BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214M05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 43,406,388 - 43,421,374
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC635209
Upstream geneLOC100041841, EG666207, LOC666214, LOC632737, EG623168, LOC100041849, 1700016D02Rik, LOC100040726, LOC666228, LOC666233, LOC100041930, EG666152, EG385234, LOC100041950, LOC100041910, LOC674032, EG666239, LOC100040759, LOC100040771, EG666253, EG666264, LOC100040787, EG666280, EG666285, LOC666298, LOC100042031, EG666318, EG546249, LOC100040863, LOC100040875, LOC100040890, LOC100042055
Downstream gene1700091H14Rik, EG666415, LOC100040976, LOC100040983, LOC100042114, LOC666370, EG666376, LOC100041025, EG666396, LOC100041046, LOC100042130, LOC624893, LOC100041069, EG666420, LOC666436, EG638353, LOC666454, LOC100041106, EG638262, EG640992, EG666471, LOC666481, LOC100041143, EG666485, 1700049E17Rik, LOC666492, 1700001F09Rik, LOC673380, LOC100042326, EG666502, LOC545039, LOC100041227, LOC100041235, LOC100042342, LOC666322, EG666556, EG666561, LOC676304, Rbmxrtp, LOC673132, LOC100041300, LOC624717, LOC672977, EG666590, LOC100041327, EG623592, Ear1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214M05.bB6Ng01-214M05.g
ACCGA031923GA031924
length1,144947
definitionB6Ng01-214M05.b B6Ng01-214M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,406,388 - 43,407,541)(43,420,439 - 43,421,374)
sequence
gaattcatagaagataaggattcctacaggtgagtcccagacacagctga
gacccagcactaggcagggaatggttgtggccttctgggactttgtacaa
aagtaagagctctagttctatactctctgtttcttaataggagccctccc
atgaggcatgggtcttggatttgtacctcttggactcagttttcctaagt
gtgaatattgtccaagaccctccagtctttattcttccaaattcaggatc
ttctgcatcgaaaccatttccaccatgctgggaatctcaagcaaccctga
acttctagggttctgacagcagattacaagatctgggatccatgacaaaa
atggaaagagtttataccttttgggtcttctctctccctaagagggcatt
gccctctccctactgatggttttctggtactacacacatatgagcaacca
tgaggaagttttcctcttctgtgatgtatatggaacactcttggtgtagg
gttatcagaaatattttgagtcttgttacatgtggctggtctctggattt
gacctgcctctatttggtacttatggatatacagtgtactctagtctcgg
gctttctggggatcagagcccttgcagggatcataatatttggaagagtg
gcaggcaaatcgaagataggtgggaatcaacatttatgttttatttgttt
gtggttcagcatcaggcacacccacctcctgaaagaatgcaatcaattga
agaaaaaaagtaaggatgttgctgaatgagaacagaaagctgctggtaga
gcaggctgaccaggaggcatcctttggtgaagaaaagagttctgtgatga
gaccagcaagaacatacatcccaagtgcaaagcagcagcaggtaggatga
tgcatatcagaggcagatttccctcatggctaaccatacatatagacaat
caatgtaacaatccaccaacttatccaggcactcactctgtctctccaag
tgttatttaggtgatcatctacaggctttcttgtggagtagactttcaga
actgcatgtttagctaacaattttcttgccctgctataatctgcagtcac
tagggaagattagtgatttacaattcacaactctacatgcatta
gaattcaagacactacaatttgagaattatgggatatttcacataagtga
gtgggtttacagatgtaccttggcttccaaaatatggctgtcctctggat
ttgatctctctcaatgtgatgctccgtggccaatctggacagttgtctgg
agctgtctgggcaccagggcacattgtggcagggatggtccttggaggag
tgggaggaagatggatgctgacttgtgtaaccatttgtttgtttgtgact
cagcatcaggcactgccacctccagagtgaatctaaacatctccagcaca
aagtcaggatgttgtggaaggagaacagacagttgctagaggagcagatt
gcattagaagaatgttccaacgaatcaaagaggcagtgtaaagaaggcag
cctgaaaaccaatgacctatgtaccaagcagcagcaggtagggtgcataa
atcatgaggagcaggttgcagtcatgtctaaccttaaacacagtcaagcc
taagcaaccatcctgtaccttatccatgctctctcctatgtctcatccag
ttgttcatttctgtgatcatttccaagactttatgtgcagttatcctcct
tcaagaaactacatgtttgggaagtaaacaatcctgctcaactaaaagct
gcatttccttatgatagataggttgaacacacagtacacaagtattagtg
aaatttattactaatgctaaatgtgttctatgtgcttgcctccattgtag
tagcacagaatgttgattgatgaagtcatttgcttcttaggggtcatgtg
agatcacaggcaggacaaaattttgcaagtattagatcccagtggaattg
ccatatgagttggaaatcatttgcctttgggggggagggctttgtatggc
ttttctctccccttttccctggcattgcaagaatgtcctcatcactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_43406388_43407541
seq2: B6Ng01-214M05.b_43_1186

seq1  GAATTCATAGAAGATAAGGATTCCTACAGGTGAGTCCCAGACACAGCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGAAGATAAGGATTCCTACAGGTGAGTCCCAGACACAGCTGA  50

seq1  GACCCAGCACTAGGCAGGGAATGGTTGTGGCCTTCTGGGACTTTGTACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCAGCACTAGGCAGGGAATGGTTGTGGCCTTCTGGGACTTTGTACAA  100

seq1  AAGTAAGAGCTCTAGTTCTATACTCTCTGTTTCTTAATAGGAGCCCTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGAGCTCTAGTTCTATACTCTCTGTTTCTTAATAGGAGCCCTCCC  150

seq1  ATGAGGCATGGGTCTTGGATTTGTACCTCTTGGACTCAGTTTTCCTAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCATGGGTCTTGGATTTGTACCTCTTGGACTCAGTTTTCCTAAGT  200

seq1  GTGAATATTGTCCAAGACCCTCCAGTCTTTATTCTTCCAAATTCAGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATATTGTCCAAGACCCTCCAGTCTTTATTCTTCCAAATTCAGGATC  250

seq1  TTCTGCATCGAAACCATTTCCACCATGCTGGGAATCTCAAGCAACCCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCATCGAAACCATTTCCACCATGCTGGGAATCTCAAGCAACCCTGA  300

seq1  ACTTCTAGGGTTCTGACAGCAGATTACAAGATCTGGGATCCATGACAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAGGGTTCTGACAGCAGATTACAAGATCTGGGATCCATGACAAAA  350

seq1  ATGGAAAGAGTTTATACCTTTTGGGTCTTCTCTCTCCCTAAGAGGGCATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAAGAGTTTATACCTTTTGGGTCTTCTCTCTCCCTAAGAGGGCATT  400

seq1  GCCCTCTCCCTACTGATGGTTTTCTGGTACTACACACATATGAGCAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTCCCTACTGATGGTTTTCTGGTACTACACACATATGAGCAACCA  450

seq1  TGAGGAAGTTTTCCTCTTCTGTGATGTATATGGAACACTCTTGGTGTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGTTTTCCTCTTCTGTGATGTATATGGAACACTCTTGGTGTAGG  500

seq1  GTTATCAGAAATATTTTGAGTCTTGTTACATGTGGCTGGTCTCTGGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCAGAAATATTTTGAGTCTTGTTACATGTGGCTGGTCTCTGGATTT  550

seq1  GACCTGCCTCTATTTGGTACTTATGGATATACAGTGTACTCTAGTCTCGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGCCTCTATTTGGTACTTATGGATATACAGTGTACTCTAGTCTCGG  600

seq1  GCTTTCTGGGGATCAGAGCCCTTGCAGGGATCATAATATTTGGAAGAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGGGGATCAGAGCCCTTGCAGGGATCATAATATTTGGAAGAGTG  650

seq1  GCAGGCAAATCGAAGATAGGTGGGAATCAACATTTATGTTTTATTTGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAAATCGAAGATAGGTGGGAATCAACATTTATGTTTTATTTGTTT  700

seq1  GTGGTTCAGCATCAGGCACACCCACCTCCTGAAAGAATGCAATCAATTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCAGCATCAGGCACACCCACCTCCTGAAAGAATGCAATCAATTGA  750

seq1  AGAAAAAAAGTAAGGATGTTGCTGAATGAGAACAGAAAGCTGCTGGTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAAAAGTAAGGATGTTGCTGAATGAGAACAGAAAGCTGCTGGTAGA  800

seq1  GCAGGCTGACCAGGAGGCATCCTTTGGTGAAGAAAAGAGTTCTGTGATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTGACCAGGAGGCATCCTTTGGTGAAGAAAAGAGTTCTGTGATGA  850

seq1  GACCAGCAAGAACATACATCCCAAGTGCAAAGCAGCAGCAGGTAGGATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGCAAGAACATACATCCCAAGTGCAAAGCAGCAGCAGGTAGGATGA  900

seq1  TGCATATCAGAGGCAGATTTCCCTCATGGCTAACCATACATATAGACAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATCAGAGGCAGATTTCCCTCATGGCTAACCATACATATAGACAAT  950

seq1  CAATGTAACAATCCACCAACTTATCCAGGCACTCACCTCTGTCTCCTCCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  CAATGTAACAATCCACCAACTTATCCAGGCACTCA-CTCTGTCT-CTCCA  998

seq1  AGTGTTTATTTAGGTGATCATCTACAAGGCTTTC-TGTGGAGGTAGACTT  1049
      |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| |
seq2  AGTG-TTATTTAGGTGATCATCTAC-AGGCTTTCTTGTGGA-GTAGAC-T  1044

seq1  TTCAAGAAACTGCATGTTTAGCAAACAAATTTTTCTGCCCTGCTATAATC  1099
      ||||   ||||||||||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||
seq2  TTCA--GAACTGCATGTTTAGCTAAC-AATTTTCTTGCCCTGCTATAATC  1091

seq1  TGCAGTTCACTAGGGGAGATTAGTTGATTACACATCACAACTCTACATGC  1149
      ||||| ||||||||| ||||||||   |||||  ||||||||||||||||
seq2  TGCAG-TCACTAGGGAAGATTAGTGATTTACAATTCACAACTCTACATGC  1140

seq1  TATTA  1154
       ||||
seq2  -ATTA  1144

seq1: chr14_43420439_43421374
seq2: B6Ng01-214M05.g_67_1013 (reverse)

seq1  GAGTGATGA-GACCATCTTGCAATG-CAGGG-AAAGGGGAGAGAAA--GC  45
      ||||||||| |||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||   |
seq2  GAGTGATGAGGACATTCTTGCAATGCCAGGGAAAAGGGGAGAGAAAAGCC  50

seq1  ATAC-AAGCC--TCCCCCCAAAGGC-AATGATTTCC-ACTCATATGGCAA  90
      |||| |||||   |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  ATACAAAGCCCTCCCCCCCAAAGGCAAATGATTTCCAACTCATATGGCAA  100

seq1  TTCCACTGGGATCTAATACTTGC-AAATTTTGTCCTGCCTGTGATCTCAC  139
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTGGGATCTAATACTTGCAAAATTTTGTCCTGCCTGTGATCTCAC  150

seq1  ATGACCCCTAAGAAGCAAATGACTTCATCAATCAACATTCTGTGCTACTA  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCCTAAGAAGCAAATGACTTCATCAATCAACATTCTGTGCTACTA  200

seq1  CAATGGAGGCAAGCACATAGAACACATTTAGCATTAGTAATAAATTTCAC  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGGCAAGCACATAGAACACATTTAGCATTAGTAATAAATTTCAC  250

seq1  TAATACTTGTGTACTGTGTGTTCAACCTATCTATCATAAGGAAATGCAGC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTTGTGTACTGTGTGTTCAACCTATCTATCATAAGGAAATGCAGC  300

seq1  TTTTAGTTGAGCAGGATTGTTTACTTCCCAAACATGTAGTTTCTTGAAAG  339
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTTAGTTGAGCAGGATTGTTTACTTCCCAAACATGTAGTTTCTTGAAGG  350

seq1  AGGATAACTGCACATAAAGTCTTGGAAATGATCACAGAAATGAACAACTG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAACTGCACATAAAGTCTTGGAAATGATCACAGAAATGAACAACTG  400

seq1  GATGAGACATAGGAGAGAGCATGGATAAGGTACAGGATGGTTGCTTAGGC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGACATAGGAGAGAGCATGGATAAGGTACAGGATGGTTGCTTAGGC  450

seq1  TTGACTGTGTTTAAGGTTAGACATGACTGCAACCTGCTCCTCATGATTTA  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTGTGTTTAAGGTTAGACATGACTGCAACCTGCTCCTCATGATTTA  500

seq1  TGCACCCTACCTGCTGCTGCTTGGTACATAGGTCATTGGTTTTCAGGCTG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCTACCTGCTGCTGCTTGGTACATAGGTCATTGGTTTTCAGGCTG  550

seq1  CCTTCTTTACACTGCCTCTTTGATTCGTTGGAACATTCTTCTAATGCAAT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTTTACACTGCCTCTTTGATTCGTTGGAACATTCTTCTAATGCAAT  600

seq1  CTGCTCCTCTAGCAACTGTCTGTTCTCCTTCCACAACATCCTGACTTTGT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTCTAGCAACTGTCTGTTCTCCTTCCACAACATCCTGACTTTGT  650

seq1  GCTGGAGATGTTTAGATTCACTCTGGAGGTGGCAGTGCCTGATGCTGAGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGATGTTTAGATTCACTCTGGAGGTGGCAGTGCCTGATGCTGAGT  700

seq1  CACAAACAAACAAATGGTTACACAAGTCAGCATCCATCTTCCTCCCACTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACAAACAAATGGTTACACAAGTCAGCATCCATCTTCCTCCCACTC  750

seq1  CTCCAAGGACCATCCCTGCCACAATGTGCCCTGGTGCCCAGACAGCTCCA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGGACCATCCCTGCCACAATGTGCCCTGGTGCCCAGACAGCTCCA  800

seq1  GACAACTGTCCAGATTGGCCACGGAGCATCACATTGAGAGAGATCAAATC  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTGTCCAGATTGGCCACGGAGCATCACATTGAGAGAGATCAAATC  850

seq1  CAGAGGACAGCCATATTTTGGAAGCCAAGGTACATCTGTAAACCCACTCA  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGACAGCCATATTTTGGAAGCCAAGGTACATCTGTAAACCCACTCA  900

seq1  CTTATGTGAAATATCCCATAATTCTCAAATTGTAGTGTCTTGAATTC  936
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTGAAATATCCCATAATTCTCAAATTGTAGTGTCTTGAATTC  947