BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252G02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 8,709,761 - 8,823,285
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFlnb, Dnase1l3
Upstream geneLOC100042100, EG622781, LOC100041740, LOC100038847, LOC100042129, LOC100041770, LOC100042149, LOC544988, EG626456, LOC100041791, LOC100042164, LOC100042182, LOC100041808, LOC100042192, LOC100042207, EG432817, LOC100042217, LOC100041830, LOC100042235, EG545013, EG666947, LOC623215, LOC100042286, LOC666957, LOC100042263, LOC100042258, LOC100042272, LOC100041874, LOC100042304, LOC100041881, LOC100042312, LOC100041893, ENSMUSG00000058570, EG666976
Downstream geneAbhd6, Rpp14, Pxk, Pdhb, Kctd6, Acox2, BC055107, Oit1, LOC667005, 4930452B06Rik, LOC100041948
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252G02.bB6Ng01-252G02.g
ACCGA059390GA059391
length6731,134
definitionB6Ng01-252G02.b B6Ng01-252G02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,709,761 - 8,710,390)(8,822,153 - 8,823,285)
sequence
gaattctcccaaacacttagagaagaaacaaaacagatttttattgtctt
aaataagggatgagagcacttgctgttctattttgctttctgctgctgta
gtgaaatgcactgaagcagcttgtgggaaggagggagggagggtttacag
tccattctgagggaagcctgagcaggagctcaagctagagcacccccctc
taacccctccccctcccccatccccaccctgacaccaccaccaccactca
tccacccagccctgccccacccccgaagaagcgaggccatagagggctga
tggttactggcttgctcttgtccagtctgctttcttctacagtgttacct
gcccaggagtgggtaggttacactaggttgtacctacacccacagtaggc
tgggtcctcccacgtcagtcattaatcaacataatccacagacctgccca
gagcccaggctgagggaggcaattcctcaattgaggttctctcttcccag
tgactctagcttgtgtcaagttgacaaaagccgaccagctgaggtagcaa
cctcactttatgaaacaccagagccaataacaaaacacagagaccagtgg
actatagatataaaaacacatcatgaaacacacacactcacacacactca
ctcacacacacacacacacacac
gaattcaatccacctccctaccacttacgagcttcactgcattgggtggc
ttattccttgagctccagctatcccatctgtagaatgggcttaaaaacag
gatgattgcaaggctgaggattattgcaggcttctacctgttaagaactc
agtatatagcccttcagaaaaccatcattatcacgtaccataaggcttgg
gaagggtgacaaacctcccccacgcaagcccagtgccttggcacaggctc
tcccttcggagatgacgtgactgatgcagactgaagagcacaggacactc
actaagctgggctcagaatccattcaactacagatggttagatagggcaa
aaacaagatgaggaaggcaaccttcctcacgctctaaccatgccagcaaa
gagcacagtcatgaccaaatatggacaactttgcccccatgtggtctgtc
tagtgtagaagagcaggagggacgtcctagcttgtgtagtcagcattgtg
cctggctcttcccaactagttatgaaaacctgcgaagttcctttaccact
caacacattggcttcctcggtgataaagaaagataaggccaggcagatgt
ttagtcagtaaggtgtttgctgacccagcacaggaagctgaccttggttc
cccagggcccaagtgagcaggccaggtgtgatggtgcatgctcccaaccc
cagtgctgaggaggcagagaccacaggattgctggagctcattgtgtgtt
cacctggcctaatggtctaaggagagaccttgtctcagaaaacatgatgg
aaggctcctgaggttgacctctggtccccacacgtcctcacatatatagg
tatatggagagccacaagcacagatactcaaaccccccccccccccacac
acacacacacgcacacacacacacacacacacgtctatggtggtaatatt
aagcaagaagttgagagttctggtactcagccactgggccttagaaacaa
taatctactctggccacctgcatgccctggtgccttccccaaactctcac
acatctattgtatcatgtgaagaatcagagtggaaaactggatcagagtg
gtgtacactgttgtctcttggtggttgaggcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_8709761_8710390
seq2: B6Ng01-252G02.b_84_717

seq1  TTTATTGTCTTAAATAAGGGATGAGAGCACTTGCTGTTCTATTTTGCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGTCTTAAATAAGGGATGAGAGCACTTGCTGTTCTATTTTGCTTT  50

seq1  CTGCTGCTGTAGTGAAATGCACTGAAGCAGCTTGTGGGAAGGAGGGAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGCTGTAGTGAAATGCACTGAAGCAGCTTGTGGGAAGGAGGGAGGG  100

seq1  AGGGTTTACAGTCCATTCTGAGGGAAGCCTGAGCAGGAGCTCAAGCTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTTACAGTCCATTCTGAGGGAAGCCTGAGCAGGAGCTCAAGCTAGA  150

seq1  GCACCCCCCTCTAACCCCTCCCCCTCCCCCATCCCCACCCTGACACCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCCCCCTCTAACCCCTCCCCCTCCCCCATCCCCACCCTGACACCACC  200

seq1  ACCACCACTCATCCACCCAGCCCTGCCCCACCCCCGAAGAAGCGAGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACTCATCCACCCAGCCCTGCCCCACCCCCGAAGAAGCGAGGCCA  250

seq1  TAGAGGGCTGATGGTTACTGGCTTGCTCTTGTCCAGTCTGCTTTCTTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGGCTGATGGTTACTGGCTTGCTCTTGTCCAGTCTGCTTTCTTCTA  300

seq1  CAGTGTTACCTGCCCAGGAGTGGGTAGGTTACACTAGGTTGTACCTACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTACCTGCCCAGGAGTGGGTAGGTTACACTAGGTTGTACCTACAC  350

seq1  CCACAGTAGGCTGGGTCCTCCCACGTCAGTCATTAATCAACATAATCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGTAGGCTGGGTCCTCCCACGTCAGTCATTAATCAACATAATCCAC  400

seq1  AGACCTGCCCAGAGCCCAGGCTGAGGGAGGCAATTCCTCAATTGAGGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGCCCAGAGCCCAGGCTGAGGGAGGCAATTCCTCAATTGAGGTTC  450

seq1  TCTCTTCCCAGTGACTCTAGCTTGTGTCAAGTTGACAAAAGCCGACCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCCAGTGACTCTAGCTTGTGTCAAGTTGACAAAAGCCGACCAGC  500

seq1  TGAGGTAGCAACCTCACTTTATGAAACACCAGAGCCAATAACAAAACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAGCAACCTCACTTTATGAAACACCAGAGCCAATAACAAAACACA  550

seq1  GAGACCAGTGGACTATAGATATAAAAACACATCATGAAACACACACACAC  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAGACCAGTGGACTATAGATATAAAAACACATCATGAAACACACACACTC  600

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACAC----  630
      |||||||| ||| |||||||||||||||||    
seq2  ACACACACTCACTCACACACACACACACACACAC  634

seq1: chr14_8822153_8823285
seq2: B6Ng01-252G02.g_66_1199 (reverse)

seq1  CCTGCCTCAA-CACACAGAGACAAACAAGTGTACA-CACTCTGATTCAGT  48
      |||||||||| |||  ||||||||   |||||||| ||||||||| ||| 
seq2  CCTGCCTCAACCACCAAGAGACAA--CAGTGTACACCACTCTGATCCAG-  47

seq1  TTTTCCACTCTGATTCTTCACAATGATACAATAGATGGTGTGAGAGTTTG  98
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTTCCACTCTGATTCTTCAC-ATGATACAATAGAT-GTGTGAGAGTTTG  95

seq1  GGGAA-GCACCA-GGCATGCAGGTGGCCAGAGGTAGATTATTGTTTCTAA  146
      ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGCACCAGGGCATGCAGGTGGCCAGA-GTAGATTATTGTTTCTAA  144

seq1  GGCCCAGTGGCTGAGTACCAGAACTCTCAACTTCTTGCTTAATATTACCA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAGTGGCTGAGTACCAGAACTCTCAACTTCTTGCTTAATATTACCA  194

seq1  -CATAGACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGGGGGG  245
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGGGGGG  244

seq1  GGGGGGG--TTGAGTATCTGTGCTTGTGGCTCTCCATATACCTATATATG  293
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGTTTGAGTATCTGTGCTTGTGGCTCTCCATATACCTATATATG  294

seq1  TGAGGACGTGTGGGGACCAGAGGTCAACCTCAGGAGCCTTCCATCATGTT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGACGTGTGGGGACCAGAGGTCAACCTCAGGAGCCTTCCATCATGTT  344

seq1  TTCTGAGACAAGGTCTCTCCTTAGACCATTAGGCCAGGTGAACACACAAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGACAAGGTCTCTCCTTAGACCATTAGGCCAGGTGAACACACAAT  394

seq1  GAGCTCCAGCAATCCTGTGGTCTCTGCCTCCTCAGCACTGGGGTTGGGAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCCAGCAATCCTGTGGTCTCTGCCTCCTCAGCACTGGGGTTGGGAG  444

seq1  CATGCACCATCACACCTGGCCTGCTCACTTGGGCCCTGGGGAACCAAGGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACCATCACACCTGGCCTGCTCACTTGGGCCCTGGGGAACCAAGGT  494

seq1  CAGCTTCCTGTGCTGGGTCAGCAAACACCTTACTGACTAAACATCTGCCT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCCTGTGCTGGGTCAGCAAACACCTTACTGACTAAACATCTGCCT  544

seq1  GGCCTTATCTTTCTTTATCACCGAGGAAGCCAATGTGTTGAGTGGTAAAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTATCTTTCTTTATCACCGAGGAAGCCAATGTGTTGAGTGGTAAAG  594

seq1  GAACTTCGCAGGTTTTCATAACTAGTTGGGAAGAGCCAGGCACAATGCTG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCGCAGGTTTTCATAACTAGTTGGGAAGAGCCAGGCACAATGCTG  644

seq1  ACTACACAAGCTAGGACGTCCCTCCTGCTCTTCTACACTAGACAGACCAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACACAAGCTAGGACGTCCCTCCTGCTCTTCTACACTAGACAGACCAC  694

seq1  ATGGGGGCAAAGTTGTCCATATTTGGTCATGACTGTGCTCTTTGCTGGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGGCAAAGTTGTCCATATTTGGTCATGACTGTGCTCTTTGCTGGCA  744

seq1  TGGTTAGAGCGTGAGGAAGGTTGCCTTCCTCATCTTGTTTTTGCCCTATC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGAGCGTGAGGAAGGTTGCCTTCCTCATCTTGTTTTTGCCCTATC  794

seq1  TAACCATCTGTAGTTGAATGGATTCTGAGCCCAGCTTAGTGAGTGTCCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATCTGTAGTTGAATGGATTCTGAGCCCAGCTTAGTGAGTGTCCTG  844

seq1  TGCTCTTCAGTCTGCATCAGTCACGTCATCTCCGAAGGGAGAGCCTGTGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTCAGTCTGCATCAGTCACGTCATCTCCGAAGGGAGAGCCTGTGC  894

seq1  CAAGGCACTGGGCTTGCGTGGGGGAGGTTTGTCACCCTTCCCAAGCCTTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCACTGGGCTTGCGTGGGGGAGGTTTGTCACCCTTCCCAAGCCTTA  944

seq1  TGGTACGTGATAATGATGGTTTTCTGAAGGGCTATATACTGAGTTCTTAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACGTGATAATGATGGTTTTCTGAAGGGCTATATACTGAGTTCTTAA  994

seq1  CAGGTAGAAGCCTGCAATAATCCTCAGCCTTGCAATCATCCTGTTTTTAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGAAGCCTGCAATAATCCTCAGCCTTGCAATCATCCTGTTTTTAA  1044

seq1  GCCCATTCTACAGATGGGATAGCTGGAGCTCAAGGAATAAGCCACCCAAT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATTCTACAGATGGGATAGCTGGAGCTCAAGGAATAAGCCACCCAAT  1094

seq1  GCAGTGAAGCTCGTAAGTGGTAGGGAGGTGGATTGAATTC  1133
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGAAGCTCGTAAGTGGTAGGGAGGTGGATTGAATTC  1134