BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279C10
Chromosome14 (Build37)
Map Location 118,024,644 - 118,118,412
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpc6
Upstream genenone
Downstream gene5730405N03Rik, LOC100043822, Dct, Tgds, Gpr180, LOC100043824, LOC100043539, Sox21, LOC100043825, EG668814, LOC435422, Abcc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279C10.bB6Ng01-279C10.g
ACCGA079205GA079206
length1,0941,146
definitionB6Ng01-279C10.b B6Ng01-279C10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,024,644 - 118,025,744)(118,117,262 - 118,118,412)
sequence
gaattccagacccacagctttaccagggaaaccccttggctagctcactg
ctttgtttaagaaggccagagaaaatgtttctgacgttaaaagcagaagg
tagattaaacaggaagtcagtcctctaagacatgctcaggagctgtttca
gaatgaggaagtgaaagtctgtttgctgatccgtttgcaccgagggatac
gcctttgggacgtagcttactttatatgaaaatacagtgacaggatcttt
cgctaagatttttgaggtatgaatgagtgaaatataggaataaatatgtc
cttccaaaatataagatttggattaattgtggcaaaaaaaaaagaaagaa
aagaaaagttacccagttacccaaaatcatgcttgtaaaaacgtatctca
cccaaaggaaatctgaaaaagagtttcatatttttataattagataagat
cctagagtttcttggaattatatagaccatttatactttggggttgaagt
taccttagttactagtagttcttctagtcacgctgaaggattgatgaaga
atgtgtgtggaggttatttgtaagaacaatagtctttgaatggttttttt
tatatattcatgtgttatttgtgggtgtatttgtgccaagaccctcacat
ggcagtcaaaggaaacccgagagtgtccttgtaccatgtgacttccagga
attaactcaggcttggtggcaagtgcctatacccactgagccatctcaca
ggcccttaatagttactccttaattgtttccccttggtgctcattggcta
ccctaacataaatctttatgctatcaatatacctggttgttagctgacag
tttgatgtgaaatgtaatgtctcaaacaaaatcagttgatttttaaaaac
taaaatataagctcccctgtgtgttggttatattcaatgatgagcagatt
agggacagttctggctaatgtcatttcaatgctccctcctctctcttctt
ctcagtctcagtgctcatcagatagctcttacagtttttctttcccctcc
tgtttgctatgcaattgagaattcccaccagcatagactagtaa
gaattctagaaaatgtagcttcaatgctgtacagaagagagcagaagggg
ggtgggcgggaatatgagcatgaacaagagttgtctagcacatgctggct
catcataatttgtatcaatacagtttgggattaaggttcctcactgctta
catttaatctcatggacaataaaaaaatgattaactgcagcatgtcttac
aaatatgctaagtgtgctttacataacagcgcaattgaatattgtaaatg
tcacaatttaggagctcagcaggattctcaggccaatttcgaagggaggc
tagagaaggcgctttcccattcttgccgaagtaaacaaagatcaaacgaa
gatacaggaagaaatgattagagagatggagatagtagcctagcatcctg
ggtaaggtttcattagggaaactatttataaagcatgtgagtgtcactaa
tgctgattaatgtcacctgtttgatgtcacttacagtccgtacttcttct
accaggagggatgagatttgccagtgggggaaatgaacggtaccattaca
caaatgatttaggagagctgtttatgttgtgagagagatcttttatttct
tgtcatacggtagtattgccatttctgaccccctcgtggatagatgagca
caaataaattgtcctgcaaagtaagctgtaaggctttgtcagttctagca
caaggctctcaaatgtccttcagacactgtctttctgtcagtcaagtaag
tggtcagactgcagaagtgacttcactgttaacttggattcggtaggatg
aggacagagagtgcagagtcctttcctgactctgaagaggaagggaacaa
ggaagagaatattgatgacttcaagcccctgaagttctggaggattgctg
tagcagatgcggcttctgctgacagatgcggggagctgctttgctctgtg
taaaaagcataacactgcactctatcagctgggcacatgggttattattt
tatttagtgctcaatggagtaatatgaaatcatccattagtggatcaata
ccaaccgagctaatgcacacctagaagaatcatgaatattgggtcattga
tgaaataaatcctatctaactttccataggagtttaagtgaacaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_118024644_118025744
seq2: B6Ng01-279C10.b_45_1138

seq1  GAATTCCAGACCCACAGCTTTACCAGGGAAACCCCTTGGCTAGCTCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACCCACAGCTTTACCAGGGAAACCCCTTGGCTAGCTCACTG  50

seq1  CTTTGTTTAAGAAGGCCAGAGAAAATGTTTCTGACGTTAAAAGCAGAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTAAGAAGGCCAGAGAAAATGTTTCTGACGTTAAAAGCAGAAGG  100

seq1  TAGATTAAACAGGAAGTCAGTCCTCTAAGACATGCTCAGGAGCTGTTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTAAACAGGAAGTCAGTCCTCTAAGACATGCTCAGGAGCTGTTTCA  150

seq1  GAATGAGGAAGTGAAAGTCTGTTTGCTGATCCGTTTGCACCGAGGGATAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGGAAGTGAAAGTCTGTTTGCTGATCCGTTTGCACCGAGGGATAC  200

seq1  GCCTTTGGGACGTAGCTTACTTTATATGAAAATACAGTGACAGGATCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGGGACGTAGCTTACTTTATATGAAAATACAGTGACAGGATCTTT  250

seq1  CGCTAAGATTTTTGAGGTATGAATGAGTGAAATATAGGAATAAATATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAAGATTTTTGAGGTATGAATGAGTGAAATATAGGAATAAATATGTC  300

seq1  CTTCCAAAATATAAGATTTGGATTAATTGTGGCAAAAAAAAAAGAAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAAATATAAGATTTGGATTAATTGTGGCAAAAAAAAAAGAAAGAA  350

seq1  AAGAAAAGTTACCCAGTTACCCAAAATCATGCTTGTAAAAACGTATCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAGTTACCCAGTTACCCAAAATCATGCTTGTAAAAACGTATCTCA  400

seq1  CCCAAAGGAAATCTGAAAAAGAGTTTCATATTTTTATAATTAGATAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAAGGAAATCTGAAAAAGAGTTTCATATTTTTATAATTAGATAAGAT  450

seq1  CCTAGAGTTTCTTGGAATTATATAGACCATTTATACTTTGGGGTTGAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAGTTTCTTGGAATTATATAGACCATTTATACTTTGGGGTTGAAGT  500

seq1  TACCTTAGTTACTAGTAGTTCTTCTAGTCACGCTGAAGGATTGATGAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTAGTTACTAGTAGTTCTTCTAGTCACGCTGAAGGATTGATGAAGA  550

seq1  ATGTGTGTGGAGGTTATTTGTAAGAACAATAGTCTTTGAATGGTTTTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGGAGGTTATTTGTAAGAACAATAGTCTTTGAATGGTTTTTTT  600

seq1  TATATATTCATGTGTTATTTGTGGGTGTATTTGTGCCAAGACCCTCACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTCATGTGTTATTTGTGGGTGTATTTGTGCCAAGACCCTCACAT  650

seq1  GGCAGTCAAAGGAAACCCGAGAGTGTCCTTGTACCATGTGACTTCCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTCAAAGGAAACCCGAGAGTGTCCTTGTACCATGTGACTTCCAGGA  700

seq1  ATTAACTCAGGCTTGGTGGCAAGTGCCTATACCCACTGAGCCATCTCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTCAGGCTTGGTGGCAAGTGCCTATACCCACTGAGCCATCTCACA  750

seq1  GGCCCTTAATAGTTACTCCTTAATTGTTTCCCCTTGGTGCTCATTGGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTTAATAGTTACTCCTTAATTGTTTCCCCTTGGTGCTCATTGGCTA  800

seq1  CCCTAACATAAATCTTTATGCTATCAATATACCTGGTTGTTAGCTGACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAACATAAATCTTTATGCTATCAATATACCTGGTTGTTAGCTGACAG  850

seq1  TTTGATGTGAAATGTAATGTCTCAAACAAAATCAGTTGATTTTTAAAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGTGAAATGTAATGTCTCAAACAAAATCAGTTGATTTTTAAAAAC  900

seq1  TAAAATATAAGCTCCCCTGTGTGTTGGTTATATTCAATGATGAGCAGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TAAAATATAAGCTCCCCTGTGTGTTGGTTATATTCAATGATGAGCAG-AT  949

seq1  TAGGGACAAGTTCTGGCTAATGTCATTTCAAATGCTCCCCTCCTCTCTCC  1000
      ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| 
seq2  TAGGGAC-AGTTCTGGCTAATGTCATTTC-AATGCT-CCCTCCTCTCTCT  996

seq1  TCTTCTCAGTCTCAGTGCTCCATCAGATAGCTCTTACAGTTTTTCTTTCC  1050
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCAGTCTCAGTGCT-CATCAGATAGCTCTTACAGTTTTTCTTTCC  1045

seq1  CCCCCTGTTTTGCTATGCCATTGAGAATTCCCCACCAGCATAGACCAGTA  1100
      || |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  CCTCCTG-TTTGCTATGCAATTGAGAATT-CCCACCAGCATAGACTAGTA  1093

seq1  A  1101
      |
seq2  A  1094

seq1: chr14_118117262_118118412
seq2: B6Ng01-279C10.g_64_1209 (reverse)

seq1  TTTG-TCACTTTAAACTCCTAATGAAAAATTAAGAATGATTAATTTCATC  49
      |||| |||| |||||||||| ||| ||| |||   | |||| ||||||||
seq2  TTTGTTCAC-TTAAACTCCT-ATGGAAAGTTAGATAGGATTTATTTCATC  48

seq1  AATGACACAATTATTCATGA-TCTCTTGGGTGTGCCATTAGCTCGGTTTG  98
      |||||| ||| ||||||||| |||  | |||||| |||||||||||||  
seq2  AATGACCCAA-TATTCATGATTCTTCTAGGTGTG-CATTAGCTCGGTT--  94

seq1  GTTATTGAT-CACTTAAATGGGATGATTTTCATAATTACTCCATTGAGCA  147
      | ||||||| ||||  ||| |||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  GGTATTGATCCACT--AAT-GGATGA-TTTCAT-ATTACTCCATTGAGCA  139

seq1  CTAAAT-AAATAATAA-CCATGTG-CCAGCTGATAGAGTGCAGTTGTATG  194
      |||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||
seq2  CTAAATAAAATAATAACCCATGTGCCCAGCTGATAGAGTGCAGTGTTATG  189

seq1  CTTTTTACACAGAGCAAAGCAGCTCCCCGCATCTGTCAGCAGAAGCCGCA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTACACAGAGCAAAGCAGCTCCCCGCATCTGTCAGCAGAAGCCGCA  239

seq1  TCTGCTACAGCAATCCTCCAGAACTTCAGGGGCTTGAAGTCATCAATATT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTACAGCAATCCTCCAGAACTTCAGGGGCTTGAAGTCATCAATATT  289

seq1  CTCTTCCTTGTTCCCTTCCTCTTCAGAGTCAGGAAAGGACTCTGCACTCT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCTTGTTCCCTTCCTCTTCAGAGTCAGGAAAGGACTCTGCACTCT  339

seq1  CTGTCCTCATCCTACCGAATCCAAGTTAACAGTGAAGTCACTTCTGCAGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCATCCTACCGAATCCAAGTTAACAGTGAAGTCACTTCTGCAGT  389

seq1  CTGACCACTTACTTGACTGACAGAAAGACAGTGTCTGAAGGACATTTGAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCACTTACTTGACTGACAGAAAGACAGTGTCTGAAGGACATTTGAG  439

seq1  AGCCTTGTGCTAGAACTGACAAAGCCTTACAGCTTACTTTGCAGGACAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGTGCTAGAACTGACAAAGCCTTACAGCTTACTTTGCAGGACAAT  489

seq1  TTATTTGTGCTCATCTATCCACGAGGGGGTCAGAAATGGCAATACTACCG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGTGCTCATCTATCCACGAGGGGGTCAGAAATGGCAATACTACCG  539

seq1  TATGACAAGAAATAAAAGATCTCTCTCACAACATAAACAGCTCTCCTAAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACAAGAAATAAAAGATCTCTCTCACAACATAAACAGCTCTCCTAAA  589

seq1  TCATTTGTGTAATGGTACCGTTCATTTCCCCCACTGGCAAATCTCATCCC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGTGTAATGGTACCGTTCATTTCCCCCACTGGCAAATCTCATCCC  639

seq1  TCCTGGTAGAAGAAGTACGGACTGTAAGTGACATCAAACAGGTGACATTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTAGAAGAAGTACGGACTGTAAGTGACATCAAACAGGTGACATTA  689

seq1  ATCAGCATTAGTGACACTCACATGCTTTATAAATAGTTTCCCTAATGAAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATTAGTGACACTCACATGCTTTATAAATAGTTTCCCTAATGAAA  739

seq1  CCTTACCCAGGATGCTAGGCTACTATCTCCATCTCTCTAATCATTTCTTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACCCAGGATGCTAGGCTACTATCTCCATCTCTCTAATCATTTCTTC  789

seq1  CTGTATCTTCGTTTGATCTTTGTTTACTTCGGCAAGAATGGGAAAGCGCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTTCGTTTGATCTTTGTTTACTTCGGCAAGAATGGGAAAGCGCC  839

seq1  TTCTCTAGCCTCCCTTCGAAATTGGCCTGAGAATCCTGCTGAGCTCCTAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTAGCCTCCCTTCGAAATTGGCCTGAGAATCCTGCTGAGCTCCTAA  889

seq1  ATTGTGACATTTACAATATTCAATTGCGCTGTTATGTAAAGCACACTTAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACATTTACAATATTCAATTGCGCTGTTATGTAAAGCACACTTAG  939

seq1  CATATTTGTAAGACATGCTGCAGTTAATCATTTTTTTATTGTCCATGAGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTGTAAGACATGCTGCAGTTAATCATTTTTTTATTGTCCATGAGA  989

seq1  TTAAATGTAAGCAGTGAGGAACCTTAATCCCAAACTGTATTGATACAAAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTAAGCAGTGAGGAACCTTAATCCCAAACTGTATTGATACAAAT  1039

seq1  TATGATGAGCCAGCATGTGCTAGACAACTCTTGTTCATGCTCATATTCCC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGAGCCAGCATGTGCTAGACAACTCTTGTTCATGCTCATATTCCC  1089

seq1  GCCCACCCCCCTTCTGCTCTCTTCTGTACAGCATTGAAGCTACATTTTCT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACCCCCCTTCTGCTCTCTTCTGTACAGCATTGAAGCTACATTTTCT  1139

seq1  AGAATTC  1151
      |||||||
seq2  AGAATTC  1146