BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260H17
Chromosome14 (Build37)
Map Location 38,016,116 - 38,179,017
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGcap14, LOC100040341, LOC670331, Rgr, Lrrc21, Lrrc22, Pcdh21, 2610528A11Rik, Ghitm
Downstream geneLOC382871, LOC382872
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260H17.bB6Ng01-260H17.g
ACCGA065395GA065396
length1,0681,126
definitionB6Ng01-260H17.b B6Ng01-260H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,016,116 - 38,016,701)(38,177,883 - 38,179,017)
sequence
gaattcaagagaagagagggatgggagctagttaagcaaaagtaaggatt
taaaaaatatctccacaagattgtaagcttatgacaaaatataatatata
aagaaagtagtttgagtagaatggtagacagtactgatccaacttcatca
ttaagtaaaaaatcttagtgccaggcatggaatgcctccttataagttgc
tagtcagggaagcctcagagagactcaacatggtctattgctcttcgtct
tggttgcccaccataactttgtggtaagatcagattgataaaggcaccac
tcatttttggtgtaagatattgagaaagtaatcttgactgtctaggaaac
tctcagtgatggctaccttttgtagtgccaggaagattctatggaggcta
ctggggtgagaaaagacatcagtaccttcatgctacaatagtggtctgac
aagatatgcccattggtgaaataacaatatgggagtaatcaatcactttc
taattggaattgaggtctgctccctagaagggatttcaggcctggtactg
taaacctggttatgggtggagagattacaggtcctacatggggaaatcta
cagttgttgttttgtaaaataatcatcatgctgtgaagctgtcttctaaa
taggtatatataataccaatagatttgcattgttcttaactttgatcaga
agatttattttgcaatggatagtggttagtgcagtctgacaaccaatcaa
agtgtgcagtctaagtagctgtgagtgctcagctatgggtgaatcacctg
tgtgaactatgtgagctgtgggtgaatccccatatgatgcttggggaaca
tcagaaaagtgggtggacagattgtaagagctggcagatgaggaggagtg
tcgtgagactctagagcttccagacatgatacggccgttacatacatcaa
ctgacagcacctgtagctacctatgtaatatctgcattagcgcaagacag
ctaaattccagcattggtaggtgaggggacttgaggctccacccttagta
gttgatagctgctgagaa

gaattccagatatgcaaatgaaggagtttgcaggtgtatccagataccag
gtagtgattattctaaccaccctcagctcctgaatttcccactgagaact
cagacatcggggaatgaagagaacccattcaagtttcagccttctgaact
tcctgaaggatgggatctgtattagtttctttgcttgatgctgagacaaa
attcctgagaaagtacagtttaggaaaggagtggttccttgtggcttatt
cttggagaggctacagaatccactagcacagtgttgcattctgggactca
cgtgtacataggcaagcaatttttgatagtagtttgaatgataccaatgg
taaagtatgtgcattgtctgatactcaaggggtctatcataacagtgccc
ttataaaatgaatatggcagctccttaatagcacaccagtatcaagtctg
actccaaaaagtacatggcagcaggaccagcgataagagctagatacagt
cagacaatagacaggacctgacacaggctgtccttctagacaacattctg
agtcgggagattcgtcccctcatatatgcccatcctgggcagttatcaga
tgtttccttcatgaaaggaactaaggcattcttgtaaggatgaaatgtat
ttcaaggtatgagagttgtccctgtgctgaagggatctcctcttgtggaa
atatccagtccaagtttcaccatgtggggaagtaacagatagtattggcc
ctcaaatgcctgagtaggccatagcttatcatcagtcatagagccatggg
acatctctggtattctattgcactgtactatactatacaatgctatatat
ttaatacccaccctttttaagttatatttaattatctgtggaggggctta
tgtatatgtgtccaggtcagaggacaacttgtaggaaacagttctctctt
ctacacatagattctagggattgaacccaggtcctcagctttaataacag
attccttactctctttgctggagagttttatatcagcttgacaacagctg
agtcatcccagtaatgagcctaaatgaaaacgtctcatcaattagcctgt
aagccagtctggtgtggcatttcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_38016116_38016701
seq2: B6Ng01-260H17.b_30_615

seq1  GAATTCAAGAGAAGAGAGGGATGGGAGCTAGTTAAGCAAAAGTAAGGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGAAGAGAGGGATGGGAGCTAGTTAAGCAAAAGTAAGGATT  50

seq1  TAAAAAATATCTCCACAAGATTGTAAGCTTATGACAAAATATAATATATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAATATCTCCACAAGATTGTAAGCTTATGACAAAATATAATATATA  100

seq1  AAGAAAGTAGTTTGAGTAGAATGGTAGACAGTACTGATCCAACTTCATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGTAGTTTGAGTAGAATGGTAGACAGTACTGATCCAACTTCATCA  150

seq1  TTAAGTAAAAAATCTTAGTGCCAGGCATGGAATGCCTCCTTATAAGTTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTAAAAAATCTTAGTGCCAGGCATGGAATGCCTCCTTATAAGTTGC  200

seq1  TAGTCAGGGAAGCCTCAGAGAGACTCAACATGGTCTATTGCTCTTCGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGGGAAGCCTCAGAGAGACTCAACATGGTCTATTGCTCTTCGTCT  250

seq1  TGGTTGCCCACCATAACTTTGTGGTAAGATCAGATTGATAAAGGCACCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCCCACCATAACTTTGTGGTAAGATCAGATTGATAAAGGCACCAC  300

seq1  TCATTTTTGGTGTAAGATATTGAGAAAGTAATCTTGACTGTCTAGGAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTGGTGTAAGATATTGAGAAAGTAATCTTGACTGTCTAGGAAAC  350

seq1  TCTCAGTGATGGCTACCTTTTGTAGTGCCAGGAAGATTCTATGGAGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTGATGGCTACCTTTTGTAGTGCCAGGAAGATTCTATGGAGGCTA  400

seq1  CTGGGGTGAGAAAAGACATCAGTACCTTCATGCTACAATAGTGGTCTGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTGAGAAAAGACATCAGTACCTTCATGCTACAATAGTGGTCTGAC  450

seq1  AAGATATGCCCATTGGTGAAATAACAATATGGGAGTAATCAATCACTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATGCCCATTGGTGAAATAACAATATGGGAGTAATCAATCACTTTC  500

seq1  TAATTGGAATTGAGGTCTGCTCCCTAGAAGGGATTTCAGGCCTGGTACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGAATTGAGGTCTGCTCCCTAGAAGGGATTTCAGGCCTGGTACTG  550

seq1  TAAACCTGGTTATGGGTGGAGAGATTACAGGTCCTA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCTGGTTATGGGTGGAGAGATTACAGGTCCTA  586


seq1: chr14_38177883_38179017
seq2: B6Ng01-260H17.g_61_1186 (reverse)

seq1  CAAGAAAATGCCACA-CAGACTTGCCTACAGGCTAATTTGATGGAGACGG  49
      |||| |||||||||| |||||| || |||||||||| ||||| |||||| 
seq2  CAAG-AAATGCCACACCAGACTGGCTTACAGGCTAA-TTGAT-GAGACG-  46

seq1  TTTTTCAATTTAGGGCTCATTTAACTGGGATGACTCAGGCTTGTGTCAAG  99
       ||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||| |||  |||||||
seq2  -TTTTC-ATTTA-GGCTCATT--ACTGGGATGACTCA-GCTGTTGTCAAG  90

seq1  CTGATATAAAACTCTCCAGCAAAGAGAGTAAAGGAATCTGTTATTAAAGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATAAAACTCTCCAGCAAAGAGAGT-AAGGAATCTGTTATTAAAGC  139

seq1  TGAGGACCTGGGTTCAATCCCTAGAATCTATGTGTAGAAGGAGAGAACTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGAGGACCTGGGTTCAATCCCTAGAATCTATGTGTAGAA-GAGAGAACTG  188

seq1  TTTCCTACAAGTTGTCCTCTGACCTGGACACATATACATAAG-CCCTCCA  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTCCTACAAGTTGTCCTCTGACCTGGACACATATACATAAGCCCCTCCA  238

seq1  CAGATAATTAAATATAACTT-AAAAGGGTGGGTATTAAATATATAGCATT  297
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAATTAAATATAACTTAAAAAGGGTGGGTATTAAATATATAGCATT  288

seq1  GTATAGTATAGTACAGTGCAATAGAATACCAGAGATGTCCCATGGCTCTA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGTATAGTACAGTGCAATAGAATACCAGAGATGTCCCATGGCTCTA  338

seq1  TGACTGATGATAAGCTATGGCCTACTCAGGCATTTGAGGGCCAATACTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGATGATAAGCTATGGCCTACTCAGGCATTTGAGGGCCAATACTAT  388

seq1  CTGTTACTTCCCCACATGGTGAAACTTGGACTGGATATTTCCACAAGAGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTACTTCCCCACATGGTGAAACTTGGACTGGATATTTCCACAAGAGG  438

seq1  AGATCCCTTCAGCACAGGGACAACTCTCATACCTTGAAATACATTTCATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCTTCAGCACAGGGACAACTCTCATACCTTGAAATACATTTCATC  488

seq1  CTTACAAGAATGCCTTAGTTCCTTTCATGAAGGAAACATCTGATAACTGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAAGAATGCCTTAGTTCCTTTCATGAAGGAAACATCTGATAACTGC  538

seq1  CCAGGATGGGCATATATGAGGGGACGAATCTCCCGACTCAGAATGTTGTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATGGGCATATATGAGGGGACGAATCTCCCGACTCAGAATGTTGTC  588

seq1  TAGAAGGACAGCCTGTGTCAGGTCCTGTCTATTGTCTGACTGTATCTAGC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGACAGCCTGTGTCAGGTCCTGTCTATTGTCTGACTGTATCTAGC  638

seq1  TCTTATCGCTGGTCCTGCTGCCATGTACTTTTTGGAGTCAGACTTGATAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCGCTGGTCCTGCTGCCATGTACTTTTTGGAGTCAGACTTGATAC  688

seq1  TGGTGTGCTATTAAGGAGCTGCCATATTCATTTTATAAGGGCACTGTTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGCTATTAAGGAGCTGCCATATTCATTTTATAAGGGCACTGTTAT  738

seq1  GATAGACCCCTTGAGTATCAGACAATGCACATACTTTACCATTGGTATCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGACCCCTTGAGTATCAGACAATGCACATACTTTACCATTGGTATCA  788

seq1  TTCAAACTACTATCAAAAATTGCTTGCCTATGTACACGTGAGTCCCAGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACTACTATCAAAAATTGCTTGCCTATGTACACGTGAGTCCCAGAA  838

seq1  TGCAACACTGTGCTAGTGGATTCTGTAGCCTCTCCAAGAATAAGCCACAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACACTGTGCTAGTGGATTCTGTAGCCTCTCCAAGAATAAGCCACAA  888

seq1  GGAACCACTCCTTTCCTAAACTGTACTTTCTCAGGAATTTTGTCTCAGCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCACTCCTTTCCTAAACTGTACTTTCTCAGGAATTTTGTCTCAGCA  938

seq1  TCAAGCAAAGAAACTAATACAGATCCCATCCTTCAGGAAGTTCAGAAGGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCAAAGAAACTAATACAGATCCCATCCTTCAGGAAGTTCAGAAGGC  988

seq1  TGAAACTTGAATGGGTTCTCTTCATTCCCCGATGTCTGAGTTCTCAGTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTGAATGGGTTCTCTTCATTCCCCGATGTCTGAGTTCTCAGTGG  1038

seq1  GAAATTCAGGAGCTGAGGGTGGTTAGAATAATCACTACCTGGTATCTGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCAGGAGCTGAGGGTGGTTAGAATAATCACTACCTGGTATCTGGA  1088

seq1  TACACCTGCAAACTCCTTCATTTGCATATCTGGAATTC  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCTGCAAACTCCTTCATTTGCATATCTGGAATTC  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |