BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-211B09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 10,802,291 - 10,933,266
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFhit
Upstream geneLOC100041948, LOC100042415
Downstream geneLOC100041974
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-211B09.bB6Ng01-211B09.g
ACCGA029257GA029258
length1,1961,129
definitionB6Ng01-211B09.b B6Ng01-211B09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,802,291 - 10,803,484)(10,932,128 - 10,933,266)
sequence
gaattcaagggccctagacacctccttctcagcctcacctgctgctgctt
ctctgcataaatctgaccttgtgtgggtgaagagctacttcatgaaccac
acagccccctcccacccctccctgccttcaggtttgctgaagacccacag
taattgtcagaagtagtcagaggatatacttcctgtagtttccttcaatt
tttctgaaataaggtattaattctccaaatttatattttcaggtaattgc
ctttgatagctgagtctagaaaaaaatttaccaaaaatgttaaaacagct
ttatagacttttatgatatctattgaatgagtcatataattcagaccacc
aatggtccaatatcctggctgttgaaaatttggtagccctgtgtgtcatg
agaattgtgttgggggaggggtacatatttgcagatttgttgtagatgta
tacattcaggcatgcttatgtgtaatagctggttaatctaggctatatac
cttgaatttagagacagattgtctcactgccctacagggatatgccagtc
tctgtctctttagcactaggattataaacatgtagtacaatgcctgggtt
ttgggggactaagtttgggctcatgcttgtgtgtcaaggtctatactaag
agagaaaatactaagttttcagtatcggctgcctagtttatacttgtttt
atcagaaagaaggagatgtcaaaacaatgattgcaagaagcagggaattt
tcagtaaggaatgattttagttacaagaaaaagaaaatcccaaatgcaat
tagctggaccagtaagagaaatgaccattctatgtaatgacataagtagc
ataatacactcactcttcaagtgtggggttagtgcctcatacagtacaaa
tacagtaaccaggacacacactagagatttaaagcaggggctgcatttaa
tatagaggggttcatgttttagaaatactgacaagaataagtaaacagct
tccagcaagcttcctgggacacttctagatccatcgattcctatccacta
gggagtcagaaggagctatttgtttccatcttcttggccattaaagaaat
caggactctacaagtggttcttctcctctcccaagtgaactaaattcacc
ttagtttgagttcagagccaaggtttggaactggaataagtgcaag

gaattcttgagtggatgacaatataatattcactgggtgcataggattat
ttcattttccatttttaagaatctaataaataaaggtttgtcattgttaa
acaccttgtttttataaagaatgcattctgtctactttcctaactaaaca
tacctagtaataattgtaatgtgatatttagttgtttttaagatgtgtct
tgtgtatgtagcgattgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgtgcacatgcacgt
gtgcatgctttggtgtgctcatatgtgtgcatgcaagcacagaggccaga
agaagaccttgggtatcttctccctcactctcatttttattcagttgata
catggtctcacgctgaacctggcgcttttctggcccaccgactctcctgt
tttgcctctcactacattgtggttataagcatgttcacatgcatgcctcg
cttatgtagttttgtaaccatgcctggcttgtgtatgttcccagtcatgc
ctggcttagcataatcacagccatttctgacatatatacattcagaacct
tgcctggtttatgatgttctaagtcattccagctttttcttttttctttt
tcttttctttttttttaacatggacactagctatttgaacttattaattt
ctggttgagtcatctcccatatccctagttggctgctttttaagttcttc
ttgatcaggacaacattaaagttacttggaagcttaactaaagagtaata
gcaaaccatgaaattttgggcaaattttgtaaattgtgtgaatgctttaa
tggtgttatagtctgagagaataatgatctcaggacagtcttttaataag
cactctctatagacaaatccacatttaagcttcctcaatgaaggaatccc
atctcccatccccatttctctagggggaaatgttccaggaagtattccag
gctcgtccttgacttcagtggcttagacttactctatgtaatgaggtggt
ataaaggaatacatgctcctagtctcttagtcatgtgttgaagagtttct
ccatattgagtcgctttttatttcttcttatgaccaaacctgatatttta
atttactagcactcatttgtcccttgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_10802291_10803484
seq2: B6Ng01-211B09.b_51_1246

seq1  GAATTCAAGGGCCCTAGACACCTCCTTCTCAGCCTCACCTGCTGCTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGGCCCTAGACACCTCCTTCTCAGCCTCACCTGCTGCTGCTT  50

seq1  CTCTGCATAAATCTGACCTTGTGTGGGTGAAGAGCTACTTCATGAACCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATAAATCTGACCTTGTGTGGGTGAAGAGCTACTTCATGAACCAC  100

seq1  ACAGCCCCCTCCCACCCCTCCCTGCCTTCAGGTTTGCTGAAGACCCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCCCTCCCACCCCTCCCTGCCTTCAGGTTTGCTGAAGACCCACAG  150

seq1  TAATTGTCAGAAGTAGTCAGAGGATATACTTCCTGTAGTTTCCTTCAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCAGAAGTAGTCAGAGGATATACTTCCTGTAGTTTCCTTCAATT  200

seq1  TTTCTGAAATAAGGTATTAATTCTCCAAATTTATATTTTCAGGTAATTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAAATAAGGTATTAATTCTCCAAATTTATATTTTCAGGTAATTGC  250

seq1  CTTTGATAGCTGAGTCTAGAAAAAAATTTACCAAAAATGTTAAAACAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATAGCTGAGTCTAGAAAAAAATTTACCAAAAATGTTAAAACAGCT  300

seq1  TTATAGACTTTTATGATATCTATTGAATGAGTCATATAATTCAGACCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGACTTTTATGATATCTATTGAATGAGTCATATAATTCAGACCACC  350

seq1  AATGGTCCAATATCCTGGCTGTTGAAAATTTGGTAGCCCTGTGTGTCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTCCAATATCCTGGCTGTTGAAAATTTGGTAGCCCTGTGTGTCATG  400

seq1  AGAATTGTGTTGGGGGAGGGGTACATATTTGCAGATTTGTTGTAGATGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGTGTTGGGGGAGGGGTACATATTTGCAGATTTGTTGTAGATGTA  450

seq1  TACATTCAGGCATGCTTATGTGTAATAGCTGGTTAATCTAGGCTATATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCAGGCATGCTTATGTGTAATAGCTGGTTAATCTAGGCTATATAC  500

seq1  CTTGAATTTAGAGACAGATTGTCTCACTGCCCTACAGGGATATGCCAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATTTAGAGACAGATTGTCTCACTGCCCTACAGGGATATGCCAGTC  550

seq1  TCTGTCTCTTTAGCACTAGGATTATAAACATGTAGTACAATGCCTGGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTTTAGCACTAGGATTATAAACATGTAGTACAATGCCTGGGTT  600

seq1  TTGGGGGACTAAGTTTGGGCTCATGCTTGTGTGTCAAGGTCTATACTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGGACTAAGTTTGGGCTCATGCTTGTGTGTCAAGGTCTATACTAAG  650

seq1  AGAGAAAATACTAAGTTTTCAGTATCGGCTGCCTAGTTTATACTTGTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAATACTAAGTTTTCAGTATCGGCTGCCTAGTTTATACTTGTTTT  700

seq1  ATCAGAAAGAAGGAGATGTCAAAACAATGATTGCAAGAAGCAGGGAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAAGAAGGAGATGTCAAAACAATGATTGCAAGAAGCAGGGAATTT  750

seq1  TCAGTAAGGAATGATTTTAGTTACAAGAAAAAGAAAATCCCAAATGCAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAGGAATGATTTTAGTTACAAGAAAAAGAAAATCCCAAATGCAAT  800

seq1  TAGCTGGACCAGTAAGAGAAATGACCATTCTATGTAATGACATAAGTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGACCAGTAAGAGAAATGACCATTCTATGTAATGACATAAGTAGC  850

seq1  ATAATACACTCACTCTTCAAGTGTGGGGTTAGTGCCTCATACAGTACAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACACTCACTCTTCAAGTGTGGGGTTAGTGCCTCATACAGTACAAA  900

seq1  TACAGTAACCAGGACACACACTAGAGATTTAAAGCAGGGGGCTGCATTTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TACAGTAACCAGGACACACACTAGAGATTTAAAGCA-GGGGCTGCATTTA  949

seq1  ATATAGAGGGGTTCATGTTTTAGAAATTACTGACAAGAATAAGTAAACAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  ATATAGAGGGGTTCATGTTTTAGAAA-TACTGACAAGAATAAGTAAACA-  997

seq1  GCTTCCAGCAAGCTTCCTGGGACAACTTCCAGATCCACCGATTCCTAACC  1050
      ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||
seq2  GCTTCCAGCAAGCTTCCTGGGAC-ACTTCTAGATCCATCGATTCCTATCC  1046

seq1  ACTAGGAAGTCAGAAGGAGCTA-TTGTTTCCATCTTC-TGGCCATTAAAA  1098
      |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||
seq2  ACTAGGGAGTCAGAAGGAGCTATTTGTTTCCATCTTCTTGGCCATT-AAA  1095

seq1  GAAATCAGGAACCTCTACAAGTGTCTCT----CTCCCCACAGTGAACTAA  1144
      ||||||||||  |||||||||||  |||    ||| ||  ||||||||||
seq2  GAAATCAGGA--CTCTACAAGTGGTTCTTCTCCTCTCCCAAGTGAACTAA  1143

seq1  AATCAC--TAGTTTGGAGTTCAGGAAGC--AAGTTTG--ACTTGAATAAG  1188
      | ||||  |||||| ||||||||  |||  | |||||  ||| |||||||
seq2  ATTCACCTTAGTTT-GAGTTCAG--AGCCAAGGTTTGGAACTGGAATAAG  1190

seq1  TGCAAG  1194
      ||||||
seq2  TGCAAG  1196


seq1: chr14_10932128_10933266
seq2: B6Ng01-211B09.g_68_1196 (reverse)

seq1  TCTCAAGGGGACAAATGAGTGCTAGT-AATTAAAATATTCCAGGGTTTGG  49
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||
seq2  TCTCAA-GGGACAAATGAGTGCTAGTAAATTAAAATAT--CA-GGTTTGG  46

seq1  TCATAAAGAAGAAATTAAAAAGGCGACTTCAATATGGAGATACCTCTTC-  98
      |||| ||||||||||  |||| ||||| |||||||||||| | |||||| 
seq2  TCAT-AAGAAGAAAT--AAAAAGCGAC-TCAATATGGAGA-AACTCTTCA  91

seq1  ACACATGGACTTAAGAGAACTAGGAAGCATGTATTCCTTTATACCACCTC  148
      |||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAT-GAC-TAAGAG-ACTAGG-AGCATGTATTCCTTTATACCACCTC  137

seq1  ATTACATAGAGTAAGTCTAAACCACTGAAGTCAAGGACGAGCCTGGAATA  198
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATAGAGTAAGTCTAAGCCACTGAAGTCAAGGACGAGCCTGGAATA  187

seq1  CTTCCTGGAACATTT-CCCCTAGAGAAATGGGGATGGGAGATGGGATTCC  247
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGAACATTTCCCCCTAGAGAAATGGGGATGGGAGATGGGATTCC  237

seq1  TTCATTGAGGAAGCTTAAATGTGGATTTGTCTATAGAGAGTGCTTATTAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTGAGGAAGCTTAAATGTGGATTTGTCTATAGAGAGTGCTTATTAA  287

seq1  AAGACTGTCCTGAGATCATTATTCTCTCAGACTATAACACCATTAAAGCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGTCCTGAGATCATTATTCTCTCAGACTATAACACCATTAAAGCA  337

seq1  TTCACACAATTTACAAAATTTGCCCAAAATTTCATGGTTTGCTATTACTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACAATTTACAAAATTTGCCCAAAATTTCATGGTTTGCTATTACTC  387

seq1  TTTAGTTAAGCTTCCAAGTAACTTTAATGTTGTCCTGATCAAGAAGAACT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTTAAGCTTCCAAGTAACTTTAATGTTGTCCTGATCAAGAAGAACT  437

seq1  TAAAAAGCAGCCAACTAGGGATATGGGAGATGACTCAACCAGAAATTAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGCAGCCAACTAGGGATATGGGAGATGACTCAACCAGAAATTAAT  487

seq1  AAGTTCAAATAGCTAGTGTCCATGTTAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCAAATAGCTAGTGTCCATGTTAAAAAAAAAGAAAAGAAAAAGAAA  537

seq1  AAAGAAAAAGCTGGAATGACTTAGAACATCATAAACCAGGCAAGGTTCTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAAGCTGGAATGACTTAGAACATCATAAACCAGGCAAGGTTCTG  587

seq1  AATGTATATATGTCAGAAATGGCTGTGATTATGCTAAGCCAGGCATGACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATATATGTCAGAAATGGCTGTGATTATGCTAAGCCAGGCATGACT  637

seq1  GGGAACATACACAAGCCAGGCATGGTTACAAAACTACATAAGCGAGGCAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACATACACAAGCCAGGCATGGTTACAAAACTACATAAGCGAGGCAT  687

seq1  GCATGTGAACATGCTTATAACCACAATGTAGTGAGAGGCAAAACAGGAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGTGAACATGCTTATAACCACAATGTAGTGAGAGGCAAAACAGGAGA  737

seq1  GTCGGTGGGCCAGAAAAGCGCCAGGTTCAGCGTGAGACCATGTATCAACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGTGGGCCAGAAAAGCGCCAGGTTCAGCGTGAGACCATGTATCAACT  787

seq1  GAATAAAAATGAGAGTGAGGGAGAAGATACCCAAGGTCTTCTTCTGGCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAAATGAGAGTGAGGGAGAAGATACCCAAGGTCTTCTTCTGGCCT  837

seq1  CTGTGCTTGCATGCACACATATGAGCACACCAAAGCATGCACACGTGCAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTTGCATGCACACATATGAGCACACCAAAGCATGCACACGTGCAT  887

seq1  GTGCACACACACACACAAACACACACAATCGCTACATACACAAGACACAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACACACACACACAAACACACACAATCGCTACATACACAAGACACAT  937

seq1  CTTAAAAACAACTAAATATCACATTACAATTATTACTAGGTATGTTTAGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAACAACTAAATATCACATTACAATTATTACTAGGTATGTTTAGT  987

seq1  TAGGAAAGTAGACAGAATGCATTCTTTATAAAAACAAGGTGTTTAACAAT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGTAGACAGAATGCATTCTTTATAAAAACAAGGTGTTTAACAAT  1037

seq1  GACAAACCTTTATTTATTAGATTCTTAAAAATGGAAAATGAAATAATCCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACCTTTATTTATTAGATTCTTAAAAATGGAAAATGAAATAATCCT  1087

seq1  ATGCACCCAGTGAATATTATATTGTCATCCACTCAAGAATTC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACCCAGTGAATATTATATTGTCATCCACTCAAGAATTC  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |