BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269K04
Chromosome14 (Build37)
Map Location 101,321,402 - 101,468,128
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKlf12, LOC100043413, EG668683, EG668684
Downstream gene1700110M21Rik, LOC100043421, LOC382936, Tbc1d4, Commd6, Uchl3, Lmo7, LOC100043795, LOC545567
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269K04.bB6Ng01-269K04.g
ACCGA072177GA072178
length1,1501,174
definitionB6Ng01-269K04.b B6Ng01-269K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,321,402 - 101,322,558)(101,466,945 - 101,468,128)
sequence
gaattcttgggtgagaggtatgttccctgcaagggcatggtcactagaaa
atgaagaactgattcatgaaacccccttccgttcatctatagacaaaaag
ttagaaaaccaattatgtttcggttactcaatggctggatttcaaagaag
caactcttcctgacagtccagcacccacacaacataaacaaattaattca
ttgtgtttttccaatccaatatccacactgttacttactcactctctact
ctgtactcccaaacacacacaggcacagagacatgcacacacatatgcac
atgcacacatgcccatgaacgtgcacacatctgcacaatcacatgtaaac
acacacctggcaagttggggtacatgagccatgaaaataaagagatggac
actcacttgcctgacatacctgacttctttctctgaaaattggattataa
aattagttggatggattttttttttctcccaagaattttgaacacagatc
tgactctttactgatgtctatgtttagcaaaacccctgtccactcaaagt
tgcaagtcagtaacaagagaaaccagacataaagatgtcagaatactgga
taggttagaaaaagacagcatacctcctatatacagtgtggaaaccttca
ttgcccgtggtcagagctagagtccaaaaaagttgtaactagactctaaa
tgtgttctcaccagaaccttgaccaaaaggagaggcaatttgcttgctaa
agctaggacgagtggaaagtgctgccagtagggaaagctggggagagaga
aaaattctgtccagtttgtagagctgtaaaagtgtgagctgtcctccagg
agacactcacacagtggctccatccacttgtacagtggaatcatcaaagg
ctgcagcagatggctgggccagagtcctaaaacagtgtcaggctttggtt
tatgcttcctgtcaaagccccttctcacatctgggagcagtaatgcaagg
ccagcagaaatccagaggacacactctcagagtgatgtctccatctcctg
cctagtgtgactgggggtatgtgaatcacaccagtctctgaaacaggaga
gggatatctgcatgcctcggaacgaagggtccctcaagagttcaagggga


gaattccagaccatccagacctgtttggtaagaccctgcatcaaaaacca
aactaaaacaaaaccctaaaaagaagaacacaaggaaacaataaaacccg
aaaacaaagaccaagtcaaaatcaaacagggaacacctgcacaaaaaggc
aaagcctctgattggtccacagcagcaaaagccaccactgtccagtagga
aatagaggcgctcctttatgtcatctttaacttatttcaaacgcattatt
ttttgtttgttatgtggtctgacacttattttagacattgattattactt
atttatttattaattatgtgggccatcatttattttacggtcttatagaa
ctactctcccagtacattttaaagttagcattttcttttttgaagaattt
atactgtcttttaaattggggtagtttgtggttgattatagctgtatttt
aagatttttaaaaggtattttctggttatttcgttaatgttagtttgtta
gaaaaataattgaatcctaatgaaggcaattaaaaaggcccataatcgga
ccacatgcagttctctgtaattcctgtagtgaatgcccttctgtacctga
gccaaggtagtatcttaatgcattccattccatagatgcttcaaatgcag
atttacatttgactcaaactgtacctatacctattgcacaataactttgt
gtgtgtgtctgtgtgtgtctctgtgtgtgtctgtgtttgtagggattgat
agcaaggtgtttcccaatcactttccaccttactgattggatcagatctc
tctgaagacagagctcactgtttcctaatttagctggctggctcaaaatt
ccccacaatcctcctgtctccagcacactcctgatgtagaattacaggct
ccagcaactgaacccgggaggtacctccaatgcctctagtgccatagata
ctagcaatcctcattcaggtcatccagcttaccaagcagagagatgcttt
gcccacctaagacatcatcctcagacaccagtttcttatttgatatggag
acatattggacatcattcatgttatggaggagttgcctcccctcatagaa
agacttcaggcctaagcattctactatacttttcttggttctctgggttt
tcctcctaactatcccaggatggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_101321402_101322558
seq2: B6Ng01-269K04.b_45_1194

seq1  GAATTCTTGGGTGAGAGGTATGTTCCCTGCAAGGGCATGGTCACTAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGGTGAGAGGTATGTTCCCTGCAAGGGCATGGTCACTAGAAA  50

seq1  ATGAAGAACTGATTCATGAAACCCCCTTCCGTTCATCTATAGACAAAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAACTGATTCATGAAACCCCCTTCCGTTCATCTATAGACAAAAAG  100

seq1  TTAGAAAACCAATTATGTTTCGGTTACTCAATGGCTGGATTTCAAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAACCAATTATGTTTCGGTTACTCAATGGCTGGATTTCAAAGAAG  150

seq1  CAACTCTTCCTGACAGTCCAGCACCCACACAACATAAACAAATTAATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTTCCTGACAGTCCAGCACCCACACAACATAAACAAATTAATTCA  200

seq1  TTGTGTTTTTCCAATCCAATATCCACACTGTTACTTACTCACTCTCTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTTTCCAATCCAATATCCACACTGTTACTTACTCACTCTCTACT  250

seq1  CTGTACTCCCAAACACACACAGGCACAGAGACATGCACACACATATGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACTCCCAAACACACACAGGCACAGAGACATGCACACACATATGCAC  300

seq1  ATGCACACATGCCCATGAACGTGCACACATCTGCACAATCACATGTAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACATGCCCATGAACGTGCACACATCTGCACAATCACATGTAAAC  350

seq1  ACACACCTGGCAAGTTGGGGTACATGAGCCATGAAAATAAAGAGATGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCTGGCAAGTTGGGGTACATGAGCCATGAAAATAAAGAGATGGAC  400

seq1  ACTCACTTGCCTGACATACCTGACTTCTTTCTCTGAAAATTGGATTATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTTGCCTGACATACCTGACTTCTTTCTCTGAAAATTGGATTATAA  450

seq1  AATTAGTTGGATGGATTTTTTTTTTCTCCCAAGAATTTTGAACACAGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTTGGATGGATTTTTTTTTTCTCCCAAGAATTTTGAACACAGATC  500

seq1  TGACTCTTTACTGATGTCTATGTTTAGCAAAACCCCTGTCCACTCAAAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTTTACTGATGTCTATGTTTAGCAAAACCCCTGTCCACTCAAAGT  550

seq1  TGCAAGTCAGTAACAAGAGAAACCAGACATAAAGATGTCAGAATACTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTCAGTAACAAGAGAAACCAGACATAAAGATGTCAGAATACTGGA  600

seq1  TAGGTTAGAAAAAGACAGCATACCTCCTATATACAGTGTGGAAACCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTAGAAAAAGACAGCATACCTCCTATATACAGTGTGGAAACCTTCA  650

seq1  TTGCCCGTGGTCAGAGCTAGAGTCCAAAAAAGTTGTAACTAGACTCTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCGTGGTCAGAGCTAGAGTCCAAAAAAGTTGTAACTAGACTCTAAA  700

seq1  TGTGTTCTCACCAGAACCTTGACCAAAAGGAGAGGCAATTTGCTTGCTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTCACCAGAACCTTGACCAAAAGGAGAGGCAATTTGCTTGCTAA  750

seq1  AGCTAGGACGAGTGGAAAGTGCTGCCAGTAGGGAAAGCTGGGGAGAGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGACGAGTGGAAAGTGCTGCCAGTAGGGAAAGCTGGGGAGAGAGA  800

seq1  AAAATTCTGTCCAGTTTGTAGAGCTGTAAAAGTGTGAGCTGTCCTCCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTGTCCAGTTTGTAGAGCTGTAAAAGTGTGAGCTGTCCTCCAGG  850

seq1  AGACACTCACACAGTGGCTCCATCCACTTGTACAGTGGAATCATC-AAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGACACTCACACAGTGGCTCCATCCACTTGTACAGTGGAATCATCAAAGG  900

seq1  CTGCAGCAGATGGCTGGGCCAGAGTCCTAAAACAGTGTCAGGCTTTGGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCAGATGGCTGGGCCAGAGTCCTAAAACAGTGTCAGGCTTTGGTT  950

seq1  TATGCTTCCTGTCAAAGCCCCTTCTCACATCTGGGAGCAGTAATGCAAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTTCCTGTCAAAGCCCCTTCTCACATCTGGGAGCAGTAATGCAAGG  1000

seq1  CCAGCAGGAAATCCAGAGGACACAACTCTCAGAGTGATGTCTCCCATCTT  1049
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |
seq2  CCAGCA-GAAATCCAGAGGACAC-ACTCTCAGAGTGATGTCT-CCATC-T  1046

seq1  CCTGCCTAGTGTTGACTGGGGGTAATTGTGAATCACACCAAGTCTCTTGA  1099
      ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||
seq2  CCTGCCTAGTG-TGACTGGGGGTA--TGTGAATCACACC-AGTCTC-TGA  1091

seq1  AACAGGAGAGGGATATCTGCATG-CTCGGAGCAGAAGGGGCCCTCAAGAG  1148
      ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||
seq2  AACAGGAGAGGGATATCTGCATGCCTCGGAAC-GAAGGGTCCCTCAAGAG  1140

seq1  -TCAAGGGGA  1157
       |||||||||
seq2  TTCAAGGGGA  1150


seq1: chr14_101466945_101468128
seq2: B6Ng01-269K04.g_66_1239 (reverse)

seq1  GCCATCCTGGAAGATAGTATGGGAGAAAAAACACAAAAAAGAACAAAAGA  50
      ||||||||||  |||||| | |||| |||| |     | ||||| ||  |
seq2  GCCATCCTGG--GATAGT-TAGGAGGAAAACC----CAGAGAACCAAGAA  43

seq1  AATGATAGTAAGAATGCTAAGACTGAAAGTCTTTCCTATGAGTGGAGGCA  100
      ||  ||||| |||||||| || |   |||||||| ||||||| |||||| 
seq2  AAGTATAGT-AGAATGCTTAGGCCTGAAGTCTTT-CTATGAGGGGAGGC-  90

seq1  AACTCCT-CATAACATGAATGATGTCCCATATGTCTCATTATCAAATAAG  149
      ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||
seq2  AACTCCTCCATAACATGAATGATGTCCAATATGTCTCCATATCAAATAAG  140

seq1  AAACTGGTGTCTGAGGATGATGTCTTAGGTGGGCAAAGCATCCTCTCTGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAACTGGTGTCTGAGGATGATGTCTTAGGTGGGCAAAGCAT-CTCTCTGC  189

seq1  TTGGTAAGCTGGATGACCTGAATGAGGATTGCTAGTATCTATGGCACTAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTAAGCTGGATGACCTGAATGAGGATTGCTAGTATCTATGGCACTAG  239

seq1  AGGCATTGGAGGTACCTCCCGGGTTCAGTTGCTGGAGCCTGTAATTCTAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATTGGAGGTACCTCCCGGGTTCAGTTGCTGGAGCCTGTAATTCTAC  289

seq1  ATCAGGAGTGTGCTGGAGACAGGAGGATTGTGGGGAATTTTGAGCCAGCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAGTGTGCTGGAGACAGGAGGATTGTGGGGAATTTTGAGCCAGCC  339

seq1  AGCTAAATTAGGAAACAGTGAGCTCTGTCTTCAGAGAGATCTGATCCAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAATTAGGAAACAGTGAGCTCTGTCTTCAGAGAGATCTGATCCAAT  389

seq1  CAGTAAGGTGGAAAGTGATTGGGAAACACCTTGCTATCAATCCCTACAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGGTGGAAAGTGATTGGGAAACACCTTGCTATCAATCCCTACAAA  439

seq1  CACAGACACACACAGAGACACACACAGACACACACACAAAGTTATTGTGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACACACAGAGACACACACAGACACACACACAAAGTTATTGTGC  489

seq1  AATAGGTATAGGTACAGTTTGAGTCAAATGTAAATCTGCATTTGAAGCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTATAGGTACAGTTTGAGTCAAATGTAAATCTGCATTTGAAGCAT  539

seq1  CTATGGAATGGAATGCATTAAGATACTACCTTGGCTCAGGTACAGAAGGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGAATGGAATGCATTAAGATACTACCTTGGCTCAGGTACAGAAGGG  589

seq1  CATTCACTACAGGAATTACAGAGAACTGCATGTGGTCCGATTATGGGCCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCACTACAGGAATTACAGAGAACTGCATGTGGTCCGATTATGGGCCT  639

seq1  TTTTAATTGCCTTCATTAGGATTCAATTATTTTTCTAACAAACTAACATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTGCCTTCATTAGGATTCAATTATTTTTCTAACAAACTAACATT  689

seq1  AACGAAATAACCAGAAAATACCTTTTAAAAATCTTAAAATACAGCTATAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAAATAACCAGAAAATACCTTTTAAAAATCTTAAAATACAGCTATAA  739

seq1  TCAACCACAAACTACCCCAATTTAAAAGACAGTATAAATTCTTCAAAAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCACAAACTACCCCAATTTAAAAGACAGTATAAATTCTTCAAAAAA  789

seq1  GAAAATGCTAACTTTAAAATGTACTGGGAGAGTAGTTCTATAAGACCGTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATGCTAACTTTAAAATGTACTGGGAGAGTAGTTCTATAAGACCGTA  839

seq1  AAATAAATGATGGCCCACATAATTAATAAATAAATAAGTAATAATCAATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGATGGCCCACATAATTAATAAATAAATAAGTAATAATCAATG  889

seq1  TCTAAAATAAGTGTCAGACCACATAACAAACAAAAAATAATGCGTTTGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATAAGTGTCAGACCACATAACAAACAAAAAATAATGCGTTTGAA  939

seq1  ATAAGTTAAAGATGACATAAAGGAGCGCCTCTATTTCCTACTGGACAGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTTAAAGATGACATAAAGGAGCGCCTCTATTTCCTACTGGACAGTG  989

seq1  GTGGCTTTTGCTGCTGTGGACCAATCAGAGGCTTTGCCTTTTTGTGCAGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTTTTGCTGCTGTGGACCAATCAGAGGCTTTGCCTTTTTGTGCAGG  1039

seq1  TGTTCCCTGTTTGATTTTGACTTGGTCTTTGTTTTCGGGTTTTATTGTTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCTGTTTGATTTTGACTTGGTCTTTGTTTTCGGGTTTTATTGTTT  1089

seq1  CCTTGTGTTCTTCTTTTTAGGGTTTTGTTTTAGTTTGGTTTTTGATGCAG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTTCTTCTTTTTAGGGTTTTGTTTTAGTTTGGTTTTTGATGCAG  1139

seq1  GGTCTTACCAAACAGGTCTGGATGGTCTGGAATTC  1184
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTACCAAACAGGTCTGGATGGTCTGGAATTC  1174


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |