BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236N01
Chromosome14 (Build37)
Map Location 17,477,556 - 17,608,894
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC667205, 1700062C10Rik, LOC667209, EG435389, Oxsm, Ngly1, Top2b, Rarb
Downstream geneTpi-rs9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236N01.bB6Ng01-236N01.g
ACCGA047942GA047943
length1,1411,099
definitionB6Ng01-236N01.b B6Ng01-236N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,477,556 - 17,478,695)(17,607,799 - 17,608,894)
sequence
gaattctgtaaggttgcagggtataaaatcaactatgaaaatcattagtt
atctttgacatgtgaataacaaaacatctgagagacaaatcaaggaagca
ataaaattcataatagtctcaaaactaaagctctaaaaataaacaaaggt
attaaattaggtactaaattaaacaaagtcaaaagcaaaatgtatggaga
atttacaattcctgatttcaaaacatgttacaaagttatagaaacccaaa
cagcatggtggtggcaggaaaacagaggacccaggtgaaaaatccataga
actatggccatgtggattttgagaaaggcagcaggttcacatactgcaga
aagaatatactcattaaagagtgagtttaggaaaagctttcatccatagg
cagaagaaagggaaaagaaaaaaaaaagcctaggcttgtatctctccata
tgtaaaaatcagctcacagagagtcaagatttaaatctaaagcctgaaat
tctgacacatggaaaggctgacatgcaagtgcacatacgcatgcgcgcgc
gcacacacacacacacacacacacacacacacagacacaaacacattagt
taaaatggtgttctgcctctggcccaccacagggttagggccgctcatgg
aagcagacgcaggaagtttgactgtgggcaccctactccaccacagtgcg
ggcactgggctgtaagatgccacaggaccccactctgggggtgggcaggt
acagtccgaggtccctgcggacctgccggtgttggctctaggtccctagg
cctttaaggaggctgggtactgcagatgccactggatgcagtagaaaagc
tgagaatggagtgttggcccgcgatcatatttaccttatagtcttcccaa
cttgtagatcctccctaccttcttatcttccattccatgctcaccccctt
tactttttaaataagccaccaattccaatgtgttctgtccatatacttcg
gggtggtggggaccattcattggtgcataaccgaccatacccttaaaaaa
gctcacacctctatggcagtctaatctaggcagctacatccactgttagc
tcagccatttgttggtcttgccagcttattgctaactcctc
gaattccctatgcagaccgggatggacttgaactcgaaatctgccttcat
ctgcaaggcatgaaccactacatcagtttgcttttttgtttgttttcttt
gctttgtacttgttgaggtggtgctagagcactgtgtcttatccactcca
ccctggaacttgtactctgcctgcctcagtcacctaagtgctaggactgt
gggcatgcttcactgtgaagagtgttgttgtagacttacatacctatata
gttggacactacagaaacattatttataagactcactcaacatggaaaca
caggcagagtttgggcatccatatggtgggcttatggagtactgttgagg
caactgtgtctgctgacatattaaaacttcaaagaaattggaaagaaata
aatgaaagttggtcttttgagttcaataaatgtggtatcttcataaccgt
atgctatatatagatttgtcatctgctagatggtttggcgagtctgtcac
ctctcttccctttagtttcttttttgtccatcaacactatccaaagtcac
ctctaggtcaccaggagccagagctctgaaagtacctttgttacttctct
tctgcctatagaaaccctcactatcttatggatggacaattgcctaagtc
tttcaagatctgataaattgtcttcctaaagattggtccagtatcatgaa
atctgaaaggattctccggccttcaggggccttgctataaatggatgcca
gagtcttcagccagccatcttcctcattccatgctttgaattactcatcg
ctctcttgtttagttctagataatgtttgctaccctgttttgtcttgttt
tgttttgttttgttgctttcacacatttctatcaatttcaggaaagaaac
atatttctatttctttattatctcttatgtgaatttcttgagacatgtga
aagatctacagaaatgcctgagttggattccatacaagtttttcagtcgg
tggcaacacacacagattctccataactgctcacattttcaacactgaca
ccatcccgaatggtcaatatcagtaacacagaataaccaattcctaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_17477556_17478695
seq2: B6Ng01-236N01.b_46_1186

seq1  GAATTCTGTAAGGTTGCAGGGTATAAAATCAACTATGAAAATCATTAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAAGGTTGCAGGGTATAAAATCAACTATGAAAATCATTAGTT  50

seq1  ATCTTTGACATGTGAATAACAAAACATCTGAGAGACAAATCAAGGAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGACATGTGAATAACAAAACATCTGAGAGACAAATCAAGGAAGCA  100

seq1  ATAAAATTCATAATAGTCTCAAAACTAAAGCTCTAAAAATAAACAAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTCATAATAGTCTCAAAACTAAAGCTCTAAAAATAAACAAAGGT  150

seq1  ATTAAATTAGGTACTAAATTAAACAAAGTCAAAAGCAAAATGTATGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATTAGGTACTAAATTAAACAAAGTCAAAAGCAAAATGTATGGAGA  200

seq1  ATTTACAATTCCTGATTTCAAAACATGTTACAAAGTTATAGAAACCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAATTCCTGATTTCAAAACATGTTACAAAGTTATAGAAACCCAAA  250

seq1  CAGCATGGTGGTGGCAGGAAAACAGAGGACCCAGGTGAAAAATCCATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGGTGGTGGCAGGAAAACAGAGGACCCAGGTGAAAAATCCATAGA  300

seq1  ACTATGGCCATGTGGATTTTGAGAAAGGCAGCAGGTTCACATACTGCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGCCATGTGGATTTTGAGAAAGGCAGCAGGTTCACATACTGCAGA  350

seq1  AAGAATATACTCATTAAAGAGTGAGTTTAGGAAAAGCTTTCATCCATAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATACTCATTAAAGAGTGAGTTTAGGAAAAGCTTTCATCCATAGG  400

seq1  CAGAAGAAAGGGAAAAGAAAAAAAAAAGCCTAGGCTTGTATCTCTCCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAAGGGAAAAGAAAAAAAAAAGCCTAGGCTTGTATCTCTCCATA  450

seq1  TGTAAAAATCAGCTCACAGAGAGTCAAGATTTAAATCTAAAGCCTGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAAATCAGCTCACAGAGAGTCAAGATTTAAATCTAAAGCCTGAAAT  500

seq1  TCTGACACATGGAAAGGCTGACATGCAAGTGCACATACGCATGCGCGCGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACACATGGAAAGGCTGACATGCAAGTGCACATACGCATGCGCGCGC  550

seq1  GCACACACACACACACACACACACACACACACAGACACAAACACATTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACACACACACACACACACACACACAGACACAAACACATTAGT  600

seq1  TAAAATGGTGTTCTGCCTCTGGCCCACCACAGGGTTAGGGCCGCTCATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGGTGTTCTGCCTCTGGCCCACCACAGGGTTAGGGCCGCTCATGG  650

seq1  AAGCAGACGCAGGAAGTTTGACTGTGGGCACCCTACTCCACCACAGTGCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGACGCAGGAAGTTTGACTGTGGGCACCCTACTCCACCACAGTGCG  700

seq1  GGCACTGGGCTGTAAGATGCCACAGGACCCCACTCTGGGGGTGGGCAGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTGGGCTGTAAGATGCCACAGGACCCCACTCTGGGGGTGGGCAGGT  750

seq1  ACAGTCCGAGGTCCCTGCGGACCTGCCGGTGTTGGCTCTAGGTCCCTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCGAGGTCCCTGCGGACCTGCCGGTGTTGGCTCTAGGTCCCTAGG  800

seq1  CCTTTAAGGAGGCTGGGTACTGCAGATGCCACTGGATGCAGTAGAAAAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAAGGAGGCTGGGTACTGCAGATGCCACTGGATGCAGTAGAAAAGC  850

seq1  TGAGAATGGAGTGTTGGCCCGCGATCATATTTACCTTATAGTCTTCCCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATGGAGTGTTGGCCCGCGATCATATTTACCTTATAGTCTTCCCAA  900

seq1  CTTGTAGATCCTCCCTACCTTCTTATCTTCCATTCCATGCTCACCCCCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGATCCTCCCTACCTTCTTATCTTCCATTCCATGCTCACCCCCTT  950

seq1  TACTTTTTAAATAAGCCACCAATTCCAATGTGTTCTGTCCATATACTTCG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTTTAAATAAGCCACCAATTCCAATGTGTTCTGTCCATATACTTCG  1000

seq1  GGGTG--TGGGACCATTCATTGGTGCATAACCGACCATACCCTTAAAAAA  1048
      |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGTGGGGACCATTCATTGGTGCATAACCGACCATACCCTTAAAAAA  1050

seq1  GCTCACA-CTCTATGGCAGTTCTAATCTAGGCAGCTACAATCACTGTTAG  1097
      ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  GCTCACACCTCTATGGCAG-TCTAATCTAGGCAGCTACATCCACTGTTAG  1099

seq1  CTCAGCCATTTG-TGGTCCTGCCAAGCTTA-TGCTACCTCTCCTC  1140
      |||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||   ||||||
seq2  CTCAGCCATTTGTTGGTCTTGCC-AGCTTATTGCTA--ACTCCTC  1141

seq1: chr14_17607799_17608894
seq2: B6Ng01-236N01.g_66_1164 (reverse)

seq1  GGGTAG--AATGGTTA-TCTGTG-TACTGATATGGACCATCGGGGATGGT  46
      ||||||  | |||||| |||||| ||||||||| ||||||  ||||||||
seq2  GGGTAGGAATTGGTTATTCTGTGTTACTGATATTGACCATTCGGGATGGT  50

seq1  GTCAGTG-TGAAAATGGTGAGCAGTTTATGGAGAATCTGTGTGTGTTGCC  95
      ||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGTTGAAAAT-GTGAGCAG-TTATGGAGAATCTGTGTGTGTTGCC  98

seq1  ACCGACTTGAAAAACTTGTATGGAATCCAACTCAGGCATTTCTGTAGATC  145
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAC-TGAAAAACTTGTATGGAATCCAACTCAGGCATTTCTGTAGATC  147

seq1  TTTCACATGTCTCAAGAAATTCACATAAGAGATAATAAAGAAATAGAAAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACATGTCTCAAGAAATTCACATAAGAGATAATAAAGAAATAGAAAT  197

seq1  ATGTTTCTTTCCTGAAATTGATAGAAATGTGTGAAAGCAACAAAACAAAA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCTTTCCTGAAATTGATAGAAATGTGTGAAAGCAACAAAACAAAA  247

seq1  CAAAACAAGACAAAACAGGGTAGCAAACATTATCTAGAACTAAACAAGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAGACAAAACAGGGTAGCAAACATTATCTAGAACTAAACAAGAG  297

seq1  AGCGATGAGTAATTCAAAGCATGGAATGAGGAAGATGGCTGGCTGAAGAC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATGAGTAATTCAAAGCATGGAATGAGGAAGATGGCTGGCTGAAGAC  347

seq1  TCTGGCATCCATTTATAGCAAGG-CCCTGAAGGCCGGAGAATCCTTTCAG  394
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCATCCATTTATAGCAAGGCCCCTGAAGGCCGGAGAATCCTTTCAG  397

seq1  ATTTCATGATACTGGACCAATCTTTAGGAAGACAATTTATCAGATCTTGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCATGATACTGGACCAATCTTTAGGAAGACAATTTATCAGATCTTGA  447

seq1  AAGACTTAGGCAATTGTCCATCCATAAGATAGTGAGGGTTTCTATAGGCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTTAGGCAATTGTCCATCCATAAGATAGTGAGGGTTTCTATAGGCA  497

seq1  GAAGAGAAGTAACAAAGGTACTTTCAGAGCTCTGGCTCCTGGTGACCTAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAAGTAACAAAGGTACTTTCAGAGCTCTGGCTCCTGGTGACCTAG  547

seq1  AGGTGACTTTGGATAGTGTTGATGGACAAAAAAGAAACTAAAGGGAAGAG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACTTTGGATAGTGTTGATGGACAAAAAAGAAACTAAAGGGAAGAG  597

seq1  AGGTGACAGACTCGCCAAACCATCTAGCAGATGACAAATCTATATATAGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACAGACTCGCCAAACCATCTAGCAGATGACAAATCTATATATAGC  647

seq1  ATACGGTTATGAAGATACCACATTTATTGAACTCAAAAGACCAACTTTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGGTTATGAAGATACCACATTTATTGAACTCAAAAGACCAACTTTCA  697

seq1  TTTATTTCTTTCCAATTTCTTTGAAGTTTTAATATGTCAGCAGACACAGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTTTCCAATTTCTTTGAAGTTTTAATATGTCAGCAGACACAGT  747

seq1  TGCCTCAACAGTACTCCATAAGCCCACCATATGGATGCCCAAACTCTGCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCAACAGTACTCCATAAGCCCACCATATGGATGCCCAAACTCTGCC  797

seq1  TGTGTTTCCATGTTGAGTGAGTCTTATAAATAATGTTTCTGTAGTGTCCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTCCATGTTGAGTGAGTCTTATAAATAATGTTTCTGTAGTGTCCA  847

seq1  ACTATATAGGTATGTAAGTCTACAACAACACTCTTCACAGTGAAGCATGC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATAGGTATGTAAGTCTACAACAACACTCTTCACAGTGAAGCATGC  897

seq1  CCACAGTCCTAGCACTTAGGTGACTGAGGCAGGCAGAGTACAAGTTCCAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTCCTAGCACTTAGGTGACTGAGGCAGGCAGAGTACAAGTTCCAG  947

seq1  GGTGGAGTGGATAAGACACAGTGCTCTAGCACCACCTCAACAAGTACAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGTGGATAAGACACAGTGCTCTAGCACCACCTCAACAAGTACAAA  997

seq1  GCAAAGAAAACAAACAAAAAAGCAAACTGATGTAGTGGTTCATGCCTTGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAAAACAAACAAAAAAGCAAACTGATGTAGTGGTTCATGCCTTGC  1047

seq1  AGATGAAGGCAGATTTCGAGTTCAAGTCCATCCCGGTCTGCATAGGGAAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAAGGCAGATTTCGAGTTCAAGTCCATCCCGGTCTGCATAGGGAAT  1097

seq1  TC  1096
      ||
seq2  TC  1099