BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239J20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 39,222,405 - 39,368,923
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNrg3
Upstream geneLOC382871, LOC382872, LOC100041521
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239J20.bB6Ng01-239J20.g
ACCGA049991GA049992
length1,1581,168
definitionB6Ng01-239J20.b B6Ng01-239J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(39,222,405 - 39,223,563)(39,367,745 - 39,368,923)
sequence
gaattcctcacactgacaaagatcagcttactggacacatacacatgtaa
tggaaaactatgtactatcatgaagacctgaaatctttgtccttaagaga
ccaataatgactgcttgcatcacttctactaggcactgaaacaaacatat
tctattaggggcaatggatgaaaatttaccttttcagacattgttgatat
ctgtgtaggaaagctattggaatttacaaaggaggtaggagagcttgtag
ctgaagttatgtttgtagtacacaaagtatgaaaaaaattgcattgctta
aatgtatccttaatagaatcaaatgagttgaatttgaaaggaagacatta
taacaacataaaaacatgatatttatacagataagtttgaaaaaatgcat
gcaggtcttgttgaaaagtttgaaggcagactgaaagtgttgaaaggaca
gaaacatagacatatatgttatgataagaagacacattcttagacaatgc
agctttccagggtggcagggtgcaatattacagaaacttcttggtttgga
aacacacttctgtattcctagcactcatgaggctgagaaaagaataactc
aattttgaagcctgactgggctacacaatgagatagtatctgaaaaaact
aaacaccttagagaaattttgctgttatcatagaaactaaaaagctgatt
ttaaatgtttgatggaaacatagaagataaagagtgcatacaacattatt
tctaaagtcaagaaaacagagattttatcataagaagagctaaagcagtc
aaaggaatgcctaattctagagaaaaacaatggaacatataagagagtct
agaaatatgtttctttttccccacatttttattagatattttcttcattt
acatttaaaactctatcccaaaagtcccctatgccttcccccagcccagc
tcccctacccacctactcccacttcttggtcttggtgttcccctgtactg
gggcataataaagtttgctagaccaagggcctctcttcccataatggcaa
ctaggcatccttctgctacatatgcagctagaagacacaaaggtcagaaa
gtagctattggacacaatttcacaattttaacataggaaataaactttta
tgatgcaa

gaattctgtgtgcgtgataacatcatggagtgtacaaatatacagagtga
tgagcagaggcagattaacacacagcacaaataatcttctgggtatgaat
tttaacaatcaagatgttatttataataacaaaatgataattaagagtaa
aaattccaataactcatacgatattttagcttcccatggatgttttctta
gcctatgtcaaaaatgcatatttttcatgatttggagacttactttttaa
gctgatgcttaacctcattttaagtccaaaagcatgagagtttcagacta
ctggggtccagagacctataattacaaatgaagggaaaccatagttgatg
gctaattgtaggcaatataataattgctacctagtaaatatttggcactc
acggtttgagagacacaagacaaaatgattggagaaacagtgttactgag
gactgtcatctaaattaggcagcagaacttggtaaaggtaaataaattga
ttaaacatttggctaaactgaggtcataaagagggtcctcattctttttt
ctcctttcttcttttcctagaaaagacaaagcaaaagcagagaaataagc
ataggaaatgaactgtgagaataggaactttttgcatgcctgctcctccc
ttgacatcagggcattggcccatccttcactactgcccctatgatcccaa
taatattccaattctttcagtctattattttacagtccctttttcatgtg
aacactatccaaacttgccagtcaatgcaaagggaaatgattgatgttgt
gccaagggtgttaatagcagtgcaaatgctaatgtgaggttagtgttaat
tgataaaaatcgcaggagcctcagcatgagaagctgtgaatgaaacactt
actgtggatgtgaggggatatgaagaacccttgagagcagcagagacttt
ctcagctcctgtgagcagtagtttaggagaaaggctcccagaatatgaag
ggctactaaattcacccagactagtggacttgaagaatatattttatgga
gcaagagacagtgagtttctaggcatgtattatgcatgtcaatgagaact
tagagatagaagcagcaagtcctgtacagcaaagcaattaggttgcaagc
ataggcgtgccaataaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_39222405_39223563
seq2: B6Ng01-239J20.b_43_1200

seq1  GAATTCCTCACACTGACAAAGATCAGCTTACTGGACACATACACATGTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCACACTGACAAAGATCAGCTTACTGGACACATACACATGTAA  50

seq1  TGGAAAACTATGTACTATCATGAAGACCTGAAATCTTTGTCCTTAAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAACTATGTACTATCATGAAGACCTGAAATCTTTGTCCTTAAGAGA  100

seq1  CCAATAATGACTGCTTGCATCACTTCTACTAGGCACTGAAACAAACATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAATGACTGCTTGCATCACTTCTACTAGGCACTGAAACAAACATAT  150

seq1  TCTATTAGGGGCAATGGATGAAAATTTACCTTTTCAGACATTGTTGATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTAGGGGCAATGGATGAAAATTTACCTTTTCAGACATTGTTGATAT  200

seq1  CTGTGTAGGAAAGCTATTGGAATTTACAAAGGAGGTAGGAGAGCTTGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAGGAAAGCTATTGGAATTTACAAAGGAGGTAGGAGAGCTTGTAG  250

seq1  CTGAAGTTATGTTTGTAGTACACAAAGTATGAAAAAAATTGCATTGCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGTTATGTTTGTAGTACACAAAGTATGAAAAAAATTGCATTGCTTA  300

seq1  AATGTATCCTTAATAGAATCAAATGAGTTGAATTTGAAAGGAAGACATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATCCTTAATAGAATCAAATGAGTTGAATTTGAAAGGAAGACATTA  350

seq1  TAACAACATAAAAACATGATATTTATACAGATAAGTTTGAAAAAATGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAACATAAAAACATGATATTTATACAGATAAGTTTGAAAAAATGCAT  400

seq1  GCAGGTCTTGTTGAAAAGTTTGAAGGCAGACTGAAAGTGTTGAAAGGACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTCTTGTTGAAAAGTTTGAAGGCAGACTGAAAGTGTTGAAAGGACA  450

seq1  GAAACATAGACATATATGTTATGATAAGAAGACACATTCTTAGACAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATAGACATATATGTTATGATAAGAAGACACATTCTTAGACAATGC  500

seq1  AGCTTTCCAGGGTGGCAGGGTGCAATATTACAGAAACTTCTTGGTTTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTCCAGGGTGGCAGGGTGCAATATTACAGAAACTTCTTGGTTTGGA  550

seq1  AACACACTTCTGTATTCCTAGCACTCATGAGGCTGAGAAAAGAATAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACTTCTGTATTCCTAGCACTCATGAGGCTGAGAAAAGAATAACTC  600

seq1  AATTTTGAAGCCTGACTGGGCTACACAATGAGATAGTATCTGAAAAAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGAAGCCTGACTGGGCTACACAATGAGATAGTATCTGAAAAAACT  650

seq1  AAACACCTTAGAGAAATTTTGCTGTTATCATAGAAACTAAAAAGCTGATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCTTAGAGAAATTTTGCTGTTATCATAGAAACTAAAAAGCTGATT  700

seq1  TTAAATGTTTGATGGAAACATAGAAGATAAAGAGTGCATACAACATTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTTTGATGGAAACATAGAAGATAAAGAGTGCATACAACATTATT  750

seq1  TCTAAAGTCAAGAAAACAGAGATTTTATCATAAGAAGAGCTAAAGCAGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGTCAAGAAAACAGAGATTTTATCATAAGAAGAGCTAAAGCAGTC  800

seq1  AAAGGAATGCCTAATTCTAGAGAAAAACAATGGAACATATAAGAGAGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAATGCCTAATTCTAGAGAAAAACAATGGAACATATAAGAGAGTCT  850

seq1  AGAAATATGTTTCTTTTTCCCCACATTTTTATTAGATATTTTCTTCATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATGTTTCTTTTTCCCCACATTTTTATTAGATATTTTCTTCATTT  900

seq1  ACATTTAAAACTCTATCCCAAAAGTCCCCTATGCCTTCCCCCAGCCCAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAAAACTCTATCCCAAAAGTCCCCTATGCCTTCCCCCAGCCCAGC  950

seq1  TCCCCTACCCACCTACTCCCACTTCTTGGTCTTGGTGTTCCCCTGTACTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTACCCACCTACTCCCACTTCTTGGTCTTGGTGTTCCCCTGTACTG  1000

seq1  GGGCAT-ATAAAGTTTGCTAGACCAAGGGGCCTCTCTTCCCAATAATGGC  1049
      |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| 
seq2  GGGCATAATAAAGTTTGCTAGACCAA-GGGCCTCTCTTCCC-ATAATGG-  1047

seq1  CAACTAGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAG-AGACACAAAGTTCCA  1098
      |||||||||   |||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||
seq2  CAACTAGGCATCCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAAGACACAAAGGT-CA  1096

seq1  GAAATTAGCTATTGACCACAATTTCACA--TTTTACATA-GAAATAAACT  1145
      |||| |||||||||  ||||||||||||  ||| ||||| ||||||||||
seq2  GAAAGTAGCTATTGGACACAATTTCACAATTTTAACATAGGAAATAAACT  1146

seq1  TTTAAATGATGCAA  1159
      |||  |||||||||
seq2  TTT--ATGATGCAA  1158


seq1: chr14_39367745_39368923
seq2: B6Ng01-239J20.g_68_1235 (reverse)

seq1  TGTTAATGGCA-GCCTATCCTTGCAACCTATATGCTTTTGCTGTACAGGA  49
      ||||| ||||| |||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||| 
seq2  TGTTATTGGCACGCCTATGCTTGCAACCTAATTGC-TTTGCTGTACAGG-  48

