BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275P12
Chromosome14 (Build37)
Map Location 123,982,506 - 124,110,839
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVgcnl1, Itgbl1, LOC668700
Upstream genePcca, BC006662, 4930594M22Rik, Tmtc4
Downstream geneFgf14, GA_x5J8B7W4W3R-189177-188236
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275P12.bB6Ng01-275P12.g
ACCGA076863GA076864
length1,051951
definitionB6Ng01-275P12.b B6Ng01-275P12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,109,786 - 124,110,839)(123,982,506 - 123,983,444)
sequence
gaattccctgccatttgctggtgttgatcttccttactccagacgaagag
acactttaaatcattcaaattctcctatggacaaataatagaacttttgg
tcatatagggacaccagagattaaatcaagtcaaggaacagtagtcagaa
gttaaacatcaagtcaaaaacaaacaaatactcccaaacaagcaagcagg
gccccctacactctgcaacagagcaagagatgacataaaacttggcatat
gaatgataatcactagaaaatagatatttgtatgtatgttgtatatgtgt
ttatgtgcatatacggagtccaataattgatgtcaaatgtcttcttcaat
agctctccatcgtggtttttgagacatgttctatcagtaaaactaaaatt
cactaattctgttaggctggataaatgggaagctctggaggtctttctgt
ctctgtccctctagcagcagcaatacaaattcatgctgttatacacatct
ctaacttgggtgctgggagtctgaattcacatcctcaatattgcaaaatc
ctctacctattgcacaatctccccatcctagaaacataaaagtttaccgt
taagaaatggcatcccactttatttattgtcaagagaaagttggaagagt
aatgaagttagatacattgcctgtgactccagagggtcgtaaagttgaag
taatattctaagcttgatgccatttgtcctggaagggtttaagacatttc
aaccagatattcacgatgatgctgatatttctgttatatgctcttcacaa
agaaattagcctatttatccaaaaagtttccattattatttgatcagggg
gaaaaaagctgtttgaagactataaaatggtatttcctgctaaggtgcct
ctaaggttagtcgtgattgtcaacttggcagatctgaagaagtcacatag
aagacaaacctctaggatattttgtgagttatatagagagtaagttacat
tcttagtgagatgtaagacccactttagaatatggatatggaataccatt
c

gaattctgccctctctaagaaaatttttatatttttaacatttaccttta
cttgccctgaagctattctaattgtctcactcctgggaataagattttct
tattttatatgaagccatgaatacatttccttcctctctcagttgtgata
ataagctgtcaggtgagtgttcatctttgctatttcacctgctgcttcat
ctttgcaggttcctctttcagctcacagcagatatctgacatcacatttg
gcattttgcagcacctgtttctgccataggccattgcccttctcaacttt
ctttaggaaatgagctgttttgcttagtcaaatctcattactctttccat
aattgccttagattgaagttcattatcagagaggaatctcagccttgact
ggtaatgctgctgaagatgtggctaaggtgtttttttatatgctttaaga
aatgcatgttgcttaaaagtaaaagtgtgaatgactaattacctcactct
ttatcctctttgactcacagattaaacaagatccatcccagagttcagtg
gtgagatcttttttgtttgaaagattttctattattaagaagatagtgca
tgcaagttaattagtctaaagctagaagtcctcacagcacttagcaacat
tgcttccttaagcataaccatagcttactatttgactcagacatatttat
tagataaaatgaattaatattgttttatatgtgtacatgtgggtacatgt
gtatatgtttatctacatgtgtggggcacacatgagtgtgttgtgtgtgt
atgtctgtgtgagcatgtgtgcatgtgtatgtctctgtgtgtgagtgtgt
gtgtgtgtgcatgtgtgtgtgtgtgcatgtgtatatatgttcgtggtcta
tgtgtgtctgtggtatttgtggtggcatatgtgtgtctatgtggtggtgc
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_124109786_124110839
seq2: B6Ng01-275P12.b_48_1098 (reverse)

seq1  GAATGGTA-TCCATATCCATA-TCTAAAGTGGGTCTTTACATCTCACTTA  48
      |||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  GAATGGTATTCCATATCCATATTCTAAAGTGGGTC-TTACATCTCACTAA  49

seq1  AGATGTAACTTTAACTTCTTCTATATAACTTCAC-AAATATCCTTAGAGG  97
        |||||||||  |||   |||||||||| |||| |||||||| ||||||
seq2  GAATGTAACTT--ACT--CTCTATATAAC-TCACAAAATATCC-TAGAGG  93

seq1  TTTGTCTTCTATGTGACTTC-TCAGATCTGCCAAGTTGACAATCACGACT  146
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTCTATGTGACTTCTTCAGATCTGCCAAGTTGACAATCACGACT  143

seq1  AACCTTAGAGGCACCTTAGCAGGAAATACCATTTTATAGTCTTCAAACAG  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTAGAGGCACCTTAGCAGGAAATACCATTTTATAGTCTTCAAACAG  193

seq1  CTTTTTTCCCCCTGATCAAATAATAATGGAAACTTTTTGGATAAATAGGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTCCCCCTGATCAAATAATAATGGAAACTTTTTGGATAAATAGGC  243

seq1  TAATTTCTTTGTGAAGAGCATATAACAGAAATATCAGCATCATCGTGAAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTCTTTGTGAAGAGCATATAACAGAAATATCAGCATCATCGTGAAT  293

seq1  ATCTGGTTGAAATGTCTTAAACCCTTCCAGGACAAATGGCATCAAGCTTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTTGAAATGTCTTAAACCCTTCCAGGACAAATGGCATCAAGCTTA  343

seq1  GAATATTACTTCAACTTTACGACCCTCTGGAGTCACAGGCAATGTATCTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATTACTTCAACTTTACGACCCTCTGGAGTCACAGGCAATGTATCTA  393

seq1  ACTTCATTACTCTTCCAACTTTCTCTTGACAATAAATAAAGTGGGATGCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATTACTCTTCCAACTTTCTCTTGACAATAAATAAAGTGGGATGCC  443

seq1  ATTTCTTAACGGTAAACTTTTATGTTTCTAGGATGGGGAGATTGTGCAAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTAACGGTAAACTTTTATGTTTCTAGGATGGGGAGATTGTGCAAT  493

seq1  AGGTAGAGGATTTTGCAATATTGAGGATGTGAATTCAGACTCCCAGCACC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGAGGATTTTGCAATATTGAGGATGTGAATTCAGACTCCCAGCACC  543

seq1  CAAGTTAGAGATGTGTATAACAGCATGAATTTGTATTGCTGCTGCTAGAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTAGAGATGTGTATAACAGCATGAATTTGTATTGCTGCTGCTAGAG  593

seq1  GGACAGAGACAGAAAGACCTCCAGAGCTTCCCATTTATCCAGCCTAACAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAGACAGAAAGACCTCCAGAGCTTCCCATTTATCCAGCCTAACAG  643

seq1  AATTAGTGAATTTTAGTTTTACTGATAGAACATGTCTCAAAAACCACGAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTGAATTTTAGTTTTACTGATAGAACATGTCTCAAAAACCACGAT  693

seq1  GGAGAGCTATTGAAGAAGACATTTGACATCAATTATTGGACTCCGTATAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGCTATTGAAGAAGACATTTGACATCAATTATTGGACTCCGTATAT  743

seq1  GCACATAAACACATATACAACATACATACAAATATCTATTTTCTAGTGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATAAACACATATACAACATACATACAAATATCTATTTTCTAGTGAT  793

seq1  TATCATTCATATGCCAAGTTTTATGTCATCTCTTGCTCTGTTGCAGAGTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTCATATGCCAAGTTTTATGTCATCTCTTGCTCTGTTGCAGAGTG  843

seq1  TAGGGGGCCCTGCTTGCTTGTTTGGGAGTATTTGTTTGTTTTTGACTTGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGCCCTGCTTGCTTGTTTGGGAGTATTTGTTTGTTTTTGACTTGA  893

seq1  TGTTTAACTTCTGACTACTGTTCCTTGACTTGATTTAATCTCTGGTGTCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAACTTCTGACTACTGTTCCTTGACTTGATTTAATCTCTGGTGTCC  943

seq1  CTATATGACCAAAAGTTCTATTATTTGTCCATAGGAGAATTTGAATGATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATGACCAAAAGTTCTATTATTTGTCCATAGGAGAATTTGAATGATT  993

seq1  TAAAGTGTCTCTTCGTCTGGAGTAAGGAAGATCAACACCAGCAAATGGCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTGTCTCTTCGTCTGGAGTAAGGAAGATCAACACCAGCAAATGGCA  1043

seq1  GGGAATTC  1054
      ||||||||
seq2  GGGAATTC  1051


seq1: chr14_123982506_123983444
seq2: B6Ng01-275P12.g_68_1010

seq1  GAATTCTGCCCTCTCTAAGAAAATTTTTATATTTTTAACATTTACCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCCCTCTCTAAGAAAATTTTTATATTTTTAACATTTACCTTTA  50

seq1  CTTGCCCTGAAGCTATTCTAATTGTCTCACTCCTGGGAATAAGATTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCTGAAGCTATTCTAATTGTCTCACTCCTGGGAATAAGATTTTCT  100

seq1  TATTTTATATGAAGCCATGAATACATTTCCTTCCTCTCTCAGTTGTGATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATATGAAGCCATGAATACATTTCCTTCCTCTCTCAGTTGTGATA  150

seq1  ATAAGCTGTCAGGTGAGTGTTCATCTTTGCTATTTCACCTGCTGCTTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTGTCAGGTGAGTGTTCATCTTTGCTATTTCACCTGCTGCTTCAT  200

seq1  CTTTGCAGGTTCCTCTTTCAGCTCACAGCAGATATCTGACATCACATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCAGGTTCCTCTTTCAGCTCACAGCAGATATCTGACATCACATTTG  250

seq1  GCATTTTGCAGCACCTGTTTCTGCCATAGGCCATTGCCCTTCTCAACTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTGCAGCACCTGTTTCTGCCATAGGCCATTGCCCTTCTCAACTTT  300

seq1  CTTTAGGAAATGAGCTGTTTTGCTTAGTCAAATCTCATTACTCTTTCCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGAAATGAGCTGTTTTGCTTAGTCAAATCTCATTACTCTTTCCAT  350

seq1  AATTGCCTTAGATTGAAGTTCATTATCAGAGAGGAATCTCAGCCTTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCTTAGATTGAAGTTCATTATCAGAGAGGAATCTCAGCCTTGACT  400

seq1  GGTAATGCTGCTGAAGATGTGGCTAAGGTGTTTTTTTATATGCTTTAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGCTGCTGAAGATGTGGCTAAGGTGTTTTTTTATATGCTTTAAGA  450

seq1  AATGCATGTTGCTTAAAAGTAAAAGTGTGAATGACTAATTACCTCACTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCATGTTGCTTAAAAGTAAAAGTGTGAATGACTAATTACCTCACTCT  500

seq1  TTATCCTCTTTGACTCACAGATTAAACAAGATCCATCCCAGAGTTCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTCTTTGACTCACAGATTAAACAAGATCCATCCCAGAGTTCAGTG  550

seq1  GTGAGATCTTTTTTGTTTGAAAGATTTTCTATTATTAAGAAGATAGTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATCTTTTTTGTTTGAAAGATTTTCTATTATTAAGAAGATAGTGCA  600

seq1  TGCAAGTTAATTAGTCTAAAGCTAGAAGTCCTCACAGCACTTAGCAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTTAATTAGTCTAAAGCTAGAAGTCCTCACAGCACTTAGCAACAT  650

seq1  TGCTTCCTTAAGCATAACCATAGCTTACTATTTGACTCAGACATATTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCTTAAGCATAACCATAGCTTACTATTTGACTCAGACATATTTAT  700

seq1  TAGATAAAATGAATTAATATTGTTTTATATGTGTACATGTGGGTACATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAAATGAATTAATATTGTTTTATATGTGTACATGTGGGTACATGT  750

seq1  GTATATGTTTATCTACATGTGTGGGGCACACATGAGTGTGTTGTGTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGTTTATCTACATGTGTGGGGCACACATGAGTGTGTTGTGTGTGT  800

seq1  ATGTCTGTGTGAGCATGTGTGCATGTGTATGTCTCTGTGTGTGAGTGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTGTGAGCATGTGTGCATGTGTATGTCTCTGTGTGTGAGTGTGT  850

seq1  GTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGCATGTGTATATATGTTCGT-GTCTA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTGTGTGTGCATGTGTGTGTGTGTGCATGTGTATATATGTTCGTGGTCTA  900

seq1  TGTGTGTCTGT-GTATTTGTG--TGCATATGTGTGTCTATGTG  939
      ||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCTGTGGTATTTGTGGTGGCATATGTGTGTCTATGTG  943


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |