BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-278C20
Chromosome14 (Build37)
Map Location 117,639,682 - 117,729,490
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc6
Upstream geneGpc5
Downstream gene5730405N03Rik, LOC100043822, Dct, Tgds, Gpr180, LOC100043824, LOC100043539, Sox21, LOC100043825, EG668814
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278C20.bB6Ng01-278C20.g
ACCGA078491GA078492
length1,1351,183
definitionB6Ng01-278C20.b B6Ng01-278C20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,639,682 - 117,640,810)(117,728,267 - 117,729,490)
sequence
gaattcttctattgtgatattggtgttaaatggatcaaggatgtattcct
tgtttatgctaaatgcacagaatgagtcccgggtgtggaaggtaccatgc
tcagtatagtctcttgagaaccaacaaatgctccagttcatggtgtgcta
cttcaactagtaactcatctgatgcttcgtcctgggggacagaggagtgc
atggtgtgcttctgtctagatgtgatagagcagctttctctgtggacctc
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aaatacacacataaatacacacagagaaacaaatatacaaaaatgcattc
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cctgtcaaaccactaaagacatctctaaaattttctctccatttctgttc
tcatatctcatggctgtgctgatgtacaagatgatatttggtgaagagtt
atactcagtcaaatacatagatggttgtatgacagcttgtatgactatac
tggagtatgcataagaaacatacacggcattaatggtacctccaaaccgg
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quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
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seq2: B6Ng01-278C20.b_45_1179

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACAAACACATATATGTGCACATAGACACAGACATACACAGAAACA  500

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCACACACAGATATATATATATATATATATATATATATATATGCACA  650

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCACAGAAACACAAATGTAGGTTTATACATAGACACATAAACACA  750

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACACACATAAACATACCCAGGGACACAGAGACATACATATATACA  800

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACACACATAAATACACACAGAGAAACAAATATACAAAAATGCATTC  950

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      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGACAACATGTTCAAATTGCCACACACAGAGACAGACACACACA  1000

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      || |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
seq2  TACCACACCAACTTTAGACGGTTCTGAAATCAAAAAGAATGGGTTAACTG  1050

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      |||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||| |
seq2  TATGCATACG-TTTAATGGTAATACAT-CCTGGACCCAAGAATACCTGAA  1098

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      || |||||||| |||||||||||||  |||  |||||||
seq2  ACCTTTAAATCAATTTGTAGTTATG--AATGAACTGTGA  1135


seq1: chr14_117728267_117729490
seq2: B6Ng01-278C20.g_64_1246 (reverse)

seq1  TAATTGCCAAGCTTGATGAATTAAATTTTCTATCTAAAGGGAACACTCAT  50
                           |||  || | |||| |||||||| |||||
seq2  ---------------------TAA--TTGCCATCTCAAGGGAACCCTCAT  27

seq1  TTTTTTCTCCTGTTTGAAAGTTACTATTTTTATTTCCTGTATGTTTTCTT  100
      |||||  ||| |||||  || ||| |  || ||  | |||||||||   |
seq2  TTTTT--TCCGGTTTG-GAGGTACCA--TTAATGCCGTGTATGTTT--CT  70

seq1  TATGCATTACTTTCAAATTATGTCCATAC-AGCTGTCAATACAAACAATC  149
      |||||| ||||     | |||   ||||| ||||||| |||| ||| |||
seq2  TATGCA-TACT---CCAGTATAGTCATACAAGCTGTC-ATAC-AACCATC  114

seq1  TATGTATTTGACTGAAGTAT-ACTCTTCCAACAAATATCATCTTGTACAT  198
      |||||||||||||| ||||| |||||| || |||||||||||||||||||
seq2  TATGTATTTGACTG-AGTATAACTCTT-CACCAAATATCATCTTGTACAT  162

seq1  CAGCACAGCCCATGAGGATATGAGAACAGAAATGGAGAGAAAATTTTTAG  248
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCACAG-CCATGA-GATATGAGAACAGAAATGGAGAGAAAA-TTTTAG  209

seq1  AGATGTCTTTAGTGGTTTGACAGGATAATTTCATATCTACAAAACTTGTA  298
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  AGATGTCTTTAGTGGTTTGACAGGATAA-TTCATATCTACAAAAC-TGTA  257

seq1  ATTTAAATGCTGTTATATCCTATGTCCTTTCTGA-CCATTGTAATTTTTA  347
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTTAAATGCTG-TATATCCTATGTCCTTTCTGACCCATTGTAATTTTTA  306

seq1  TTGTATTTTACGACTAAAACACTAGTTTGTGAATGGGTGGAAGAAAAATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTTACGACTAAAACACTAGTTTGTGAATGGGTGGAAGAAAAATA  356

seq1  TGAAAAGCACCAGATTGGATTCAAGGCAGCTATCGTGTGAAGAGAAGGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGCACCAGATTGGATTCAAGGCAGCTATCGTGTGAAGAGAAGGAG  406

seq1  ATAAAAGTATTTGGGAGACAGTTGTGCTGCCTCCTGACCAAACAGTGATC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTATTTGGGAGACAGTTGTGCTGCCTCCTGACCAAACAGTGATC  456

seq1  AGAGAGTTGTTGCAAAAGACCAGAGATAAGCTTACTATGACAGCATGCCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTGTTGCAAAAGACCAGAGATAAGCTTACTATGACAGCATGCCT  506

seq1  TGTCTACACGTAATTGGTTGTTGGAGTTCCCTGGAGAAATTGTATTTAAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACACGTAATTGGTTGTTGGAGTTCCCTGGAGAAATTGTATTTAAC  556

seq1  ATGGACTGTGGCAAATATCTAAATGCCTATGTGTCCCAATGGCTCTTTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGTGGCAAATATCTAAATGCCTATGTGTCCCAATGGCTCTTTGT  606

seq1  ATGCATAGTAAGAATAAATTATTCCATTCTGTAATTACTTTCTGGTACTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAGTAAGAATAAATTATTCCATTCTGTAATTACTTTCTGGTACTT  656

seq1  ATAATCTTGCAAAAATGACAAATTATAGGTTTTAACCTCAACTAAATATG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTTGCAAAAATGACAAATTATAGGTTTTAACCTCAACTAAATATG  706

seq1  AATTGGGCAAAAATGTAGCTAGTTTTCTTGACCTTAGTAGAATATAGGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGCAAAAATGTAGCTAGTTTTCTTGACCTTAGTAGAATATAGGAA  756

seq1  GATACCATGATGTCTCATTACAGAACCCCCTCCAAAAATCTAAAATAAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCATGATGTCTCATTACAGAACCCCCTCCAAAAATCTAAAATAAAT  806

seq1  TTGTATAGTTAACTGTTAAAACTTGTTAATAAATGTATAAGCATAAAACT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGTTAACTGTTAAAACTTGTTAATAAATGTATAAGCATAAAACT  856

seq1  AAGATTTTGCACATGAATTACTCTCTCAATTTTCTTTAAGTTCCTGATTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTTTGCACATGAATTACTCTCTCAATTTTCTTTAAGTTCCTGATTA  906

seq1  CCTTAAGAAATTAAAATTACTTTATTGAAATTGGGCAATATAGAAATTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAGAAATTAAAATTACTTTATTGAAATTGGGCAATATAGAAATTTA  956

seq1  TTGTTTTGGGAAAGCATTTGATAAAATAGTTTTCTATTTCAGATGTTTAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGGGAAAGCATTTGATAAAATAGTTTTCTATTTCAGATGTTTAG  1006

seq1  ACCAACTTTTTATATAAAAGTAATTAGTAATTGGTTTGACTATCTTGAGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTTTTTATATAAAAGTAATTAGTAATTGGTTTGACTATCTTGAGT  1056

seq1  TTGTCAAACTTAGTTAATATGAGTTTACACCAACTCTTTTAAGCACTAGG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCCTGCTCTTGTGGAATAGTATCTAATCAAGTCCTGCACACCATT  1156

seq1  TTCCATGACTAGAAATTATTTGAATTC  1224
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGACTAGAAATTATTTGAATTC  1183


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