BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228N09
Chromosome14 (Build37)
Map Location 23,558,508 - 23,705,257
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700112E06Rik, LOC665068
Upstream geneDusp13, Samd8, Vdac2, Comtd1, Zfp503, EG665075, EG435392
Downstream geneKcnma1
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228N09.bB6Ng01-228N09.g
ACCGA042146GA042147
length1,0391,014
definitionB6Ng01-228N09.b B6Ng01-228N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,704,231 - 23,705,257)(23,558,508 - 23,559,499)
sequence
gaattcaatccccaagacccacatgttataaagagaacagactcacacag
gcctccacatgcatgcgatgacacaagtttgcccctctcacacttaaatg
gatgcacgtaatttaaaaaaaaaaaaagaggagataataaatttcaaata
aaatgattactggatacaatacaagaggtttgaaacctgtaattctaaga
ctgacaccaaggttagggatcagtgcaaatcacaagtaccaggcaattaa
ggagaatgtgtttgttgactgcatcagagcaagccatgttcaggagcttt
ggagatccaactaagggtgtagctgataacaacagtgaatgtgcataata
caatttattttttttattttgtttttttattaggtatttatttcatttac
atttccaatgctatcccaaaagtcccccacccgctctcccacccactccc
ccacccacccactcctacttcttggccctggcattaccctgtactgaggc
agataaagtttgcacgaccaatgggcctctctttccactgatggccaact
agatcatcttctgatacatatgcagctagagacacaagctctggggggta
ctgggtagttcatattgttgttccacctattgggttgcagatccctttag
ctccttggttactttctctagctcctccattggggggtcctgtgattcat
ccaatagctgactgtgagcatccacttctctgtttgctaggccctggcat
agtctcacaagagacagctatatctggggtcctttcagcaaaatcttgct
tagtggtattcaataacataattaaaagactaattagtttaacataaaaa
tatgaaaattatgatcctcttaaaagttatattattctatttacttttca
gttattaaaatcagcagttagtagtaattattataagggacttaccaaat
atgtggaaatatacaatattttcaaatgttactatcctctgattcaccat
tttaactcttttggaacctgttgactttgatgtttaaat

gaattctctactttggtaatttggtggattgaaaccccagtgcctggaag
tggacatacagatgtaccatcaaccgatggtgactccagtttcactgtcc
ctgagtcctgagaattgtaagtgagagaagctatgggcatagcactaaag
ccagggaagtctactctgctctgggagaattgttctcaatatggtagaga
gactgctactctcttcagggaaatatgtcagactgagtctaatggtcagc
ttccagcatggtgtggaggaagtgcagtccactccaggccagagtacaga
catatctgggccttggtgaacaccggatacaaaatgctacatgccagtgc
tcactggaagtgtgagggttaatgccttttgtaattgtcctggggtactg
agggcatgatcactaagaaacccattaaccaagtaagcagaaggattaga
tcttccttatttgcattacgtaagacatatacagattacctcaaaagtgc
aactatttctttaaaacatgaggaactgtcttcaccctgagggacaaaca
ccagagtggagtcccctgagaccttttccactgcagtgtatgtactgtag
tcatgggatatttgtgtcacacattgaaatcttgtcagtgagccagtctg
agggtctgaggcctttgagcagtgatgaggtacggagggttgtagtagta
acttttctttgtgccctgagcaaatacctaacaaaaagcaacttcgtggg
gatgcagatgtttctgttacttaaggggggtaggggtctcttatggcaag
ggaaagggatagtggagttcacggcaatggggagcaatgtagctgggact
tctcatatctctgtagtccaggataattggggaactgatttctaaaactt
ccatgtccacattaaaagtcacttaatttgccccctccagccagaactca
tattcagaatggtttctgtagcttcccccaaaacagcatttacttattct
tgggatgaatgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_23704231_23705257
seq2: B6Ng01-228N09.b_50_1088 (reverse)

seq1  ATTTAAACATC-AAGTCAACAGCTT-CAAAAGAGTTAAAATGGTTGATCA  48
      ||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||
seq2  ATTTAAACATCAAAGTCAACAGGTTCCAAAAGAGTTAAAATGGTGAATCA  50

seq1  GAGGATAGTAACATTTGAAAATATTTGTATATTTTCACATATTTTGTTAG  98
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||
seq2  GAGGATAGTAACATTTGAAAATA-TTGTATATTTCCACATATTTGGTAAG  99

seq1  T-CCTTATATTAATTACTACTAACTGCTGATTTTAATAACTG-AAAGT-A  145
      | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
seq2  TCCCTTATAATAATTACTACTAACTGCTGATTTTAATAACTGAAAAGTAA  149

seq1  ATAGAATAATATAAC-TTTAAGA-GATCAT-ATTTTCATA-TTTTATGTT  191
      ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  ATAGAATAATATAACTTTTAAGAGGATCATAATTTTCATATTTTTATGTT  199

seq1  AAACTAA-TAGTCTTTTAATTATGTTATTGAATA-CACT-AGCAAGATTT  238
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AAACTAATTAGTCTTTTAATTATGTTATTGAATACCACTAAGCAAGATTT  249

seq1  TGCTGAAAGGA-CCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCAGGGC  287
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAAGGACCCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCAGGGC  299

seq1  CTAGCAAACAGAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGAATCACA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAACAGAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGAATCACA  349

seq1  GGACCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGAT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAACCAAGGAGCTAAAGGGAT  399

seq1  CTGCAACCCAATAGGTGGAACAACAATATGAACTACCCAGTACCCCCCAG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACCCAATAGGTGGAACAACAATATGAACTACCCAGTACCCCCCAG  449

seq1  AGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGATCTAGTTGGCCAT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGATCTAGTTGGCCAT  499

seq1  CAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAAACTTTATCTGCCTCAGTAC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAAAGAGAGGCCCATTGGTCGTGCAAACTTTATCTGCCTCAGTAC  549

seq1  AGGGTAATGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGTGGGTGGGGGAGTGGGT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAATGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGTGGGTGGGGGAGTGGGT  599

seq1  GGGAGAGCGGGTGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAAA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGCGGGTGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAAA  649

seq1  TAAATACCTAATAAAAAAACAAAATAAAAAAAATAAATTGTATTATGCAC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACCTAATAAAAAAACAAAATAAAAAAAATAAATTGTATTATGCAC  699

seq1  ATTCACTGTTGTTATCAGCTACACCCTTAGTTGGATCTCCAAAGCTCCTG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGTTGTTATCAGCTACACCCTTAGTTGGATCTCCAAAGCTCCTG  749

seq1  AACATGGCTTGCTCTGATGCAGTCAACAAACACATTCTCCTTAATTGCCT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCTTGCTCTGATGCAGTCAACAAACACATTCTCCTTAATTGCCT  799

seq1  GGTACTTGTGATTTGCACTGATCCCTAACCTTGGTGTCAGTCTTAGAATT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACTTGTGATTTGCACTGATCCCTAACCTTGGTGTCAGTCTTAGAATT  849

seq1  ACAGGTTTCAAACCTCTTGTATTGTATCCAGTAATCATTTTATTTGAAAT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTTCAAACCTCTTGTATTGTATCCAGTAATCATTTTATTTGAAAT  899

seq1  TTATTATCTCCTCTTTTTTTTTTTTTAAATTACGTGCATCCATTTAAGTG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATCTCCTCTTTTTTTTTTTTTAAATTACGTGCATCCATTTAAGTG  949

seq1  TGAGAGGGGCAAACTTGTGTCATCGCATGCATGTGGAGGCCTGTGTGAGT  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGGCAAACTTGTGTCATCGCATGCATGTGGAGGCCTGTGTGAGT  999

seq1  CTGTTCTCTTTATAACATGTGGGTCTTGGGGATTGAATTC  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTCTTTATAACATGTGGGTCTTGGGGATTGAATTC  1039


seq1: chr14_23558508_23559499
seq2: B6Ng01-228N09.g_72_1085

seq1  GAATTCTCTACTTTGGTAATTTGGTGGATTGAAACCCCAGTGCCTGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTACTTTGGTAATTTGGTGGATTGAAACCCCAGTGCCTGGAAG  50

seq1  TGGACATACAGATGTACCATCAACCGATGGTGACTCCAGTTTCACTGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACATACAGATGTACCATCAACCGATGGTGACTCCAGTTTCACTGTCC  100

seq1  CTGAGTCCTGAGAATTGTAAGTGAGAGAAGCTATGGGCATAGCACTAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCCTGAGAATTGTAAGTGAGAGAAGCTATGGGCATAGCACTAAAG  150

seq1  CCAGGGAAGTCTACTCTGCTCTGGGAGAATTGTTCTCAATATGGTAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGAAGTCTACTCTGCTCTGGGAGAATTGTTCTCAATATGGTAGAGA  200

seq1  GACTGCTACTCTCTTCAGGGAAATATGTCAGACTGAGTCTAATGGTCAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTACTCTCTTCAGGGAAATATGTCAGACTGAGTCTAATGGTCAGC  250

seq1  TTCCAGCATGGTGTGGAGGAAGTGCAGTCCACTCCAGGCCAGAGTACAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGCATGGTGTGGAGGAAGTGCAGTCCACTCCAGGCCAGAGTACAGA  300

seq1  CATATCTGGGCCTTGGTGAACACCGGATACAAAATGCTACATGCCAGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTGGGCCTTGGTGAACACCGGATACAAAATGCTACATGCCAGTGC  350

seq1  TCACTGGAAGTGTGAGGGTTAATGCCTTTTGTAATTGTCCTGGGGTACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGAAGTGTGAGGGTTAATGCCTTTTGTAATTGTCCTGGGGTACTG  400

seq1  AGGGCATGATCACTAAGAAACCCATTAACCAAGTAAGCAGAAGGATTAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATGATCACTAAGAAACCCATTAACCAAGTAAGCAGAAGGATTAGA  450

seq1  TCTTCCTTATTTGCATTACGTAAGACATATACAGATTACCTCAAAAGTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTTATTTGCATTACGTAAGACATATACAGATTACCTCAAAAGTGC  500

seq1  AACTATTTCTTTAAAACATGAGGAACTGTCTTCACCCTGAGGGACAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTATTTCTTTAAAACATGAGGAACTGTCTTCACCCTGAGGGACAAACA  550

seq1  CCAGAGTGGAGTCCCCTGAGACCTTTTCCACTGCAGTGTATGTACTGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGTGGAGTCCCCTGAGACCTTTTCCACTGCAGTGTATGTACTGTAG  600

seq1  TCATGGGATATTTGTGTCACACATTGAAATCTTGTCAGTGAGCCAGTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGATATTTGTGTCACACATTGAAATCTTGTCAGTGAGCCAGTCTG  650

seq1  AGGGTCTGAGGCCTTTGAGCAGTGATGAGGTACGGAGGGTTGTAGTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTGAGGCCTTTGAGCAGTGATGAGGTACGGAGGGTTGTAGTAGTA  700

seq1  ACTTTTC-TTGTGCCCTGAGCAAATACCTAACAAAAAGCAAC-TCGT-GG  747
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  ACTTTTCTTTGTGCCCTGAGCAAATACCTAACAAAAAGCAACTTCGTGGG  750

seq1  GATGCAGATG-TTCTGTTACTTAA-GGGGGTA-GGGTCTCTTATGGCAAG  794
      |||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  GATGCAGATGTTTCTGTTACTTAAGGGGGGTAGGGGTCTCTTATGGCAAG  800

seq1  G--AAAGGATAGTGGAGTTCACGGCAAT-GGGAGC-ATGTAGCTGGGACT  840
      |  || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGATAGTGGAGTTCACGGCAATGGGGAGCAATGTAGCTGGGACT  850

seq1  TCTCATATCTCTGTAGTCCAGGGAGAATT-GGGACCTGA-TTCT-AAACT  887
      |||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||| |||| |||||
seq2  TCTCATATCTCTGTAGTCCA-GGATAATTGGGGAACTGATTTCTAAAACT  899

seq1  TCCATGTCCACATT-AGAGTCACTTAA-TTGCCCCCTCCAGCCAGACCTC  935
      |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  TCCATGTCCACATTAAAAGTCACTTAATTTGCCCCCTCCAGCCAGAACTC  949

seq1  ACATCACGAA--GGTTCTGTAGCTT-CCCCAAAACAGCA-TCAC-TAT--  978
      | ||   |||  | ||||||||||| ||||||||||||| | || |||  
seq2  ATATTCAGAATGGTTTCTGTAGCTTCCCCCAAAACAGCATTTACTTATTC  999

seq1  CTGGGATGAA-GTGT  992
       ||||||||| ||||
seq2  TTGGGATGAATGTGT  1014


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |