BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280A05
Chromosome14 (Build37)
Map Location 31,379,093 - 31,548,361
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTkt, Prkcd, EG665466, Rft1
Upstream geneCacna2d3, EG665431, Selk, Actr8, Il17rb, Chdh, Cacna1d, LOC665399, Dcp1a
Downstream geneSfmbt1, Tmem110, Mustn1, Itih4, Itih3, Itih1, Nek4, Spcs1, Glt8d1, Gnl3, Pbrm1, EG432834, Nt5dc2, Stab1, Nisch, Tnnc1, Sema3g, Phf7, Bap1, Dnahc1, Capn7, Sh3bp5, Mettl6, Eaf1, Colq, Hacl1, Btd, Ankrd28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280A05.bB6Ng01-280A05.g
ACCGA079849GA079850
length1,144939
definitionB6Ng01-280A05.b B6Ng01-280A05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,547,206 - 31,548,361)(31,379,093 - 31,380,028)
sequence
gaattctgtcttcccaacagcctttaccatcttcaccagagcagctgtgc
taactgcaaaagaccctcacctgagattccagccacttatgcctaaacct
ccattccagctgtatgttgactttgtataagctgcagatagtctcaggag
gccatagagtatacagtgcctgaaacacgcagccatgaagaagtcaccat
aatgggatgagacctagcgatactgctgctttggcgttacctacagtcct
gtacgtaacccctcacccctctgagctcaccaagctggactctggtggaa
gtgttactcagactgtccttggtgtctgacctggggagaaccggtgtttg
cttttatcaccccaggaaaagcaacaaagacaaacacagctcttgtctac
atggatttcccaacagtaaatacaagcaacagtgaattagagaacatact
tctatttctccaacaaggaacagtatgtaaagtattcttatatgcatcag
ttttagtatttattaagtatgttttaaagtcttacaatgaactaaaacta
gctaaaaacaagagcacgtcatgtaggaataagcatcataaataaaaccg
tgacaggaaaggagcacctagcatgaaggtaataacagtcaggactgagt
aagacaatggagctgaccctcgctcgccatcaaaggtcactaggtccaag
gcacttgagaggcacaaatggtccatgcggaaggagtgtgggacaaccga
aaatggcagaagtgggcaaggaagcaatcacaagggcagtgctggccaca
tgggagtttagattggttttcatcctcacggaaggctcccgagtatggga
atgacaaaatgagatctgagcaaacaattgttcacatttacaggaaattt
acatttttaaataaaataactttacaaatgctgtcccagcctagcgttct
ggtgtctcagtttttatctttagtaatttattctagtatctgtttgaggt
aattctgtgtatggtatgaggagaatacaaaacttttaatcccagcattt
gggaggcagaagcaggtggatttctgagtcaagtcagcgggtctacagag
tggagttcaggacagcaggctacaccaagtacctgacttgaaaa
gaattccaaaccaagtgctgcaaagcagggaagcatgcgccagcctgaag
gctcctcacctcagcatggctcctcagccccaaagacgagatactctgga
tggagctggtggctctgaggggccacactgcctgagggggatttaaagga
cagggtttgaggacttgggtgagcatcatggctgccctttgtaatgaatc
ttgttgtgactgttggggggtacagccatcaaggtatcttgaccttacga
agggaagaggtgggggttaggaatattctttcggttgtgtagataaggaa
atgactacaacaagcctgcagggtcttttcaagatcatatgtggctggaa
acttgagtataatcctctagggcctatgtaaacttgacccatgaccttgg
acaaattatagtttctgtgtgtgtttctgaggatgggactggggcctcat
gtgtttggcaagtgctactaccactgagctacatacatacaatcttcatt
aatatgcccaaaggtgatggcgagggcctagctcaatggtaaagttcttt
cctagcatgtccaagtccttggcttcgctccccagctaggtgcacagagt
tgtcccagttccttgacatgtggtggataacgtgattgagtgtagaagag
tttggcagcatctgcggaggtcaggtgtgtcctccaaataaacactgagc
caagcgttttgtgaatctaataacaagtggcttccaaactcagtgcattg
cctgcaatatggcttaggaggaaatgagtggatcaggagaaaaaaggcag
cgcataagctaagcttttgggttgtttggaaagagggaaattaaaactca
cataggaagcagagtgtatattggaaacagtagttgacttagactttacc
agctggagtttggagtgaaatggtattgcatgtggtatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_31547206_31548361
seq2: B6Ng01-280A05.b_44_1187 (reverse)

seq1  TTTTCAAGTCAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACT-CAC  49
      |||||||||||||  | ||  ||||||||   |||||||| ||||| |||
seq2  TTTTCAAGTCAGG--TACTTGGTGTAGCC--TGCTGTCCT-GAACTCCAC  45

seq1  TCTGTAGACCCGGCTGACCTTGAACTCAGAAATCCACCTGCTTCTGCCTC  99
      ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGACCC-GCTGA-CTTG-ACTCAGAAATCCACCTGCTTCTGCCTC  92

seq1  CCAAATGCTGGGATT-AAAGTTTTGTTATTTCTCTTCAATACCATACACA  148
      ||||||||||||||| ||||||||||   ||||| || ||||||||||||
seq2  CCAAATGCTGGGATTAAAAGTTTTGT--ATTCTCCTC-ATACCATACACA  139

seq1  GAATTTACCTCAAACAGATACTAG-ATAAATTACTAAAGATAAAAACTGA  197
      ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAA-TTACCTCAAACAGATACTAGAATAAATTACTAAAGATAAAAACTG-  187

seq1  AGACACAGAAACGCTAGGCTGGGACAGCATTTGTAAAGTTATTTTTATTT  247
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AGACACCAGAACGCTAGGCTGGGACAGCATTTGTAAAGTTA-TTTTATTT  236

seq1  AAAAATGTAAATTTCCTGTAAATGTGAAACAATTGTTTGCTCAGATCTCA  297
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGTAAATTTCCTGTAAATGTG-AACAATTGTTTGCTCAGATCTCA  285

seq1  TTTTGTCATTCCCATACTCGGGAGCCTTCCGTGAGGATGAAAACCAATCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCATTCCCATACTCGGGAGCCTTCCGTGAGGATGAAAACCAATCT  335

seq1  AAACTCCCATGTGGCCAGCACTGCCCTTGTGATTGCTTCCTTGCCCACTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCCCATGTGGCCAGCACTGCCCTTGTGATTGCTTCCTTGCCCACTT  385

seq1  CTGCCATTTTCGGTTGTCCCACACTCCTTCCGCATGGACCATTTGTGCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATTTTCGGTTGTCCCACACTCCTTCCGCATGGACCATTTGTGCCT  435

seq1  CTCAAGTGCCTTGGACCTAGTGACCTTTGATGGCGAGCGAGGGTCAGCTC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTGCCTTGGACCTAGTGACCTTTGATGGCGAGCGAGGGTCAGCTC  485

seq1  CATTGTCTTACTCAGTCCTGACTGTTATTACCTTCATGCTAGGTGCTCCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTCTTACTCAGTCCTGACTGTTATTACCTTCATGCTAGGTGCTCCT  535

seq1  TTCCTGTCACGGTTTTATTTATGATGCTTATTCCTACATGACGTGCTCTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTCACGGTTTTATTTATGATGCTTATTCCTACATGACGTGCTCTT  585

seq1  GTTTTTAGCTAGTTTTAGTTCATTGTAAGACTTTAAAACATACTTAATAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTAGCTAGTTTTAGTTCATTGTAAGACTTTAAAACATACTTAATAA  635

seq1  ATACTAAAACTGATGCATATAAGAATACTTTACATACTGTTCCTTGTTGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTAAAACTGATGCATATAAGAATACTTTACATACTGTTCCTTGTTGG  685

seq1  AGAAATAGAAGTATGTTCTCTAATTCACTGTTGCTTGTATTTACTGTTGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAGAAGTATGTTCTCTAATTCACTGTTGCTTGTATTTACTGTTGG  735

seq1  GAAATCCATGTAGACAAGAGCTGTGTTTGTCTTTGTTGCTTTTCCTGGGG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCATGTAGACAAGAGCTGTGTTTGTCTTTGTTGCTTTTCCTGGGG  785

seq1  TGATAAAAGCAAACACCGGTTCTCCCCAGGTCAGACACCAAGGACAGTCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAAGCAAACACCGGTTCTCCCCAGGTCAGACACCAAGGACAGTCT  835

seq1  GAGTAACACTTCCACCAGAGTCCAGCTTGGTGAGCTCAGAGGGGTGAGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACACTTCCACCAGAGTCCAGCTTGGTGAGCTCAGAGGGGTGAGGG  885

seq1  GTTACGTACAGGACTGTAGGTAACGCCAAAGCAGCAGTATCGCTAGGTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACGTACAGGACTGTAGGTAACGCCAAAGCAGCAGTATCGCTAGGTCT  935

seq1  CATCCCATTATGGTGACTTCTTCATGGCTGCGTGTTTCAGGCACTGTATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCATTATGGTGACTTCTTCATGGCTGCGTGTTTCAGGCACTGTATA  985

seq1  CTCTATGGCCTCCTGAGACTATCTGCAGCTTATACAAAGTCAACATACAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGGCCTCCTGAGACTATCTGCAGCTTATACAAAGTCAACATACAG  1035

seq1  CTGGAATGGAGGTTTAGGCATAAGTGGCTGGAATCTCAGGTGAGGGTCTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAATGGAGGTTTAGGCATAAGTGGCTGGAATCTCAGGTGAGGGTCTT  1085

seq1  TTGCAGTTAGCACAGCTGCTCTGGTGAAGATGGTAAAGGCTGTTGGGAAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTTAGCACAGCTGCTCTGGTGAAGATGGTAAAGGCTGTTGGGAAG  1135

seq1  ACAGAATTC  1156
      |||||||||
seq2  ACAGAATTC  1144

seq1: chr14_31379093_31380028
seq2: B6Ng01-280A05.g_69_1007

seq1  GAATTCCAAACCAAGTGCTGCAAAGCAGGGAAGCATGCGCCAGCCTGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACCAAGTGCTGCAAAGCAGGGAAGCATGCGCCAGCCTGAAG  50

seq1  GCTCCTCACCTCAGCATGGCTCCTCAGCCCCAAAGACGAGATACTCTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCACCTCAGCATGGCTCCTCAGCCCCAAAGACGAGATACTCTGGA  100

seq1  TGGAGCTGGTGGCTCTGAGGGGCCACACTGCCTGAGGGGGATTTAAAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCTGGTGGCTCTGAGGGGCCACACTGCCTGAGGGGGATTTAAAGGA  150

seq1  CAGGGTTTGAGGACTTGGGTGAGCATCATGGCTGCCCTTTGTAATGAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTGAGGACTTGGGTGAGCATCATGGCTGCCCTTTGTAATGAATC  200

seq1  TTGTTGTGACTGTTGGGGGGTACAGCCATCAAGGTATCTTGACCTTACGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTGACTGTTGGGGGGTACAGCCATCAAGGTATCTTGACCTTACGA  250

seq1  AGGGAAGAGGTGGGGGTTAGGAATATTCTTTCGGTTGTGTAGATAAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGAGGTGGGGGTTAGGAATATTCTTTCGGTTGTGTAGATAAGGAA  300

seq1  ATGACTACAACAAGCCTGCAGGGTCTTTTCAAGATCATATGTGGCTGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTACAACAAGCCTGCAGGGTCTTTTCAAGATCATATGTGGCTGGAA  350

seq1  ACTTGAGTATAATCCTCTAGGGCCTATGTAAACTTGACCCATGACCTTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGTATAATCCTCTAGGGCCTATGTAAACTTGACCCATGACCTTGG  400

seq1  ACAAATTATAGTTTCTGTGTGTGTTTCTGAGGATGGGACTGGGGCCTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTATAGTTTCTGTGTGTGTTTCTGAGGATGGGACTGGGGCCTCAT  450

seq1  GTGTTTGGCAAGTGCTACTACCACTGAGCTACATACATACAATCTTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGCAAGTGCTACTACCACTGAGCTACATACATACAATCTTCATT  500

seq1  AATATGCCCAAAGGTGATGGCGAGGGCCTAGCTCAATGGTAAAGTTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCCCAAAGGTGATGGCGAGGGCCTAGCTCAATGGTAAAGTTCTTT  550

seq1  CCTAGCATGTCCAAGTCCTTGGCTTCGCTCCCCAGCTAGGTGCACAGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCATGTCCAAGTCCTTGGCTTCGCTCCCCAGCTAGGTGCACAGAGT  600

seq1  TGTCCCAGTTCCTTGACATGTGGTGGATAACGTGATTGAGTGTAGAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCAGTTCCTTGACATGTGGTGGATAACGTGATTGAGTGTAGAAGAG  650

seq1  -TTGGCAGCATCTGCGGAGGTCAGGTGTGTCCTCCAAATAAACACTGAGC  699
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAGCATCTGCGGAGGTCAGGTGTGTCCTCCAAATAAACACTGAGC  700

seq1  CAAGCGTTTTGTGAATCTAATAACAAGTGGCTTCCAAACTCAGTGCATTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCGTTTTGTGAATCTAATAACAAGTGGCTTCCAAACTCAGTGCATTG  750

seq1  CCTGCAATATGGCTTAGGAGGAAATGAGTGGATCAGGAGAAAAAAGGCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAATATGGCTTAGGAGGAAATGAGTGGATCAGGAGAAAAAAGGCAG  800

seq1  CGCATAAGCTAAGC-TTTGGGTTGTTTGGAAAGAGGGAAATTAAAACTCA  848
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATAAGCTAAGCTTTTGGGTTGTTTGGAAAGAGGGAAATTAAAACTCA  850

seq1  GCAAAGGAAGCAGAGTGTAGATTGGAAACAGTAG-TGACTTAGAC-TTAG  896
       || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| 
seq2  -CATAGGAAGCAGAGTGTATATTGGAAACAGTAGTTGACTTAGACTTTAC  899

seq1  CAGCTGGAGTTTGGCAGTGAAATGGTA-TGCATGTGGTATG  936
      |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAGCTGGAGTTTGG-AGTGAAATGGTATTGCATGTGGTATG  939