BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280I11
Chromosome14 (Build37)
Map Location 84,312,024 - 84,469,419
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043773, LOC100043279, LOC100043775, LOC100043776
Downstream geneLOC100043280, LOC100043285, Pcdh17, 9630013A20Rik, LOC629794
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280I11.bB6Ng01-280I11.g
ACCGA080232GA080233
length1,2031,167
definitionB6Ng01-280I11.b B6Ng01-280I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,312,024 - 84,313,233)(84,468,257 - 84,469,419)
sequence
gaattcttgtaattatgtcagtgaatgtaatgttttctcaaaaaaaaaaa
aaacactgtgttgaagggcaaatgatagctataatatttgatggttttaa
tgaccacttgataaataaatagcatgtgatataaatattaccctattctc
ttgataaatgcaagagagttaagtgtaaggatatcctatggaaagtccaa
ataacttatgtaaggtaggccatggaaacaaaattgccaagattcaaaat
atcacaaacaatcacaaactttcaagtaggaaaattaagtcaagtaaaaa
aagtcttgaagaatatgcacgtgctgaatgttacaattgaattaagcaat
cttacagataaaatcaaatttaataatattttgtttccatattagtaata
ttatgaaatttattgttacaagctataatttgggagaagagaactcaata
ataaatttcatttacagccaatgccaaatactgtcttaaagaaatgttca
aaataagtatagctatctcattagctgaacaattcttaaattgtctgcaa
gcttatagtttgctctttataatcaccactgtggaggcatttttaagtaa
aataattgaactctaggtaattgcacttctcaaatttatatttatctctt
tgtttgaaacctaacctggatacagttctttacccacagattgcctatag
atatgcccttctttatgaatttttggacataatgggtccccttgtgtttc
tgcctttccgttaagacagaagttcttgacagtcattgtcagttctctca
tttgaatcacctgttcctactttttttccttttcagaagaacatcctatt
aaagagggtgtactcagagacacatgctggatgttgtttgaaaatcatta
ttgactgacatgtctagcctggggcaaatactcaatctatttttgaacac
tgctccatccctacatgcaaactagacccatctccattcagcctaagtta
aagtgtaatatgcatttttaagtgttgcatgaagcatagtcaatttgttc
atgaaaaaaaaatttattcaaataaaatactctgaagaacattgctgggt
tttgtatttttcttaaactaactggatatcctccgaaagtcactgaatct
taatttccaggaaaatctatcatgcattaaccccaatccatactacagtc
tgt
gaattctccttaaggtaataaaactgctcaacattttgcttagaacatta
cagttttgttctttaaacccaatcataaaaatagtatttaatggctgtag
agatatcaagagtctataaataagaccttgctcaatctatctaggtatcc
cactgcaagcttctgtcttaggatgttgcttactcgctttagtagtgctc
tcttacattttttttaatgtgtccacaataaattcacagtaatatttgaa
tactttgggtatttgcatattaaggattgaattattcattttaaagttgt
taattttatgctctatgaattatatctcactaaccaaattaagggacaat
atagcagagtctctcatagagtacagtaaatttcacctttattaatatct
tatatctgcacagtatatttttcaaattaatgagaaaatattgaatatga
aaattactagtacttatctatacctttttctttaagtaattatctttact
cctaatattctatgttattttgaaaagttttatcgatgttgagttattgt
taactttaaaatatattttgacacttttttttagatattttcttcattta
catttcaaatctatccctaaagtcccccattcccctcccgcccccactcc
cctacccacccactccccctgcttggccctggcgtccccttgtactgggg
cagatgaagtttgcacaactttaagttttgataacctgcagtgcttttta
catatatttgtcacatactttagactgtccctttttgatatgttttatca
tgggtaagctgcagtaatgtgtttttaaaagtggattacacaggcaaaga
aacttgaatgaaacttcttcatggaagattagacactaacagaacagtat
taggttctcagtcactgactttttttttttttttctggttctgttaagag
taataggcaagaggttcattctcttggatagattctaactgctatcatga
agctgtcatcaacagtcaatgtcataacagttgtaccacttatgcctcca
gtgggcctacctggtaagcaatcaactatagtagcaaatcgggtggaatg
gctcatagggccatataaatacaaagtataactaggatagcaactgcacc
cctggaaatgtcatggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr14_84312024_84313233
seq2: B6Ng01-280I11.b_45_1247

seq1  GAATTCTTGTAATTATGTCAGTGAATGTAATGTTTTCTCAAAAAAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTAATTATGTCAGTGAATGTAATGTTTTCTCAAAAAAAAAAA  50

seq1  AAACACTGTGTTGAAGGGCAAATGATAGCTATAATATTTGATGGTTTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTGTGTTGAAGGGCAAATGATAGCTATAATATTTGATGGTTTTAA  100

seq1  TGACCACTTGATAAATAAATAGCATGTGATATAAATATTACCCTATTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACTTGATAAATAAATAGCATGTGATATAAATATTACCCTATTCTC  150

seq1  TTGATAAATGCAAGAGAGTTAAGTGTAAGGATATCCTATGGAAAGTCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAATGCAAGAGAGTTAAGTGTAAGGATATCCTATGGAAAGTCCAA  200

seq1  ATAACTTATGTAAGGTAGGCCATGGAAACAAAATTGCCAAGATTCAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTATGTAAGGTAGGCCATGGAAACAAAATTGCCAAGATTCAAAAT  250

seq1  ATCACAAACAATCACAAACTTTCAAGTAGGAAAATTAAGTCAAGTAAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAACAATCACAAACTTTCAAGTAGGAAAATTAAGTCAAGTAAAAA  300

seq1  AAGTCTTGAAGAATATGCACGTGCTGAATGTTACAATTGAATTAAGCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTGAAGAATATGCACGTGCTGAATGTTACAATTGAATTAAGCAAT  350

seq1  CTTACAGATAAAATCAAATTTAATAATATTTTGTTTCCATATTAGTAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGATAAAATCAAATTTAATAATATTTTGTTTCCATATTAGTAATA  400

seq1  TTATGAAATTTATTGTTACAAGCTATAATTTGGGAGAAGAGAACTCAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAAATTTATTGTTACAAGCTATAATTTGGGAGAAGAGAACTCAATA  450

seq1  ATAAATTTCATTTACAGCCAATGCCAAATACTGTCTTAAAGAAATGTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTCATTTACAGCCAATGCCAAATACTGTCTTAAAGAAATGTTCA  500

seq1  AAATAAGTATAGCTATCTCATTAGCTGAACAATTCTTAAATTGTCTGCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTATAGCTATCTCATTAGCTGAACAATTCTTAAATTGTCTGCAA  550

seq1  GCTTATAGTTTGCTCTTTATAATCACCACTGTGGAGGCATTTTTAAGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATAGTTTGCTCTTTATAATCACCACTGTGGAGGCATTTTTAAGTAA  600

seq1  AATAATTGAACTCTAGGTAATTGCACTTCTCAAATTTATATTTATCTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGAACTCTAGGTAATTGCACTTCTCAAATTTATATTTATCTCTT  650

seq1  TGTTTGAAACCTAACCTGGATACAGTTCTTTACCCACAGATTGCCTATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGAAACCTAACCTGGATACAGTTCTTTACCCACAGATTGCCTATAG  700

seq1  ATATGCCCTTCTTTATGAATTTTTGGACATAATGGGTCCCCTTGTGTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCCCTTCTTTATGAATTTTTGGACATAATGGGTCCCCTTGTGTTTC  750

seq1  TGCCTTTCCGTTAAGACAGAAGTTCTTGACAGTCATTGTCAGTTCTCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCCGTTAAGACAGAAGTTCTTGACAGTCATTGTCAGTTCTCTCA  800

seq1  TTTGAATCACCTGTTCCTACTTTTTTTCCTTTTCAGAAGAACATCCTATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCACCTGTTCCTACTTTTTTTCCTTTTCAGAAGAACATCCTATT  850

seq1  AAAGAGGGTGTACTCAGAGACACATGCTGGATGTTGTTTGAAAATCATTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGGTGTACTCAGAGACACATGCTGGATGTTGTTTGAAAATCATTA  900

seq1  TTGACTGACATGTCTAGCCTGGGGCAAATACTCAATCTATTTTTGAACAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGACTGACATGTCTAGCCTGGGGCAAATACTCAATCTATTTTTGAACA-  949

seq1  CTGCTCCATCCCTACATGCAAACTAGACCCATCTCCATTCAGCCTAAGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCATCCCTACATGCAAACTAGACCCATCTCCATTCAGCCTAAGTT  999

seq1  AAAGTGTAATAATTGCATTTTTAAGTGTTTGCATGAAGCATAGTCAATTT  1050
      |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTAATA--TGCATTTTTAAGTG-TTGCATGAAGCATAGTCAATTT  1046

seq1  GTTCATGGAAAAAATATTTATTTCAATAAAATACTCTGAAGACCATTGCT  1100
      ||||||| |||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTTCATGAAAAAAAAATTTATTCAAATAAAATACTCTGAAGAACATTGCT  1096

seq1  -GGTTTTGTATTTT--CTAAACT-ACTAGATA--CTCCGAAAGTCAACAG  1144
       |||||||||||||   |||||| ||| ||||  ||||||||||||    
seq2  GGGTTTTGTATTTTTCTTAAACTAACTGGATATCCTCCGAAAGTCA--CT  1144

seq1  GAATCT--ATATTCAGGAGAAATTCTAAACTCAATGCATTTTCACCACAA  1192
      ||||||  || | |||  |||| ||||   || |||||  || ||| |||
seq2  GAATCTTAATTTCCAG--GAAAATCTA---TC-ATGCA--TTAACCCCAA  1186

seq1  TCCATACCTACAGTCTGT  1210
      |||||| |||||||||||
seq2  TCCATA-CTACAGTCTGT  1203

seq1: chr14_84468257_84469419
seq2: B6Ng01-280I11.g_64_1230 (reverse)

seq1  GCCATGGCATTTCCCAGGGGTGCAGTTGCTATCCTAGTTATACTTTGATT  50
      |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  GCCATGACATTT-CCAGGGGTGCAGTTGCTATCCTAGTTATACTTTGTAT  49

seq1  TTATGTGCCC---TTAGCCATTCACCCCGA-TTGCTACTAT-GATGATTG  95
      |||| || ||   | ||||||||  ||||| |||||||||| | ||||| 
seq2  TTATATGGCCCTATGAGCCATTCCACCCGATTTGCTACTATAGTTGATT-  98

seq1  GCTTAACAAGATAGGCCCACTGGA-GCAATAGTGGTACAACTGTTATGAC  144
      |||| || || ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||
seq2  GCTT-ACCAGGTAGGCCCACTGGAGGCATAAGTGGTACAACTGTTATGAC  147

seq1  ATTGAACTGTTGATGAACAGCTTCATGATAGCAGTTAGAATCTATCCAAG  194
      |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTG-ACTGTTGATG-ACAGCTTCATGATAGCAGTTAGAATCTATCCAAG  195

seq1  AGAATGAA-CTCTTGCCTATTACTCTTAACAGAACCAG--AAAAAAAAAA  241
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  AGAATGAACCTCTTGCCTATTACTCTTAACAGAACCAGAAAAAAAAAAAA  245

seq1  AAAGTCAGTGACTGAGAACCTAATACTGTTCTGTTAGTGTCTAATCTTCC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGTGACTGAGAACCTAATACTGTTCTGTTAGTGTCTAATCTTCC  295

seq1  ATGAAGAAGTTTCATTCAAGTTTCTTTGCCTGTGTAATCCACTTTTAAAA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAGTTTCATTCAAGTTTCTTTGCCTGTGTAATCCACTTTTAAAA  345

seq1  ACACATTACTGCAGCTTAACCATGATAAAACATATCAAAAAGGGACAGTC  391
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTACTGCAGCTTACCCATGATAAAACATATCAAAAAGGGACAGTC  395

seq1  TAAAGTATGTGACAAATATATGTAAAAAGCACTGCAGGTTATCAAAACTT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTATGTGACAAATATATGTAAAAAGCACTGCAGGTTATCAAAACTT  445

seq1  AAAGTTGTGCAAACTTCATCTGCCCCAGTACAAGGGGACGCCAGGGCCAA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGTGCAAACTTCATCTGCCCCAGTACAAGGGGACGCCAGGGCCAA  495

seq1  GCAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGCGGGAGGGGAATGGGGGA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGGGCGGGAGGGGAATGGGGGA  545

seq1  CTTTAGGGATAGATTTGAAATGTAAATGAAGAAAATATCTAAAAAAAAGT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGGGATAGATTTGAAATGTAAATGAAGAAAATATCTAAAAAAAAGT  595

seq1  GTCAAAATATATTTTAAAGTTAACAATAACTCAACATCGATAAAACTTTT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAATATATTTTAAAGTTAACAATAACTCAACATCGATAAAACTTTT  645

seq1  CAAAATAACATAGAATATTAGGAGTAAAGATAATTACTTAAAGAAAAAGG  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAACATAGAATATTAGGAGTAAAGATAATTACTTAAAGAAAAAGG  695

seq1  TATAGATAAGTACTAGTAATTTTCATATTCAATATTTTCTCATTAATTTG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATAAGTACTAGTAATTTTCATATTCAATATTTTCTCATTAATTTG  745

seq1  AAAAATATACTGTGCAGATATAAGATATTAATAAAGGTGAAATTTACTGT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATACTGTGCAGATATAAGATATTAATAAAGGTGAAATTTACTGT  795

seq1  ACTCTATGAGAGACTCTGCTATATTGTCCCTTAATTTGGTTAGTGAGATA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATGAGAGACTCTGCTATATTGTCCCTTAATTTGGTTAGTGAGATA  845

seq1  TAATTCATAGAGCATAAAATTAACAACTTTAAAATGAATAATTCAATCCT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCATAGAGCATAAAATTAACAACTTTAAAATGAATAATTCAATCCT  895

seq1  TAATATGCAAATACCCAAAGTATTCAAATATTACTGTGAATTTATTGTGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATGCAAATACCCAAAGTATTCAAATATTACTGTGAATTTATTGTGG  945

seq1  ACACATTAAAAAAAATGTAAGAGAGCACTACTAAAGCGAGTAAGCAACAT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTAAAAAAAATGTAAGAGAGCACTACTAAAGCGAGTAAGCAACAT  995

seq1  CCTAAGACAGAAGCTTGCAGTGGGATACCTAGATAGATTGAGCAAGGTCT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGACAGAAGCTTGCAGTGGGATACCTAGATAGATTGAGCAAGGTCT  1045

seq1  TATTTATAGACTCTTGATATCTCTACAGCCATTAAATACTATTTTTATGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATAGACTCTTGATATCTCTACAGCCATTAAATACTATTTTTATGA  1095

seq1  TTGGGTTTAAAGAACAAAACTGTAATGTTCTAAGCAAAATGTTGAGCAGT  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTTTAAAGAACAAAACTGTAATGTTCTAAGCAAAATGTTGAGCAGT  1145

seq1  TTTATTACCTTAAGGAGAATTC  1163
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTACCTTAAGGAGAATTC  1167