BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212G17
Chromosome14 (Build37)
Map Location 29,779,910 - 29,909,243
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna2d3, Lrtm1
Upstream geneErc2, LOC100040206, Wnt5a, LOC100040218
Downstream genePpia-ps15, EG665431, Selk, Actr8, Il17rb, Chdh, Cacna1d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212G17.bB6Ng01-212G17.g
ACCGA030220GA030221
length1,141421
definitionB6Ng01-212G17.b B6Ng01-212G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,908,102 - 29,909,243)(29,779,910 - 29,780,336)
sequence
gaattcacttcccatttaccagcttttgaaggaggaaggaattgggacca
gatcacacagtcatcgtggtggcttccttgtgaatagctgtcccctataa
gacaatcccatgcccccctaatcatttgtatctcccagttacatagcaaa
tagcctgttgttgggtttctgtctactgggaaggcatctggaaggctgga
agagtgggtcattccgaacagcactgactctgggcacgtgaatgctcata
catacaagttattgcgattcctattgatgttcagttgctgggatgagtag
atttctcagaagtgatggccagggtcagatttccatatgtgaaatagtct
aagagaatgctctacagctcacttgtcaaaacacaaaccagatgcatctt
ttgcaactgactcacgacaaggcatggccagaccaatggaccatctgtcc
tattcatctgtcgctgcctctgaggccattagatgtttaggagaggattt
tagggcatgcttccattggagatgacatgaatcagcctatcgacatatga
gcacagagtatagagtgactctgaatgaggtttttggttttgttttgttt
ttttcttgttctccttctaagtgaaggcgccactaagtggaaggagatct
atctcacacaggaagtccttcctcatcccagctttctgagtcacatggcc
tttctgtgagccgccttcccctgataacactgctttcatcagagcataca
catacctgctttgttgtcatggtaaaggggagaatgttaagttagagctc
ctgcagtactgcaggttccaggatgtcacggggtgatgggggttatctca
gcatcccatccgtcctggctctgtagatctgcagcaacctggttggcctc
tttaaagactgaaaagaatagtgtcagatggttcctgcacgtgcagaaca
cattttgatttttcagacgttatcctggtaagtaagcattatcaatgacc
catgtgcatactggtaccacaccatagcttttgtttatttgttggttttc
agggtattcctcttgttgttgaacaattatttttggctcacttattcaga
gaatagacaacaaactatgctatgtaatctccagttgagcc
actggctaggacagaaccctcataatatctctagaaacacccacagagac
actcagggaagccttcagcaatttcctaggtgatagttaacttgttaaag
ttgaacctaaacaattatagaaaccatttctccccagatgtgggagctgc
aaggtctaacctgggaaatagcagaaggtaaaactggtggagggatggga
ggtgtctgacttccagctcactgctggagaggaccttgtctcaagtgaat
gataatcattgaaggatagaggttgatctaaaggagaatccttgtgccaa
cagcagcatccaaggtatcaaagagaaaggcaagctagacacactgccct
ttgtcctaccaaagcagaccatgcctccaaagtaatgtgattcagcttgc
aggaggtggggttggggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_29908102_29909243
seq2: B6Ng01-212G17.b_45_1185 (reverse)

seq1  GGCTCACTTGGAGA-TACATAGCATAG-TTGTTGTCTATACTCTGAATTA  48
      ||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||  
seq2  GGCTCAACTGGAGATTACATAGCATAGTTTGTTGTCTATTCTCTGAAT--  48

seq1  CAGTGAGCCAAAAATAATTGTTCAACAACAAGA-GAATACCCTGAAAAAC  97
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
seq2  AAGTGAGCCAAAAATAATTGTTCAACAACAAGAGGAATACCCTG-AAAAC  97

seq1  CAACAAATAAACAAAAGCTAT-GTGTGTACCCAGTATGCACATGGGTCAT  146
      ||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAATAAACAAAAGCTATGGTGTGGTACCAGTATGCACATGGGTCAT  147

seq1  TGATAATGCTTACTTACCAGGATAACCTTCTGAAAAATCAAAATGTGTTC  196
      ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAATGCTTACTTACCAGGATAA-CGTCTGAAAAATCAAAATGTGTTC  196

seq1  TGCACGTGCAGGAACCATCTGACACTATTCTTTTCAGTCTTTAAAGAGGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGTGCAGGAACCATCTGACACTATTCTTTTCAGTCTTTAAAGAGGC  246

seq1  CAACCCAGGTTGCTGCAGATCTACAGAGCCAGGACGGATGGGATGCTGAG  296
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAA-CCAGGTTGCTGCAGATCTACAGAGCCAGGACGGATGGGATGCTGAG  295

seq1  ATAACCCCCATCACCCCGTGACATCCTGGAACCTGCAGTACTGCAGGAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCCCCATCACCCCGTGACATCCTGGAACCTGCAGTACTGCAGGAGC  345

seq1  TCTAACTTAACATTCTCCCCTTTACCATGACAACAAAGCAGGTATGTGTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAACTTAACATTCTCCCCTTTACCATGACAACAAAGCAGGTATGTGTA  395

seq1  TGCTCTGATGAAAGCAGTGTTATCAGGGGAAGGCGGCTCACAGAAAGGCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGATGAAAGCAGTGTTATCAGGGGAAGGCGGCTCACAGAAAGGCC  445

seq1  ATGTGACTCAGAAAGCTGGGATGAGGAAGGACTTCCTGTGTGAGATAGAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACTCAGAAAGCTGGGATGAGGAAGGACTTCCTGTGTGAGATAGAT  495

seq1  CTCCTTCCACTTAGTGGCGCCTTCACTTAGAAGGAGAACAAGAAAAAAAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCCACTTAGTGGCGCCTTCACTTAGAAGGAGAACAAGAAAAAAAC  545

seq1  AAAACAAAACCAAAAACCTCATTCAGAGTCACTCTATACTCTGTGCTCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAACCAAAAACCTCATTCAGAGTCACTCTATACTCTGTGCTCAT  595

seq1  ATGTCGATAGGCTGATTCATGTCATCTCCAATGGAAGCATGCCCTAAAAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCGATAGGCTGATTCATGTCATCTCCAATGGAAGCATGCCCTAAAAT  645

seq1  CCTCTCCTAAACATCTAATGGCCTCAGAGGCAGCGACAGATGAATAGGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTAAACATCTAATGGCCTCAGAGGCAGCGACAGATGAATAGGAC  695

seq1  AGATGGTCCATTGGTCTGGCCATGCCTTGTCGTGAGTCAGTTGCAAAAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTCCATTGGTCTGGCCATGCCTTGTCGTGAGTCAGTTGCAAAAGA  745

seq1  TGCATCTGGTTTGTGTTTTGACAAGTGAGCTGTAGAGCATTCTCTTAGAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTGGTTTGTGTTTTGACAAGTGAGCTGTAGAGCATTCTCTTAGAC  795

seq1  TATTTCACATATGGAAATCTGACCCTGGCCATCACTTCTGAGAAATCTAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCACATATGGAAATCTGACCCTGGCCATCACTTCTGAGAAATCTAC  845

seq1  TCATCCCAGCAACTGAACATCAATAGGAATCGCAATAACTTGTATGTATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCCAGCAACTGAACATCAATAGGAATCGCAATAACTTGTATGTATG  895

seq1  AGCATTCACGTGCCCAGAGTCAGTGCTGTTCGGAATGACCCACTCTTCCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTCACGTGCCCAGAGTCAGTGCTGTTCGGAATGACCCACTCTTCCA  945

seq1  GCCTTCCAGATGCCTTCCCAGTAGACAGAAACCCAACAACAGGCTATTTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCAGATGCCTTCCCAGTAGACAGAAACCCAACAACAGGCTATTTG  995

seq1  CTATGTAACTGGGAGATACAAATGATTAGGGGGGCATGGGATTGTCTTAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAACTGGGAGATACAAATGATTAGGGGGGCATGGGATTGTCTTAT  1045

seq1  AGGGGACAGCTATTCACAAGGAAGCCACCACGATGACTGTGTGATCTGGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACAGCTATTCACAAGGAAGCCACCACGATGACTGTGTGATCTGGT  1095

seq1  CCCAATTCCTTCCTCCTTCAAAAGCTGGTAAATGGGAAGTGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTCCTTCCTCCTTCAAAAGCTGGTAAATGGGAAGTGAATTC  1141

seq1: chr14_29779910_29780336
seq2: B6Ng01-212G17.g_65_491

seq1  GAATTCACTGGCTAGGACAGAACCCTCATAATATCTCTAGAAACACCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGCTAGGACAGAACCCTCATAATATCTCTAGAAACACCCAC  50

seq1  AGAGACACTCAGGGAAGCCTTCAGCAATTTCCTAGGTGATAGTTAACTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACACTCAGGGAAGCCTTCAGCAATTTCCTAGGTGATAGTTAACTTG  100

seq1  TTAAAGTTGAACCTAAACAATTATAGAAACCATTTCTCCCCAGATGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTTGAACCTAAACAATTATAGAAACCATTTCTCCCCAGATGTGGG  150

seq1  AGCTGCAAGGTCTAACCTGGGAAATAGCAGAAGGTAAAACTGGTGGAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAAGGTCTAACCTGGGAAATAGCAGAAGGTAAAACTGGTGGAGGG  200

seq1  ATGGGAGGTGTCTGACTTCCAGCTCACTGCTGGAGAGGACCTTGTCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGGTGTCTGACTTCCAGCTCACTGCTGGAGAGGACCTTGTCTCAA  250

seq1  GTGAATGATAATCATTGAAGGATAGAGGTTGATCTAAAGGAGAATCCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGATAATCATTGAAGGATAGAGGTTGATCTAAAGGAGAATCCTTG  300

seq1  TGCCAACAGCAGCATCCAAGGTATCAAAGAGAAAGGCAAGCTAGACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAACAGCAGCATCCAAGGTATCAAAGAGAAAGGCAAGCTAGACACAC  350

seq1  TGCCCTTTGTCCTACCAAAGCAGACCATGCCTCCAAAGTAATGTGATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTTTGTCCTACCAAAGCAGACCATGCCTCCAAAGTAATGTGATTCA  400

seq1  GCTTGCAGGAGGTGGGGTTGGGGGGAG  427
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAGGAGGTGGGGTTGGGGGGAG  427