BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268D23
Chromosome14 (Build37)
Map Location 89,951,893 - 90,100,121
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneEG328451, LOC100043336
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268D23.bB6Ng01-268D23.g
ACCGA071155GA071156
length1,1091,094
definitionB6Ng01-268D23.b B6Ng01-268D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,951,893 - 89,953,005)(90,099,025 - 90,100,121)
sequence
gaattctccataaactataaataagtatgggttgacatcagcaagagggg
cttattcaaattagtatgtaagcaagagcagtgaggcagtttacaatttt
tggattggtctgttaaaagttgtacctcagaactgtgcactaagccttta
tttgataacctgtagtatctaataggtctgcctcctcttatagtgcaatt
catatatacacatatatatatatacatacatatatgcatattcatatatg
tgcacacatatatatatatacataatatatatctacactcacatatattt
gtgtttctatacttatatattcacatatatgcatatatgtatgtgtgtgt
gtttctacaatagtaggtttctacatggatgtgtataatgtatatattgt
tattcattcctctgtatcctccttttactactgtgccttccaatcccaca
gccaatttacataagcccatttttcaaataacctgtgttcaaaccattct
attttgaaatgcacacccttaaaccatatggatttaatgcattcatgaat
ggataatgacaatgtgctatacataaacactgattaatcattcagttata
aaaacaattgaaattataaatttttcaggtaaatgagtgaacaggagata
atctttcttgagcagtaagcagcatacagaaagacaaaggacactctttc
atgtttacagtagattttagtcttagatgtgtatttatttttttaaaaaa
tatttattttatttgtatgtgtgagtctcctgggaaaatactttgtatcc
cctgaaagatgtgttgtagacctctatgtagatgttagaaactaatatca
gatcctcgtaaactatagaaagtcctttaaattgtaaaccatttctttgg
cccatatccccatgcttaaataaagtattcataagcagtttttgttcaga
acataacaaaaaccaagtaggtaaaagttatctacacaggctctatagta
tagaaatggtataaaaataatagtacaggagcacatttattttattgtta
tgatgtgccacagacagcttctgataaaagctgttgtttcatgtgaataa
tataatcac

gaattccaaagcaatgcttacaagagttgttggctcaaatgcaggaatta
ccagagaatctgtgggatttgttggagatgtggataggtggctgatatta
ctattttaaagttttaatgagggtaatctataaaaatgtgtgctgtattc
tgtgggatgatttattaatagtttatgtacttaggcacataacacatcta
tactttttacttcttatgatccaaatacttatcagtgtttcattccaaat
acatatcgatgtttcacttctttggatgaagtatagttcacagatatgtt
actgttaacagacaatgtgctttactcagaaaatattcagacttgtattt
ttatttttctcatgaatatttcaggaattcatcttttaaccaaaatcata
gcctcattcagtgggagaagagagacaggttccatgtatcttaaaatttt
aagacactcagctagactttaaaataattatatgtataaatttggtatta
tagttttcaagaatataagtaaaatagacatttattcacttatcaagatc
atcaccattttaaaggttgaaaatcaagggttgtttaatgatgtttttca
aaaagtatatagtcaactagaggtgtatttgtatgaaggaggggcattct
gttttcaatggaagatatttatacaaattatgaattatagttattgacta
aataattgaggctatgatatattgtataattccacagcacttggagatct
ccttttagattggagaagtaaatcaattccatgtgttcatcatagaaata
aaggagataaccatggccatttatttttgttacttttatctcccaagtat
tttcacttaaattgcttaggctgtgctgaaaacaagtatatcactaaatt
gttttgtagataaagaaataagagcagtataatgcaatatgacttccaag
gacacaggatgcaagagatgcactcagtcttggtgcctgggtcacatctg
aaataagactattgagatatgagttttaagactgaaattatagtgagaag
tattattcaggttttactttcaatcagaaaactcttatggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_89951893_89953005
seq2: B6Ng01-268D23.b_45_1153

seq1  GAATTCTCCATAAACTATAAATAAGTATGGGTTGACATCAGCAAGAGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATAAACTATAAATAAGTATGGGTTGACATCAGCAAGAGGGG  50

seq1  CTTATTCAAATTAGTATGTAAGCAAGAGCAGTGAGGCAGTTTACAATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCAAATTAGTATGTAAGCAAGAGCAGTGAGGCAGTTTACAATTTT  100

seq1  TGGATTGGTCTGTTAAAAGTTGTACCTCAGAACTGTGCACTAAGCCTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGGTCTGTTAAAAGTTGTACCTCAGAACTGTGCACTAAGCCTTTA  150

seq1  TTTGATAACCTGTAGTATCTAATAGGTCTGCCTCCTCTTATAGTGCAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAACCTGTAGTATCTAATAGGTCTGCCTCCTCTTATAGTGCAATT  200

seq1  CATATATACACATATATATATATACATACATATATGCATATTCATATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATACACATATATATATATACATACATATATGCATATTCATATATG  250

seq1  TGCACACATATATATATATACATAATATATATCTACACTCACATATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACATATATATATATACATAATATATATCTACACTCACATATATTT  300

seq1  GTGTTTCTATACTTATATATTCACATATATGCATATATGTATGTGTGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTATACTTATATATTCACATATATGCATATATGTATGTGTGTGT  350

seq1  GTTTCTACAATAGTAGGTTTCTACATGGATGTGTATAATGTATATATTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTACAATAGTAGGTTTCTACATGGATGTGTATAATGTATATATTGT  400

seq1  TATTCATTCCTCTGTATCCTCCTTTTACTACTGTGCCTTCCAATCCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATTCCTCTGTATCCTCCTTTTACTACTGTGCCTTCCAATCCCACA  450

seq1  GCCAATTTACATAAGCCCATTTTTCAAATAACCTGTGTTCAAACCATTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAATTTACATAAGCCCATTTTTCAAATAACCTGTGTTCAAACCATTCT  500

seq1  ATTTTGAAATGCACACCCTTAAACCATATGGATTTAATGCATTCATGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAATGCACACCCTTAAACCATATGGATTTAATGCATTCATGAAT  550

seq1  GGATAATGACAATGTGCTATACATAAACACTGATTAATCATTCAGTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAATGACAATGTGCTATACATAAACACTGATTAATCATTCAGTTATA  600

seq1  AAAACAATTGAAATTATAAATTTTTCAGGTAAATGAGTGAACAGGAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAATTGAAATTATAAATTTTTCAGGTAAATGAGTGAACAGGAGATA  650

seq1  ATCTTTCTTGAGCAGTAAGCAGCATACAGAAAGACAAAGGACACTCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTTGAGCAGTAAGCAGCATACAGAAAGACAAAGGACACTCTTTC  700

seq1  ATGTTTACAGTAGATTTTAGTCTTAGATGTGTATTTATTTTTTTAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTACAGTAGATTTTAGTCTTAGATGTGTATTTATTTTTTTAAAAAA  750

seq1  TATTTATTTTATTTGTATGTGTGAGTCTCCTGGGAAAATACTTTGTATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTTATTTGTATGTGTGAGTCTCCTGGGAAAATACTTTGTATCC  800

seq1  CCTGAAAGATGTGTTGTAGACCTCTATGTAGATGTTAGAAACTAATATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAAAGATGTGTTGTAGACCTCTATGTAGATGTTAGAAACTAATATCA  850

seq1  GATCCTCGTAAACTATAGAAAGTCCTTTAAATTGTAAACCATTTCTTTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTCGTAAACTATAGAAAGTCCTTTAAATTGTAAACCATTTCTTTGG  900

seq1  CCCATATCCCCATGCTTAAATAAAGTATTCATAAGCAGTTTTTGTTCAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCCATATCCCCATGCTTAAATAAAGTATTCATAAGCAGTTTTTGTTC-AG  949

seq1  AACATAACAAAAACCAAGTAGGTAAAAAGTTATCTACACAGGCTCTATAG  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAACAAAAACCAAGTAGGT-AAAAGTTATCTACACAGGCTCTATAG  998

seq1  TATAGAAATGGTAT-AAAATAATTAAGTTAACAGGAGCACATTTA-TTTA  1048
      |||||||||||||| ||||||||  |||  ||||||||||||||| ||||
seq2  TATAGAAATGGTATAAAAATAAT--AGT--ACAGGAGCACATTTATTTTA  1044

seq1  T--GTATGATGTG-CACAGACAGGCTTCTGATTAAAAGCTGTTGTTTCAT  1095
      |   ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| 
seq2  TTGTTATGATGTGCCACAGACA-GCTTCTGA-TAAAAGCTGTTGTTTCA-  1091

seq1  TGTTGATAATATAATCAC  1113
      |||  |||||||||||||
seq2  TGTGAATAATATAATCAC  1109


seq1: chr14_90099025_90100121
seq2: B6Ng01-268D23.g_64_1157 (reverse)

seq1  TCCACCAT-AGAGTTTTCTGATTTGAAAATTAAAACTTGATTATACTTCT  49
      |||||||| |||||||||||| |||||| | ||| ||  || ||||||||
seq2  TCCACCATAAGAGTTTTCTGA-TTGAAAGTAAAACCTGAATAATACTTCT  49

seq1  CACTTATATTTCCAAGTCCTTTAAAACTCATATCTC-ATAGTCTTATTTC  98
      ||||   |||||  ||||  |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CACTATAATTTC--AGTC--TTAAAACTCATATCTCAATAGTCTTATTTC  95

seq1  AGATGTGACCCAGGCACCAAGACTGAGTGCATCTCTTGCATCCTGTGTCC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGACCCAGGCACCAAGACTGAGTGCATCTCTTGCATCCTGTGTCC  145

seq1  TTGGAAGTCATATTGCATTATACTGCTCTTATTTCTTTATCTACAAAACA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGTCATATTGCATTATACTGCTCTTATTTCTTTATCTACAAAACA  195

seq1  ATTTAGTGATATACTTGTTTTCAGCACAGCCTAAGCAATTTAAGTGAAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTGATATACTTGTTTTCAGCACAGCCTAAGCAATTTAAGTGAAAA  245

seq1  TACTTGGGAGATAAAAGTAACAAAAATAAATGGCCATGGTTATCTCCTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGGAGATAAAAGTAACAAAAATAAATGGCCATGGTTATCTCCTTT  295

seq1  ATTTCTATGATGAACACATGGAATTGATTTACTTCTCCAATCTAAAAGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTATGATGAACACATGGAATTGATTTACTTCTCCAATCTAAAAGGA  345

seq1  GATCTCCAAGTGCTGTGGAATTATACAATATATCATAGCCTCAATTATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCCAAGTGCTGTGGAATTATACAATATATCATAGCCTCAATTATTT  395

seq1  AGTCAATAACTATAATTCATAATTTGTATAAATATCTTCCATTGAAAACA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATAACTATAATTCATAATTTGTATAAATATCTTCCATTGAAAACA  445

seq1  GAATGCCCCTCCTTCATACAAATACACCTCTAGTTGACTATATACTTTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCCCTCCTTCATACAAATACACCTCTAGTTGACTATATACTTTTT  495

seq1  GAAAAACATCATTAAACAACCCTTGATTTTCAACCTTTAAAATGGTGATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACATCATTAAACAACCCTTGATTTTCAACCTTTAAAATGGTGATG  545

seq1  ATCTTGATAAGTGAATAAATGTCTATTTTACTTATATTCTTGAAAACTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGATAAGTGAATAAATGTCTATTTTACTTATATTCTTGAAAACTAT  595

seq1  AATACCAAATTTATACATATAATTATTTTAAAGTCTAGCTGAGTGTCTTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAAATTTATACATATAATTATTTTAAAGTCTAGCTGAGTGTCTTA  645

seq1  AAATTTTAAGATACATGGAACCTGTCTCTCTTCTCCCACTGAATGAGGCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAAGATACATGGAACCTGTCTCTCTTCTCCCACTGAATGAGGCT  695

seq1  ATGATTTTGGTTAAAAGATGAATTCCTGAAATATTCATGAGAAAAATAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTGGTTAAAAGATGAATTCCTGAAATATTCATGAGAAAAATAAA  745

seq1  AATACAAGTCTGAATATTTTCTGAGTAAAGCACATTGTCTGTTAACAGTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAAGTCTGAATATTTTCTGAGTAAAGCACATTGTCTGTTAACAGTA  795

seq1  ACATATCTGTGAACTATACTTCATCCAAAGAAGTGAAACATCGATATGTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCTGTGAACTATACTTCATCCAAAGAAGTGAAACATCGATATGTA  845

seq1  TTTGGAATGAAACACTGATAAGTATTTGGATCATAAGAAGTAAAAAGTAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAATGAAACACTGATAAGTATTTGGATCATAAGAAGTAAAAAGTAT  895

seq1  AGATGTGTTATGTGCCTAAGTACATAAACTATTAATAAATCATCCCACAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGTTATGTGCCTAAGTACATAAACTATTAATAAATCATCCCACAG  945

seq1  AATACAGCACACATTTTTATAGATTACCCTCATTAAAACTTTAAAATAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGCACACATTTTTATAGATTACCCTCATTAAAACTTTAAAATAGT  995

seq1  AATATCAGCCACCTATCCACATCTCCAACAAATCCCACAGATTCTCTGGT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCAGCCACCTATCCACATCTCCAACAAATCCCACAGATTCTCTGGT  1045

seq1  AATTCCTGCATTTGAGCCAACAACTCTTGTAAGCATTGCTTTGGAATTC  1097
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTGCATTTGAGCCAACAACTCTTGTAAGCATTGCTTTGGAATTC  1094


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |