BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215K11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 49,642,771 - 49,767,380
singlet/doubletdoublet
Overlap geneExoc5, 4932432K03Rik, LOC218997
Upstream geneMap1lc3-ps2, Peli2, EG624367, LOC100041831, 6720456H20Rik, 4930572G02Rik, Otx2, LOC100041864, LOC666972
Downstream geneNat12, 1700011H14Rik, Slc35f4, 3632451O06Rik, LOC667006, Olfr722, Olfr723, Olfr724, LOC100041975, Olfr725, LOC100042882, Olfr726, Olfr727, Olfr728
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215K11.bB6Ng01-215K11.g
ACCGA032553GA032554
length1,2271,131
definitionB6Ng01-215K11.b B6Ng01-215K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,642,771 - 49,644,013)(49,766,260 - 49,767,380)
sequence
gaattcatcacacaaaagtcacaaataaaacagcattatgaatattgttc
aaccaagcagaactaaaagagtttaacaaaaagtgtaatagacatatact
taccagcaagacccgtttctaaagcataatcaatatgctcaatacataaa
aattccacaagaatggtaaaaattctaaaggcattccttggtaaatcaga
aggatcagaaagctttaaaaataagcaaaaacagtattactcttcaagtc
tacattgtaataaagccatctttttgtatacaacactatttcaggtaaca
taatgtgaccgttcctgtctcactgccgtacaactataatcagtcctcta
gactgttggtgaccctcctgacctagggcagtgttaaatctaggttgtaa
tctttgagtaaaacacaattatactttcaaaaaacacacatatgcatatg
tgtacactctgataacaatgtgggatgcattttgaattgccaggatcaca
gtcaaagaaatttgaggacctctaactaacttaggctgttctagtaaaac
tcaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaagatacttgt
ggaattaggctatgaagtcaattaatatacatagtaataaaaatacaaca
aaatcaaatttaactcatcatatcctggtggagtaagtctttagaaggtt
attcaatttcaccaagtcgtaatatcctcatataagataaactaacatta
acagcatttctccttaatcttaaggctgaaataaaataggaaaattgcaa
acttgatttacactaagctctcgctttttactttggtgttgctaccatta
gactatttaaagaaatgttagcagttatgctgagaaaaatgaactcttct
taaaaagtattaactgtgttctatataatttatgaactactttctgtctc
tgccaaaactacttaaagcattaccccaactttcaaggtaatactattgg
acttcttggatttgaaatatttacaatttataatgagtcagtttataata
aagtttatttatgttttatgacacttatacaataggcataaggacaactt
atatagtatttttacttaacttgagcccatgagtaggaccttcatgtccc
attgtactagagtgtcaaatttttatttggacatggagattctgaagttc
aataaggaccactcaattctctaatgt
gaattcctaaggcgttaggaggaaggaacaatgaagagctgctcgactgc
catatgaaaatgtatagcagcattactgatgacacctaaaaggtagaagc
aacccaaatgtccatcaacacatagatggataaataaagtattatctgta
catacaatggagtactactaggtcttttagaaaagtgaagttccaaaaca
tgctacaacatgcatgaaccttaaagatactgtgttgactaaacttaagc
catacacaaagtggtagtgacagaaattatgatcatggataccagagcta
aggaggaaagagagtgagatgttctcacatatgacacagtttctgtttga
gatgatgaagatgatagggaaattagtaacagtgataaagccagtagttt
aaacgagtctgacgccagtaaaatatataatgagcaatggtgagaatgat
acattttcttatatagctgtaccacaaggcatacatataagaagaaaaac
aaccgtccagacatcatgatgaagggctgcaagtatcttgtgggttataa
atataagagtattatttctggtacacatataagatctagtgtttttctca
atttctctttccacatgcaattatcccatcttttaactaccatctattca
tctcatcctgttgtccacagtgttttgggcatgtgggtactgtggtacca
atataggtgttcttcctattgttaactctgggcttgcatcctctgcctgg
tgccctgatggtataggagtttgatacaccactgttaaccagtgagtcct
gtattcttggacagtgctgttgatcagctggtgactgtgtgtgtttctag
tgagctcttgttcttgacacatgtcttagttggggttccattgctctgga
gagacacatgaccatggcaacttttataaagaaaaattatttaattaggg
ctggctttacagcttcagaggcttagcctcattattgttatggcggaaac
atggcactgtgcaaggcagacattgttgctaggagaggagcttgagattc
tacattcttatatttcaaagccagtagtaggagactgcatgcccacactg
agatgcaaacctttttttttctttacttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_49642771_49644013
seq2: B6Ng01-215K11.b_43_1269

seq1  GAATTCATCACACAAAAGTCACAAATAAAACAGCATTATGAATATTGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACACAAAAGTCACAAATAAAACAGCATTATGAATATTGTTC  50

seq1  AACCAAGCAGAACTAAAAGAGTTTAACAAAAAGTGTAATAGACATATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAGCAGAACTAAAAGAGTTTAACAAAAAGTGTAATAGACATATACT  100

seq1  TACCAGCAAGACCCGTTTCTAAAGCATAATCAATATGCTCAATACATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCAAGACCCGTTTCTAAAGCATAATCAATATGCTCAATACATAAA  150

seq1  AATTCCACAAGAATGGTAAAAATTCTAAAGGCATTCCTTGGTAAATCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCACAAGAATGGTAAAAATTCTAAAGGCATTCCTTGGTAAATCAGA  200

seq1  AGGATCAGAAAGCTTTAAAAATAAGCAAAAACAGTATTACTCTTCAAGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCAGAAAGCTTTAAAAATAAGCAAAAACAGTATTACTCTTCAAGTC  250

seq1  TACATTGTAATAAAGCCATCTTTTTGTATACAACACTATTTCAGGTAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGTAATAAAGCCATCTTTTTGTATACAACACTATTTCAGGTAACA  300

seq1  TAATGTGACCGTTCCTGTCTCACTGCCGTACAACTATAATCAGTCCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGACCGTTCCTGTCTCACTGCCGTACAACTATAATCAGTCCTCTA  350

seq1  GACTGTTGGTGACCCTCCTGACCTAGGGCAGTGTTAAATCTAGGTTGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTTGGTGACCCTCCTGACCTAGGGCAGTGTTAAATCTAGGTTGTAA  400

seq1  TCTTTGAGTAAAACACAATTATACTTTCAAAAAACACACATATGCATATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAGTAAAACACAATTATACTTTCAAAAAACACACATATGCATATG  450

seq1  TGTACACTCTGATAACAATGTGGGATGCATTTTGAATTGCCAGGATCACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACTCTGATAACAATGTGGGATGCATTTTGAATTGCCAGGATCACA  500

seq1  GTCAAAGAAATTTGAGGACCTCTAACTAACTTAGGCTGTTCTAGTAAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGAAATTTGAGGACCTCTAACTAACTTAGGCTGTTCTAGTAAAAC  550

seq1  TCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAGATACTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAGATACTTGT  600

seq1  GGAATTAGGCTATGAAGTCAATTAATATACATAGTAATAAAAATACAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTAGGCTATGAAGTCAATTAATATACATAGTAATAAAAATACAACA  650

seq1  AAATCAAATTTAACTCATCATATCCTGGTGGAGTAAGTCTTTAGAAGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAATTTAACTCATCATATCCTGGTGGAGTAAGTCTTTAGAAGGTT  700

seq1  ATTCAATTTCACCAAGTCGTAATATCCTCATATAAGATAAACTAACATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATTTCACCAAGTCGTAATATCCTCATATAAGATAAACTAACATTA  750

seq1  ACAGCATTTCTCCTTAATCTTAAGGCTGAAATAAAATAGGAAAATTGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATTTCTCCTTAATCTTAAGGCTGAAATAAAATAGGAAAATTGCAA  800

seq1  ACTTGATTTACACTAAGCTCTCGCTTTTTACTTTGGTGTTGCTACCATTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATTTACACTAAGCTCTCGCTTTTTACTTTGGTGTTGCTACCATTA  850

seq1  GACTATTTAAAGAAATGTTAGCAGTTATGCTGAGAAAAATGAACTCTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATTTAAAGAAATGTTAGCAGTTATGCTGAGAAAAATGAACTCTTCT  900

seq1  TAAAAAGTATTAACTGTGTTCTATATAATTTATGAACTACTTTCTGTCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTATTAACTGTGTTCTATATAATTTATGAACTACTTTCTGTCTC  950

seq1  TGCCAAAACTACTTAAAGCATTACCCCAACTTTCAAGGTAATACTATTGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAAACTACTTAAAGCATTACCCCAACTTTCAAGGTAATACTATTGG  1000

seq1  ACTTCTTGGATTTTGAAATATTTACAAATTTATAATGAGGTCAAGTTTAA  1050
      |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||| |
seq2  ACTTCTTGGA-TTTGAAATATTTAC-AATTTATAATGA-GTC-AGTTT-A  1045

seq1  TAATAAAGTTTATTTATGTTTTATGAACACCTTATACAAATAGCATAAGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   ||||||||
seq2  TAATAAAGTTTATTTATGTTTTATG-ACA-CTTATACAATAGGCATAAGG  1093

seq1  ACAACTTAATATAGTATTTTTTACTAAACTTTAAGGCCATGAGTAGAACT  1150
      ||||||| |||||||| |||||||| ||| || || |||||||||| || 
seq2  ACAACTT-ATATAGTA-TTTTTACTTAAC-TTGAGCCCATGAGTAGGACC  1140

seq1  TTCCAATGTCCCATTGTACTAGTG-GTCAAAAATTTTTTATTTTGGAGCA  1199
      |||  ||||||||||||||||| | ||||||   |||||| |||||| ||
seq2  TTC--ATGTCCCATTGTACTAGAGTGTCAAA---TTTTTA-TTTGGA-CA  1183

seq1  TGAAGATTCTGAAGTTTCAAATTAAGGA-CACTAAAT--TCTAATGT  1243
      || ||||||||||| |||||  |||||| |||| |||  ||||||||
seq2  TGGAGATTCTGAAG-TTCAA--TAAGGACCACTCAATTCTCTAATGT  1227

seq1: chr14_49766260_49767380
seq2: B6Ng01-215K11.g_67_1197 (reverse)

seq1  AAAATGTAAAAAAAAAAAAAGG-TTGCATCT-AGTGT-GGCATGCAGTCT  47
      |||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AAAAAGTAAAGAAAAAAAAAGGTTTGCATCTCAGTGTGGGCATGCAGTCT  50

seq1  CCTACTACTGCCTTTG-AATATA--GATGTAGAATTCTC-AGCTCCTTCT  93
      |||||||||| ||||| ||||||   |||||||| |||| |||||||   
seq2  CCTACTACTGGCTTTGAAATATAAGAATGTAGAA-TCTCAAGCTCCTCTC  99

seq1  CTAGC-ACCATGTCTGCC-TGCACAGTGCCATGTTTCCGCCATAACAATA  141
      ||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAACAATGTCTGCCTTGCACAGTGCCATGTTTCCGCCATAACAATA  149

seq1  ATGA-GCTAAGCCTCTGAAGCTGT-AAGCCAGCCCTAATTAAAT-ATTTT  188
      |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATGAGGCTAAGCCTCTGAAGCTGTAAAGCCAGCCCTAATTAAATAATTTT  199

seq1  TCTTTATAAAAGTTGCCATGGTCATGGTGTCTCTCCAGAGCAATGGAACC  238
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATAAAAGTTGCCATGGTCAT-GTGTCTCTCCAGAGCAATGGAACC  248

seq1  CCAACTAAGACATGTGTCAAGAACAAGAGCTCACTAGAAACACACACAGT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTAAGACATGTGTCAAGAACAAGAGCTCACTAGAAACACACACAGT  298

seq1  CACCAGCTGATCAACAGCACTGTCCAAGAATACAGGACTCACTGGTTAAC  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCTGATCAACAGCACTGTCCAAGAATACAGGACTCACTGGTTAAC  348

seq1  AGTGGTGTATCAAACTCCTATACCATCAGGGCACCAGGCAGAGGATGCAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGTATCAAACTCCTATACCATCAGGGCACCAGGCAGAGGATGCAA  398

seq1  GCCCAGAGTTAACAATAGGAAGAACACCTATATTGGTACCACAGTACCCA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAGTTAACAATAGGAAGAACACCTATATTGGTACCACAGTACCCA  448

seq1  CATGCCCAAAACACTGTGGACAACAGGATGAGATGAATAGATGGTAGTTA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCAAAACACTGTGGACAACAGGATGAGATGAATAGATGGTAGTTA  498

seq1  AAAGATGGGATAATTGCATGTGGAAAGAGAAATTGAGAAAAACACTAGAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGGGATAATTGCATGTGGAAAGAGAAATTGAGAAAAACACTAGAT  548

seq1  CTTATATGTGTACCAGAAATAATACTCTTATATTTATAACCCACAAGATA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATATGTGTACCAGAAATAATACTCTTATATTTATAACCCACAAGATA  598

seq1  CTTGCAGCCCTTCATCATGATGTCTGGACGGTTGTTTTTCTTCTTATATG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGCCCTTCATCATGATGTCTGGACGGTTGTTTTTCTTCTTATATG  648

seq1  TATGCCTTGTGGTACAGCTATATAAGAAAATGTATCATTCTCACCATTGC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTTGTGGTACAGCTATATAAGAAAATGTATCATTCTCACCATTGC  698

seq1  TCATTATATATTTTACTGGCGTCAGACTCGTTTAAACTACTGGCTTTATC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATATATTTTACTGGCGTCAGACTCGTTTAAACTACTGGCTTTATC  748

seq1  ACTGTTACTAATTTCCCTATCATCTTCATCATCTCAAACAGAAACTGTGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTACTAATTTCCCTATCATCTTCATCATCTCAAACAGAAACTGTGT  798

seq1  CATATGTGAGAACATCTCACTCTCTTTCCTCCTTAGCTCTGGTATCCATG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTGAGAACATCTCACTCTCTTTCCTCCTTAGCTCTGGTATCCATG  848

seq1  ATCATAATTTCTGTCACTACCACTTTGTGTATGGCTTAAGTTTAGTCAAC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAATTTCTGTCACTACCACTTTGTGTATGGCTTAAGTTTAGTCAAC  898

seq1  ACAGTATCTTTAAGGTTCATGCATGTTGTAGCATGTTTTGGAACTTCACT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATCTTTAAGGTTCATGCATGTTGTAGCATGTTTTGGAACTTCACT  948

seq1  TTTCTAAAAGACCTAGTAGTACTCCATTGTATGTACAGATAATACTTTAT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAAAGACCTAGTAGTACTCCATTGTATGTACAGATAATACTTTAT  998

seq1  TTATCCATCTATGTGTTGATGGACATTTGGGTTGCTTCTACCTTTTAGGT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCATCTATGTGTTGATGGACATTTGGGTTGCTTCTACCTTTTAGGT  1048

seq1  GTCATCAGTAATGCTGCTATACATTTTCATATGGCAGTCGAGCAGCTCTT  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCAGTAATGCTGCTATACATTTTCATATGGCAGTCGAGCAGCTCTT  1098

seq1  CATTGTTCCTTCCTCCTAACGCCTTAGGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTCCTTCCTCCTAACGCCTTAGGAATTC  1131