BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271N22
Chromosome14 (Build37)
Map Location 79,340,101 - 79,484,108
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1300010F03Rik, LOC629709
Upstream geneEpsti1, AU021034, Tnfsf11, LOC219180, Akap11, Dgkh, LOC673649
Downstream geneLOC100043765, AU017455, 1190002H23Rik, Narg1l, Mtrf1, Kbtbd7, EG432879, Wbp4, Elf1, LOC668560, Sugt1, Lect1, Pcdh8, EG629734, Olfm4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271N22.bB6Ng01-271N22.g
ACCGA073838GA073839
length6341,043
definitionB6Ng01-271N22.b B6Ng01-271N22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,340,101 - 79,340,734)(79,483,058 - 79,484,108)
sequence
gaattccagaccaatttctcccagtcttgtatttgaagtatgtggtgttt
ccatactagggtcttacttttaagttctggaaggccccaaggacaatggc
aacagcctatattgtttgggaacctctgggacctccctgaccaacaacta
aaatggaagtttcctatgtttggggagtttgttagtctacggctgttggg
gagcattataactctctgtggcctaatttcacttaaaccccactcccaca
tacgtatgtaagtattatatacatgtttctaagtaagtttataaaaatgt
tctcatgtggctttttcagacatcctcaggggtctttatcccccttacac
ctctatgctgctgtccttccttaccctctcatagatcctttctctctcca
tttctcttatgcactgtgtcctgctaccgttcttgacggtttgagtgatg
atgctttccataggtccatgtgctccttagtggaactgtgtggtgaggat
taggaggtggggccttgttggaggaggtgtttcattgggtttcgaagact
caaggcattcccagtcagctctctgcctcctacttgtggctccagctgtc
tgataccatatccttgctctcttatcatagactc
gaattcacagagagccacctctgtcttctgaatgctgggattaaagatgt
gtgccaccatatctggcctgttatttaagagctgatatgaactatgctgt
agcaattccaagtatcagtcaggatagtagaatttgtcccttatgggcct
tttaaatgcacccattatgaacaaaaataagttcaatttaacatgttacg
agcacttttgtgcatatgagagggacacaggaggagcagtggcagaaata
cacaccgcatgatttttaattgttctcaactttaagtactttcgggtcgc
tggctcaaacacatagatatgtaatttactccacctccctcccaagaaag
tgctgttttctctaaaaaatgaagaataggtttaagaaaaagagaaggat
aaaaacaaagggggaaaagtttgcagatgtgcttcaccctgagaggaaag
ggttacattttatcaggagaagcaaatgagtcattttcaaggccaactgc
gactgcctgctggagcaacctgaagcactgtgctcagaacagaggagcga
gagcaagtttaaaaatcctggcaggtaatttgctcccgacaggtgtgcgt
taacagggtcaccgcccatcacaagcaccaaagtctgaccttcatctact
gactcagactttctctctcttgacccgtgaacgcaacatctcctgagaag
agcacctgtcctttaccaccaacaaacaataacacagtcagtctcaaacg
tttattcaaggtggctgacgtgaggtgaggactaaatgacaaccatagaa
cttacagcaacaaaagcaagatccagacttactcacctcagtgactgcat
ctcagtcaggttagcagctgccctgggccttctaccagttgtacttacct
ttttagtaaccgacagcacctgcagaacatctgtacaaaggtacccaggg
tccaaggcacaaatgagccacggtggcagcagcccccaagtgcagaacat
catcccaccctttactgcatcctgatatgatgggaggtggcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_79340101_79340734
seq2: B6Ng01-271N22.b_46_679

seq1  GAATTCCAGACCAATTTCTCCCAGTCTTGTATTTGAAGTATGTGGTGTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACCAATTTCTCCCAGTCTTGTATTTGAAGTATGTGGTGTTT  50

seq1  CCATACTAGGGTCTTACTTTTAAGTTCTGGAAGGCCCCAAGGACAATGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTAGGGTCTTACTTTTAAGTTCTGGAAGGCCCCAAGGACAATGGC  100

seq1  AACAGCCTATATTGTTTGGGAACCTCTGGGACCTCCCTGACCAACAACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCCTATATTGTTTGGGAACCTCTGGGACCTCCCTGACCAACAACTA  150

seq1  AAATGGAAGTTTCCTATGTTTGGGGAGTTTGTTAGTCTACGGCTGTTGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAAGTTTCCTATGTTTGGGGAGTTTGTTAGTCTACGGCTGTTGGG  200

seq1  GAGCATTATAACTCTCTGTGGCCTAATTTCACTTAAACCCCACTCCCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTATAACTCTCTGTGGCCTAATTTCACTTAAACCCCACTCCCACA  250

seq1  TACGTATGTAAGTATTATATACATGTTTCTAAGTAAGTTTATAAAAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTATGTAAGTATTATATACATGTTTCTAAGTAAGTTTATAAAAATGT  300

seq1  TCTCATGTGGCTTTTTCAGACATCCTCAGGGGTCTTTATCCCCCTTACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATGTGGCTTTTTCAGACATCCTCAGGGGTCTTTATCCCCCTTACAC  350

seq1  CTCTATGCTGCTGTCCTTCCTTACCCTCTCATAGATCCTTTCTCTCTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGCTGCTGTCCTTCCTTACCCTCTCATAGATCCTTTCTCTCTCCA  400

seq1  TTTCTCTTATGCACTGTGTCCTGCTACCGTTCTTGACGGTTTGAGTGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTATGCACTGTGTCCTGCTACCGTTCTTGACGGTTTGAGTGATG  450

seq1  ATGCTTTCCATAGGTCCATGTGCTCCTTAGTGGAACTGTGTGGTGAGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTCCATAGGTCCATGTGCTCCTTAGTGGAACTGTGTGGTGAGGAT  500

seq1  TAGGAGGTGGGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTTTCATTGGGTTTCGAAGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTGGGGCCTTGTTGGAGGAGGTGTTTCATTGGGTTTCGAAGACT  550

seq1  CAAGGCATTCCCAGTCAGCTCTCTGCCTCCTACTTGTGGCTCCAGCTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCATTCCCAGTCAGCTCTCTGCCTCCTACTTGTGGCTCCAGCTGTC  600

seq1  TGATACCATATCTTTGCTCTCTTATCATAGACTC  634
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCATATCCTTGCTCTCTTATCATAGACTC  634

seq1: chr14_79483058_79484108
seq2: B6Ng01-271N22.g_66_1108 (reverse)

seq1  TTGCCACCTCCCATCATTATCAGGGATGCAGGTAAAGGGTGGGAATGGTT  50
      |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||| | 
seq2  TTGCCACCTCCCATCA-TATCA-GGATGCA-GTAAAGGGTGGG-ATGAT-  45

seq1  GGTTTCTGCACTTGGGGGCTGCTGCCACCGTTGGCTCATTTGTGCCTTGG  100
         ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  --GTTCTGCACTTGGGGGCTGCTGCCACCG-TGGCTCATTTGTGCCTTGG  92

seq1  ACCCTGGGTACCTTTGTACAGATGTTCTGCAGGTGCTGTCGGTTACTAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGGTACCTTTGTACAGATGTTCTGCAGGTGCTGTCGGTTACTAAA  142

seq1  AAGGTAAGTACAAACTGGTAGAAGG-CCAGGGCAGCTGCTAACCTGACTG  199
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAAGTAC-AACTGGTAGAAGGCCCAGGGCAGCTGCTAACCTGACTG  191

seq1  AGATGCAGTCACTGAGGTGAGTAAGTCTGGATCTTGCTTTTGTTGCTGTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGTCACTGAGGTGAGTAAGTCTGGATCTTGCTTTTGTTGCTGTA  241

seq1  AGTTCTATGGTTGTCATTTAGTCCTCACCTCACGTCAGCCACCTTGAATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTATGGTTGTCATTTAGTCCTCACCTCACGTCAGCCACCTTGAATA  291

seq1  AACGTTTGAGACTGACTGTGTTATTGTTTGTTGGTGGTAAAGGACAGGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGTTTGAGACTGACTGTGTTATTGTTTGTTGGTGGTAAAGGACAGGTG  341

seq1  CTCTTCTCAGGAGATGTTGCGTTCACGGGTCAAGAGAGAGAAAGTCTGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTCAGGAGATGTTGCGTTCACGGGTCAAGAGAGAGAAAGTCTGAG  391

seq1  TCAGTAGATGAAGGTCAGACTTTGGTGCTTGTGATGGGCGGTGACCCTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAGATGAAGGTCAGACTTTGGTGCTTGTGATGGGCGGTGACCCTGT  441

seq1  TAACGCACACCTGTCGGGAGCAAATTACCTGCCAGGATTTTTAAACTTGC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACGCACACCTGTCGGGAGCAAATTACCTGCCAGGATTTTTAAACTTGC  491

seq1  TCTCGCTCCTCTGTTCTGAGCACAGTGCTTCAGGTTGCTCCAGCAGGCAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGCTCCTCTGTTCTGAGCACAGTGCTTCAGGTTGCTCCAGCAGGCAG  541

seq1  TCGCAGTTGGCCTTGAAAATGACTCATTTGCTTCTCCTGATAAAATGTAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCAGTTGGCCTTGAAAATGACTCATTTGCTTCTCCTGATAAAATGTAA  591

seq1  CCCTTTCCTCTCAGGGTGAAGCACATCTGCAAACTTTTCCCCCTTTGTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTCCTCTCAGGGTGAAGCACATCTGCAAACTTTTCCCCCTTTGTTT  641

seq1  TTATCCTTCTCTTTTTCTTAAACCTATTCTTCATTTTTTAGAGAAAACAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTTCTCTTTTTCTTAAACCTATTCTTCATTTTTTAGAGAAAACAG  691

seq1  CACTTTCTTGGGAGGGAGGTGGAGTAAATTACATATCTATGTGTTTGAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCTTGGGAGGGAGGTGGAGTAAATTACATATCTATGTGTTTGAGC  741

seq1  CAGCGACCCGAAAGTACTTAAAGTTGAGAACAATTAAAAATCATGCGGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGACCCGAAAGTACTTAAAGTTGAGAACAATTAAAAATCATGCGGTG  791

seq1  TGTATTTCTGCCACTGCTCCTCCTGTGTCCCTCTCATATGCACAAAAGTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTCTGCCACTGCTCCTCCTGTGTCCCTCTCATATGCACAAAAGTG  841

seq1  CTCGTAACATGTTAAATTGAACTTATTTTTGTTCATAATGGGTGCATTTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTAACATGTTAAATTGAACTTATTTTTGTTCATAATGGGTGCATTTA  891

seq1  AAAGGCCCATAAGGGACAAATTCTACTATCCTGACTGATACTTGGAATTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCCCATAAGGGACAAATTCTACTATCCTGACTGATACTTGGAATTG  941

seq1  CTACAGCATAGTTCATATCAGCTCTTAAATAACAGGCCAGATATGGTGGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCATAGTTCATATCAGCTCTTAAATAACAGGCCAGATATGGTGGC  991

seq1  ACACATCTTTAATCCCAGCATTCAGAAGACAGAGGTGGCTCTCTGTGAAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCTTTAATCCCAGCATTCAGAAGACAGAGGTGGCTCTCTGTGAAT  1041

seq1  TC  1051
      ||
seq2  TC  1043