BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249L19
Chromosome14 (Build37)
Map Location 66,220,287 - 66,355,950
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm600, Scara5
Upstream geneKif13b, Hmbox1, LOC100043657, D14Ertd231e, Extl3, Fzd3, LOC668286, Fbxo16, Zfp395, Pnoc, Elp3
Downstream genePbk, Esco2, Ccdc25, Scara3, Clu, Gulo, Adam2, LOC100043675, Ephx2, Chrna2, Ptk2b, LOC100043676, Trim35, Stmn4, Adra1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249L19.bB6Ng01-249L19.g
ACCGA057477GA057478
length1,1041,091
definitionB6Ng01-249L19.b B6Ng01-249L19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,354,841 - 66,355,950)(66,220,287 - 66,221,381)
sequence
gaattcagtctccactatacctatgccatacgttcaagttactcgtctga
ggccacacaggcagacacagtgatctcggtccagatccatctggcactta
tcctttctgccacacccacgaggccagacgtctcacccttaccaccttcc
tgccactctttcagtcacccaggaggcctccctgtcaactgcccatgact
aggatctgaggatgctccttgttgtttctgctgctgctctttcttggtcc
catggttcctgttggcacgggtgcaacccagacaagcagatctggtttgc
tttgatgtatcctgtctacctgaccctgctgtgggaatccaggctgcaag
cactcaccttcagctgtactagatgaatagttcaactcatctgtccccag
aacatcctcaccttccttaggacattgggtttctgcagatgctgttagtt
aagggcatacgggagagggacggaccctaatcatgtgaccagacagagac
acaggctgacagaagcagagaggggagggaggcatctataggccataatt
gccccagccactagaagttcagaagacaccgggataactctctctcagag
tttcagaggtgtgtaaccctatggatgccttggttgaaggctggcaatct
ctcgacaagaaactgttatttttagccccagtgtgtgatgctttctttcc
ctggaaccccaaacacgcaggctcttagcagagcagtgtcttgcacaatc
aatgcttgacaaatgaatgaggatatgagaccagagggtgttaatacaca
caaaacaacctggctgccaagatcaagatgtactgatacattccaaaagt
tggcactgtcctcagaccctaaccgaagctgacagctatttaacaaattc
aatggttcgagagcaaagggaaaagtagttaactttttttttttttaaat
tcacaagtatgtaaagcatttaaaggaagctgggagtttttaggtatcac
catatttttaatcccaactctcggatacaggtcaggatgtgaaacctgtt
tgccaagagttatacaggcaatgcagacggagctagatgcatgagctcca
tcac
gaattcctataactccaaggaattcccatttatttccatgtgtcagtcag
cggtcacaagttccttgtgtactggaactgtgatggtttttggtgagagg
ctcatgatttggtgtctgcttttgatgcagctaaactcagtctaaccctg
cacagatctgtgccaacagaccattctggacatcatgtactgttgttgta
gtaaatgaagtcagttgaacttacccctgaccctgaatgaagcccaaacc
actgcttgtgttccagactccagtgagcatgcttgcgtcttccctaaact
gtgtgtactttttaaaatgtgctttaatctacatcgctctgaagccaaag
agccttagccccaagacgactctcagagcatcttcaaatccaagagtctg
agaagtgtttgtgtagcccaacgtcagtaaggcaatagtgcttttgctca
ctggtcaattgttctttgggttttgtttggactcattattccttctgccc
ctggaatttgaattctagaatacagattggtcctggcaaactacagattt
ttgtccaacagtgggaccatacattttctttggtctccagtgtccatagt
ggggacatgatggctaatgttctctgtgatgatggctcaccaagtcacta
ttctatagaaaatagcaaagttctctgtgacttcctcattttatggctga
agtcactgacaggctttacttagagtggccatatgtggtttagtttttgt
aatggtgattttttaaattatttatttatttattatatgtaagtacactg
tagtgtgtcttcagacactccagaagatagcatcagatttcgttatggat
ggttgtgagccaccatgtggctgctgggatttgaagtcaggaccttcgga
agaacagtcggcgctcttaaccactgagcagctcaccagccccagtaatg
gtgattttaaattatttatttattgtactagctgattttgtgtgtcaacc
tgacatagctggagttatccactgagaaagagcttcagcttgcgcatgca
tcaatgagatccagctgtggagcattttctcatttgtgatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_66354841_66355950
seq2: B6Ng01-249L19.b_44_1147 (reverse)

seq1  GTGATGGAGCTCATTTGCATCTTAGCTCCGTCTTGCATTGCCTGTATAAC  50
      |||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTGATGGAGCTCA--TGCATC-TAGCTCCGTC-TGCATTGCCTGTATAAC  46

seq1  TCTTGGCAAAACAGGTTTCACATCTTGACCCTGTTATCCGAGAGTTGGGA  100
      ||||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||
seq2  TCTTGGC-AAACAGGTTTCACATCCTGA-CCTG-TATCCGAGAGTTGGGA  93

seq1  TAAAAAATATGGTGATACCTAAAAACT-CCAGCTTTCCTTAAATGCTTTA  149
      | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||
seq2  TTAAAAATATGGTGATACCTAAAAACTCCCAGCTTCCTTTAAATGCTTTA  143

seq1  CATAACTTGTGAATTT-AAAAAAAAAAAAGTTAACTACTTTTCCCTTTGC  198
      ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAT-ACTTGTGAATTTAAAAAAAAAAAAAGTTAACTACTTTTCCCTTTGC  192

seq1  TCTCGAACCATTGAATTTGTTAAATAGCTGTCAGCTTCGGTTAGGGTCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGAACCATTGAATTTGTTAAATAGCTGTCAGCTTCGGTTAGGGTCTG  242

seq1  AGGACAGTGCCAACTTTTGGAATGTATCAGTACATCTTGATCTTGGCAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGTGCCAACTTTTGGAATGTATCAGTACATCTTGATCTTGGCAGC  292

seq1  CAGGTTGTTTTGTGTGTATTAACACCCTCTGGTCTCATATCCTCATTCAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGTTTTGTGTGTATTAACACCCTCTGGTCTCATATCCTCATTCAT  342

seq1  TTGTCAAGCATTGATTGTGCAAGACACTGCTCTGCTAAGAGCCTGCGTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAAGCATTGATTGTGCAAGACACTGCTCTGCTAAGAGCCTGCGTGT  392

seq1  TTGGGGTTCCAGGGAAAGAAAGCATCACACACTGGGGCTAAAAATAACAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTTCCAGGGAAAGAAAGCATCACACACTGGGGCTAAAAATAACAG  442

seq1  TTTCTTGTCGAGAGATTGCCAGCCTTCAACCAAGGCATCCATAGGGTTAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGTCGAGAGATTGCCAGCCTTCAACCAAGGCATCCATAGGGTTAC  492

seq1  ACACCTCTGAAACTCTGAGAGAGAGTTATCCCGGTGTCTTCTGAACTTCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCTGAAACTCTGAGAGAGAGTTATCCCGGTGTCTTCTGAACTTCT  542

seq1  AGTGGCTGGGGCAATTATGGCCTATAGATGCCTCCCTCCCCTCTCTGCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCTGGGGCAATTATGGCCTATAGATGCCTCCCTCCCCTCTCTGCTT  592

seq1  CTGTCAGCCTGTGTCTCTGTCTGGTCACATGATTAGGGTCCGTCCCTCTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAGCCTGTGTCTCTGTCTGGTCACATGATTAGGGTCCGTCCCTCTC  642

seq1  CCGTATGCCCTTAACTAACAGCATCTGCAGAAACCCAATGTCCTAAGGAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATGCCCTTAACTAACAGCATCTGCAGAAACCCAATGTCCTAAGGAA  692

seq1  GGTGAGGATGTTCTGGGGACAGATGAGTTGAACTATTCATCTAGTACAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGATGTTCTGGGGACAGATGAGTTGAACTATTCATCTAGTACAGC  742

seq1  TGAAGGTGAGTGCTTGCAGCCTGGATTCCCACAGCAGGGTCAGGTAGACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGTGAGTGCTTGCAGCCTGGATTCCCACAGCAGGGTCAGGTAGACA  792

seq1  GGATACATCAAAGCAAACCAGATCTGCTTGTCTGGGTTGCACCCGTGCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACATCAAAGCAAACCAGATCTGCTTGTCTGGGTTGCACCCGTGCCA  842

seq1  ACAGGAACCATGGGACCAAGAAAGAGCAGCAGCAGAAACAACAAGGAGCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAACCATGGGACCAAGAAAGAGCAGCAGCAGAAACAACAAGGAGCA  892

seq1  TCCTCAGATCCTAGTCATGGGCAGTTGACAGGGAGGCCTCCTGGGTGACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGATCCTAGTCATGGGCAGTTGACAGGGAGGCCTCCTGGGTGACT  942

seq1  GAAAGAGTGGCAGGAAGGTGGTAAGGGTGAGACGTCTGGCCTCGTGGGTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGTGGCAGGAAGGTGGTAAGGGTGAGACGTCTGGCCTCGTGGGTG  992

seq1  TGGCAGAAAGGATAAGTGCCAGATGGATCTGGACCGAGATCACTGTGTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGAAAGGATAAGTGCCAGATGGATCTGGACCGAGATCACTGTGTCT  1042

seq1  GCCTGTGTGGCCTCAGACGAGTAACTTGAACGTATGGCATAGGTATAGTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTGGCCTCAGACGAGTAACTTGAACGTATGGCATAGGTATAGTG  1092

seq1  GAGACTGAATTC  1110
      ||||||||||||
seq2  GAGACTGAATTC  1104

seq1: chr14_66220287_66221381
seq2: B6Ng01-249L19.g_66_1156

seq1  GAATTCCTATAACTCCAAGGAATTCCCATTTATTTCCATGTGTCAGTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATAACTCCAAGGAATTCCCATTTATTTCCATGTGTCAGTCAG  50

seq1  CGGTCACAAGTTCCTTGTGTACTGGAACTGTGATGGTTTTTGGTGAGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCACAAGTTCCTTGTGTACTGGAACTGTGATGGTTTTTGGTGAGAGG  100

seq1  CTCATGATTTGGTGTCTGCTTTTGATGCAGCTAAACTCAGTCTAACCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGATTTGGTGTCTGCTTTTGATGCAGCTAAACTCAGTCTAACCCTG  150

seq1  CACAGATCTGTGCCAACAGACCATTCTGGACATCATGTACTGTTGTTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATCTGTGCCAACAGACCATTCTGGACATCATGTACTGTTGTTGTA  200

seq1  GTAAATGAAGTCAGTTGAACTTACCCCTGACCCTGAATGAAGCCCAAACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGAAGTCAGTTGAACTTACCCCTGACCCTGAATGAAGCCCAAACC  250

seq1  ACTGCTTGTGTTCCAGACTCCAGTGAGCATGCTTGCGTCTTCCCTAAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTGTGTTCCAGACTCCAGTGAGCATGCTTGCGTCTTCCCTAAACT  300

seq1  GTGTGTACTTTTTAAAATGTGCTTTAATCTACATCGCTCTGAAGCCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTACTTTTTAAAATGTGCTTTAATCTACATCGCTCTGAAGCCAAAG  350

seq1  AGCCTTAGCCCCAAGACGACTCTCAGAGCATCTTCAAATCCAAGAGTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTAGCCCCAAGACGACTCTCAGAGCATCTTCAAATCCAAGAGTCTG  400

seq1  AGAAGTGTTTGTGTAGCCCAACGTCAGTAAGGCAATAGTGCTTTTGCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGTTTGTGTAGCCCAACGTCAGTAAGGCAATAGTGCTTTTGCTCA  450

seq1  CTGGTCAATTGTTCTTTGGGTTTTGTTTGGACTCATTATTCCTTCTGCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCAATTGTTCTTTGGGTTTTGTTTGGACTCATTATTCCTTCTGCCC  500

seq1  CTGGAATTTGAATTCTAGAATACAGATTGGTCCTGGCAAACTACAGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATTTGAATTCTAGAATACAGATTGGTCCTGGCAAACTACAGATTT  550

seq1  TTGTCCAACAGTGGGACCATACATTTTCTTTGGTCTCCAGTGTCCATAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCAACAGTGGGACCATACATTTTCTTTGGTCTCCAGTGTCCATAGT  600

seq1  GGGGACATGATGGCTAATGTTCTCTGTGATGATGGCTCACCAAGTCACTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACATGATGGCTAATGTTCTCTGTGATGATGGCTCACCAAGTCACTA  650

seq1  TTCTATAGAAAATAGCAAAGTTCTCTGTGACTTCCTCATTTTATGGCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAGAAAATAGCAAAGTTCTCTGTGACTTCCTCATTTTATGGCTGA  700

seq1  AGTCACTGACAGGCTTTACTTAGAGTGGCCATATGTGGTTTAGTTTTTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTGACAGGCTTTACTTAGAGTGGCCATATGTGGTTTAGTTTTTGT  750

seq1  AATGGTGATTTTTTAAATTATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGATTTTTTAAATTATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTG  800

seq1  TAGTGTGTCTTCAGACACTCCAGAAGATAGCATCAGATTTCGTTATGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGTCTTCAGACACTCCAGAAGATAGCATCAGATTTCGTTATGGAT  850

seq1  GGTTGTGAGCCACCATGTGGCTGCTGGGATTTGAAGTCAGGACCTTCGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGAGCCACCATGTGGCTGCTGGGATTTGAAGTCAGGACCTTCGGA  900

seq1  AGAACAGTCGGCGCTCTTAACCACTGAGCCAGCTCACCAGCCCCAGTAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTCGGCGCTCTTAACCACTGAG-CAGCTCACCAGCCCCAGTAAT  949

seq1  GGTGATTTTAAAATTATTTATTTATTGTACTAGCTGATTTTGTGTGTCAA  1000
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTTT-AAATTATTTATTTATTGTACTAGCTGATTTTGTGTGTCAA  998

seq1  CCTGACATAGCTGGAGTTAT-CACTGAGAAAGGAGCTTCAGCTGGGGAAA  1049
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |  |
seq2  CCTGACATAGCTGGAGTTATCCACTGAGAAA-GAGCTTCAGCTTGCG-CA  1046

seq1  TGCATCCATGAGATCCAGCTGTGGAGCATTTTCTCAATTTGTGATC  1095
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCATCAATGAGATCCAGCTGTGGAGCATTTTCTC-ATTTGTGATC  1091