seq1  ACTTTGCCTGCCTTCTATCTCTTAAGTTCTCATTTGGACATGCAATAAAT  99
      ||||   ||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||   |||
seq2  ACTT--GCTG-CTTCTATCTC-TAAGTTCTCATT--GACATGCA--TAAT  90

seq1  ACATGCCTAGAAACTCACTGTCCTCTTTGCT-CATAAAATATATTCTTCA  148
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCTAGAAACTCACTGT-CTC-TTGCTCCATAAAATATATTCTTCA  138

seq1  AGTCCACTAGTCTGGGTGAATTTAGTAGCCCTTCATATTCTGGGAGCCTT  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTCCACTAGTCTGGGTGAATTTAGTAGCCCTTCATATTCTGGGAGCC-T  187

seq1  TTCTCCTAAACTACTGCTCACAGGAGCTGAGAAAGTCTCTGCTGCTCTCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAAACTACTGCTCACAGGAGCTGAGAAAGTCTCTGCTGCTCTCA  237

seq1  AGGGTTCTTCATATCCCCTCACATCCACAGTAAGTGTTTCATTCACAGCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTCTTCATATCCCCTCACATCCACAGTAAGTGTTTCATTCACAGCT  287

seq1  TCTCATGCTGAGGCTCCTGCGATTTTTATCAATTAACACTAACCTCACAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGCTGAGGCTCCTGCGATTTTTATCAATTAACACTAACCTCACAT  337

seq1  TAGCATTTGCACTGCTATTAACACCCTTGGCACAACATCAATCATTTCCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATTTGCACTGCTATTAACACCCTTGGCACAACATCAATCATTTCCC  387

seq1  TTTGCATTGACTGGCAAGTTTGGATAGTGTTCACATGAAAAAGGGACTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTGACTGGCAAGTTTGGATAGTGTTCACATGAAAAAGGGACTGT  437

seq1  AAAATAATAGACTGAAAGAATTGGAATATTATTGGGATCATAGGGGCAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAGACTGAAAGAATTGGAATATTATTGGGATCATAGGGGCAGT  487

seq1  AGTGAAGGATGGGCCAATGCCCTGATGTCAAGGGAGGAGCAGGCATGCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGGATGGGCCAATGCCCTGATGTCAAGGGAGGAGCAGGCATGCAA  537

seq1  AAAGTTCCTATTCTCACAGTTCATTTCCTATGCTTATTTCTCTGCTTTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTCCTATTCTCACAGTTCATTTCCTATGCTTATTTCTCTGCTTTTG  587

seq1  CTTTGTCTTTTCTAGGAAAAGAAGAAAGGAGAAAAAAGAATGAGGACCCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTTTTCTAGGAAAAGAAGAAAGGAGAAAAAAGAATGAGGACCCT  637

seq1  CTTTATGACCTCAGTTTAGCCAAATGTTTAATCAATTTATTTACCTTTAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGACCTCAGTTTAGCCAAATGTTTAATCAATTTATTTACCTTTAC  687

seq1  CAAGTTCTGCTGCCTAATTTAGATGACAGTCCTCAGTAACACTGTTTCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCTGCTGCCTAATTTAGATGACAGTCCTCAGTAACACTGTTTCTC  737

seq1  CAATCATTTTGTCTTGTGTCTCTCAAACCGTGAGTGCCAAATATTTACTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATTTTGTCTTGTGTCTCTCAAACCGTGAGTGCCAAATATTTACTA  787

seq1  GGTAGCAATTATTATATTGCCTACAATTAGCCATCAACTATGGTTTCCCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCAATTATTATATTGCCTACAATTAGCCATCAACTATGGTTTCCCT  837

seq1  TCATTTGTAATTATAGGTCTCTGGACCCCAGTAGTCTGAAACTCTCATGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTAATTATAGGTCTCTGGACCCCAGTAGTCTGAAACTCTCATGC  887

seq1  TTTTGGACTTAAAATGAGGTTAAGCATCAGCTTAAAAAGTAAGTCTCCAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGACTTAAAATGAGGTTAAGCATCAGCTTAAAAAGTAAGTCTCCAA  937

seq1  ATCATGAAAAATATGCATTTTTGACATAGGCTAAGAAAACATCCATGGGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGAAAAATATGCATTTTTGACATAGGCTAAGAAAACATCCATGGGA  987

seq1  AGCTAAAATATCGTATGAGTTATTGGAATTTTTACTCTTAATTATCATTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAATATCGTATGAGTTATTGGAATTTTTACTCTTAATTATCATTT  1037

seq1  TGTTATTATAAATAACATCTTGATTGTTAAAATTCATACCCAGAAGATTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTATAAATAACATCTTGATTGTTAAAATTCATACCCAGAAGATTA  1087

seq1  TTTGTGCTGTGTGTTAATCTGCCTCTGCTCATCACTCTGTATATTTGTAC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTGTGTGTTAATCTGCCTCTGCTCATCACTCTGTATATTTGTAC  1137

seq1  ACTCCATGATGTTATCACGCACACAGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATGATGTTATCACGCACACAGAATTC  1168


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |