BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218E21
Chromosome14 (Build37)
Map Location 75,993,397 - 76,149,642
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930564B18Rik, Cog3
Upstream geneHtr2a, LOC668508, Esd, Lrch1, ENSMUSG00000075519, LOC100043169, 5031414D18Rik, 4921509B22Rik, LOC100043176, Lcp1, Cpb2, Zc3h13, Gm912, Spert
Downstream geneSlc25a30, LOC100043189, Tpt1, LOC100038852, Gtf2f2, LOC668504, Kctd4, 1200011I18Rik, Nufip1, LOC100043752, 2900040C04Rik, Tsc22d1, 2810032E02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218E21.bB6Ng01-218E21.g
ACCGA034469GA034470
length1,195851
definitionB6Ng01-218E21.b B6Ng01-218E21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,148,450 - 76,149,642)(75,993,397 - 75,994,246)
sequence
gaattcttcctaagtcagtggcttccagatgcttccattgccttgcagac
tgcagtgcttggtaacagcagtaacagtgtcctttttagccatttgcttg
tcctcctaccggggcgtcagttactccaccatccctggaagtgtccatct
gtccctggcttgatttattttatgtgaatgagtgctttgcctgcatgtat
gtatctgttccatgtttgtgcccacagaggccagaaaagggtatcagatc
acctggaactggaattatgactggctgtgtgctgccttgtacaggaaatc
gaagccggatcctctgcgaagaacaagtgcttgtaacccctaagccatct
cttcaacctttcccctggggtttaatttgaatggttatcctgcagtctga
gctatgatcgtatttaagaatccttaggcttgctggcagaatggctcagt
gagtaaaaaagtctctgtggttaagctgattggacctgagtttatctgtg
ggatccacctggtggaaggagagaactgacttcttaagttgtcctgtgac
atgcatgggaggtcacacagagatgataagtaaatgtaatgaaagaattc
aaaagaatactcatgcctttgtaaattgcatgttggtgtgcaagcagcat
gctttttggtgcctttattctggtgtggacctgcatgcgtgctgggatgt
ttgttactgacggtactgacatggtactgcaaaggcagcttagtgaccat
tctgatctcaagacacagtgtagattcagaccagtgcactcagtctgttg
ttgctcctaagtagaagtaacaaagcgctatggtcgctattaagagaaat
aatgaaaagtacttctaatgtcagtagctcaacttggttgagtatttact
atgtggcagctgtatgttaagtgttctacatgctgtgttgtcttggggta
tgtgtgcgacatccttttctctgtggagacagctccttgttggtcaatgg
ggggtggctcgtggctccgggaaggtgcaaggggcaggtgttgttatctc
catatagttctgttcttcagaatcccaaatgacagcacacaagctgctga
tgccaccttcgaacctcaagatagagtcatggagtttaagaacctttatt
tttggctgacacgatactttttctatcaggcctaatgctactttt
gaattccatagttgtctctcagaactcaggaaaatgcttttagttaggat
cacaactttattaagaagcaagcagctcagtagggacctaaggtggcagc
agaggatgggatgggagggtagtgtcataaacttcaggccttctctacac
tcacctgcctcccagcatcctcagcgccaatgtctgaattctgttgctta
caggacgttgtgggagatcattatgtgggcaaatttaacgaaatcattgg
cctttgatcatttaactaaacaccaatcccttcctacttccaccggaggt
agacatttgctgaaaattccaaccttctaaaccccaaatggtttcctctg
gcaactatccccaccctcctaaagccatcattccactaggtagcataagc
tgatatgtgctccaaaggagagcctgtcaggaaatctaagggttttagaa
gccttgttctgatagaaaaatacaattaattacacaatttatatcacatg
tagacattgcattaaggctacaacacctagtccttccatctttagttctg
tcagacccatcatctccagagccattagagagctaccatgtgaatcttag
ttctgtgtcattttgccccttggggtaggagagagtggtgacccatggtc
agaagatccagagatcctgaaactggtcacttgagtctccaatacccaaa
ctacaagcaaatcttggtataagaaaattcaaatatacaaaagcacaaga
tccacccagagaaaagtcagaggccaggttcactgccaaagatgtagcgt
ctacagagaaacttcaaggggcatttttaaaactggtgtgtgtgtgtgtg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_76148450_76149642
seq2: B6Ng01-218E21.b_47_1241 (reverse)

seq1  AAAAGTAGCATGAGCCCTGATAG-AAAAGTACTGTGGCCCAG-CAAAAAT  48
      ||||||||||| || |||||||| |||||||  |||   ||| |||||||
seq2  AAAAGTAGCATTAGGCCTGATAGAAAAAGTATCGTG--TCAGCCAAAAAT  48

seq1  TAAAGTTCTTAAACTCCATGAACTCTATCTTGAG--TCTGAAGTGGCATC  96
       || |||||||||||||||| |||||||||||||  ||  | ||||||||
seq2  AAAGGTTCTTAAACTCCATG-ACTCTATCTTGAGGTTCGAAGGTGGCATC  97

seq1  AGCAGC-TGTGTGCTGTCATTGGGGATTCTGAAG-ACAGAACTATAATGG  144
      |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  AGCAGCTTGTGTGCTGTCATTTGGGATTCTGAAGAACAGAACTAT-ATGG  146

seq1  AGATAAACAACACCTGCCCC-TGCACCTTCCCGGAGCCACCGAGCCA-CC  192
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  AGAT-AACAACACCTGCCCCTTGCACCTTCCCGGAGCCA-CGAGCCACCC  194

seq1  CCCATTGACCAACAAGGAGCTGTCTCCACAGAG-AAAGGATGTCGCACAC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCATTGACCAACAAGGAGCTGTCTCCACAGAGAAAAGGATGTCGCACAC  244

seq1  ATACCCCAAGACAACACAGCATGTAGAACACTTAACATACAGCCTGCCAC  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATACCCCAAGACAACACAGCATGTAGAACACTTAACATACAG-CTGCCAC  293

seq1  ATAGTAAATACTCAACCAAGTTGAGCTACTGACATTAGAAGTACTTTTCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAAATACTCAACCAAGTTGAGCTACTGACATTAGAAGTACTTTTCA  343

seq1  TTATTTCTCTTAATAGCGACCATAGCGCTTTGTTACTTCTACTTAGGAGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTCTTAATAGCGACCATAGCGCTTTGTTACTTCTACTTAGGAGC  393

seq1  AACAACAGACTGAGTGCACTGGTCTGAATCTACACTGTGTCTTGAGATCA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAGACTGAGTGCACTGGTCTGAATCTACACTGTGTCTTGAGATCA  443

seq1  GAATGGTCACTAAGCTGCCTTTGCAGTACCATGTCAGTACCGTCAGTAAC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGTCACTAAGCTGCCTTTGCAGTACCATGTCAGTACCGTCAGTAAC  493

seq1  AAACATCCCAGCACGCATGCAGGTCCACACCAGAATAAAGGCACCAAAAA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCCCAGCACGCATGCAGGTCCACACCAGAATAAAGGCACCAAAAA  543

seq1  GCATGCTGCTTGCACACCAACATGCAATTTACAAAGGCATGAGTATTCTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTGCTTGCACACCAACATGCAATTTACAAAGGCATGAGTATTCTT  593

seq1  TTGAATTCTTTCATTACATTTACTTATCATCTCTGTGTGACCTCCCATGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTCTTTCATTACATTTACTTATCATCTCTGTGTGACCTCCCATGC  643

seq1  ATGTCACAGGACAACTTAAGAAGTCAGTTCTCTCCTTCCACCAGGTGGAT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACAGGACAACTTAAGAAGTCAGTTCTCTCCTTCCACCAGGTGGAT  693

seq1  CCCACAGATAAACTCAGGTCCAATCAGCTTAACCACAGAGACTTTTTTAC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACAGATAAACTCAGGTCCAATCAGCTTAACCACAGAGACTTTTTTAC  743

seq1  TCACTGAGCCATTCTGCCAGCAAGCCTAAGGATTCTTAAATACGATCATA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGAGCCATTCTGCCAGCAAGCCTAAGGATTCTTAAATACGATCATA  793

seq1  GCTCAGACTGCAGGATAACCATTCAAATTAAACCCCAGGGGAAAGGTTGA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACTGCAGGATAACCATTCAAATTAAACCCCAGGGGAAAGGTTGA  843

seq1  AGAGATGGCTTAGGGGTTACAAGCACTTGTTCTTCGCAGAGGATCCGGCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATGGCTTAGGGGTTACAAGCACTTGTTCTTCGCAGAGGATCCGGCT  893

seq1  TCGATTTCCTGTACAAGGCAGCACACAGCCAGTCATAATTCCAGTTCCAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATTTCCTGTACAAGGCAGCACACAGCCAGTCATAATTCCAGTTCCAG  943

seq1  GTGATCTGATACCCTTTTCTGGCCTCTGTGGGCACAAACATGGAACAGAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCTGATACCCTTTTCTGGCCTCTGTGGGCACAAACATGGAACAGAT  993

seq1  ACATACATGCAGGCAAAGCACTCATTCACATAAAATAAATCAAGCCAGGG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGCAGGCAAAGCACTCATTCACATAAAATAAATCAAGCCAGGG  1043

seq1  ACAGATGGACACTTCCAGGGATGGTGGAGTAACTGACGCCCCGGTAGGAG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGGACACTTCCAGGGATGGTGGAGTAACTGACGCCCCGGTAGGAG  1093

seq1  GACAAGCAAATGGCTAAAAAGGACACTGTTACTGCTGTTACCAAGCACTG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGCAAATGGCTAAAAAGGACACTGTTACTGCTGTTACCAAGCACTG  1143

seq1  CAGTCTGCAAGGCAATGGAAGCATCTGGAAGCCACTGACTTAGGAAGAAT  1191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGCAAGGCAATGGAAGCATCTGGAAGCCACTGACTTAGGAAGAAT  1193

seq1  TC  1193
      ||
seq2  TC  1195

seq1: chr14_75993397_75994246
seq2: B6Ng01-218E21.g_66_916

seq1  GAATTCCATAGTTGTCTCTCAGAACTCAGGAAAATGCTTTTAGTTAGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGTTGTCTCTCAGAACTCAGGAAAATGCTTTTAGTTAGGAT  50

seq1  CACAACTTTATTAAGAAGCAAGCAGCTCAGTAGGGACCTAAGGTGGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTTTATTAAGAAGCAAGCAGCTCAGTAGGGACCTAAGGTGGCAGC  100

seq1  AGAGGATGGGATGGGAGGGTAGTGTCATAAACTTCAGGCCTTCTCTACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGGGATGGGAGGGTAGTGTCATAAACTTCAGGCCTTCTCTACAC  150

seq1  TCACCTGCCTCCCAGCATCCTCAGCGCCAATGTCTGAATTCTGTTGCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGCCTCCCAGCATCCTCAGCGCCAATGTCTGAATTCTGTTGCTTA  200

seq1  CAGGACGTTGTGGGAGATCATTATGTGGGCAAATTTAACGAAATCATTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACGTTGTGGGAGATCATTATGTGGGCAAATTTAACGAAATCATTGG  250

seq1  CCTTTGATCATTTAACTAAACACCAATCCCTTCCTACTTCCACCGGAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGATCATTTAACTAAACACCAATCCCTTCCTACTTCCACCGGAGGT  300

seq1  AGACATTTGCTGAAAATTCCAACCTTCTAAACCCCAAATGGTTTCCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTTGCTGAAAATTCCAACCTTCTAAACCCCAAATGGTTTCCTCTG  350

seq1  GCAACTATCCCCACCCTCCTAAAGCCATCATTCCACTAGGTAGCATAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTATCCCCACCCTCCTAAAGCCATCATTCCACTAGGTAGCATAAGC  400

seq1  TGATATGTGCTCCAAAGGAGAGCCTGTCAGGAAATCTAAGGGTTTTAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGTGCTCCAAAGGAGAGCCTGTCAGGAAATCTAAGGGTTTTAGAA  450

seq1  GCCTTGTTCTGATAGAAAAATACAATTAATTACACAATTTATATCACATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGTTCTGATAGAAAAATACAATTAATTACACAATTTATATCACATG  500

seq1  TAGACATTGCATTAAGGCTACAACACCTAGTCCTTCCATCTTTAGTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACATTGCATTAAGGCTACAACACCTAGTCCTTCCATCTTTAGTTCTG  550

seq1  TCAGACCCATCATCTCCAGAGCCATTAGAGAGCTACCATGTGAATCTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCCATCATCTCCAGAGCCATTAGAGAGCTACCATGTGAATCTTAG  600

seq1  TTCTGTGTCATTTTGCCCCTTGGGGTAGGAGAGAGTGGTGACCCATGGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGTCATTTTGCCCCTTGGGGTAGGAGAGAGTGGTGACCCATGGTC  650

seq1  AGAAGATCCAGAGATCCTGAAACTGGTCACTTGAGTCTCCAATACCCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATCCAGAGATCCTGAAACTGGTCACTTGAGTCTCCAATACCCAAA  700

seq1  CTACAAGCAAATCTTGGTATAAGAAAATTCAAATATACAAAAGCACAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGCAAATCTTGGTATAAGAAAATTCAAATATACAAAAGCACAAGA  750

seq1  TCCACCCAGAGAAAAGTCAGAGGCCAGGTTCACTGCCAAAGATGTAGCGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCAGAGAAAAGTCAGAGGCCAGGTTCACTGCCAAAGATGTAGCGT  800

seq1  CTACAGAGAAACTTCAA-GGGCATTTTTAAAACTGGTGTGTGTGTGTGTG  849
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGAAACTTCAAGGGGCATTTTTAAAACTGGTGTGTGTGTGTGTG  850

seq1  T  850
      |
seq2  T  851