BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-238M24
Chromosome14 (Build37)
Map Location 103,353,500 - 103,462,686
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKctd12, LOC668699, Irg1
Upstream geneLOC545567, LOC669278
Downstream geneCln5, Fbxl3, LOC100043441, Phr1, LOC100043797, Scel, LOC100043448, Slain1, Ednrb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-238M24.bB6Ng01-238M24.g
ACCGA049410GA049411
length1,078721
definitionB6Ng01-238M24.b B6Ng01-238M24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,353,500 - 103,354,592)(103,462,132 - 103,462,686)
sequence
gaattccatgtggtctcatttgcgtgtgggattaagaatagttggattca
caaatgttgagaagggaatcattggtctcagagacattgagggtaagaaa
gatgtcagtcaacgaatacaaaatgctattagattggaggacggggcaaa
catgatgttctatgtgtaaaagtactagccacatgagcctggtgtcatga
gttttggccctaggccccatggtgcaaggatagaacaggctcccacaagt
tatgctcttggccttcatgcatgctaagcctgtacactcacactcacaca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacactcacacacacaca
cacacacacacacacacactcacacacacaatgatgatgagaatgatgat
gatgatgaattaaaagttttaagatgaaagaataaactcaagctaaacta
tagctaatactaatacatttattatatacatcaaatcacttagaaagtat
attttaagtgttctcacccaaaataagtatctcagataacacgttcagta
atttggttgatacagccatcccaccacaggcatttcaaacatcatgttgt
atatgatacatataagtaatttgtactggtcagcttaagcaaaatctttg
ttatccaaaaactaattaaaattctaaaagtgtgaatgattttactaaat
cttactgataagagatttaaaataaaataaaacttgcttttataaattga
tacatcattcttggaagttatccacatttattaaattagacactatgctg
agagacatgaatgtgttggctagttttatgccaacttgacccaagctata
gtaatccaagaggaagcctcaatcgagaaatggtaacataaaaattgggt
tgtagacatgcctgtaggcattttctttatcagttgtaaatgctagaaga
ccttgtccactgtggtttttgcactctgagctgtgtctaggcactataga
aaacaggctatcagccatagagcagcagtcatagtagccctctgtgactt
tgcatcagctcttacctcatatactgcc

gaattctttgttcagctctgagccccattttttaatggggttatttgatt
ttctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctatccgatttgggataggtaaagatcctttcccaatctgttggtggcct
ttttgtcttattgacgatgtcttttgctttgcagaagctttgcaatttta
tgaggtcccatttattgattcttgatcttcagcacaagccattgctgttc
tattcaggaatttttcccctgtacccatatcttcaaggcttttccctact
ttctcctctataagtttcaggcgtctagcttctttctccaagactatgtc
ttcaaggcacacatttgtaaatttcattgtattaatgtttccacaaacaa
gtgtacaaacacgcagacacgtgtgaccctgttttttattgctctgtgta
catgcctaactcctaattctattgaaaacactcatcctcatatatgaggt
cctcatcagagaaacatctccttgcaacagatggcgatcattaaggaaaa
ccacaactgatcaaagtgactgtgtggagcccagtcccatctgacacatc
cacaatacaactactgcacctcagggatcaccatggaagacggggtggga
caattcctaggaatgacatggaaaccacaccctggatgtcttctttcttc
cttccttccttccttccttcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_103353500_103354592
seq2: B6Ng01-238M24.b_51_1128

seq1  GAATTCCATGTGGTCTCATTTGCGTGTGGGATTAAGAATAGTTGGATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGTGGTCTCATTTGCGTGTGGGATTAAGAATAGTTGGATTCA  50

seq1  CAAATGTTGAGAAGGGAATCATTGGTCTCAGAGACATTGAGGGTAAGAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTTGAGAAGGGAATCATTGGTCTCAGAGACATTGAGGGTAAGAAA  100

seq1  GATGTCAGTCAACGAATACAAAATGCTATTAGATTGGAGGACGGGGCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAGTCAACGAATACAAAATGCTATTAGATTGGAGGACGGGGCAAA  150

seq1  CATGATGTTCTATGTGTAAAAGTACTAGCCACATGAGCCTGGTGTCATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATGTTCTATGTGTAAAAGTACTAGCCACATGAGCCTGGTGTCATGA  200

seq1  GTTTTGGCCCTAGGCCCCATGGTGCAAGGATAGAACAGGCTCCCACAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGGCCCTAGGCCCCATGGTGCAAGGATAGAACAGGCTCCCACAAGT  250

seq1  TATGCTCTTGGCCTTCATGCATGCTAAGCCTGTACACTCACACTCACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCTTGGCCTTCATGCATGCTAAGCCTGTACACTCACACTCACACA  300

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACTCACACACACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACTCACACACACACA  350

seq1  CACACACACACACACACACTCACACACACAATGATGATGAGAATGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACTCACACACACAATGATGATGAGAATGATGAT  400

seq1  GATGATGAATTAAAAGTTTTAAGATGAAAGAATAAACTCAAGCTAAACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGATGAATTAAAAGTTTTAAGATGAAAGAATAAACTCAAGCTAAACTA  450

seq1  TAGCTAATACTAATACATTTATTATATACATCAAATCACTTAGAAAGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAATACTAATACATTTATTATATACATCAAATCACTTAGAAAGTAT  500

seq1  ATTTTAAGTGTTCTCACCCAAAATAAGTATCTCAGATAACACGTTCAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAGTGTTCTCACCCAAAATAAGTATCTCAGATAACACGTTCAGTA  550

seq1  ATTTGGTTGATACAGCCATCCCACCACAGGCATTTCAAACATCATGTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGTTGATACAGCCATCCCACCACAGGCATTTCAAACATCATGTTGT  600

seq1  ATATGATACATATAAGTAATTTGTACTGGTCAGCTTAAGCAAAATCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATACATATAAGTAATTTGTACTGGTCAGCTTAAGCAAAATCTTTG  650

seq1  TTATCCAAAAACTAATTAAAATTCTAAAAGTGTGAATGATTTTACTAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCAAAAACTAATTAAAATTCTAAAAGTGTGAATGATTTTACTAAAT  700

seq1  CTTACTGATAAGAGATTTAAAATAAAATAAAACTTGCTTTTATAAATTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGATAAGAGATTTAAAATAAAATAAAACTTGCTTTTATAAATTGA  750

seq1  TACATCATTCTTGGAAGTTATCCACATTTATTAAATTAGACACTATGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCATTCTTGGAAGTTATCCACATTTATTAAATTAGACACTATGCTG  800

seq1  AGAGACATGAATGTGTTGGCTAGTTTTATGCCAACTTGACCCAAGCTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACATGAATGTGTTGGCTAGTTTTATGCCAACTTGACCCAAGCTATA  850

seq1  GTAATCCAAGAGGAAGCCTCAATCGAGAAATGGTAACAT-AAAATTGGGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTAATCCAAGAGGAAGCCTCAATCGAGAAATGGTAACATAAAAATTGGGT  900

seq1  TGTAGACATGCCTGTAGGGCATTTTCTTTATCAGTGGTAAATGCTAGAAG  949
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTAGACATGCCTGTA-GGCATTTTCTTTATCAGTTGTAAATGCTAGAAG  949

seq1  ACCTGGTCCACTGTGGTTTTTGCCACTCTGAGCTGGTGGTTCTAGGCACT  999
      |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||
seq2  ACCTTGTCCACTGTGGTTTTTG-CACTCTGAGCT-GTG--TCTAGGCACT  995

seq1  ATAAGAAAACAGGCCTATCAAGCCATAAGAAGCAAGCCAGTCCATAGTAG  1049
      || |||||||||| ||||| |||||||   ||||   |||| ||||||||
seq2  AT-AGAAAACAGG-CTATC-AGCCATA--GAGCA--GCAGT-CATAGTAG  1037

seq1  CCCTCTGTGACTTTTGCATCAGCTCCTACCTCCATATTACTGCC  1093
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||
seq2  CCCTCTGTGAC-TTTGCATCAGCTCTTACCT-CATA-TACTGCC  1078


seq1: chr14_103462132_103462686
seq2: B6Ng01-238M24.g_232_786 (reverse)

seq1  GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAGAAGACATCCAGGGTGTGGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAAAGAAGACATCCAGGGTGTGGTTT  50

seq1  CCATGTCATTCCTAGGAATTGTCCCACCCCGTCTTCCATGGTGATCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCATTCCTAGGAATTGTCCCACCCCGTCTTCCATGGTGATCCCTG  100

seq1  AGGTGCAGTAGTTGTATTGTGGATGTGTCAGATGGGACTGGGCTCCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCAGTAGTTGTATTGTGGATGTGTCAGATGGGACTGGGCTCCACAC  150

seq1  AGTCACTTTGATCAGTTGTGGTTTTCCTTAATGATCGCCATCTGTTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTTTGATCAGTTGTGGTTTTCCTTAATGATCGCCATCTGTTGCAA  200

seq1  GGAGATGTTTCTCTGATGAGGACCTCATATATGAGGATGAGTGTTTTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGTTTCTCTGATGAGGACCTCATATATGAGGATGAGTGTTTTCAA  250

seq1  TAGAATTAGGAGTTAGGCATGTACACAGAGCAATAAAAAACAGGGTCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTAGGAGTTAGGCATGTACACAGAGCAATAAAAAACAGGGTCACA  300

seq1  CGTGTCTGCGTGTTTGTACACTTGTTTGTGGAAACATTAATACAATGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTCTGCGTGTTTGTACACTTGTTTGTGGAAACATTAATACAATGAAA  350

seq1  TTTACAAATGTGTGCCTTGAAGACATAGTCTTGGAGAAAGAAGCTAGACG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAAATGTGTGCCTTGAAGACATAGTCTTGGAGAAAGAAGCTAGACG  400

seq1  CCTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTAGGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAACTTATAGAGGAGAAAGTAGGGAAAAGCCTTGAAGATATGGGTA  450

seq1  CAGGGGAAAAATTCCTGAATAGAACAGCAATGGCTTGTGCTGAAGATCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGAAAAATTCCTGAATAGAACAGCAATGGCTTGTGCTGAAGATCAA  500

seq1  GAATCAATAAATGGGACCTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGCAAAGCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAATAAATGGGACCTCATAAAATTGCAAAGCTTCTGCAAAGCAAAA  550

seq1  GACAT  555
      |||||
seq2  GACAT  555


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |