BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225C19
Chromosome14 (Build37)
Map Location 18,933,185 - 19,080,478
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNr1d2, LOC632287
Upstream geneThrb, LOC627608
Downstream geneRpl15, Nkiras1, Ube2e1, LOC627717, LOC238963, Ube2e2, LOC627741, LOC100042299, LOC675069, LOC100042322, LOC632470, EG632477, EG632498, EG667341, LOC667344
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225C19.bB6Ng01-225C19.g
ACCGA039435GA039436
length7351,172
definitionB6Ng01-225C19.b B6Ng01-225C19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,079,757 - 19,080,478)(18,933,185 - 18,934,339)
sequence
gaattcacttaagccagatccaattcctttataagaattattgtgatcat
ggtgtctcttcacaacaccagaacactaagacacccatgtctgagccgtc
ctctttggtgggtatcccacaacactaaactctagtcactcaacacataa
ggttgtgaagtgtggagtggagaacacagaacgctcagtctgttcttccc
tgatttcatttcttctctgcaccatttttccctccttacatgactccttg
ggaaatgctgtctgtcagagaggatgagaatgctcacctagacaatgtag
cctgtaaggctttgctacttacagtaaaggtagtctctttttatgcagct
cattggataagagcatttgttccttttggagagtgcctgggttggttccc
agaacacatgtggcagctcacaataatctataactccagagagtccagtg
tccttttctggcctccacaggcactgtacacatgtggtacaaatacatac
atgattttcattaaaatacagaaaagactaatctctgttttgttaggaac
catcatagtagaggctaaaaaccagcaggtgattgtcctgagatagtctg
ccttggaaggccaggaccaggagaaattcattttaggaaagattcttgct
attaatatgcctttcttgtcatatatatatatatatatatatatatatat
atatatatatatatgtgtgtgtatggggatatata

gaattcactataaagatgacattggacttctgatcctcctacctgtacct
cccaggtgctgaaattacaggcattgctacacctagttttatgtatattg
ggtatccaacctatgactttgggcatgctaggcaagtgtgttaccaatta
agcctcatccccaactcccaacttgctctttcagaaccctctaaattgct
ttctggacagaaggtttgtagttctacagacctgttttgtaaaaatgaat
ctgttggtagagctatcacgtctgtttggataaagtaaagctcccccagt
ttcaaagggggaagtaaaagtgtgtatggccataatcacttctgcttaaa
actttatttcagttggtataacagaatgacttatcagttataaattagaa
caaataattgtatgtctggtccttgtatcctaattttatcaatggaattg
tgcactaattactattatacttttttaggtgtcctttgtaatacaccatg
tataagtcttagtttttaaatttttctgcatagttaaatcataattaaat
ctgtttctgatgctctttttaaaaaatgctttctggtcaactgctttgat
gatatcatggctaagaagatggaaggatagatactcaggccttattaaag
aaaataataagctctaggaaagtacaatcctgggagaagaagtggggtag
gtctgtgactaagtaaagtaactacttaggatgcttaggaggattgcaaa
ttcaagcctgcctaggctctatacctagtgagtctgtctatgaaaaaatg
ttttataaactgcagagagagctcagtaaaatcccaacctaacatctcca
agtaaatagacagaggttttgtggggactcagacatagctcaatggtaga
gcacttgataatatgttcaagggcatatgtttgaattgcaagcatttatt
tggaaatactttattagtagtagcacaaatgtactagcagattgggggta
gaacaaagcaagcactttctatcacactgaacctgcaggtgccttcacta
gcctccacctcacaacagtgtgacttgaaatggttcctcagagtcagccc
tggaaaggcaaaggagtcctggtggtcttaccaagaaacaccttaccagg
aacggggtgaaatgcaatttgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_19079757_19080478
seq2: B6Ng01-225C19.b_44_765 (reverse)

seq1  ACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATAT  50

seq1  ATGACAAGAAAGGCATATTAATAGCAAGAATCTTTCCTAAAATGAATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAAGAAAGGCATATTAATAGCAAGAATCTTTCCTAAAATGAATTTC  100

seq1  TCCTGGTCCTGGCCTTCCAAGGCAGACTATCTCAGGACAATCACCTGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTCCTGGCCTTCCAAGGCAGACTATCTCAGGACAATCACCTGCTG  150

seq1  GTTTTTAGCCTCTACTATGATGGTTCCTAACAAAACAGAGATTAGTCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAGCCTCTACTATGATGGTTCCTAACAAAACAGAGATTAGTCTTT  200

seq1  TCTGTATTTTAATGAAAATCATGTATGTATTTGTACCACATGTGTACAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTTTAATGAAAATCATGTATGTATTTGTACCACATGTGTACAGT  250

seq1  GCCTGTGGAGGCCAGAAAAGGACACTGGACTCTCTGGAGTTATAGATTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGGAGGCCAGAAAAGGACACTGGACTCTCTGGAGTTATAGATTAT  300

seq1  TGTGAGCTGCCACATGTGTTCTGGGAACCAACCCAGGCACTCTCCAAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGCTGCCACATGTGTTCTGGGAACCAACCCAGGCACTCTCCAAAAG  350

seq1  GAACAAATGCTCTTATCCAATGAGCTGCATAAAAAGAGACTACCTTTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAATGCTCTTATCCAATGAGCTGCATAAAAAGAGACTACCTTTACT  400

seq1  GTAAGTAGCAAAGCCTTACAGGCTACATTGTCTAGGTGAGCATTCTCATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTAGCAAAGCCTTACAGGCTACATTGTCTAGGTGAGCATTCTCATC  450

seq1  CTCTCTGACAGACAGCATTTCCCAAGGAGTCATGTAAGGAGGGAAAAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGACAGACAGCATTTCCCAAGGAGTCATGTAAGGAGGGAAAAATG  500

seq1  GTGCAGAGAAGAAATGAAATCAGGGAAGAACAGACTGAGCGTTCTGTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAGAAGAAATGAAATCAGGGAAGAACAGACTGAGCGTTCTGTGTT  550

seq1  CTCCACTCCACACTTCACAACCTTATGTGTTGAGTGACTAGAGTTTAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTCCACACTTCACAACCTTATGTGTTGAGTGACTAGAGTTTAGTG  600

seq1  TTGTGGGATACCCACCAAAGAGGACGGCTCAGACATGGGTGTCTTAGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGATACCCACCAAAGAGGACGGCTCAGACATGGGTGTCTTAGTGT  650

seq1  TCTGGTGTTGTGAAGAGACACCATGATCACAATAATTCTTATAAAGGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGTTGTGAAGAGACACCATGATCACAATAATTCTTATAAAGGAAT  700

seq1  TGGATCTGGCTTAAGTGAATTC  722
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTGGCTTAAGTGAATTC  722


seq1: chr14_18933185_18934339
seq2: B6Ng01-225C19.g_65_1236

seq1  GAATTCACTATAAAGATGACATTGGACTTCTGATCCTCCTACCTGTACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATAAAGATGACATTGGACTTCTGATCCTCCTACCTGTACCT  50

seq1  CCCAGGTGCTGAAATTACAGGCATTGCTACACCTAGTTTTATGTATATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGTGCTGAAATTACAGGCATTGCTACACCTAGTTTTATGTATATTG  100

seq1  GGTATCCAACCTATGACTTTGGGCATGCTAGGCAAGTGTGTTACCAATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCCAACCTATGACTTTGGGCATGCTAGGCAAGTGTGTTACCAATTA  150

seq1  AGCCTCATCCCCAACTCCCAACTTGCTCTTTCAGAACCCTCTAAATTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCATCCCCAACTCCCAACTTGCTCTTTCAGAACCCTCTAAATTGCT  200

seq1  TTCTGGACAGAAGGTTTGTAGTTCTACAGACCTGTTTTGTAAAAATGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGACAGAAGGTTTGTAGTTCTACAGACCTGTTTTGTAAAAATGAAT  250

seq1  CTGTTGGTAGAGCTATCACGTCTGTTTGGATAAAGTAAAGCTCCCCCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGTAGAGCTATCACGTCTGTTTGGATAAAGTAAAGCTCCCCCAGT  300

seq1  TTCAAAGGGGGAAGTAAAAGTGTGTATGGCCATAATCACTTCTGCTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGGGGAAGTAAAAGTGTGTATGGCCATAATCACTTCTGCTTAAA  350

seq1  ACTTTATTTCAGTTGGTATAACAGAATGACTTATCAGTTATAAATTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTATTTCAGTTGGTATAACAGAATGACTTATCAGTTATAAATTAGAA  400

seq1  CAAATAATTGTATGTCTGGTCCTTGTATCCTAATTTTATCAATGGAATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAATTGTATGTCTGGTCCTTGTATCCTAATTTTATCAATGGAATTG  450

seq1  TGCACTAATTACTATTATACTTTTTTAGGTGTCCTTTGTAATACACCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTAATTACTATTATACTTTTTTAGGTGTCCTTTGTAATACACCATG  500

seq1  TATAAGTCTTAGTTTTTAAATTTTTCTGCATAGTTAAATCATAATTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTCTTAGTTTTTAAATTTTTCTGCATAGTTAAATCATAATTAAAT  550

seq1  CTGTTTCTGATGCTCTTTTTAAAAAATGCTTTCTGGTCAACTGCTTTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTGATGCTCTTTTTAAAAAATGCTTTCTGGTCAACTGCTTTGAT  600

seq1  GATATCATGGCTAAGAAGATGGAAGGATAGATACTCAGGCCTTATTAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCATGGCTAAGAAGATGGAAGGATAGATACTCAGGCCTTATTAAAG  650

seq1  AAAATAATAAGCTCTAGGAAAGTACAATCCTGGGAGAAGAAGTGGGGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAAGCTCTAGGAAAGTACAATCCTGGGAGAAGAAGTGGGGTAG  700

seq1  GTCTGTGACTAAGTAAAGTAACTACTTAGGATGCTTAGGAGGATTGCAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTGACTAAGTAAAGTAACTACTTAGGATGCTTAGGAGGATTGCAAA  750

seq1  TTCAAGCCTGCCTAGGCTCTATACCTAGTGAGTCTGTCTATGAAAAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCCTGCCTAGGCTCTATACCTAGTGAGTCTGTCTATGAAAAAATG  800

seq1  TTTTATAAACTGCAGAGAGAGCTCAGTAAAATCCCAACCTAACATCTCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAACTGCAGAGAGAGCTCAGTAAAATCCCAACCTAACATCTCCA  850

seq1  AGTAAATAGACAGAGGTTTTGTGGGGACTCAGGACATAGCTCAATGGTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATAGACAGAGGTTTTGTGGGGACTCA-GACATAGCTCAATGGTAG  899

seq1  AGCACTTGATAATATGTTCAAGGGCATATGTTTGAATTGCAAGCATTTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTGATAATATGTTCAAGGGCATATGTTTGAATTGCAAGCATTTAT  949

seq1  TTGGAAATACTTTATTAGTAGTAGCACAAATGTACTAGCAGATTGGGGGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAATACTTTATTAGTAGTAGCACAAATGTACTAGCAGATTGGGGGT  999

seq1  AG-ACAAAGCAAGCACTTTCTATCACACTG-ACCTGCAAGTGCCTTCACT  1048
      || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  AGAACAAAGCAAGCACTTTCTATCACACTGAACCTGCAGGTGCCTTCACT  1049

seq1  AGCCTC--ACTCAC-ACAGTGTGACTTG-AATGG-TCCTCAGAGTCAG-C  1092
      ||||||   ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |
seq2  AGCCTCCACCTCACAACAGTGTGACTTGAAATGGTTCCTCAGAGTCAGCC  1099

seq1  CTGAAAAGGC-AGGGAGTCCTG--TGTCT--ACAAG-AACAC--TACCAG  1134
      ||| |||||| | |||||||||   ||||   |||| |||||  ||||||
seq2  CTGGAAAGGCAAAGGAGTCCTGGTGGTCTTACCAAGAAACACCTTACCAG  1149

seq1  G-ACGGGGTGAAATGC-ATTTGC  1155
      | |||||||||||||| ||||||
seq2  GAACGGGGTGAAATGCAATTTGC  1172


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |