BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275B11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 96,767,947 - 96,895,524
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKlhl1
Upstream geneLOC382931, 4921530L21Rik
Downstream geneLOC100043366, LOC668654
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275B11.bB6Ng01-275B11.g
ACCGA076222GA076223
length1,196918
definitionB6Ng01-275B11.b B6Ng01-275B11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,894,330 - 96,895,524)(96,767,947 - 96,768,675)
sequence
gaattcattgtcctaacaattctgtggttaggacaagacctgcacaagat
taagctaatcaatattccatcaggtatggggcaagatgctagcaagatcc
tatccttagctaaggatttattgccagtggattactcttagggtagagag
actcattttccccctgtgggagttatctcttgtagactgcccatgctctt
ttagatggtagttatgaatgtacacagttataattggaatcagtttatta
taagtaaaaataaaagataatgcagtatgaagttgacatggaagtggggt
ctgggagaatttagacacaaagatgatagggcataaacagaatatatgct
acccttgtataaaattcttaaagaataaacaaaacagaaattaaaaatgg
taaaatttcaaataaatatgaacattaatacatcttaaaattgaacatag
gacctattaaatagctttctaattatggtactgaattctcattacactaa
atattaaaaattgtacttctgtaatttgaagaggcagctctggaaagcat
aaacaattttaagtgtgagtgtacttcactattgtttaccaactgacagc
cattttttaaatgggactgttttagtagttgtaataaataattaaaatat
tctcctatagttttcatactcaaaatttactgaaaagtaaattttaagat
aaaaattaatagtgtctaactctaaaatgtcacaaatttaaactttctaa
catcctccagtaacttaacacataaatttgtcacaaggctaaaacccaca
tttatgcccaatattattagtttaaaaaatcatgggcatacaaataattg
atagggaccagaccaatttaggaaattaagataattacagaaatcacgat
tcccagattgtatctagatctcctgactccatgacggcaggaaagcatga
tggcaccagtctgcctcactcacatgctaacggatttgatgaggcaaaca
tgggagagtatccagaatctcaagatgcttttagatgcagtggaagtaac
gggcatttcgatttctgtagtttatggcaagttcattcaaagtgtcacat
caagagaagttttcctagtagcaaaaaccattgatcctttacagcatcgt
tgtaatttataaaaccatggggaaagattccatctctcttttaaag
gaattcagcagacaagaggtaaaacaactaatcaataatcagcaatctga
tgaaattataaatttatgacttaaattgaaaagataataatgatgacgat
aatgattatgaagataagacatgtttaaacagaggtgccctgcatgggta
tatgctgatattctaagagggcataggtttcaaaaacactggcaagtttt
gcattatttgccagagctttttcggaagcattaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaacaaacaaacaaaaacccctctctgttgccattctcctca
tttgcccatcaaaattaggtgttctaaccctgatgcagaaacaaacaaac
aaacaaacaataacaaatccaaacaaactggtgaattttggttacaggac
acagagtttgaacctgaaacagaaagagatttttttttttttttgctaga
tagcatacttccaaatatttatattcttcaatacaatgtaggcttctgaa
aaaagagaggtcatttgttttatactgcttggaatctgcatactataata
ctgatctgccaggaaatacatgtctctttatgaaaacagtatgcacatag
tatgactgattgtgagataatcacagactagttgatacctgctttacaat
aaggaataccaagcttattactgtaaaccaggtcaaaggcctgtcactgt
ccatgacacagactaaatctatgactgttacttcacttaatgaacatcct
tttaaacattcagcgttatacctagagtctaatgctatttagccctgggc
agggaagcttcttttgtacactggatggtgggtcatgaagagacttgacc
tgttgaaaataagtgatatctgagtggttcaacctcaataggaagtgtct
ccaactccttctggagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_96894330_96895524
seq2: B6Ng01-275B11.b_46_1241 (reverse)

seq1  CTTTAA-----GGATGGACT-TTTCCCCATGGTTTTATAAAATTACACAC  44
      ||||||      |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CTTTAAAAGAGAGATGGAATCTTTCCCCATGGTTTTAT-AAATTACA-AC  48

seq1  GATGCTGTTAAAGGATC-ATGGTTTTTTGGCTACTAGGAAAACCTCTCCT  93
      ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||||||||| |||| |
seq2  GATGCTG-TAAAGGATCAATGGTTTTT--GCTACTAGGAAAACTTCTCTT  95

seq1  GATGTGAACACTTTGAATG-ACTTGCCATAAACTACAGGAATCGAAATGC  142
      |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATGTG-ACACTTTGAATGAACTTGCCATAAACTACAGAAATCGAAATGC  144

seq1  CCGTTACTTCCACTGCATCTTAAAGCATCCTTGAGATTCTGGATACTCTC  192
      |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTACTTCCACTGCATCTAAAAGCAT-CTTGAGATTCTGGATACTCTC  193

seq1  CCATGTTTGCCTCATCAAATCCGTTAGCATGTGAGTGAGGCAGACTGGTG  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTGCCTCATCAAATCCGTTAGCATGTGAGTGAGGCAGACTGGTG  243

seq1  CCATCATGCTTTCCTGCCGTCATGGAGTCAGGAGATCTAGATACAATCTG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATGCTTTCCTGCCGTCATGGAGTCAGGAGATCTAGATACAATCTG  293

seq1  GGAATCGTGATTTCTGTAATTATCTTAATTTCCTAAATTGGTCTGGTCCC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCGTGATTTCTGTAATTATCTTAATTTCCTAAATTGGTCTGGTCCC  343

seq1  TATCAATTATTTGTATGCCCATGATTTTTTAAACTAATAATATTGGGCAT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAATTATTTGTATGCCCATGATTTTTTAAACTAATAATATTGGGCAT  393

seq1  AAATGTGGGTTTTAGCCTTGTGACAAATTTATGTGTTAAGTTACTGGAGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGGGTTTTAGCCTTGTGACAAATTTATGTGTTAAGTTACTGGAGG  443

seq1  ATGTTAGAAAGTTTAAATTTGTGACATTTTAGAGTTAGACACTATTAATT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGAAAGTTTAAATTTGTGACATTTTAGAGTTAGACACTATTAATT  493

seq1  TTTATCTTAAAATTTACTTTTCAGTAAATTTTGAGTATGAAAACTATAGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTAAAATTTACTTTTCAGTAAATTTTGAGTATGAAAACTATAGG  543

seq1  AGAATATTTTAATTATTTATTACAACTACTAAAACAGTCCCATTTAAAAA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATTTTAATTATTTATTACAACTACTAAAACAGTCCCATTTAAAAA  593

seq1  ATGGCTGTCAGTTGGTAAACAATAGTGAAGTACACTCACACTTAAAATTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTGTCAGTTGGTAAACAATAGTGAAGTACACTCACACTTAAAATTG  643

seq1  TTTATGCTTTCCAGAGCTGCCTCTTCAAATTACAGAAGTACAATTTTTAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCTTTCCAGAGCTGCCTCTTCAAATTACAGAAGTACAATTTTTAA  693

seq1  TATTTAGTGTAATGAGAATTCAGTACCATAATTAGAAAGCTATTTAATAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAGTGTAATGAGAATTCAGTACCATAATTAGAAAGCTATTTAATAG  743

seq1  GTCCTATGTTCAATTTTAAGATGTATTAATGTTCATATTTATTTGAAATT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATGTTCAATTTTAAGATGTATTAATGTTCATATTTATTTGAAATT  793

seq1  TTACCATTTTTAATTTCTGTTTTGTTTATTCTTTAAGAATTTTATACAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATTTTTAATTTCTGTTTTGTTTATTCTTTAAGAATTTTATACAAG  843

seq1  GGTAGCATATATTCTGTTTATGCCCTATCATCTTTGTGTCTAAATTCTCC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGCATATATTCTGTTTATGCCCTATCATCTTTGTGTCTAAATTCTCC  893

seq1  CAGACCCCACTTCCATGTCAACTTCATACTGCATTATCTTTTATTTTTAC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCCCACTTCCATGTCAACTTCATACTGCATTATCTTTTATTTTTAC  943

seq1  TTATAATAAACTGATTCCAATTATAACTGTGTACATTCATAACTACCATC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATAAACTGATTCCAATTATAACTGTGTACATTCATAACTACCATC  993

seq1  TAAAAGAGCATGGGCAGTCTACAAGAGATAACTCCCACAGGGGGAAAATG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGAGCATGGGCAGTCTACAAGAGATAACTCCCACAGGGGGAAAATG  1043

seq1  AGTCTCTCTACCCTAAGAGTAATCCACTGGCAATAAATCCTTAGCTAAGG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTCTACCCTAAGAGTAATCCACTGGCAATAAATCCTTAGCTAAGG  1093

seq1  ATAGGATCTTGCTAGCATCTTGCCCCATACCTGATGGAATATTGATTAGC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGATCTTGCTAGCATCTTGCCCCATACCTGATGGAATATTGATTAGC  1143

seq1  TTAATCTTGTGCAGGTCTTGTCCTAACCACAGAATTGTTAGGACAATGAA  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCTTGTGCAGGTCTTGTCCTAACCACAGAATTGTTAGGACAATGAA  1193

seq1  TTC  1195
      |||
seq2  TTC  1196

seq1: chr14_96767947_96768675
seq2: B6Ng01-275B11.g_65_794

seq1  GAATTCAGCAGACAAGAGGTAAAACAACTAATCAATAATCAGCAATCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGACAAGAGGTAAAACAACTAATCAATAATCAGCAATCTGA  50

seq1  TGAAATTATAAATTTATGACTTAAATTGAAAAGATAATAATGATGACGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTATAAATTTATGACTTAAATTGAAAAGATAATAATGATGACGAT  100

seq1  AATGATTATGAAGATAAGACATGTTTAAACAGAGGTGCCCTGCATGGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTATGAAGATAAGACATGTTTAAACAGAGGTGCCCTGCATGGGTA  150

seq1  TATGCTGATATTCTAAGAGGGCATAGGTTTCAAAAACACTGGCAAGTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGATATTCTAAGAGGGCATAGGTTTCAAAAACACTGGCAAGTTTT  200

seq1  GCATTATTTGCCAGAGCTTTTTCGGAAGCATT-AAAAAAAAAAAAAAAAA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCATTATTTGCCAGAGCTTTTTCGGAAGCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAA  250

seq1  AAAAAAAAAAACAAACAAACAAAAACCCCTCTCTGTTGCCATTCTCCTCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAACAAACAAACAAAAACCCCTCTCTGTTGCCATTCTCCTCA  300

seq1  TTTGCCCATCAAAATTAGGTGTTCTAACCCTGATGCAGAAACAAACAAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCATCAAAATTAGGTGTTCTAACCCTGATGCAGAAACAAACAAAC  350

seq1  AAACAAACAATAACAAATCCAAACAAACTGGTGAATTTTGGTTACAGGAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAATAACAAATCCAAACAAACTGGTGAATTTTGGTTACAGGAC  400

seq1  ACAGAGTTTGAACCTGAAACAGAAAGAGATTTTTTTTTTTTTTTGCTAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTTTGAACCTGAAACAGAAAGAGATTTTTTTTTTTTTTTGCTAGA  450

seq1  TAGCATACTTCCAAATATTTATATTCTTCAATACAATGTAGGCTTCTGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATACTTCCAAATATTTATATTCTTCAATACAATGTAGGCTTCTGAA  500

seq1  GAAAGAGAGGTCATTTGTTTTATACTGCTTGGAATCTGCATACTATAATA  549
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAGGTCATTTGTTTTATACTGCTTGGAATCTGCATACTATAATA  550

seq1  CTGATCTGCCAGGAAATACATGTCTCTTTATGAAAACAGTATGCACATAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTGCCAGGAAATACATGTCTCTTTATGAAAACAGTATGCACATAG  600

seq1  TATGACTGATTGTGAGATAATCACAGACTAGTTGATACCTGCTTTACAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTGATTGTGAGATAATCACAGACTAGTTGATACCTGCTTTACAAT  650

seq1  AAGGAATACCAAGCTTATTACTGTAAACCAGGTCAAAGGCCTGTCACTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATACCAAGCTTATTACTGTAAACCAGGTCAAAGGCCTGTCACTGT  700

seq1  CCATGACACAGACTAAATCTATGACTGTTA  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGACACAGACTAAATCTATGACTGTTA  730