BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221O03
Chromosome14 (Build37)
Map Location 60,233,297 - 60,387,775
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem46, Atp8a2
Upstream geneEG668177, EG668182, 1700129C05Rik, EG380907, Rcbtb1, EG628693, Phf11, EG236451, D14Ertd668e, EG628705, Setdb2, Cab39l, Cdadc1
Downstream geneLOC668162, LOC628768, Nupl1, Mtmr6, 2600011E07Rik, Ppia-ps14_696.1, EG628836, Spata13, C1qtnf9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221O03.bB6Ng01-221O03.g
ACCGA037052GA037053
length1,1461,080
definitionB6Ng01-221O03.b B6Ng01-221O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,233,297 - 60,234,433)(60,386,697 - 60,387,775)
sequence
gaattctgtcctgtggaactggttactcacttgtaaaaaattattctaaa
gcctgatttctctttctatcaagctgcacatagattttctctctgtctct
gtatgtctgtttgtctctctctgtatctctgtgtctcactctgtctctgt
gtatctctctgcatctctgtctgtctctgcttctctctttctccttctct
ctctctctctgtttttttttcaagacagggtttctctgtgtagccctggc
tctcttgaagctcactatctagatgaggagctgggattaagggagtgtgc
caccattgcctggtagatagtattttctcaaaaattcagttaagcttgca
ttctggaaatgcttagctgggcagtggtttgctctctgggtttgttttgc
tttatattattgatgtgttttgtgcttagtacctctgtgcccgtgctccc
attcaggatcgagcactcaagtgcatctaaactggcaacaaggcatttag
acgttcagtttcagtgttttctttcctgcagtttcagtactaaatatcat
gaccactgtatgcaattcagcctgcacggctgaattctccaagtagagaa
agacagaggttttactgcagtccataaatatgaccatttattggccccca
acatatttatgttctcctcattcaatgctcacttaaactgtacaatttgc
ttgacccagtctataaatgtaaattgcctatgtcggaaagtgactgtgga
tgacttttgaatgtgtgatataattccacgatgtctacaggtaaactaac
actgacaggaggctactttccttctccctgcctgcctgcctgcctgccat
gagaagcaccaaatggctatgtcgatcctcacggataaaacacttgccca
ttattctcggagtttctattcttttattattattattattccaagtgtga
accaaaaatagtaattaaacatgcatgcattgccaaaacttccacctcaa
ataccactggaatgttatggtgacagaaggtcatagcttatccagttata
aatgtttgcttgcttggaaaaaagtttgcaagctggctcaatggtctcta
ggcataaatgagtcatatttactaatttacctaaacattcttgtaa
gaattccaggacaaccaggactacacagggaaaccctgtctcaaaaaaaa
aaattaagaatgctcccagtgattttcataaatgattctttgtagttggc
tacacagtggggttttggcaaatgaacataattctttgaagctttaagaa
ttaaagtagtatctaataatggcaaatattacccttctcccaccccaacc
cagagccagagacagatgcagcagcaagcagtctgtctattcatagcatc
ttcagtcattgaaaagatacattgtttctactgagattttcccccaccaa
tgtgattaagtatttctttgtctagtctattccatttggagtttttctca
cggggttgaaggcaggtcttccctcgcgggcacagggaaggaagggtgga
gaatgaaagctcttttccactgtcagaggttcatcttccctgtggcacct
tgtgatgtgacacggaaagcccagcagccacccaggaagtctcagtgaac
atctgtgaagtcaaggaagctacctggggactctttctaaagacacagca
ttccaaggactttaaggaattctttactttttaagaagcacacttagttt
ttatagtacgttaagaacttggcttgtgtctgtcatggtgaatggcgtgg
ccctgggctccggaggatcgatgagaatggttttcccagggtgccataac
ggtgcggtagaaatttctccatcacagcttaaatgctctaaagttgagca
cagctaagctccttagcttatctccatgtacccaaagttccctgctgatg
tggggcttccagggaaaccggaaaagctaggacgtactgggtttgggttt
tcttcaagcagttcccagggctcctgacttcagggctatgtgaaggggag
gcaccaggcttaacctttttctctgaagtcaggagaacagagaccctgcc
gcagtcagagccacctcaccctgggcacatctcttgaccttcgttgactt
cctaatcagcaagtcagatagccattccatgctaatttgcttcttgagat
agcctgtgaaagtcagaaccacgcacgtcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_60233297_60234433
seq2: B6Ng01-221O03.b_47_1192

seq1  GAATTCTGTCCTGTGGAACTGGTTACTCACTTGTAAAAAATTATTCTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCCTGTGGAACTGGTTACTCACTTGTAAAAAATTATTCTAAA  50

seq1  GCCTGATTTCTCTTTCTATCAAGCTGCACATAGATTTTCTCTCTGTCTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATTTCTCTTTCTATCAAGCTGCACATAGATTTTCTCTCTGTCTCT  100

seq1  GTATGTCTGTTTGTCTCTCTCTGTATCTCTGTGTCTCACTCTGTCTCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCTGTTTGTCTCTCTCTGTATCTCTGTGTCTCACTCTGTCTCTGT  150

seq1  GTATCTCTCTGCATCTCTGTCTGTCTCTGCTTCTCTCTTTCTCCTTCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTCTCTGCATCTCTGTCTGTCTCTGCTTCTCTCTTTCTCCTTCTCT  200

seq1  CTCTCTCTCTGTTTTTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTGTTTTTTTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGC  250

seq1  TCTCTTGAAGCTCACTATCTAGATGAGGAGCTGGGATTAAGGGAGTGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGAAGCTCACTATCTAGATGAGGAGCTGGGATTAAGGGAGTGTGC  300

seq1  CACCATTGCCTGGTAGATAGTATTTTCTCAAAAATTCAGTTAAGCTTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTGCCTGGTAGATAGTATTTTCTCAAAAATTCAGTTAAGCTTGCA  350

seq1  TTCTGGAAATGCTTAGCTGGGCAGTGGTTTGCTCTCTGGGTTTGTTTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAAATGCTTAGCTGGGCAGTGGTTTGCTCTCTGGGTTTGTTTTGC  400

seq1  TTTATATTATTGATGTGTTTTGTGCTTAGTACCTCTGTGCCCGTGCTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTATTGATGTGTTTTGTGCTTAGTACCTCTGTGCCCGTGCTCCC  450

seq1  ATTCAGGATCGAGCACTCAAGTGCATCTAAACTGGCAACAAGGCATTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGATCGAGCACTCAAGTGCATCTAAACTGGCAACAAGGCATTTAG  500

seq1  ACGTTCAGTTTCAGTGTTTTCTTTCCTGCAGTTTCAGTACTAAATATCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCAGTTTCAGTGTTTTCTTTCCTGCAGTTTCAGTACTAAATATCAT  550

seq1  GACCACTGTATGCAATTCAGCCTGCACGGCTGAATTCTCCAAGTAGAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTGTATGCAATTCAGCCTGCACGGCTGAATTCTCCAAGTAGAGAA  600

seq1  AGACAGAGGTTTTACTGCAGTCCATAAATATGACCATTTATTGGCCCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGAGGTTTTACTGCAGTCCATAAATATGACCATTTATTGGCCCCCA  650

seq1  ACATATTTATGTTCTCCTCATTCAATGCTCACTTAAACTGTACAATTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTATGTTCTCCTCATTCAATGCTCACTTAAACTGTACAATTTGC  700

seq1  TTGACCCAGTCTATAAATGTAAATTGCCTATGTCGGAAAGTGACTGTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCCAGTCTATAAATGTAAATTGCCTATGTCGGAAAGTGACTGTGGA  750

seq1  TGACTTTTGAATGTGTGATATAATTCCACGATGTCTACAGGTAAACTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTTGAATGTGTGATATAATTCCACGATGTCTACAGGTAAACTAAC  800

seq1  ACTGACAGGAGGCTACTTTCCTTCTCCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACAGGAGGCTACTTTCCTTCTCCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCAT  850

seq1  GAGAAGCACCAAATGGCTATGTCGATCCTCACGGATAAAACACTTGCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCACCAAATGGCTATGTCGATCCTCACGGATAAAACACTTGCCCA  900

seq1  TTATTCTCGGAGTTTCTATTCTTTTATTATTATTATTATTCCAAGTGTGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTCGGAGTTTCTATTCTTTTATTATTATTATTATTCCAAGTGTGA  950

seq1  ACCAAAAATAGTAATAAAACATGCATGCATTGCCAAAACTTCCA-CTCAA  999
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACCAAAAATAGTAATTAAACATGCATGCATTGCCAAAACTTCCACCTCAA  1000

seq1  ATACCACTGG-ATG-TAT-GTGACAG-AGGTCATAGCTTATCAAGTATAA  1045
      |||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |||   |
seq2  ATACCACTGGAATGTTATGGTGACAGAAGGTCATAGCTTATCCAGTTATA  1050

seq1  AATGTTTGCTTGCTTG--AGAAAGTTTGCAAGCTGGCTCAGT-GTC-CTA  1091
      ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| | ||| |||
seq2  AATGTTTGCTTGCTTGGAAAAAAGTTTGCAAGCTGGCTCAATGGTCTCTA  1100

seq1  GGCATAAATGAGTCATATTTACTAATTTACCTAAACATTCTTGTAA  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAAATGAGTCATATTTACTAATTTACCTAAACATTCTTGTAA  1146

seq1: chr14_60386697_60387775
seq2: B6Ng01-221O03.g_65_1144 (reverse)

seq1  GGACGTGCGTGTTCTTGACTTCCCACAGGCTATCTCCAG-AGC-AATTAG  48
      ||||||||||| |  ||||||  ||||||||||||| || ||| ||||||
seq2  GGACGTGCGTGGTTCTGACTT-TCACAGGCTATCTCAAGAAGCAAATTAG  49

seq1  CATGG-ATGGCCTTATTCTGACTTTGCTGATTAGGAAGTCACCGAAGGTC  97
      ||||| |||||  || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CATGGAATGGC--TA-TCTGAC-TTGCTGATTAGGAAGTCAACGAAGGTC  95

seq1  AAGAGATGTGCCCAGGGTGAGGTGGCTCTGACTGCGGCAGGGTCTCTG-T  146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGAGATGTGCCCAGGGTGAGGTGGCTCTGACTGCGGCAGGGTCTCTGTT  145

seq1  CTCCTGACTTCAGAG-AAAAGGTTAAGCCTGGTGCCT-CCCTTCACATAG  194
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTCCTGACTTCAGAGAAAAAGGTTAAGCCTGGTGCCTCCCCTTCACATAG  195

seq1  CCCTGAAGTCAGGAGCCCTGGGAACTGCTTGAAGAAAACCCAAACCCAGT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAGTCAGGAGCCCTGGGAACTGCTTGAAGAAAACCCAAACCCAGT  245

seq1  ACGTCCTAGCTTTTCCGGTTTCCCTGGAAGCCCCACATCAGCAGGGAACT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCCTAGCTTTTCCGGTTTCCCTGGAAGCCCCACATCAGCAGGGAACT  295

seq1  TTGGGTACATGGAGATAAGCTAAGGAGCTTAGCTGTGCTCAACTTTAGAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTACATGGAGATAAGCTAAGGAGCTTAGCTGTGCTCAACTTTAGAG  345

seq1  CATTTAAGCTGTGATGGAGAAATTTCTACCGCACCGTTATGGCACCCTGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAAGCTGTGATGGAGAAATTTCTACCGCACCGTTATGGCACCCTGG  395

seq1  GAAAACCATTCTCATCGATCCTCCGGAGCCCAGGGCCACGCCATTCACCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCATTCTCATCGATCCTCCGGAGCCCAGGGCCACGCCATTCACCA  445

seq1  TGACAGACACAAGCCAAGTTCTTAACGTACTATAAAAACTAAGTGTGCTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGACACAAGCCAAGTTCTTAACGTACTATAAAAACTAAGTGTGCTT  495

seq1  CTTAAAAAGTAAAGAATTCCTTAAAGTCCTTGGAATGCTGTGTCTTTAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAAGTAAAGAATTCCTTAAAGTCCTTGGAATGCTGTGTCTTTAGA  545

seq1  AAGAGTCCCCAGGTAGCTTCCTTGACTTCACAGATGTTCACTGAGACTTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCCCCAGGTAGCTTCCTTGACTTCACAGATGTTCACTGAGACTTC  595

seq1  CTGGGTGGCTGCTGGGCTTTCCGTGTCACATCACAAGGTGCCACAGGGAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGGCTGCTGGGCTTTCCGTGTCACATCACAAGGTGCCACAGGGAA  645

seq1  GATGAACCTCTGACAGTGGAAAAGAGCTTTCATTCTCCACCCTTCCTTCC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAACCTCTGACAGTGGAAAAGAGCTTTCATTCTCCACCCTTCCTTCC  695

seq1  CTGTGCCCGCGAGGGAAGACCTGCCTTCAACCCCGTGAGAAAAACTCCAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCCGCGAGGGAAGACCTGCCTTCAACCCCGTGAGAAAAACTCCAA  745

seq1  ATGGAATAGACTAGACAAAGAAATACTTAATCACATTGGTGGGGGAAAAT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATAGACTAGACAAAGAAATACTTAATCACATTGGTGGGGGAAAAT  795

seq1  CTCAGTAGAAACAATGTATCTTTTCAATGACTGAAGATGCTATGAATAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTAGAAACAATGTATCTTTTCAATGACTGAAGATGCTATGAATAGA  845

seq1  CAGACTGCTTGCTGCTGCATCTGTCTCTGGCTCTGGGTTGGGGTGGGAGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGCTTGCTGCTGCATCTGTCTCTGGCTCTGGGTTGGGGTGGGAGA  895

seq1  AGGGTAATATTTGCCATTATTAGATACTACTTTAATTCTTAAAGCTTCAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAATATTTGCCATTATTAGATACTACTTTAATTCTTAAAGCTTCAA  945

seq1  AGAATTATGTTCATTTGCCAAAACCCCACTGTGTAGCCAACTACAAAGAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTATGTTCATTTGCCAAAACCCCACTGTGTAGCCAACTACAAAGAA  995

seq1  TCATTTATGAAAATCACTGGGAGCATTCTTAATTTTTTTTTTTGAGACAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATGAAAATCACTGGGAGCATTCTTAATTTTTTTTTTTGAGACAG  1045

seq1  GGTTTCCCTGTGTAGTCCTGGTTGTCCTGGAATTC  1079
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCCTGTGTAGTCCTGGTTGTCCTGGAATTC  1080