagcat

gaattcttttaagaatatttcaagtactataggtcaaattaactttattt
aattgcctacattttccaattcccatattgtgtaaataaattataatcct
gtttcccttcatggtaatgatgagatagggagataatatgggttaaaaaa
ataaataaattacaattcactgtctaaacagaaagaagtcctttcaatgt
gtgcatatctataaggactataatttcactatacttcatgaagctgaatt
aacatattttatgaatattgtagataaagttacttgggagttcagatgtc
atgctatgccacttccattattcctttacctctgatttttttaatacata
ctaagaatgagaaaataccattcagtaatgatactatttaaatagcagaa
ataaaatctgtttattttagaatcataccagtcttctgtcctatgttttg
ttcttgaagatataaaaaaatataatttagtctagtggaattccaacaac
tttggatgaacaaataaatggcagtccattcaggggtcattaccgtccat
cttaacaatgagagctagtgctggagggttagattttgcgaacatatgct
ctggaaggagctgttcacattaagggctgataacagtaccgcactgccta
actgcactgcaaacacttggtacaggcagaaataaagagacaatgatctt
caagagcaagtttgtttctcatagtgctctcctctgggaagctctgggat
gaaagttcattgctgcttaaacctagcctttcatcacaaaagttctccaa
agaatctcacattgtcttctgtatgaagaaatctgttattgatatgtact
atagttcaaatggtactgctactgacattcagatcagatactgggcagag
aagtaagatggggtctgagggccatttctatgccatttatttttctctat
ttcattaatcatggggaacttattagagctactaagggaaaaacagggag
ttggaacactcagagctcctgatttgtggtcaaatggagctccactttaa
tgccactgatgtcatggtgaatctaatcagccaataagtagtactgaatt
tcagagttctgtaaagatatattagccacagtgccaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_39185598_39186804
seq2: B6Ng01-206L04.b_45_1254 (reverse)

seq1  ATGC-CCTGT-CCCAAGCTGCACCTTTAGATGAGTGACAGAAGAAAAATT  48
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||   |
seq2  ATGCTCCTGTGCCCAAGCTGCACCTTTAGATGAGGTACAGAAGAAA---T  47

seq1  CTGTAATTGTCCTCCTG-TCTC-TATGAAATTGTCACCATAAAAATCAGA  96
      |   |||||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTAAATTGTTCTCATGTTCTCTTATGAAATTGTCACCATAAAAATCAGA  97

seq1  AACAGCTAATGAAAGGATA-TCCTAAGGTAAACTGGACTATAATGTCTTT  145
      ||||||||  ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||
seq2  AACAGCTATGGAAGGGATATTCCTAAGGT-AACTGGACTATAATGTCCTT  146

seq1  TGGGGTGCTTAATTTTATAT-AGA--CATGC-ATAAGAAAACTCCTTGTG  191
      |||||||| ||||||||||| |||   |||| ||||||||||||||||  
seq2  TGGGGTGC-TAATTTTATATAAGAACAATGCAATAAGAAAACTCCTTGGT  195

seq1  GGATCTTATCCTTGTGCCCTGTATGAAAGAAAATCAGATTCTAAAGGTCT  241
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTATCC-TGTGCCCTGTATGAAAGAAAATCAGATTCTAAAGGTCT  244

seq1  AATCCATGAGACAATCTCAATAAAAGAAAGGAGCAAGCCTCTGGCCCATT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCATGAGACAATCTCAATAAAAGAAAGGAGCAAGCCTCTGGCCCATT  294

seq1  TGTTTAGTCATTGGTACCATACTTCCAAAATATATAAATGTACATAAAAT  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGTCATTGGTACCATACTTCCAAAATATATAAATGTACATAAAAT  344

seq1  ATGCCTTTCATATATTTACATATAAAAGAGAGCTAAGAAGTCTGGCTGGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTTCATATATTTACATATAAAAGAGAGCTAAGAAGTCTGGCTGGA  394

seq1  ATAATATTATATCTGCATCAATGTCATCAGGGTAGATCTATAGGTAGAAT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATATTATATCTGCATCAATGTCATCAGGGTAGATCTATAGGTAGAAT  444

seq1  CTAATAAGTAATGTGATGATGATACCAGCAGAGTCTTACAGAAGTGTAAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATAAGTAATGTGATGATGATACCAGCAGAGTCTTACAGAAGTGTAAA  494

seq1  TTCTATCTGTAAAATGTTAAATACCTTAGACAATGTTTGCAACTAACTGC  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATCTGTAAAATGTTAAATACCTTAGACAATGTTTGCAACTAACTGC  544

seq1  CACAGTGACTCACCAATGTGACATGATCAGTCAACAAAGGCAATTAGTGC  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGACTCACCAATGTGACATGATCAGTCAACAAAGGCAATTAGTGC  594

seq1  CAAACTTCAAATATCCACCTATTCAACCTTATTCTGAATTAAGGACTTAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTCAAATATCCACCTATTCAACCTTATTCTGAATTAAGGACTTAG  644

seq1  ATGGGAATGAGGGATTGAAGTTAACTACTCTGTGTCATTTTCAGAACCAG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATGAGGGATTGAAGTTAACTACTCTGTGTCATTTTCAGAACCAG  694

seq1  CTACTGGACACATACATGGCAGTAAGGGAAAGCTAAACTCTTGCTATAGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGGACACATACATGGCAGTAAGGGAAAGCTAAACTCTTGCTATAGC  744

seq1  ATGAAGGTGGGTTTTAAAGAATGACAGTTTTCCAAGGTTGATTTAATTCT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGTGGGTTTTAAAGAATGACAGTTTTCCAAGGTTGATTTAATTCT  794

seq1  GAATACAGCATGGTTGCAATCACCAATGTCATTATATGATTTGGATTCTT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAGCATGGTTGCAATCACCAATGTCATTATATGATTTGGATTCTT  844

seq1  AGATAATGGTAGTCTTGTTTGAATTATCCAAATGCTTAAAACATATAGGG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGGTAGTCTTGTTTGAATTATCCAAATGCTTAAAACATATAGGG  894

seq1  GACTGGTGATAGAAATCAGTGGAAGTTCAATCTTTGTGAGATACAGTACT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGTGATAGAAATCAGTGGAAGTTCAATCTTTGTGAGATACAGTACT  944

seq1  GCATTCAAAACCACAACAAAACAAAAATATAATCTCTCATACTACTTGGG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCAAAACCACAACAAAACAAAAATATAATCTCTCATACTACTTGGG  994

seq1  TATGTGGGGGTGGTAGTGGTGTAGGGTTTAACTTGTGCCATGTTTTTGTG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGGGTGGTAGTGGTGTAGGGTTTAACTTGTGCCATGTTTTTGTG  1044

seq1  CTATATTCTTATACCAGCGGCACAAGATGACCCTCAGTTCCTTCCTGGGG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATTCTTATACCAGCGGCACAAGATGACCCTCAGTTCCTTCCTGGGG  1094

seq1  TTGTCCTGAGGGGTCTCAGCTATGATATTTCAGTAGATGCTTAAATAGAA  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTGAGGGGTCTCAGCTATGATATTTCAGTAGATGCTTAAATAGAA  1144

seq1  TCTCAATTTCTAGATGGAATTATAACAAAGAAGCTATCCAGACAGCATTC  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTTCTAGATGGAATTATAACAAAGAAGCTATCCAGACAGCATTC  1194

seq1  TGCTTCCCTGGAATTC  1207
      ||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCTGGAATTC  1210


seq1: chr14_39044803_39045946
seq2: B6Ng01-206L04.g_66_1205

seq1  GAATTCTTTTAAGAATATTTCAAGTACTATAGGTCAAATTAACTTTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTAAGAATATTTCAAGTACTATAGGTCAAATTAACTTTATTT  50

seq1  AATTGCCTACATTTTCCAATTCCCATATTGTGTAAATAAATTATAATCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCTACATTTTCCAATTCCCATATTGTGTAAATAAATTATAATCCT  100

seq1  GTTTCCCTTCATGGTAATGATGAGATAGGGAGATAATATGGGTTAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCTTCATGGTAATGATGAGATAGGGAGATAATATGGGTTAAAAAA  150

seq1  ATAAATAAATTACAATTCACTGTCTAAACAGAAAGAAGTCCTTTCAATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAAATTACAATTCACTGTCTAAACAGAAAGAAGTCCTTTCAATGT  200

seq1  GTGCATATCTATAAGGACTATAATTTCACTATACTTCATGAAGCTGAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATATCTATAAGGACTATAATTTCACTATACTTCATGAAGCTGAATT  250

seq1  AACATATTTTATGAATATTGTAGATAAAGTTACTTGGGAGTTCAGATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATATTTTATGAATATTGTAGATAAAGTTACTTGGGAGTTCAGATGTC  300

seq1  ATGCTATGCCACTTCCATTATTCCTTTACCTCTGATTTTTTTAATACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATGCCACTTCCATTATTCCTTTACCTCTGATTTTTTTAATACATA  350

seq1  CTAAGAATGAGAAAATACCATTCAGTAATGATACTATTTAAATAGCAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAATGAGAAAATACCATTCAGTAATGATACTATTTAAATAGCAGAA  400

seq1  ATAAAATCTGTTTATTTTAGAATCATACCAGTCTTCTGTCCTATGTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATCTGTTTATTTTAGAATCATACCAGTCTTCTGTCCTATGTTTTG  450

seq1  TTCTTGAAGATATAAAAAAATATAATTTAGTCTAGTGGAATTCCAACAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAAGATATAAAAAAATATAATTTAGTCTAGTGGAATTCCAACAAC  500

seq1  TTTGGATGAACAAATAAATGGCAGTCCATTCAGGGGTCATTACCGTCCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGATGAACAAATAAATGGCAGTCCATTCAGGGGTCATTACCGTCCAT  550

seq1  CTTAACAATGAGAGCTAGTGCTGGAGGGTTAGATTTTGCGAACATATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAACAATGAGAGCTAGTGCTGGAGGGTTAGATTTTGCGAACATATGCT  600

seq1  CTGGAAGGAGCTGTTCACATTAAGGGCTGATAACAGTACCGCACTGCCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGGAGCTGTTCACATTAAGGGCTGATAACAGTACCGCACTGCCTA  650

seq1  ACTGCACTGCAAACACTTGGTACAGGCAGAAATAAAGAGACAATGATCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACTGCAAACACTTGGTACAGGCAGAAATAAAGAGACAATGATCTT  700

seq1  CAAGAGCAAGTTTGTTTCTCATAGTGCTCTCCTCTGGGAAGCTCTGGGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCAAGTTTGTTTCTCATAGTGCTCTCCTCTGGGAAGCTCTGGGAT  750

seq1  GAAAGTTCATTGCTGCTTAAACCTAGCCTTTCATCACAAAAGTTCTCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTTCATTGCTGCTTAAACCTAGCCTTTCATCACAAAAGTTCTCCAA  800

seq1  AGAATCTCACATTGTCTTCTGTATGAAGAAATCTGTTATTGATATGTACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTCACATTGTCTTCTGTATGAAGAAATCTGTTATTGATATGTACT  850

seq1  ATAGTTCAAATGGTACTGCTACTGACATTCAGATCAGATACTGGGCAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCAAATGGTACTGCTACTGACATTCAGATCAGATACTGGGCAGAG  900

seq1  AAGTAAGATGGGGTCTTGAGGGCCATTTCTATGCCATTTATTTTTCTCTA  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGATGGGGTC-TGAGGGCCATTTCTATGCCATTTATTTTTCTCTA  949

seq1  TTTCATTAATCATGGGGAACTTATTAGAGCTACTAGGGGAAAAACAGGGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTTCATTAATCATGGGGAACTTATTAGAGCTACTAAGGGAAAAACAGGGA  999

seq1  GGTGGGAACACTCAGAAGCTCCTGATTTGTTGGTCAAAT-GAGCTTCCAC  1049
       || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||
seq2  -GTTGGAACACTCAG-AGCTCCTGATTTG-TGGTCAAATGGAGC-TCCAC  1045

seq1  TTTAATTGCCACTGATGTCATGGTGAATCTTATCAGCC-ATAAGTTAGTA  1098
      ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||
seq2  TTTAA-TGCCACTGATGTCATGGTGAATCTAATCAGCCAATAAG-TAGTA  1093

seq1  CTGATTTTCAGAGTTTCTGTAAAGATTATA-TAG-CACAGTG-CAAAGA  1144
      |||| |||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||
seq2  CTGAATTTCAGAG-TTCTGTAAAGA-TATATTAGCCACAGTGCCAAAGA  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |