BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267J02
Chromosome14 (Build37)
Map Location 11,290,954 - 11,378,882
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFhit
Upstream geneLOC100042415
Downstream geneLOC100041974, LOC667030, EG382843, LOC100042427, LOC667059
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267J02.bB6Ng01-267J02.g
ACCGA070655GA070656
length1,2061,174
definitionB6Ng01-267J02.b B6Ng01-267J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,377,669 - 11,378,882)(11,290,954 - 11,292,132)
sequence
gaattcaacagtagccccaggaaatgaaaacagaatatttttcaagtcac
cctgagacagacagacagacagacacagacacacacagacacacacagac
acacacacacacacacacacacacacacacacacagacacacacacacac
ttcctgcttctttaagggttaattgttttctttctccattgagggaatat
gctggatcagtttagtgacaggctgctgacccgaaagcggaagcatgctg
gctgcctttctctgtgtttctgcttagatcctgcagatgtaaatccgagt
gacagcaaagcactggacaagctttggggaaccaggcccctatttttagg
ctctctggggaatgttctttttatttgattttggtggttttggtcatatc
tcctaatacagtttcatacaaatggaatctggctgcccagcccagtgcaa
cccaaatcaaaattatattaaatcttttcaggctgtaaatcccttctcaa
attaaaacccggagacccatctactagatacccatagaagaggagggtgc
cccctcacccctccaagaacggccatgagcagctaatgactacttgacac
agactttcatcttttgtcccctgagaaataaaaatcttcaaagttatctg
gcttttatttgaaacctagcacaggttatacttggccaggtgtctcaaag
cagatatcatgagtcaaaaacaaaacaaaacaacaagcacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacaaagaaagctccctgcttca
ctaccctcttctttccttctcttttgctttaaaatgactctgagaagaca
tgagactaaatgtgtgatgtcatagaatgcctctaataatatagaatgaa
agccgctccgaggaggaggtgggttaagtctcatctgagagaaaagtgag
agttgtgacaatctggggctcccaggcaaaggaagccaccaggttctaac
tagtggggagggtgaaggagcagagtctgtagacagcactgtttccagct
gagtaagtagatagacgttctcttgttgggaccaggtaaataccccatga
aaggagctacagaaacgagttggagctaagacgaaggattgacatctaga
gactacccccaccccggtattcatcatatcagccacaaactcagacacat
atgcca

gaattcagttacttcagtgcttccaggtgagtcgggcttcatagtgagct
ctgcacaggttaaaggatcactttaaactcccaaagacctaagactacac
acacttaactcacagcacgctctacttcagctgtaggcaccatagggaaa
aagatggaaaggaaccaacctatctgccaactttattatgggatgccagc
acagggagcagacattgaaacacacggaaaggcacagaggaccacttttc
tattaaagcatttagttgacaagtgtttgcattatctgccctttgttatt
tagcccatagtttaaacatggaacaacagaaaaaccttcatcttaaaaga
tttatgtgggcatgtgcatgtgtgcatatgtgtaaaacttggaaggcatc
cccagcaatctgcttgtctggggttacaagtatgtgtggaccatggcttt
ttatgtgagtactgtggattcaaagacagtcctcatacttgtacagcaaa
aactctttccctctgtgccatttgacagcctctgtctctgtatttttgct
tgctgggaatcaaacaatttattgtatgaggaaatcatgtttgtttgagg
cagtcttgctctacatcagagactactcaaactccaggatcttatacctc
agtttcccaagtgctggatccttggtgttttctaccatgtctagctagaa
tacatattttttcatgagatgggcattaagaacaagaaaggacaagctca
aaaattaatataaagtataacagctgacaccaaaggaaagtgggtcttat
tgatttgcatgccaatattctaaaataatgaaatattgttatgcactgtg
acaactaaagagagtcattagaaatttatgtgtgtgcatgcactttaaaa
gacatgcttctaactttcattttcactacttggaagagctaattcctagg
gaaaatatcctaggcttctttttttttatcttgacattatttcctttgac
atgaactaactacagtaaatatattaagttctcagtgaaagaaataatca
tatgaatataaaattcatatcatatcagatagactaacatagtatgtagt
ttaaatatggctagttttcttaaacttgtctcttaaggcaaacgggggag
cctataatatatatggaaaacttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_11377669_11378882
seq2: B6Ng01-267J02.b_48_1253 (reverse)

seq1  TGGCATATGCAATAGTGTCTGGGTTTGGTGGCTGATTATGGGATGAATAC  50
      ||||||||      ||||||| |||| |||||||| |||  |||||||||
seq2  TGGCATAT------GTGTCTGAGTTT-GTGGCTGA-TAT--GATGAATAC  40

seq1  CGGGGT-GGGGTAGTCTCTGGATGGTCCATCCTTTCGTCCTAGCTCCAAA  99
      |||||| |||||||||||| ||| ||| |||| |||||| ||||||| ||
seq2  CGGGGTGGGGGTAGTCTCTAGAT-GTCAATCC-TTCGTCTTAGCTCC-AA  87

seq1  CTCTGTCTCTGTAGCTCCTTTCAT-GGGTATTTACCTGGGTCCCAAC-AG  147
      ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||
seq2  CTC-GTTTCTGTAGCTCCTTTCATGGGGTATTTACCT-GGTCCCAACAAG  135

seq1  AG-ACGTCTATCTACTTACTCAGCTGGGAACCAGTGCTGTCTACAGACTC  196
      || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
seq2  AGAACGTCTATCTACTTACTCAGCT-GGAAACAGTGCTGTCTACAGACTC  184

seq1  TGCTCC-TCACCCTCCCACCTAGTTAGAACCTGGTGGCCTTCCTTGCCTG  245
      |||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| | | |||||||
seq2  TGCTCCTTCACCCTCCCCACTAGTTAGAACCTGGTGGCTTCCTTTGCCTG  234

seq1  GGAGCCCCAGATTGTCACAACTCTCACTTTCCTCTCAGATGAGAC-TAAC  294
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  GGAGCCCCAGATTGTCACAACTCTCACTTTTCTCTCAGATGAGACTTAAC  284

seq1  CCACCTCCTCCTCGGAGCGGC-TTCATTCTATATTA-TAGAGGCATTCTA  342
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCACCTCCTCCTCGGAGCGGCTTTCATTCTATATTATTAGAGGCATTCTA  334

seq1  TGACATCACACATTTAGTCTCATGTCTTCTCAGAGTCATTTTAAAGCAAA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCACACATTTAGTCTCATGTCTTCTCAGAGTCATTTTAAAGCAAA  384

seq1  AGAGAAGGAAAGAAGAGGGTAGTGAAGCAGGGAGCTTTCCTTGTGTGTGT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGAGAAGGAAAGAAGAGGGTAGTGAAGCAGGGAGCTTTCTTTGTGTGTGT  434

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTTGTTTTGTTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCTTGTTGTTTTGTTT  484

seq1  TGTTTTTGACTCATGATATCTGCTTTGAGACACCTGGCCAAGTATAACCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGACTCATGATATCTGCTTTGAGACACCTGGCCAAGTATAACCT  534

seq1  GTGCTAGGTTTCAAATAAAAGCCAGATAACTTTGAAGATTTTTATTTCTC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTAGGTTTCAAATAAAAGCCAGATAACTTTGAAGATTTTTATTTCTC  584

seq1  AGGGGACAAAAGATGAAAGTCTGTGTCAAGTAGTCATTAGCTGCTCATGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGACAAAAGATGAAAGTCTGTGTCAAGTAGTCATTAGCTGCTCATGG  634

seq1  CCGTTCTTGGAGGGGTGAGGGGGCACCCTCCTCTTCTATGGGTATCTAGT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTCTTGGAGGGGTGAGGGGGCACCCTCCTCTTCTATGGGTATCTAGT  684

seq1  AGATGGGTCTCCGGGTTTTAATTTGAGAAGGGATTTACAGCCTGAAAAGA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTCTCCGGGTTTTAATTTGAGAAGGGATTTACAGCCTGAAAAGA  734

seq1  TTTAATATAATTTTGATTTGGGTTGCACTGGGCTGGGCAGCCAGATTCCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATAATTTTGATTTGGGTTGCACTGGGCTGGGCAGCCAGATTCCA  784

seq1  TTTGTATGAAACTGTATTAGGAGATATGACCAAAACCACCAAAATCAAAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATGAAACTGTATTAGGAGATATGACCAAAACCACCAAAATCAAAT  834

seq1  AAAAAGAACATTCCCCAGAGAGCCTAAAAATAGGGGCCTGGTTCCCCAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAACATTCCCCAGAGAGCCTAAAAATAGGGGCCTGGTTCCCCAAA  884

seq1  GCTTGTCCAGTGCTTTGCTGTCACTCGGATTTACATCTGCAGGATCTAAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTCCAGTGCTTTGCTGTCACTCGGATTTACATCTGCAGGATCTAAG  934

seq1  CAGAAACACAGAGAAAGGCAGCCAGCATGCTTCCGCTTTCGGGTCAGCAG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACACAGAGAAAGGCAGCCAGCATGCTTCCGCTTTCGGGTCAGCAG  984

seq1  CCTGTCACTAAACTGATCCAGCATATTCCCTCAATGGAGAAAGAAAACAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCACTAAACTGATCCAGCATATTCCCTCAATGGAGAAAGAAAACAA  1034

seq1  TTAACCCTTAAAGAAGCAGGAAGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCCTTAAAGAAGCAGGAAGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGT  1084

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGT  1134

seq1  CTGTCTGTCTGTCTGTCTCAGGGTGACTTGAAAAATATTCTGTTTTCATT  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGTCTGTCTGTCTCAGGGTGACTTGAAAAATATTCTGTTTTCATT  1184

seq1  TCCTGGGGCTACTGTTGAATTC  1214
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGCTACTGTTGAATTC  1206


seq1: chr14_11290954_11292132
seq2: B6Ng01-267J02.g_64_1237

seq1  GAATTCAGTTACTTCAGTGCTTCCAGGTGAGTCGGGCTTCATAGTGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTACTTCAGTGCTTCCAGGTGAGTCGGGCTTCATAGTGAGCT  50

seq1  CTGCACAGGTTAAAGGATCACTTTAAACTCCCAAAGACCTAAGACTACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAGGTTAAAGGATCACTTTAAACTCCCAAAGACCTAAGACTACAC  100

seq1  ACACTTAACTCACAGCACGCTCTACTTCAGCTGTAGGCACCATAGGGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTAACTCACAGCACGCTCTACTTCAGCTGTAGGCACCATAGGGAAA  150

seq1  AAGATGGAAAGGAACCAACCTATCTGCCAACTTTATTATGGGATGCCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGGAAAGGAACCAACCTATCTGCCAACTTTATTATGGGATGCCAGC  200

seq1  ACAGGGAGCAGACATTGAAACACACGGAAAGGCACAGAGGACCACTTTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAGCAGACATTGAAACACACGGAAAGGCACAGAGGACCACTTTTC  250

seq1  TATTAAAGCATTTAGTTGACAAGTGTTTGCATTATCTGCCCTTTGTTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAGCATTTAGTTGACAAGTGTTTGCATTATCTGCCCTTTGTTATT  300

seq1  TAGCCCATAGTTTAAACATGGAACAACAGAAAAACCTTCATCTTAAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCATAGTTTAAACATGGAACAACAGAAAAACCTTCATCTTAAAAGA  350

seq1  TTTATGTGGGCATGTGCATGTGTGCATATGTGTAAAACTTGGAAGGCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGGGCATGTGCATGTGTGCATATGTGTAAAACTTGGAAGGCATC  400

seq1  CCCAGCAATCTGCTTGTCTGGGGTTACAAGTATGTGTGGACCATGGCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAATCTGCTTGTCTGGGGTTACAAGTATGTGTGGACCATGGCTTT  450

seq1  TTATGTGAGTACTGTGGATTCAAAGACAGTCCTCATACTTGTACAGCAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGAGTACTGTGGATTCAAAGACAGTCCTCATACTTGTACAGCAAA  500

seq1  AACTCTTTCCCTCTGTGCCATTTGACAGCCTCTGTCTCTGTATTTTTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTCCCTCTGTGCCATTTGACAGCCTCTGTCTCTGTATTTTTGCT  550

seq1  TGCTGGGAATCAAACAATTTATTGTATGAGGAAATCATGTTTGTTTGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGGAATCAAACAATTTATTGTATGAGGAAATCATGTTTGTTTGAGG  600

seq1  CAGTCTTGCTCTACATCAGAGACTACTCAAACTCCAGGATCTTATACCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTTGCTCTACATCAGAGACTACTCAAACTCCAGGATCTTATACCTC  650

seq1  AGTTTCCCAAGTGCTGGATCCTTGGTGTTTTCTACCATGTCTAGCTAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCCAAGTGCTGGATCCTTGGTGTTTTCTACCATGTCTAGCTAGAA  700

seq1  TACATATTTTTTCATGAGATGGGCATTAAGAACAAGAAAGGACAAGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATTTTTTCATGAGATGGGCATTAAGAACAAGAAAGGACAAGCTCA  750

seq1  AAAATTAATATAAAGTATAACAGCTGACACCAAAGGAAAGTGGGTCTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAATATAAAGTATAACAGCTGACACCAAAGGAAAGTGGGTCTTAT  800

seq1  TGATTTGCATGCCAATATTCTAAAATAATGAAATATTGTTATGCACTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTGCATGCCAATATTCTAAAATAATGAAATATTGTTATGCACTGTG  850

seq1  ACAACTAAAGAGAGTCATTAGAAATTTATGTGTGTGCATGCACTTAAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACAACTAAAGAGAGTCATTAGAAATTTATGTGTGTGCATGCACTTTAAAA  900

seq1  GACATGCTTCTAACTTTCATTTTCACTACTTGGAAGAGCTAATTCCTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGCTTCTAACTTTCATTTTCACTACTTGGAAGAGCTAATTCCTAGG  950

seq1  GAAAATATCCTAGGCTTC-TTTTTTTTATCTTGACATTATTTCCTTTGAC  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATCCTAGGCTTCTTTTTTTTTATCTTGACATTATTTCCTTTGAC  1000

seq1  ATGAAACTAACTACAAGTAAATATATTAAGTTCTCAAGTGAAAGAAAATA  1049
      ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  ATG-AACTAACTAC-AGTAAATATATTAAGTTCTC-AGTGAAAG-AAATA  1046

seq1  ATCATATG-ATATAAAATTCAATATCATATCAAGATAGACTAACATAGTA  1098
      |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCATATGAATATAAAATTC-ATATCATATC-AGATAGACTAACATAGTA  1094

seq1  TGGTAGTTTAAATAATGGTAGTTTTCTTTAAACTTGTCTCTTATAGCAAA  1148
      | ||||||||||||  | |||||||| ||||||||||||||||  |||||
seq2  T-GTAGTTTAAATATGGCTAGTTTTC-TTAAACTTGTCTCTTAAGGCAAA  1142

seq1  GGGGGGAGCATATATATATATATG--AAACTTC  1179
       |||||||| |||| |||||||||  |||||||
seq2  CGGGGGAGCCTATA-ATATATATGGAAAACTTC  1174


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |