BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212I09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 103,069,249 - 103,208,347
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567, LOC669278
Downstream geneKctd12, LOC668699, Irg1, Cln5, Fbxl3, LOC100043441, Phr1, LOC100043797, Scel, LOC100043448, Slain1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212I09.bB6Ng01-212I09.g
ACCGA030296GA030297
length1,1691,115
definitionB6Ng01-212I09.b B6Ng01-212I09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,069,249 - 103,070,428)(103,207,214 - 103,208,347)
sequence
gaattcactttttgcatttatgaaattgttcaaagaataaaaaaatacaa
tatgtgaagataaattgagtcagaaattctcaatataataagcagagctg
aggcctggtgaataatttaattaagaatacacacactgtgtaaatggcga
gattcctgttctttcccctagaagtctggtgtgaacccttcagacagaaa
tctgaccaagtccagagaaagaaacatatattctggtcattgatggattg
atgcaccagctatttattaatgctttcttcatgtttatgcattgtgatta
aacaacctcttgccgtctagttcttaaaaagcagtggaagccaagaatca
tgagtcactccaggaaagttcctagcttgaaagggagagcccaagatttc
cccaaaatacaaattaacaaaaggaaacgaacactttgatatgcaagcat
aaattttaaataatcattgaaaccctcatagagatggataaacagatcta
attcattgaaaaagaaatgaagcctgtcctggctaatttttgccaatgtg
acacaagagatctgggaagaggaacctcagttgagaacatgcctccatca
gatggtcttcccatctacctgtggaactttttttcttaagtaatgacacc
cagaggagggtccagtgcaacttgagtggtgtcacctctgggctgatgat
cctgggtcatacaaagaagtaaaatgagccagccatggaaaatgaacacc
taagaaaattcctctatggcttctgcttcagtccttgcttccatgtttct
gccctaaatttctgccccaactaccattcatgatggacttcacacgagct
gaaaagaaatataaaccctttcctcctcagctccttttagagatggtctc
catcagagcaatataaatctaagacaaggccaagttctgctactcatctg
aaattgaagactaggtttcactggccctctatcctccccagtctcaaaca
cagtttatttgatattttatggtacatatgcctatctgtatcttgtaata
taaaaacacccactccatatctggtgatgcgccttgcaatgcgtctccgc
aacccatggggagcacaagccagtcttccaagttcccctgtagctgtctg
ccaaacttcttgtatcttc
gaattcacactgataaacaccatccttgtgtcaaacattggtcattcaaa
aagtgtgatctcttgaggattcacgtgtgacttctgacccagacatatgc
tgaaatgcagatacacccagtagctggtataatctcctcttcacagtaac
tgtgaggcacaacatgaagtagctggtttgagaacacatgagattttcta
ttaaaccaagcacttaaagtaagaaggagtcccagagataatgtgaaccc
ggtatctccctcctgaaaggctgtgttttagggtaacctcccccaaagct
gcacttgagtcaagggcttgactacaagtggtttctctggtatgccgtgt
ctcaggaagtaccaggagacaacttacaagtaagataaggaaggaaggga
tgccagcctatgtaaagatgacgataaatggatcactgctatggataatt
ggcattcagttttgctaccaaccttctggaagactgtgggatataccatg
gaatcttttgacagctacggatgagtctagtgtctcaaatctttcatgga
ttgagagctgggcctgaggtggttagctttctactgctggagatctatcc
aggggcagagaggtagagagacagtaaaacagggaaggtccacagttaac
tcctagtgggtggacagtgtttgctgaggtacctgcagggtcagctagtc
ccccattcatatacttctctctctggtagatacatcttatctggatcttc
catgcccttgagttgacccacagaatcaggaccagatgtatgcctctatt
gctgacttcaagaagtcacgagagagaaatagtcttgcctttttctgctc
ttccctaaggaggaatgtatataaggagactgtagatagctccgtatccc
agagaagctgactcctgtcctgtgagtcctgtttgttgcatagtcccttt
ctctgcctgtctcacacatttgtagaggatcattgctttttcttctcata
tttcccatgaggtaagcacaaactgggactgtctccgtagatgtcagatc
cagtgcataaagttctcttcgagccacacagctcactggagctaccttgt
cttccaaagcagttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_103069249_103070428
seq2: B6Ng01-212I09.b_44_1212

seq1  GAATTCACTTTTTGCATTTATGAAATTGTTCAAAGAATAAAAAAATACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTTTTGCATTTATGAAATTGTTCAAAGAATAAAAAAATACAA  50

seq1  TATGTGAAGATAAATTGAGTCAGAAATTCTCAATATAATAAGCAGAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGAAGATAAATTGAGTCAGAAATTCTCAATATAATAAGCAGAGCTG  100

seq1  AGGCCTGGTGAATAATTTAATTAAGAATACACACACTGTGTAAATGGCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTGGTGAATAATTTAATTAAGAATACACACACTGTGTAAATGGCGA  150

seq1  GATTCCTGTTCTTTCCCCTAGAAGTCTGGTGTGAACCCTTCAGACAGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTGTTCTTTCCCCTAGAAGTCTGGTGTGAACCCTTCAGACAGAAA  200

seq1  TCTGACCAAGTCCAGAGAAAGAAACATATATTCTGGTCATTGATGGATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCAAGTCCAGAGAAAGAAACATATATTCTGGTCATTGATGGATTG  250

seq1  ATGCACCAGCTATTTATTAATGCTTTCTTCATGTTTATGCATTGTGATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACCAGCTATTTATTAATGCTTTCTTCATGTTTATGCATTGTGATTA  300

seq1  AACAACCTCTTGCCGTCTAGTTCTTAAAAAGCAGTGGAAGCCAAGAATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCTCTTGCCGTCTAGTTCTTAAAAAGCAGTGGAAGCCAAGAATCA  350

seq1  TGAGTCACTCCAGGAAAGTTCCTAGCTTGAAAGGGAGAGCCCAAGATTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCACTCCAGGAAAGTTCCTAGCTTGAAAGGGAGAGCCCAAGATTTC  400

seq1  CCCAAAATACAAATTAACAAAAGGAAACGAACACTTTGATATGCAAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAATACAAATTAACAAAAGGAAACGAACACTTTGATATGCAAGCAT  450

seq1  AAATTTTAAATAATCATTGAAACCCTCATAGAGATGGATAAACAGATCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAAATAATCATTGAAACCCTCATAGAGATGGATAAACAGATCTA  500

seq1  ATTCATTGAAAAAGAAATGAAGCCTGTCCTGGCTAATTTTTGCCAATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTGAAAAAGAAATGAAGCCTGTCCTGGCTAATTTTTGCCAATGTG  550

seq1  ACACAAGAGATCTGGGAAGAGGAACCTCAGTTGAGAACATGCCTCCATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGAGATCTGGGAAGAGGAACCTCAGTTGAGAACATGCCTCCATCA  600

seq1  GATGGTCTTCCCATCTACCTGTGGAACTTTTTTTCTTAAGTAATGACACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTCTTCCCATCTACCTGTGGAACTTTTTTTCTTAAGTAATGACACC  650

seq1  CAGAGGAGGGTCCAGTGCAACTTGAGTGGTGTCACCTCTGGGCTGATGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGAGGGTCCAGTGCAACTTGAGTGGTGTCACCTCTGGGCTGATGAT  700

seq1  CCTGGGTCATACAAAGAAGTAAAATGAGCCAGCCATGGAAAATGAACACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTCATACAAAGAAGTAAAATGAGCCAGCCATGGAAAATGAACACC  750

seq1  TAAGAAAATTCCTCTATGGCTTCTGCTTCAGTCCTTGCTTCCATGTTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAATTCCTCTATGGCTTCTGCTTCAGTCCTTGCTTCCATGTTTCT  800

seq1  GCCCTAAATTTCTGCCCCAACTACCATTCATGATGGACTTCACACGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAATTTCTGCCCCAACTACCATTCATGATGGACTTCACACGAGCT  850

seq1  GAAAAGAAATATAAACCCTTTCCTCCTCAGGCTCCTTTTAGAGATGGTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAAATATAAACCCTTTCCTCCTCA-GCTCCTTTTAGAGATGGTCT  899

seq1  CCATCAGAGCAATATAAATCTAAGACAAGGCCAAGTTCTGCTACTCATCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCAGAGCAATATAAATCTAAGACAAGGCCAAGTTCTGCTACTCATCT  949

seq1  GAAATTGAAGACTAGGTTTCACTGGCCCTCTATCCTCCCCCAGTCTCAAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAAATTGAAGACTAGGTTTCACTGGCCCTCTATCCT-CCCCAGTCTCAAA  998

seq1  CACAGTTTATTTGATAATTTTATGGTACATATTGCCTATCTGTATCTTGT  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACAGTTTATTTGAT-ATTTTATGGTACATA-TGCCTATCTGTATCTTGT  1046

seq1  AATTATAAAAACAACCCACTCCATATCTGGTGATGCGCC-TGCAATGGCG  1099
      || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||   
seq2  AA-TATAAAAAC-ACCCACTCCATATCTGGTGATGCGCCTTGCAATG--C  1092

seq1  GTCTCGCCAACCCCATGGGGAGCCACAAGCCAGTCTTCCCAGGTTCCCCC  1149
      |||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||
seq2  GTCTCCGCAA-CCCATGGGGAG-CACAAGCCAGTCTTCCAAG--TTCCCC  1138

seq1  TGTTAGCTG-CTGCCAAACTTCTTGTATCTTC  1180
      || |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TG-TAGCTGTCTGCCAAACTTCTTGTATCTTC  1169

seq1: chr14_103207214_103208347
seq2: B6Ng01-212I09.g_66_1180 (reverse)

seq1  CAACTGCTTTGTGAAAGACAAAGTTAGCTTCCCAAGTGAGCTGTTGGTGG  50
      |||||||||  || ||||| ||| |||||   | ||||||||||  || |
seq2  CAACTGCTT--TGGAAGAC-AAGGTAGCT---CCAGTGAGCTGT--GT-G  41

seq1  GCTCGAAAGGAGAAATTTTATTCCACTGGATCCTTGACATCTTACGGAGA  100
      |||||||  ||||| |||   | |||||||||  ||||||| ||||||||
seq2  GCTCGAA--GAGAACTTT--ATGCACTGGATC--TGACATC-TACGGAGA  84

seq1  CAGTCCCAGGTTTGTGCTTACCTCATGGGAAAATATGAGAAG-AAAAGCA  149
      |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  CAGTCCCA-GTTTGTGCTTACCTCATGGG-AAATATGAGAAGAAAAAGCA  132

seq1  ATGGTCCTCTTACAAATGTGTGAGACAGGCAGAGAAAGGGACTATGCAAC  199
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCTC-TACAAATGTGTGAGACAGGCAGAGAAAGGGACTATGCAAC  181

seq1  AAACAGGACTCACAGGACAGGAGTCAGCCTTCTCTGGGATACGGAGCTAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGACTCACAGGACAGGAGTCAG-CTTCTCTGGGATACGGAGCTAT  230

seq1  CTACAGTCTCCTTATATACATTCCTCCTTAGGGAAGAGCAGAAAAAGGCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTCTCCTTATATACATTCCTCCTTAGGGAAGAGCAGAAAAAGGCA  280

seq1  AGACTATTTCTCTCTCGTGACTTCTTGAAGTCAGCAATAGAGGCATACAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATTTCTCTCTCGTGACTTCTTGAAGTCAGCAATAGAGGCATACAT  330

seq1  CTGGTCCTGATTCTGTGGGTCAACTCAAGGGCATGGAAGATCCAGATAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCCTGATTCTGTGGGTCAACTCAAGGGCATGGAAGATCCAGATAAG  380

seq1  ATGTATCTACCAGAGAGAGAAGTATATGAATGGGGGACTAGCTGACCCTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATCTACCAGAGAGAGAAGTATATGAATGGGGGACTAGCTGACCCTG  430

seq1  CAGGTACCTCAGCAAACACTGTCCACCCACTAGGAGTTAACTGTGGACCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTACCTCAGCAAACACTGTCCACCCACTAGGAGTTAACTGTGGACCT  480

seq1  TCCCTGTTTTACTGTCTCTCTACCTCTCTGCCCCTGGATAGATCTCCAGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTTTTACTGTCTCTCTACCTCTCTGCCCCTGGATAGATCTCCAGC  530

seq1  AGTAGAAAGCTAACCACCTCAGGCCCAGCTCTCAATCCATGAAAGATTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAAGCTAACCACCTCAGGCCCAGCTCTCAATCCATGAAAGATTTG  580

seq1  AGACACTAGACTCATCCGTAGCTGTCAAAAGATTCCATGGTATATCCCAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTAGACTCATCCGTAGCTGTCAAAAGATTCCATGGTATATCCCAC  630

seq1  AGTCTTCCAGAAGGTTGGTAGCAAAACTGAATGCCAATTATCCATAGCAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCCAGAAGGTTGGTAGCAAAACTGAATGCCAATTATCCATAGCAG  680

seq1  TGATCCATTTATCGTCATCTTTACATAGGCTGGCATCCCTTCCTTCCTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCATTTATCGTCATCTTTACATAGGCTGGCATCCCTTCCTTCCTTA  730

seq1  TCTTACTTGTAAGTTGTCTCCTGGTACTTCCTGAGACACGGCATACCAGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTTGTAAGTTGTCTCCTGGTACTTCCTGAGACACGGCATACCAGA  780

seq1  GAAACCACTTGTAGTCAAGCCCTTGACTCAAGTGCAGCTTTGGGGGAGGT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCACTTGTAGTCAAGCCCTTGACTCAAGTGCAGCTTTGGGGGAGGT  830

seq1  TACCCTAAAACACAGCCTTTCAGGAGGGAGATACCGGGTTCACATTATCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTAAAACACAGCCTTTCAGGAGGGAGATACCGGGTTCACATTATCT  880

seq1  CTGGGACTCCTTCTTACTTTAAGTGCTTGGTTTAATAGAAAATCTCATGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACTCCTTCTTACTTTAAGTGCTTGGTTTAATAGAAAATCTCATGT  930

seq1  GTTCTCAAACCAGCTACTTCATGTTGTGCCTCACAGTTACTGTGAAGAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCAAACCAGCTACTTCATGTTGTGCCTCACAGTTACTGTGAAGAGG  980

seq1  AGATTATACCAGCTACTGGGTGTATCTGCATTTCAGCATATGTCTGGGTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTATACCAGCTACTGGGTGTATCTGCATTTCAGCATATGTCTGGGTC  1030

seq1  AGAAGTCACACGTGAATCCTCAAGAGATCACACTTTTTGAATGACCAATG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCACACGTGAATCCTCAAGAGATCACACTTTTTGAATGACCAATG  1080

seq1  TTTGACACAAGGATGGTGTTTATCAGTGTGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACACAAGGATGGTGTTTATCAGTGTGAATTC  1115