BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209M06
Chromosome14 (Build37)
Map Location 117,497,612 - 117,695,406
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc6
Upstream geneGpc5
Downstream gene5730405N03Rik, LOC100043822, Dct, Tgds, Gpr180, LOC100043824, LOC100043539, Sox21, LOC100043825, EG668814
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209M06.bB6Ng01-209M06.g
ACCGA028300GA028301
length1,0201,070
definitionB6Ng01-209M06.b B6Ng01-209M06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,694,393 - 117,695,406)(117,497,612 - 117,498,682)
sequence
gaattcttatattagctccagttcctatgcaggtaacccaggatgataac
atgtccgaatccttaattatacttgtgagtcccaatttccagaggaggtc
acagttcagagatctgaaaggttaggccataagcctgtgactgtggtatc
tgcagacactaaagattttctgttttgactacaatctctccaacccattt
ttgctgtgctcaagtgtctccacaaaccagaaggctagatgggggaaggg
aacagtattagacacatgtagacacaagctaatttcttatttaatttacc
aaacaataaaatcctgctttttaatggatgatttgaatatcgtgactaaa
ttctttgacatgtctaatgcttccaaagggatgttatattatcataaatt
attcaataaatgagcataaattatttaaggcaggtttctacagttaaatg
tacagagttaaaggtcaagagctcatagaaccactgagtgtaggtgcttt
ccgtttccggtagggtcagagttttcttgcaagtgatctagaaggtggtg
gttgctgtaatgtggaggtaatgatgctgaccaattctgataagctctgg
taaatgccagaggattattgagtttctcactcaatttgaaggcacaatag
aagcaggttcagataagtataatcttgtggtagcttatttctatgtttga
aggtgctgtattgcattgtttgtaattttcttactgttgatttttgttgt
tcatttgttttttgagacacgacagctctgatctcatgaacctgcttact
caatcacttgagtccaggaattgtaagagtgtcccagaatgccatttgta
ttttcatatgaatcaagtctaccagatttcctactgctaaagtcattgtt
atcaggttaagcctgaccttcaaattgtttactatttctatgaggaagca
ctagctagacactatgtatgaagatggctttctggattgtgggatggggg
aactcaaaagggggacaact
gaattcagaataggaagagtttgtactaaaaattctaacctaagacctag
gaataggaatatttctctaaaaagatcttgcaggttctaataacatctac
gtatgaaccatttcctggtcatgtgtccttgggagagatacttctcttct
ctacatttgtttcacaacatgtaatatcatagtaatgccatcatgtatta
cagtaggacacctatgcactggtgctacagacaatcttagaactgtgctt
ggtagagaaccaactctcaattatttctttattgttttgcagtgaaatgt
gttagagtagaaactgtttatcccccagtagatcttatctggttcccagg
cactttctaggtatgagttacagtatcaaaaacaatcacccagggctgag
atggagctcagatgggagagtgcttgtccctaactaggtatggtggccac
attctcgtgtataatctcagatcttgagtagagggaggaagatcagatgt
tgaagtttaactaattacatagaaagcccaagccaacttgaatcatttga
gaccatctctaaagttaaagaaaataatcattcacattaggtaaagaatg
cagagtttagtaaaaagcctagaggcagaagagaagtataagagcaactt
caggaggccaatggagacaagtaatgatgtctctaggacatttggtaatt
gttgcggttggaaaagatagctagaaggttgttttgcaaattggataaaa
tttcaatggtctcaaaacttttgggaggaggttgacatcgattctgaaga
cattagggggaaaatcagtaacgtttggtgaagaaatgctacattatcat
gtcctgacttgtagggcatttattttatgcaattatttatagcaagcaag
taacagccgtacatgcttggctgacattattggtataccgagtctatttc
tccacatccatgtatgagtagtttttggttcactgggctataccttagat
tctggaaaattatttctgtcgctctacaatggatatgggccttggttatt
gataatatggtattcattga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_117694393_117695406
seq2: B6Ng01-209M06.b_52_1070 (reverse)

seq1  GTTGTCCCCCTTCTGAGTTCCCCC-TCCACAAATCCAG-AAGCCATCTTC  48
      |||||||||||| ||||||||||| |||   ||||||| |||||||||||
seq2  GTTGTCCCCCTTTTGAGTTCCCCCATCCCACAATCCAGAAAGCCATCTTC  50

seq1  ATACATAGTGTCTAGCCTAGTGCTTCCTCATAG-AATAGTAAAC-ATTTG  96
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  ATACATAGTGTCTAG-CTAGTGCTTCCTCATAGAAATAGTAAACAATTTG  99

seq1  AAGGTCAGGCTTACCCTGATAAC-ATGACTTTAGCAGTAGGAAATCTGGT  145
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCAGGCTTAACCTGATAACAATGACTTTAGCAGTAGGAAATCTGGT  149

seq1  AGACTTGATTCATATGAAAATAC-AATGGCATTCTGGGACACTCTTACAA  194
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTGATTCATATGAAAATACAAATGGCATTCTGGGACACTCTTACAA  199

seq1  TTCCTGGACTCAAGTGATTGAGTAAGCAGGTTCATGAGATCAGAGCTGTC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGACTCAAGTGATTGAGTAAGCAGGTTCATGAGATCAGAGCTGTC  249

seq1  GTGTCTCAAAAAACAAATGAACAACAAAAATCAACAGTAAGAAAATTACA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCAAAAAACAAATGAACAACAAAAATCAACAGTAAGAAAATTACA  299

seq1  AACAATGCAATACAGCACCTTCAAACATAGAAATAAGCTACCACAAGATT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGCAATACAGCACCTTCAAACATAGAAATAAGCTACCACAAGATT  349

seq1  ATACTTATCTGAACCTGCTTCTATTGTGCCTTCAAATTGAGTGAGAAACT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTATCTGAACCTGCTTCTATTGTGCCTTCAAATTGAGTGAGAAACT  399

seq1  CAATAATCCTCTGGCATTTACCAGAGCTTATCAGAATTGGTCAGCATCAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATCCTCTGGCATTTACCAGAGCTTATCAGAATTGGTCAGCATCAT  449

seq1  TACCTCCACATTACAGCAACCACCACCTTCTAGATCACTTGCAAGAAAAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCACATTACAGCAACCACCACCTTCTAGATCACTTGCAAGAAAAC  499

seq1  TCTGACCCTACCGGAAACGGAAAGCACCTACACTCAGTGGTTCTATGAGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCCTACCGGAAACGGAAAGCACCTACACTCAGTGGTTCTATGAGC  549

seq1  TCTTGACCTTTAACTCTGTACATTTAACTGTAGAAACCTGCCTTAAATAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACCTTTAACTCTGTACATTTAACTGTAGAAACCTGCCTTAAATAA  599

seq1  TTTATGCTCATTTATTGAATAATTTATGATAATATAACATCCCTTTGGAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCTCATTTATTGAATAATTTATGATAATATAACATCCCTTTGGAA  649

seq1  GCATTAGACATGTCAAAGAATTTAGTCACGATATTCAAATCATCCATTAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGACATGTCAAAGAATTTAGTCACGATATTCAAATCATCCATTAA  699

seq1  AAAGCAGGATTTTATTGTTTGGTAAATTAAATAAGAAATTAGCTTGTGTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGATTTTATTGTTTGGTAAATTAAATAAGAAATTAGCTTGTGTC  749

seq1  TACATGTGTCTAATACTGTTCCCTTCCCCCATCTAGCCTTCTGGTTTGTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGTCTAATACTGTTCCCTTCCCCCATCTAGCCTTCTGGTTTGTG  799

seq1  GAGACACTTGAGCACAGCAAAAATGGGTTGGAGAGATTGTAGTCAAAACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACTTGAGCACAGCAAAAATGGGTTGGAGAGATTGTAGTCAAAACA  849

seq1  GAAAATCTTTAGTGTCTGCAGATACCACAGTCACAGGCTTATGGCCTAAC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCTTTAGTGTCTGCAGATACCACAGTCACAGGCTTATGGCCTAAC  899

seq1  CTTTCAGATCTCTGAACTGTGACCTCCTCTGGAAATTGGGACTCACAAGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGATCTCTGAACTGTGACCTCCTCTGGAAATTGGGACTCACAAGT  949

seq1  ATAATTAAGGATTCGGACATGTTATCATCCTGGGTTACCTGCATAGGAAC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTAAGGATTCGGACATGTTATCATCCTGGGTTACCTGCATAGGAAC  999

seq1  TGGAGCTAATATAAGAATTC  1014
      ||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTAATATAAGAATTC  1019

seq1: chr14_117497612_117498682
seq2: B6Ng01-209M06.g_68_1137

seq1  GAATTCAGAATAGGAAGAGTTTGTACTAAAAATTCTAACCTAAGACCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATAGGAAGAGTTTGTACTAAAAATTCTAACCTAAGACCTAG  50

seq1  GAATAGGAATATTTCTCTAAAAAGATCTTGCAGGTTCTAATAACATCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGGAATATTTCTCTAAAAAGATCTTGCAGGTTCTAATAACATCTAC  100

seq1  GTATGAACCATTTCCTGGTCATGTGTCCTTGGGAGAGATACTTCTCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAACCATTTCCTGGTCATGTGTCCTTGGGAGAGATACTTCTCTTCT  150

seq1  CTACATTTGTTTCACAACATGTAATATCATAGTAATGCCATCATGTATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTTGTTTCACAACATGTAATATCATAGTAATGCCATCATGTATTA  200

seq1  CAGTAGGACACCTATGCACTGGTGCTACAGACAATCTTAGAACTGTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGACACCTATGCACTGGTGCTACAGACAATCTTAGAACTGTGCTT  250

seq1  GGTAGAGAACCAACTCTCAATTATTTCTTTATTGTTTTGCAGTGAAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGAACCAACTCTCAATTATTTCTTTATTGTTTTGCAGTGAAATGT  300

seq1  GTTAGAGTAGAAACTGTTTATCCCCCAGTAGATCTTATCTGGTTCCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGAGTAGAAACTGTTTATCCCCCAGTAGATCTTATCTGGTTCCCAGG  350

seq1  CACTTTCTAGGTATGAGTTACAGTATCAAAAACAATCACCCAGGGCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTAGGTATGAGTTACAGTATCAAAAACAATCACCCAGGGCTGAG  400

seq1  ATGGAGCTCAGATGGGAGAGTGCTTGTCCCTAACTAGGTATGGTGGCCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGCTCAGATGGGAGAGTGCTTGTCCCTAACTAGGTATGGTGGCCAC  450

seq1  ATTCTCGTGTATAATCTCAGATCTTGAGTAGAGGGAGGAAGATCAGATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCGTGTATAATCTCAGATCTTGAGTAGAGGGAGGAAGATCAGATGT  500

seq1  TGAAGTTTAACTAATTACATAGAAAGCCCAAGCCAACTTGAATCATTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTTAACTAATTACATAGAAAGCCCAAGCCAACTTGAATCATTTGA  550

seq1  GACCATCTCTAAAGTTAAAGAAAATAATCATTCACATTAGGTAAAGAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATCTCTAAAGTTAAAGAAAATAATCATTCACATTAGGTAAAGAATG  600

seq1  CAGAGTTTAGTAAAAAGCCTAGAGGCAGAAGAGAAGTATAAGAGCAACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTTAGTAAAAAGCCTAGAGGCAGAAGAGAAGTATAAGAGCAACTT  650

seq1  CAGGAGGCCAATGGAGACAAGTAATGATGTCTCTAGGACATTTGGTAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCCAATGGAGACAAGTAATGATGTCTCTAGGACATTTGGTAATT  700

seq1  GTTGCGGTTGGAAAAGATAGCTAGAAGGTTGTTTTGCAAATTGGATAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCGGTTGGAAAAGATAGCTAGAAGGTTGTTTTGCAAATTGGATAAAA  750

seq1  TTTCAATGGTCTCAAAACTTTTGGGAGGAGGTTGACATCGATTCTGAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGGTCTCAAAACTTTTGGGAGGAGGTTGACATCGATTCTGAAGA  800

seq1  CATTAGGGGGAAAATCAGTAACGTTTGGTGAAGAAATGCTACATTATCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGGGGGAAAATCAGTAACGTTTGGTGAAGAAATGCTACATTATCAT  850

seq1  GTCCTGACTTGTAAGGCA-TTATTTTATGCAATTATTTATAGCAAAGCAA  899
      ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GTCCTGACTTGTAGGGCATTTATTTTATGCAATTATTTATAGC-AAGCAA  899

seq1  GTAACAGCCGTACATGCTTGGCTGACATTATTTGGTATACCGAGTTCTAT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
seq2  GTAACAGCCGTACATGCTTGGCTGACATTA-TTGGTATACCGAG-TCTAT  947

seq1  TTCTCCACATCCATGTATGAGTAGTTTTTTGTTCACTGGGCTATACCTTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCACATCCATGTATGAGTAGTTTTTGGTTCACTGGGCTATACCTTA  997

seq1  GATTCT-GAAAATTATTTCTGTCAGCTCTACAAATTGATAT-GGTCTTGT  1047
      |||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || |||| 
seq2  GATTCTGGAAAATTATTTCTGTC-GCTCTAC-AATGGATATGGGCCTTGG  1045

seq1  TTATTGATTATAT-GTATTTATTGA  1071
      |||||||| |||| ||||| |||||
seq2  TTATTGATAATATGGTATTCATTGA  1070