BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243C21
Chromosome14 (Build37)14 (Build37)
Map Location 5,457,468 - 5,458,6236,004,494 - 6,005,552
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneLOC100041158
Upstream gene2610042L04Rik, LOC100041139, LOC100041151, LOC100041177, LOC100041162, LOC100040889, LOC100040900, LOC100040917, LOC100040928, EG666560, LOC666555, EG666549, LOC100041262, LOC665981, LOC100041283, LOC100040996, LOC673676, LOC100041007, LOC100041317, LOC100041306, LOC100041024, LOC100041336, EG666815, LOC666808, EG666800, LOC100041374, 4930555G01Rik, EG666772, LOC666765, LOC100041401, LOC100041105, EG666750, LOC666743, LOC100041447, LOC673138, LOC666740, LOC641258, LOC673685
Downstream geneLOC100041501, LOC100041515, LOC100041184, EG666706, LOC100041195, LOC100041545, LOC100041565, LOC100041215, LOC100041226, ENSMUSG00000057445, LOC100041598, LOC100041243, EG666684, LOC100041268, LOC100041279, LOC100041651, LOC100041287, LOC100041299, LOC666637, EG622640, LOC100041333, LOC100041678, LOC100041702, LOC100041363, LOC100041721, LOC100041784, LOC100041735
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243C21.bB6Ng01-243C21.g
ACCGA052636GA052637
length1,1541,051
definitionB6Ng01-243C21.b B6Ng01-243C21.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,457,468 - 5,458,623)(6,004,494 - 6,005,552)
sequence
gaattccttgatccacttagatttgaccttagtacaaggagataggaatg
gatcaattcccattcttctacatgttaaccgccagtagtgccagcaccat
ggttgatttgcacttccttggtgcacttccttggtgcttagggataacaa
acccttatcatagaaattaacatttagagtcctacttgctatcatgtgcc
accatacatcctaatagatttattagttggtatgttaaatgacttttttt
taattggaatttctttcttagagctgctattgtggcaatatcataaccaa
agtaacttgggaaggaaagtttatttgacttatacttccacaatacagct
catcatggaaggaatctggacaggaactcaaacagtatagaaatctggag
acaggagctgatgcagaggccactgagaaatgctgcttactggcttgctc
cttatggcttgctcaacctaatttcttatagaacctaggaccaccaggca
agtgacggccccacccacaatgggctgggcccacatccatcaatctaatt
aagaaaatgtcctataggtgtaccaacagcatgattttgtgttggaattt
tctccattgaggttccctcctctcagataacttcagctggtgccaagttg
acattaagttagccagcagagaattgttatggccaaaagttccttttcca
atgaaagcagtgattcagtgagctcatgtccctggagttccctgacatca
gcaagttgccatcatcagaacccccttagcaaatgctctcaacagaacat
tctttgaatcagtggccaaagtggtgttcccctaacagccagaagaccag
gaccaccaatctgatctgcttgtagaagtcactctctaactcacttgcaa
acatctgcagcttcatagcaatccatgcagcaacctttcctttgaaacct
taaaaaccactacagaacaaacctgagagctgagattgacctgaattaat
cttgtggtgaaaaaaataaacagagagtagtacttctccatctctggtcc
atgaagagatcagccagcgcttaaaaggtgaacataaatgcaaaatcaaa
ctcaagaaggaaatcagattgaaacaacttgtctttagttcaggaactct
ttct
gaattcactatgacctccttatgctggttcattctcccagaaatgtagat
tatttagcttggccaaattcataggactaggccaaggatcaagagtccct
gttttgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggagaaatgtcctca
tagtttctggtatacccacacccgtgcaataaactactgagagtttagag
acctagtctgtccctccaggcctatgcgggagctcaaagaaccagaactc
taaccacctcgatacccagcctctggagacatatggacaaaagagcaaga
ttaacaagcttagatgatccaggtacataggaggtagaaggtaacatact
gtgagcttggatagttcagaatccatcctggattcaggtgacccttgaag
cctgtgttcttggggctctttgctcttggggccatgcccaaccacagatc
aaatctttactatgaaaaattgaaagtggagactaagcaggtaatgttgg
acctgcagagcttacagaatgtgtacactgagcctcagagacatttgaag
gcctagcaaagagaaaggctgctataggtaactgtctgtcttgcttggga
gcacatgagctgtagaattgccatctctgcatttgatcctgcacaggaga
ctctgcagctctggttctagctttccgccacttcacacaggagcctttag
atttgctgttgtaaacctgtgggttgaaacacttggtggggtgagtgtca
aaggaccctttcacagaggttgtgtatcagacaatcctttatctcagaca
cttctattatggcttataacagtacaaaaattatagtaacccaagtagca
atgaaataatcttatgtttgggaggtcactgcattaaatcttccacagca
tttggtagattgagaaactctgctgtagacagaactatttgtatcatgtg
aggtcttcttgacctccggggctgagtcaggatctgtagagagctagtta
cagcagaccattaatagcagtgttccccttgttcttttttcatcatagtg
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_5457468_5458623
seq2: B6Ng01-243C21.b_47_1200

seq1  GAATTCCTTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGGAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATCCACTTAGATTTGACCTTAGTACAAGGAGATAGGAATG  50

seq1  GATCAATTCCCATTCTTCTACATGTTAACCGCCAGTAGTGCCAGCACCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAATTCCCATTCTTCTACATGTTAACCGCCAGTAGTGCCAGCACCAT  100

seq1  GGTTGATTTGCACTTCCTTGGTGCACTTCCTTGGTGCTTAGGGATAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGATTTGCACTTCCTTGGTGCACTTCCTTGGTGCTTAGGGATAACAA  150

seq1  ACCCTTATCATAGAAATTAACATTTAGAGTCCTACTTGCTATCATGTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTATCATAGAAATTAACATTTAGAGTCCTACTTGCTATCATGTGCC  200

seq1  ACCATACATCCTAATAGATTTATTAGTTGGTATGTTAAATGACTTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACATCCTAATAGATTTATTAGTTGGTATGTTAAATGACTTTTTTT  250

seq1  TAATTGGAATTTCTTTCTTAGAGCTGCTATTGTGGCAATATCATAACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGAATTTCTTTCTTAGAGCTGCTATTGTGGCAATATCATAACCAA  300

seq1  AGTAACTTGGGAAGGAAAGTTTATTTGACTTATACTTCCACAATACAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTTGGGAAGGAAAGTTTATTTGACTTATACTTCCACAATACAGCT  350

seq1  CATCATGGAAGGAATCTGGACAGGAACTCAAACAGTATAGAAATCTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGGAAGGAATCTGGACAGGAACTCAAACAGTATAGAAATCTGGAG  400

seq1  ACAGGAGCTGATGCAGAGGCCACTGAGAAATGCTGCTTACTGGCTTGCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGCTGATGCAGAGGCCACTGAGAAATGCTGCTTACTGGCTTGCTC  450

seq1  CTTATGGCTTGCTCAACCTAATTTCTTATAGAACCTAGGACCACCAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGCTTGCTCAACCTAATTTCTTATAGAACCTAGGACCACCAGGCA  500

seq1  AGTGACGGCCCCACCCACAATGGGCTGGGCCCACATCCATCAATCTAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACGGCCCCACCCACAATGGGCTGGGCCCACATCCATCAATCTAATT  550

seq1  AAGAAAATGTCCTATAGGTGTACCAACAGCATGATTTTGTGTTGGAATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGTCCTATAGGTGTACCAACAGCATGATTTTGTGTTGGAATTT  600

seq1  TCTCCATTGAGGTTCCCTCCTCTCAGATAACTTCAGCTGGTGCCAAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTGAGGTTCCCTCCTCTCAGATAACTTCAGCTGGTGCCAAGTTG  650

seq1  ACATTAAGTTAGCCAGCAGAGAATTGTTATGGCCAAAAGTTCCTTTTCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAGTTAGCCAGCAGAGAATTGTTATGGCCAAAAGTTCCTTTTCCA  700

seq1  ATGAAAGCAGTGATTCAGTGAGCTCATGTCCCTGGAGTTCCCTGACATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGCAGTGATTCAGTGAGCTCATGTCCCTGGAGTTCCCTGACATCA  750

seq1  GCAAGTTGCCATCATCAGAACCCCCTTAGCAAATGCTCTCAACAGAACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTGCCATCATCAGAACCCCCTTAGCAAATGCTCTCAACAGAACAT  800

seq1  TCTTTGAATCAGTGGCCAAAGTGGTGTTCCCCTAACAGCCAGAAGACCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAATCAGTGGCCAAAGTGGTGTTCCCCTAACAGCCAGAAGACCAG  850

seq1  GACCACCAATCTGATCTGCTTGTAGAAGTCACTCTCTAACTCACTTGCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACCAATCTGATCTGCTTGTAGAAGTCACTCTCTAACTCACTTGCAA  900

seq1  ACATCTGCAGCTTCATAGCAATCCATGCAGCAACCTTTCCTTTGAAACCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGCAGCTTCATAGCAATCCATGCAGCAACCTTTCCTTTGAAACCT  950

seq1  TAAAAACCACTACAAGAACAAACCTGAGAGCTGAGATTGACCTGAATTAA  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACCACTAC-AGAACAAACCTGAGAGCTGAGATTGACCTGAATTAA  999

seq1  TCTTGTGGTG-AAAAAATAAACAGAGAGTAGTACTTCCTCCATCTCTGGT  1049
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTTGTGGTGAAAAAAATAAACAGAGAGTAGTACTT-CTCCATCTCTGGT  1048

seq1  CCATGAAGAGATCAGCAAGCCGCTTTAAAAGTGAACATACAATGCAAAAT  1099
      |||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||| ||||||||||
seq2  CCATGAAGAGATCAGCCAG-CGCTTAAAAGGTGAACATA-AATGCAAAAT  1096

seq1  CAAACCTCAGGAAAGAAATCAG-TTGAAACAATTTGTCCTTAG-TCAGGA  1147
      |||| |||| ||| |||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||
seq2  CAAA-CTCAAGAAGGAAATCAGATTGAAACAACTTGTCTTTAGTTCAGGA  1145

seq1  ACTCTTTCT  1156
      |||||||||
seq2  ACTCTTTCT  1154

seq1: chr14_6004494_6005552
seq2: B6Ng01-243C21.g_69_1119 (reverse)

seq1  GCACTATGAATTGGAAAAAAAGAAACAAGGGGAACACTTGCTATATATGG  50
      |||||||||  ||  ||||||| |||||||||||||| |||||| ||  |
seq2  GCACTATGA--TG--AAAAAAG-AACAAGGGGAACAC-TGCTAT-TAATG  43

seq1  GTCTGCTGGTAACTAGCTCTCTACAGATCCTGACTCAGCCCCGGGGGTCA  100
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTCTGCT-GTAACTAGCTCTCTACAGATCCTGACTCAGCCCCGGAGGTCA  92

seq1  AGAAGACCTCACATGATACAAATAGTTCTGTCTACAGCAGAGTTTCTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACCTCACATGATACAAATAGTTCTGTCTACAGCAGAGTTTCTCAA  142

seq1  TCTACCAAATGCTGTGGAAGATTTAATGCAGTGACCTCCCAAACATAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCAAATGCTGTGGAAGATTTAATGCAGTGACCTCCCAAACATAAGA  192

seq1  TTATTTTCATTGCTACTT-GGTTACTATAATTTTTGTACTGTTATAAGCC  249
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-TTTCATTGCTACTTGGGTTACTATAATTTTTGTACTGTTATAAGCC  241

seq1  ATAATAGAAGTGTCTGAGATAAAGGATTGTCTGATACACAACCTCTGTGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGAAGTGTCTGAGATAAAGGATTGTCTGATACACAACCTCTGTGA  291

seq1  AAGGGTCCTTTGACACTCACCCCACCAAGTGTTTCAACCCACAGGTTTAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCCTTTGACACTCACCCCACCAAGTGTTTCAACCCACAGGTTTAC  341

seq1  AACAGCAAATCTAAAGGCTCCTGTGTGAAGTGGCGGAAAGCTAGAACCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAAATCTAAAGGCTCCTGTGTGAAGTGGCGGAAAGCTAGAACCAG  391

seq1  AGCTGCAGAGTCTCCTGTGCAGGATCAAATGCAGAGATGGCAATTCTACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGAGTCTCCTGTGCAGGATCAAATGCAGAGATGGCAATTCTACA  441

seq1  GCTCATGTGCTCCCAAGCAAGACAGACAGTTACCTATAGCAGCCTTTCTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATGTGCTCCCAAGCAAGACAGACAGTTACCTATAGCAGCCTTTCTC  491

seq1  TTTGCTAGGCCTTCAAATGTCTCTGAGGCTCAGTGTACACATTCTGTAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTAGGCCTTCAAATGTCTCTGAGGCTCAGTGTACACATTCTGTAAG  541

seq1  CTCTGCAGGTCCAACATTACCTGCTTAGTCTCCACTTTCAATTTTTCATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAGGTCCAACATTACCTGCTTAGTCTCCACTTTCAATTTTTCATA  591

seq1  GTAAAGATTTGATCTGTGGTTGGGCATGGCCCCAAGAGCAAAGAGCCCCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATTTGATCTGTGGTTGGGCATGGCCCCAAGAGCAAAGAGCCCCA  641

seq1  AGAACACAGGCTTCAAGGGTCACCTGAATCCAGGATGGATTCTGAACTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACAGGCTTCAAGGGTCACCTGAATCCAGGATGGATTCTGAACTAT  691

seq1  CCAAGCTCACAGTATGTTACCTTCTACCTCCTATGTACCTGGATCATCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCTCACAGTATGTTACCTTCTACCTCCTATGTACCTGGATCATCTA  741

seq1  AGCTTGTTAATCTTGCTCTTTTGTCCATATGTCTCCAGAGGCTGGGTATC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTTAATCTTGCTCTTTTGTCCATATGTCTCCAGAGGCTGGGTATC  791

seq1  GAGGTGGTTAGAGTTCTGGTTCTTTGAGCTCCCGCATAGGCCTGGAGGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGTTAGAGTTCTGGTTCTTTGAGCTCCCGCATAGGCCTGGAGGGA  841

seq1  CAGACTAGGTCTCTAAACTCTCAGTAGTTTATTGCACGGGTGTGGGTATA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTAGGTCTCTAAACTCTCAGTAGTTTATTGCACGGGTGTGGGTATA  891

seq1  CCAGAAACTATGAGGACATTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACTATGAGGACATTTCTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT  941

seq1  TTTTCAAAACAGGGACTCTTGATCCTTGGCCTAGTCCTATGAATTTGGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAACAGGGACTCTTGATCCTTGGCCTAGTCCTATGAATTTGGCC  991

seq1  AAGCTAAATAATCTACATTTCTGGGAGAATGAACCAGCATAAGGAGGTCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAATAATCTACATTTCTGGGAGAATGAACCAGCATAAGGAGGTCA  1041

seq1  TAGTGAATTC  1059
      ||||||||||
seq2  TAGTGAATTC  1051