BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256M05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 75,085,602 - 75,232,613
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHtr2a, LOC668508, Esd, Lrch1
Upstream geneLOC100043734, EG629578, LOC629583
Downstream geneENSMUSG00000075519, LOC100043169, 5031414D18Rik, 4921509B22Rik, LOC100043176, Lcp1, Cpb2, Zc3h13, Gm912, Spert, 4930564B18Rik, Cog3, Slc25a30
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256M05.bB6Ng01-256M05.g
ACCGA062638GA062639
length1,1411,064
definitionB6Ng01-256M05.b B6Ng01-256M05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,231,466 - 75,232,613)(75,085,602 - 75,086,672)
sequence
gaattccttattacagtttgctgtgactttcttattaaacttgtgacaag
ccacaacttgcagatgagccggagaccttctccttgatggccctggacaa
ataggcatgtctgaatgtttccttacagtagaaccaggtcaggttgcgag
catctgtagccttctgtagactaaatctcacttaaactcaactaaaacct
ttggaacttgttgaacttgtgtgtgtatgtgtgtttgcatgtttataaat
gtatttggaggccagagataagtcttgggtgtcttccttaatgggttctc
catttgcatacgtgtctctctgtgtgtttgtgtatgcacaagtgttggta
tggtagtgcatttatgtgtgtacacgtaacatatgtgcctgttcccgtgc
atggggaagccagagaaggatgttcagggttctctgtcactctctgccat
attcccaggagacatgatctctcggagaacctagacgctgtatttcggca
agactggcaggacagcaggccccagcagtcctctcttagccttccactca
cagtgcagaggacgatagacacacagcaccacacttggctttgagattca
ctctggagatctgcctcaggtcctcatactcctgctataaggactcctac
tgagtgaggccagactccgggacttctaccttattttttgaggtgggatc
tctcactgactgagctattctagctgaccagcaagccccaggaatcttct
agttcccgtccctcctcccagggctgggattacaggcagctgcttctggc
ccagctttttaacacagttgctggagatacaaattcaatgccttacaagg
gtttcactggccgagccatctctggaaatgtgcttctttttctgtccgat
cctgctgacagatgagtgtgtctggtgagaggtgctctatcatgccacat
gttacagttgactagcagctgtgaagactggcatgctaacagctcagtaa
gtcgggttccttttacagatgagacctttgccaggacccaggagtccacc
ctggtgctgtgcaacttggagtgggttgctgctcgctagactttgcttgc
attcctcatgtcctccctggctggacatccatctgtatgca
gaattctgtgcctaagccttgactttgtcttttcaaaatggtatattagt
ttgattataaatctatgagggactgatgccttgcttttactttaatgagt
ttctacagagaaaaatttcaactgtgtactctcacaagggatgagacagt
actggcaggggcccaagaatgtcttgagtcttgttctcagcccactgcga
aatgcctcagttttctaagacaaagcacaggaagggactactttcatcta
cccctttgtcctcaactcacatcacatcattgcttcccccattggatgct
aggaagcaggtcccttataagaaggtctaggtgagagcaggtgggatcag
aaggcagcataagttctagcattcagtgccatttcagacctttgatacct
cttatttttggagagcctacttacatatatataaatgtgttatgctaaat
aacttagatgtttaactattaggcatgtccaatgaataggaacattttaa
cagatatttaaatgtattaattctgagattgcaaattgtcatattttgga
taatacatttttccacacttaaaattctcatagattcctacctgcctgtc
tgccaccttcattagggagggtaatgtggggattctacctatgtttacat
gtttgttggctacatggaatgaagggcattctaaaagcattaaaaaataa
ataaaaagcaaagaaaaatgtctctatttgggtattccttccccattttc
tcactccccgaggagctgcaaactgaaagcgacatgaccatatatggttc
caaagagatgtctacagagatctctttgctaaaagacatactagattaag
tcctgtgaaatttttgtttcgaagatcataatgtttatcagactgtctgt
attttagtctgtatttgtgtagtgtccctgagtttgaccagcctacagta
tccctctgaatgatagtgcagggtgtatcaaccttctgggattgtgcagc
atggttcttgtctccattgacatcagagactaggaatcaaagttagcagc
agacacttccctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_75231466_75232613
seq2: B6Ng01-256M05.b_45_1185 (reverse)

seq1  TGCATGGCAGATGGGGATGCTCAGCCAGGGAGGACATGAGAGAAAGCAAG  50
      |||||  |||||  |||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  TGCAT-ACAGAT--GGATGTCCAGCCAGGGAGGACATGAG-GAATGCAAG  46

seq1  CAAAG-CCAGCGAGGCCAGCAACCCACT-CAAG-TGCACAGCACCAGGGT  97
      ||||| | ||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  CAAAGTCTAGCGAG--CAGCAACCCACTCCAAGTTGCACAGCACCAGGGT  94

seq1  GGAACTCCTGGGTCCTTGGCAAAGGTCTCATCTGTAAAAGG-ACCCGACT  146
      || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  GG-ACTCCTGGGTCC-TGGCAAAGGTCTCATCTGTAAAAGGAACCCGAC-  141

seq1  TTACTGAGCTGTTAGCATGCCAGTCTTCACAGCTGCTAGTCAACTGTAAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAGCTGTTAGCATGCCAGTCTTCACAGCTGCTAGTCAACTGTAAC  191

seq1  ATGTGGCCATGATAGAGCACCTCTCACCAGACACACCTCATCTGTCAGCA  246
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTGG-CATGATAGAGCACCTCTCACCAGACACA-CTCATCTGTCAGCA  239

seq1  GGATCGGACAGAAAAAGAAGCACATTTCCAGAGATGGCTCGGCCAGTGAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCGGACAGAAAAAGAAGCACATTTCCAGAGATGGCTCGGCCAGTGAA  289

seq1  ACCCTTGTAAGGCATTGAATTTGTATCTCCAGCAACTGTGTTAAAAAGCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGTAAGGCATTGAATTTGTATCTCCAGCAACTGTGTTAAAAAGCT  339

seq1  GGGCCAGAAGCAGCTGCCTGTAATCCCAGCCCTGGGAGGAGGGACGGGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAGAAGCAGCTGCCTGTAATCCCAGCCCTGGGAGGAGGGACGGGAA  389

seq1  CTAGAAGATTCCTGGGGCTTGCTGGTCAGCTAGAATAGCTCAGTCAGTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGATTCCTGGGGCTTGCTGGTCAGCTAGAATAGCTCAGTCAGTGA  439

seq1  GAGATCCCACCTCAAAAAATAAGGTAGAAGTCCCGGAGTCTGGCCTCACT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCCCACCTCAAAAAATAAGGTAGAAGTCCCGGAGTCTGGCCTCACT  489

seq1  CAGTAGGAGTCCTTATAGCAGGAGTATGAGGACCTGAGGCAGATCTCCAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGAGTCCTTATAGCAGGAGTATGAGGACCTGAGGCAGATCTCCAG  539

seq1  AGTGAATCTCAAAGCCAAGTGTGGTGCTGTGTGTCTATCGTCCTCTGCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATCTCAAAGCCAAGTGTGGTGCTGTGTGTCTATCGTCCTCTGCAC  589

seq1  TGTGAGTGGAAGGCTAAGAGAGGACTGCTGGGGCCTGCTGTCCTGCCAGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTGGAAGGCTAAGAGAGGACTGCTGGGGCCTGCTGTCCTGCCAGT  639

seq1  CTTGCCGAAATACAGCGTCTAGGTTCTCCGAGAGATCATGTCTCCTGGGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCGAAATACAGCGTCTAGGTTCTCCGAGAGATCATGTCTCCTGGGA  689

seq1  ATATGGCAGAGAGTGACAGAGAACCCTGAACATCCTTCTCTGGCTTCCCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCAGAGAGTGACAGAGAACCCTGAACATCCTTCTCTGGCTTCCCC  739

seq1  ATGCACGGGAACAGGCACATATGTTACGTGTACACACATAAATGCACTAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACGGGAACAGGCACATATGTTACGTGTACACACATAAATGCACTAC  789

seq1  CATACCAACACTTGTGCATACACAAACACACAGAGAGACACGTATGCAAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAACACTTGTGCATACACAAACACACAGAGAGACACGTATGCAAA  839

seq1  TGGAGAACCCATTAAGGAAGACACCCAAGACTTATCTCTGGCCTCCAAAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAACCCATTAAGGAAGACACCCAAGACTTATCTCTGGCCTCCAAAT  889

seq1  ACATTTATAAACATGCAAACACACATACACACACAAGTTCAACAAGTTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATAAACATGCAAACACACATACACACACAAGTTCAACAAGTTCC  939

seq1  AAAGGTTTTAGTTGAGTTTAAGTGAGATTTAGTCTACAGAAGGCTACAGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTTTAGTTGAGTTTAAGTGAGATTTAGTCTACAGAAGGCTACAGA  989

seq1  TGCTCGCAACCTGACCTGGTTCTACTGTAAGGAAACATTCAGACATGCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCGCAACCTGACCTGGTTCTACTGTAAGGAAACATTCAGACATGCCT  1039

seq1  ATTTGTCCAGGGCCATCAAGGAGAAGGTCTCCGGCTCATCTGCAAGTTGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCCAGGGCCATCAAGGAGAAGGTCTCCGGCTCATCTGCAAGTTGT  1089

seq1  GGCTTGTCACAAGTTTAATAAGAAAGTCACAGCAAACTGTAATAAGGAAT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGTCACAAGTTTAATAAGAAAGTCACAGCAAACTGTAATAAGGAAT  1139

seq1  TC  1148
      ||
seq2  TC  1141

seq1: chr14_75085602_75086672
seq2: B6Ng01-256M05.g_63_1126

seq1  GAATTCTGTGCCTAAGCCTTGACTTTGTCTTTTCAAAATGGTATATTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCCTAAGCCTTGACTTTGTCTTTTCAAAATGGTATATTAGT  50

seq1  TTGATTATAAATCTATGAGGGACTGATGCCTTGCTTTTACTTTAATGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTATAAATCTATGAGGGACTGATGCCTTGCTTTTACTTTAATGAGT  100

seq1  TTCTACAGAGAAAAATTTCAACTGTGTACTCTCACAAGGGATGAGACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAGAGAAAAATTTCAACTGTGTACTCTCACAAGGGATGAGACAGT  150

seq1  ACTGGCAGGGGCCCAAGAATGTCTTGAGTCTTGTTCTCAGCCCACTGCGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCAGGGGCCCAAGAATGTCTTGAGTCTTGTTCTCAGCCCACTGCGA  200

seq1  AATGCCTCAGTTTTCTAAGACAAAGCACAGGAAGGGACTACTTTCATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCTCAGTTTTCTAAGACAAAGCACAGGAAGGGACTACTTTCATCTA  250

seq1  CCCCTTTGTCCTCAACTCACATCACATCATTGCTTCCCCCATTGGATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTTGTCCTCAACTCACATCACATCATTGCTTCCCCCATTGGATGCT  300

seq1  AGGAAGCAGGTCCCTTATAAGAAGGTCTAGGTGAGAGCAGGTGGGATCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGCAGGTCCCTTATAAGAAGGTCTAGGTGAGAGCAGGTGGGATCAG  350

seq1  AAGGCAGCATAAGTTCTAGCATTCAGTGCCATTTCAGACCTTTGATACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCATAAGTTCTAGCATTCAGTGCCATTTCAGACCTTTGATACCT  400

seq1  CTTATTTTTGGAGAGCCTACTTACATATATATAAATGTGTTATGCTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTTGGAGAGCCTACTTACATATATATAAATGTGTTATGCTAAAT  450

seq1  AACTTAGATGTTTAACTATTAGGCATGTCCAATGAATAGGAACATTTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTAGATGTTTAACTATTAGGCATGTCCAATGAATAGGAACATTTTAA  500

seq1  CAGATATTTAAATGTATTAATTCTGAGATTGCAAATTGTCATATTTTGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATATTTAAATGTATTAATTCTGAGATTGCAAATTGTCATATTTTGGA  550

seq1  TAATACATTTTTCCACACTTAAAATTCTCATAGATTCCTACCTGCCTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACATTTTTCCACACTTAAAATTCTCATAGATTCCTACCTGCCTGTC  600

seq1  TGCCACCTTCATTAGGGAGGGTAATGTGGGGATTCTACCTATGTTTACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACCTTCATTAGGGAGGGTAATGTGGGGATTCTACCTATGTTTACAT  650

seq1  GTTTGTTGGCTACATGGAATGAAGGGCATTCTAAAAGCATTAAAAAATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTGGCTACATGGAATGAAGGGCATTCTAAAAGCATTAAAAAATAA  700

seq1  ATAAAAAGCAAAGAAAAATGTCTCTATTTGGGTATTCCTTCCCCATTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGCAAAGAAAAATGTCTCTATTTGGGTATTCCTTCCCCATTTTC  750

seq1  TCACTCCCCGAGGAGCTGCAAACTGAAAGCGACATGACCATATATGGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCCCGAGGAGCTGCAAACTGAAAGCGACATGACCATATATGGTTC  800

seq1  CAAAGAGATGTCTACAGAGATCTCTTTGCTAAAAGACATACTAGATTAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGATGTCTACAGAGATCTCTTTGCTAAAAGACATACTAGATTAAG  850

seq1  TCCTGTGAAATTTTTGTTTCGAAGATCATAATGTTTATCAGACTGTCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGAAATTTTTGTTTCGAAGATCATAATGTTTATCAGACTGTCTGT  900

seq1  ATTTTAGTCTGTATTTGTGTAGGTGTCCCTGAGTTTGACCAGCCTACAGT  950
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGTCTGTATTTGTGTA-GTGTCCCTGAGTTTGACCAGCCTACAGT  949

seq1  ATCCCTTCTGAATGATAGTGCAGGGGTGTATCAACTTCCTGGGTTTGGTG  1000
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| || |||
seq2  ATCCC-TCTGAATGATAGTGCA-GGGTGTATCAACCTTCTGGGATT-GTG  996

seq1  CAGCATGGTTCTTGTCTCCCTTTGGACATCAGGAGACTAGG-ATC-AAGG  1048
      ||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||| ||| ||| 
seq2  CAGCATGGTTCTTGTCTCCATT--GACATCA-GAGACTAGGAATCAAAGT  1043

seq1  TAGCAGCCAGGACACTTCCCTCT  1071
      |||||||   |||||||||||||
seq2  TAGCAGC--AGACACTTCCCTCT  1064